Protein–RNA interactions for Protein: Q96JC1

VPS39, Vam6/Vps39-like protein, humanhuman

Predictions only

Length 886 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS39Q96JC1 RCC1L-201ENST00000610322 2300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.23■■□□□ 1.79
VPS39Q96JC1 RDX-210ENST00000530301 1549 ntTSL 1 (best) BASIC26.23■■□□□ 1.79
VPS39Q96JC1 NOG-201ENST00000332822 1892 ntAPPRIS P1 BASIC26.22■■□□□ 1.79
VPS39Q96JC1 AL109917.1-201ENST00000412228 906 ntTSL 2 BASIC26.22■■□□□ 1.79
VPS39Q96JC1 COL13A1-214ENST00000522165 2061 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.22■■□□□ 1.79
VPS39Q96JC1 HOXD-AS2-202ENST00000440016 999 ntTSL 5 BASIC26.21■■□□□ 1.79
VPS39Q96JC1 HOXB3-212ENST00000498678 2196 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.21■■□□□ 1.79
VPS39Q96JC1 PPP3CC-204ENST00000518852 1598 ntTSL 2 BASIC26.2■■□□□ 1.79
VPS39Q96JC1 BCL7C-201ENST00000215115 1740 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.2■■□□□ 1.79
VPS39Q96JC1 HOXB3-211ENST00000490677 1109 ntTSL 1 (best) BASIC26.2■■□□□ 1.78
VPS39Q96JC1 UBE2L6-201ENST00000287156 1354 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.2■■□□□ 1.78
VPS39Q96JC1 TESK1-201ENST00000336395 2421 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.19■■□□□ 1.78
VPS39Q96JC1 AC234582.1-201ENST00000447623 923 ntTSL 5 BASIC26.19■■□□□ 1.78
VPS39Q96JC1 IL17D-201ENST00000304920 1861 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.19■■□□□ 1.78
VPS39Q96JC1 AC010864.1-201ENST00000609407 1511 ntBASIC26.19■■□□□ 1.78
VPS39Q96JC1 AL139393.2-201ENST00000608721 2025 ntBASIC26.18■■□□□ 1.78
VPS39Q96JC1 SPATA5L1-208ENST00000638607 1863 ntTSL 2 BASIC26.18■■□□□ 1.78
VPS39Q96JC1 COL13A1-213ENST00000520267 2276 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.18■■□□□ 1.78
VPS39Q96JC1 ZNF787-203ENST00000610935 1925 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.18■■□□□ 1.78
VPS39Q96JC1 CAPNS1-201ENST00000246533 1918 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.17■■□□□ 1.78
VPS39Q96JC1 MTCH1-202ENST00000373627 2057 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.16■■□□□ 1.78
VPS39Q96JC1 ATF4-201ENST00000337304 2019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.16■■□□□ 1.78
VPS39Q96JC1 ADAP1-201ENST00000265846 2363 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.16■■□□□ 1.78
VPS39Q96JC1 TMEM9-201ENST00000367330 1959 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.16■■□□□ 1.78
VPS39Q96JC1 FSD1L-208ENST00000495708 1906 ntTSL 1 (best) BASIC26.15■■□□□ 1.78
VPS39Q96JC1 THAP11-201ENST00000303596 2114 ntAPPRIS P1 BASIC26.15■■□□□ 1.78
VPS39Q96JC1 BTBD19-203ENST00000450269 1572 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.13■■□□□ 1.77
VPS39Q96JC1 MKNK2-202ENST00000309340 1744 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.13■■□□□ 1.77
VPS39Q96JC1 PIK3R2-208ENST00000617642 1446 ntTSL 5 BASIC26.13■■□□□ 1.77
VPS39Q96JC1 ZIC2-201ENST00000376335 2983 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.12■■□□□ 1.77
VPS39Q96JC1 SSU72-201ENST00000291386 1290 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.12■■□□□ 1.77
VPS39Q96JC1 AC068152.1-210ENST00000574741 836 ntTSL 3 BASIC26.12■■□□□ 1.77
