Protein–RNA interactions for Protein: P67936

TPM4, Tropomyosin alpha-4 chain, humanhuman

Predictions only

Length 248 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TPM4P67936 PLSCR3-214ENST00000619711 2066 ntTSL 5 BASIC29.25■■■□□ 2.27
TPM4P67936 CGREF1-204ENST00000402550 1575 ntTSL 2 BASIC29.25■■■□□ 2.27
TPM4P67936 WSB2-201ENST00000315436 2646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.24■■■□□ 2.27
TPM4P67936 SENP3-201ENST00000321337 2611 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.24■■■□□ 2.27
TPM4P67936 ZNF219-201ENST00000360947 3071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.24■■■□□ 2.27
TPM4P67936 DHRS13-202ENST00000394901 2037 ntTSL 1 (best) BASIC29.24■■■□□ 2.27
TPM4P67936 HOXB3-212ENST00000498678 2196 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.24■■■□□ 2.27
TPM4P67936 PQLC1-211ENST00000590381 1247 ntTSL 2 BASIC29.24■■■□□ 2.27
TPM4P67936 AL139393.2-201ENST00000608721 2025 ntBASIC29.24■■■□□ 2.27
TPM4P67936 GLRB-203ENST00000509282 1757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.24■■■□□ 2.27
TPM4P67936 MSX2-202ENST00000507785 1188 ntTSL 2 BASIC29.23■■■□□ 2.27
TPM4P67936 HOXB3-201ENST00000311626 2642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.22■■■□□ 2.27
TPM4P67936 FAM89B-201ENST00000316409 1409 ntTSL 1 (best) BASIC29.21■■■□□ 2.27
TPM4P67936 CARS2-201ENST00000257347 1879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.21■■■□□ 2.27
TPM4P67936 BCL7C-201ENST00000215115 1740 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.21■■■□□ 2.27
TPM4P67936 PCYT2-206ENST00000571105 1628 ntTSL 5 BASIC29.2■■■□□ 2.26
TPM4P67936 MNX1-201ENST00000252971 2174 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.19■■■□□ 2.26
TPM4P67936 NPTXR-202ENST00000640136 1503 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.18■■■□□ 2.26
TPM4P67936 MFSD12-201ENST00000355415 2124 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.17■■■□□ 2.26
TPM4P67936 ATF4-201ENST00000337304 2019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.17■■■□□ 2.26
TPM4P67936 TNFSF12-201ENST00000293825 1553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.17■■■□□ 2.26
TPM4P67936 XKR6-201ENST00000297303 1550 ntTSL 1 (best) BASIC29.16■■■□□ 2.26
TPM4P67936 NFYB-205ENST00000551727 1727 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC29.16■■■□□ 2.26
TPM4P67936 EFEMP2-201ENST00000307998 2034 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.15■■■□□ 2.26
TPM4P67936 SLC9A3R2-202ENST00000432365 1564 ntTSL 1 (best) BASIC29.14■■■□□ 2.26
TPM4P67936 WASH5P-204ENST00000632292 975 ntBASIC29.14■■■□□ 2.26
TPM4P67936 AP002365.1-201ENST00000603448 772 ntBASIC29.13■■■□□ 2.25
TPM4P67936 MXD3-203ENST00000439742 1483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.12■■■□□ 2.25
TPM4P67936 DRD5P2-201ENST00000421395 2012 ntBASIC29.12■■■□□ 2.25
TPM4P67936 CDKN2D-202ENST00000393599 1422 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.11■■■□□ 2.25
TPM4P67936 NPB-202ENST00000573081 2154 ntAPPRIS ALT2 BASIC29.11■■■□□ 2.25
TPM4P67936 FAM58A-202ENST00000440428 1164 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC29.11■■■□□ 2.25
TPM4P67936 H2AFV-202ENST00000308153 752 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC29.1■■■□□ 2.25
TPM4P67936 FAAP20-204ENST00000400919 1413 ntTSL 3 BASIC29.1■■■□□ 2.25
TPM4P67936 COMMD7-201ENST00000278980 1900 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.1■■■□□ 2.25
TPM4P67936 ECI1-201ENST00000301729 1541 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.1■■■□□ 2.25
TPM4P67936 NPDC1-201ENST00000371600 2187 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.09■■■□□ 2.25
TPM4P67936 ZCCHC2-201ENST00000269499 5959 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC29.09■■■□□ 2.25
TPM4P67936 C11orf80-204ENST00000525908 2135 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC29.08■■■□□ 2.25
TPM4P67936 AC068152.1-207ENST00000573341 647 ntTSL 2 BASIC29.08■■■□□ 2.25
TPM4P67936 PLEKHG6-206ENST00000536531 1683 ntTSL 1 (best) BASIC29.08■■■□□ 2.25
TPM4P67936 MXI1-201ENST00000239007 2424 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC29.08■■■□□ 2.25
TPM4P67936 NPAS3-201ENST00000346562 5847 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.06■■■□□ 2.24
TPM4P67936 CLK2-201ENST00000355560 2120 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC29.06■■■□□ 2.24
TPM4P67936 JAG2-202ENST00000347004 5720 ntTSL 1 (best) BASIC29.05■■■□□ 2.24
TPM4P67936 ANAPC11-203ENST00000392376 687 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.05■■■□□ 2.24
TPM4P67936 MKNK2-202ENST00000309340 1744 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.04■■■□□ 2.24
TPM4P67936 ZFAND2B-208ENST00000409594 2021 ntTSL 2 BASIC29.04■■■□□ 2.24
TPM4P67936 NOP53-201ENST00000246802 1528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.04■■■□□ 2.24
TPM4P67936 PELI3-203ENST00000524466 1671 ntTSL 1 (best) BASIC29.02■■■□□ 2.24
TPM4P67936 AGPAT2-202ENST00000371696 1512 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.02■■■□□ 2.24
TPM4P67936 TP53I13-201ENST00000301057 1530 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.01■■■□□ 2.23
TPM4P67936 GAL3ST1-204ENST00000402369 1712 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC29■■■□□ 2.23
TPM4P67936 TCF24-201ENST00000563496 2450 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29■■■□□ 2.23
TPM4P67936 ARTN-201ENST00000372354 1003 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29■■■□□ 2.23
TPM4P67936 FSD1L-208ENST00000495708 1906 ntTSL 1 (best) BASIC29■■■□□ 2.23
TPM4P67936 HAND2-201ENST00000359562 2780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.99■■■□□ 2.23
TPM4P67936 ZSWIM6-201ENST00000252744 5501 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.99■■■□□ 2.23
TPM4P67936 ABHD17A-202ENST00000292577 1757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.99■■■□□ 2.23
TPM4P67936 CAPNS1-204ENST00000587718 1558 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.99■■■□□ 2.23
TPM4P67936 AMZ2-201ENST00000359783 1722 ntTSL 5 BASIC28.98■■■□□ 2.23
TPM4P67936 SERPING1-205ENST00000403558 2231 ntTSL 5 BASIC28.98■■■□□ 2.23
TPM4P67936 SCCPDH-201ENST00000366510 2503 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.96■■■□□ 2.23
TPM4P67936 HRH3-201ENST00000317393 1419 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.95■■■□□ 2.23
TPM4P67936 PLEKHF1-201ENST00000436066 2084 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.95■■■□□ 2.23
TPM4P67936 ROM1-201ENST00000278833 1878 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.95■■■□□ 2.22
TPM4P67936 ARTN-211ENST00000498139 1303 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC28.94■■■□□ 2.22
TPM4P67936 AC010864.1-201ENST00000609407 1511 ntBASIC28.94■■■□□ 2.22
TPM4P67936 CCNG2-201ENST00000316355 5526 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.94■■■□□ 2.22
TPM4P67936 LINC01578-204ENST00000554894 556 ntTSL 3 BASIC28.94■■■□□ 2.22
TPM4P67936 LINC01578-207ENST00000556895 802 ntTSL 2 BASIC28.94■■■□□ 2.22
TPM4P67936 NAPA-201ENST00000263354 1839 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.93■■■□□ 2.22
TPM4P67936 VEGFC-202ENST00000618562 2064 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.93■■■□□ 2.22
TPM4P67936 PPP3CC-204ENST00000518852 1598 ntTSL 2 BASIC28.92■■■□□ 2.22
TPM4P67936 RUNX2-205ENST00000465038 1770 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC28.92■■■□□ 2.22
TPM4P67936 THRA-204ENST00000546243 1909 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.92■■■□□ 2.22
TPM4P67936 TNIP2-201ENST00000315423 1974 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.92■■■□□ 2.22
TPM4P67936 MARCH11-201ENST00000332432 1741 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.91■■■□□ 2.22
TPM4P67936 MAP6D1-202ENST00000431348 890 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.91■■■□□ 2.22
TPM4P67936 AC025431.1-201ENST00000559684 874 ntTSL 3 BASIC28.91■■■□□ 2.22
TPM4P67936 MAF-203ENST00000569649 1217 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.91■■■□□ 2.22
TPM4P67936 MAPKAPK2-201ENST00000294981 2171 ntTSL 1 (best) BASIC28.9■■■□□ 2.22
TPM4P67936 SNTB1-202ENST00000517992 2273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.9■■■□□ 2.22
TPM4P67936 HYAL2-202ENST00000395139 2136 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.9■■■□□ 2.22
TPM4P67936 HNRNPAB-205ENST00000506259 1674 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.89■■■□□ 2.22
TPM4P67936 AL121749.1-202ENST00000609313 2153 ntBASIC28.89■■■□□ 2.22
TPM4P67936 TMEM187-201ENST00000369982 1880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.89■■■□□ 2.22
TPM4P67936 KCNJ4-201ENST00000303592 2065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.89■■■□□ 2.22
TPM4P67936 FTCD-201ENST00000291670 1905 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.89■■■□□ 2.22
TPM4P67936 TMEM64-201ENST00000418210 4663 ntTSL 2 BASIC28.88■■■□□ 2.21
TPM4P67936 FAM78B-202ENST00000354422 1475 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.88■■■□□ 2.21
TPM4P67936 AL133380.1-201ENST00000506013 324 ntBASIC28.87■■■□□ 2.21
TPM4P67936 KLF16-203ENST00000592313 508 ntTSL 3 BASIC28.87■■■□□ 2.21
TPM4P67936 CHST14-202ENST00000559991 1968 ntTSL 5 BASIC28.87■■■□□ 2.21
TPM4P67936 SLC16A3-214ENST00000582743 2002 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.87■■■□□ 2.21
TPM4P67936 SDCCAG3-201ENST00000298537 2314 ntTSL 1 (best) BASIC28.87■■■□□ 2.21
TPM4P67936 ZNF276-202ENST00000443381 2267 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.86■■■□□ 2.21
TPM4P67936 AL355297.4-201ENST00000603191 1249 ntTSL 3 BASIC28.85■■■□□ 2.21
TPM4P67936 WTAP-206ENST00000621533 2109 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.85■■■□□ 2.21
TPM4P67936 TMEM55B-201ENST00000250489 1961 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.84■■■□□ 2.21
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 9.1 ms