VPS39Q96JC1 SHARPIN-202ENST00000398712 1765 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.12■■□□□ 1.77
VPS39Q96JC1 ABHD17A-202ENST00000292577 1757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.11■■□□□ 1.77
VPS39Q96JC1 SPIRE1-203ENST00000410092 5533 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.11■■□□□ 1.77
VPS39Q96JC1 STUB1-201ENST00000219548 1472 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.11■■□□□ 1.77
VPS39Q96JC1 ACTR3B-201ENST00000256001 2216 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.1■■□□□ 1.77
VPS39Q96JC1 PLEKHG6-206ENST00000536531 1683 ntTSL 1 (best) BASIC26.09■■□□□ 1.77
VPS39Q96JC1 MAGI2-211ENST00000535697 6146 ntTSL 5 BASIC26.09■■□□□ 1.77
VPS39Q96JC1 WSB2-201ENST00000315436 2646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.09■■□□□ 1.77
VPS39Q96JC1 STUB1-205ENST00000565677 1560 ntTSL 1 (best) BASIC26.09■■□□□ 1.77
VPS39Q96JC1 PLSCR3-209ENST00000574401 2032 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.09■■□□□ 1.77
VPS39Q96JC1 ATRAID-201ENST00000380171 1240 ntTSL 1 (best) BASIC26.07■■□□□ 1.76
VPS39Q96JC1 CRIP1-201ENST00000330233 1311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.07■■□□□ 1.76
VPS39Q96JC1 HNRNPAB-205ENST00000506259 1674 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.06■■□□□ 1.76
VPS39Q96JC1 ARPC5L-202ENST00000353214 2507 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.06■■□□□ 1.76
VPS39Q96JC1 AL391121.1-201ENST00000607967 1349 ntBASIC26.06■■□□□ 1.76
VPS39Q96JC1 COL13A1-203ENST00000398969 2267 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.05■■□□□ 1.76
VPS39Q96JC1 ZFAND2B-208ENST00000409594 2021 ntTSL 2 BASIC26.05■■□□□ 1.76
VPS39Q96JC1 TSPOAP1-AS1-203ENST00000579527 2042 ntTSL 2 BASIC26.05■■□□□ 1.76
VPS39Q96JC1 RAB40C-201ENST00000248139 2699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.05■■□□□ 1.76
VPS39Q96JC1 LMTK3-202ENST00000600059 5113 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.05■■□□□ 1.76
VPS39Q96JC1 FAAH-201ENST00000243167 2094 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.04■■□□□ 1.76
VPS39Q96JC1 DENR-202ENST00000455982 1052 ntTSL 5 BASIC26.04■■□□□ 1.76
VPS39Q96JC1 RUNX2-205ENST00000465038 1770 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC26.04■■□□□ 1.76
VPS39Q96JC1 EXOC3-209ENST00000512944 2825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.04■■□□□ 1.76
VPS39Q96JC1 DUSP14-206ENST00000617516 1537 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.04■■□□□ 1.76
VPS39Q96JC1 MARCH11-201ENST00000332432 1741 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.03■■□□□ 1.76
VPS39Q96JC1 EBPL-202ENST00000378268 680 ntTSL 3 BASIC26.03■■□□□ 1.76
VPS39Q96JC1 GSTP1-202ENST00000398606 965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.03■■□□□ 1.76
VPS39Q96JC1 AC006486.1-201ENST00000594664 634 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC26.03■■□□□ 1.76
VPS39Q96JC1 AC142086.6-201ENST00000621154 1765 ntBASIC26.02■■□□□ 1.76
VPS39Q96JC1 BMP7-204ENST00000450594 1857 ntTSL 2 BASIC26.02■■□□□ 1.76
VPS39Q96JC1 SMARCD3-203ENST00000392811 2018 ntTSL 1 (best) BASIC26.02■■□□□ 1.76
VPS39Q96JC1 EMID1-203ENST00000404820 2118 ntTSL 5 BASIC26.02■■□□□ 1.76
VPS39Q96JC1 AC136428.2-201ENST00000563187 214 ntBASIC26.02■■□□□ 1.76
VPS39Q96JC1 MTCH1-201ENST00000373616 2006 ntTSL 1 (best) BASIC26.02■■□□□ 1.76
VPS39Q96JC1 LRRC75B-201ENST00000318753 1238 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.01■■□□□ 1.75
VPS39Q96JC1 MYLIP-202ENST00000356840 1666 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.01■■□□□ 1.75
VPS39Q96JC1 CAHM-201ENST00000604200 896 ntBASIC26.01■■□□□ 1.75
VPS39Q96JC1 GPR75-ASB3-201ENST00000406625 2113 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26■■□□□ 1.75
VPS39Q96JC1 ECI1-207ENST00000570258 1512 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26■■□□□ 1.75
VPS39Q96JC1 FGF3-201ENST00000334134 892 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26■■□□□ 1.75
VPS39Q96JC1 AL139393.1-201ENST00000417479 573 ntTSL 5 BASIC26■■□□□ 1.75
VPS39Q96JC1 NADK2-210ENST00000514504 1233 ntTSL 5 BASIC25.99■■□□□ 1.75
VPS39Q96JC1 AC097358.2-201ENST00000607541 1159 ntBASIC25.99■■□□□ 1.75
VPS39Q96JC1 PLSCR3-202ENST00000535512 2067 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.99■■□□□ 1.75
VPS39Q96JC1 HSD11B1L-209ENST00000577917 1553 ntTSL 1 (best) BASIC25.98■■□□□ 1.75
VPS39Q96JC1 AMZ2-201ENST00000359783 1722 ntTSL 5 BASIC25.97■■□□□ 1.75
VPS39Q96JC1 CLK2-201ENST00000355560 2120 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC25.96■■□□□ 1.75
VPS39Q96JC1 TPGS1-201ENST00000359315 1114 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.96■■□□□ 1.75
VPS39Q96JC1 DRD5P2-201ENST00000421395 2012 ntBASIC25.96■■□□□ 1.75
VPS39Q96JC1 LACTB-201ENST00000261893 1972 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.95■■□□□ 1.75
VPS39Q96JC1 FTCDNL1-201ENST00000416668 944 ntTSL 1 (best) BASIC25.95■■□□□ 1.74
VPS39Q96JC1 DUSP15-202ENST00000339738 1454 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.95■■□□□ 1.74
VPS39Q96JC1 TNFSF12-201ENST00000293825 1553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.95■■□□□ 1.74
VPS39Q96JC1 AP003068.2-202ENST00000526623 1662 ntTSL 2 BASIC25.94■■□□□ 1.74
VPS39Q96JC1 MNX1-201ENST00000252971 2174 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.94■■□□□ 1.74
VPS39Q96JC1 BATF3-201ENST00000243440 980 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.93■■□□□ 1.74
VPS39Q96JC1 CIB1-201ENST00000328649 1247 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.93■■□□□ 1.74
VPS39Q96JC1 CIB1-202ENST00000612800 1096 ntTSL 1 (best) BASIC25.93■■□□□ 1.74
VPS39Q96JC1 ZNF775-201ENST00000329630 2257 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.93■■□□□ 1.74
VPS39Q96JC1 ZFAND2B-204ENST00000409217 886 ntTSL 2 BASIC25.92■■□□□ 1.74
VPS39Q96JC1 GRK6-206ENST00000507633 1660 ntTSL 5 BASIC25.92■■□□□ 1.74
VPS39Q96JC1 GABRA5-203ENST00000400081 2761 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.91■■□□□ 1.74
VPS39Q96JC1 ENKD1-201ENST00000243878 1579 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.91■■□□□ 1.74
VPS39Q96JC1 NOXA1-201ENST00000341349 1678 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.91■■□□□ 1.74
VPS39Q96JC1 SDCCAG3-201ENST00000298537 2314 ntTSL 1 (best) BASIC25.91■■□□□ 1.74
VPS39Q96JC1 COMMD7-201ENST00000278980 1900 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.9■■□□□ 1.74
VPS39Q96JC1 WHRN-203ENST00000374057 1718 ntTSL 2 BASIC25.9■■□□□ 1.74
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 63.2 ms