Protein–RNA interactions for Protein: Q9UGP4

LIMD1, LIM domain-containing protein 1, humanhuman

Predictions only

Length 676 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIMD1Q9UGP4 AC012615.2-201ENST00000586259 447 ntTSL 4 BASIC28.09■■■□□ 2.09
LIMD1Q9UGP4 UBE2A-207ENST00000628549 934 ntTSL 2 BASIC28.09■■■□□ 2.09
LIMD1Q9UGP4 CGREF1-202ENST00000312734 1610 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC28.09■■■□□ 2.09
LIMD1Q9UGP4 ECI1-207ENST00000570258 1512 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.08■■■□□ 2.09
LIMD1Q9UGP4 BRD4-212ENST00000630599 726 ntTSL 2 BASIC28.07■■■□□ 2.08
LIMD1Q9UGP4 KIAA2013-203ENST00000616327 2170 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.07■■■□□ 2.08
LIMD1Q9UGP4 HDAC3-201ENST00000305264 1959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.06■■■□□ 2.08
LIMD1Q9UGP4 IFNGR2-201ENST00000290219 2221 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.06■■■□□ 2.08
LIMD1Q9UGP4 DUX4L11-201ENST00000611504 1267 ntBASIC28.06■■■□□ 2.08
LIMD1Q9UGP4 DUX4L12-201ENST00000614593 1267 ntBASIC28.06■■■□□ 2.08
LIMD1Q9UGP4 DUX4L14-201ENST00000621227 1267 ntBASIC28.06■■■□□ 2.08
LIMD1Q9UGP4 MRPL9-201ENST00000368829 882 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.05■■■□□ 2.08
LIMD1Q9UGP4 AL589765.4-201ENST00000512280 382 ntTSL 3 BASIC28.05■■■□□ 2.08
LIMD1Q9UGP4 TNK2-201ENST00000333602 5270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.04■■■□□ 2.08
LIMD1Q9UGP4 P2RX2-203ENST00000350048 1344 ntTSL 1 (best) BASIC28.03■■■□□ 2.08
LIMD1Q9UGP4 HSD17B1-201ENST00000225929 1265 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.03■■■□□ 2.08
LIMD1Q9UGP4 DOCK5-202ENST00000410074 786 ntTSL 2 BASIC28.03■■■□□ 2.08
LIMD1Q9UGP4 TRIM52-AS1-203ENST00000509252 529 ntTSL 3 BASIC28.03■■■□□ 2.08
LIMD1Q9UGP4 CR559946.2-201ENST00000623684 991 ntBASIC28.03■■■□□ 2.08
LIMD1Q9UGP4 MISP3-202ENST00000587086 1535 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.02■■■□□ 2.08
LIMD1Q9UGP4 AGPS-202ENST00000409888 815 ntTSL 4 BASIC28.02■■■□□ 2.08
LIMD1Q9UGP4 CLDND1-226ENST00000513287 999 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.02■■■□□ 2.08
LIMD1Q9UGP4 UBE2S-203ENST00000589978 496 ntTSL 5 BASIC28.01■■■□□ 2.07
LIMD1Q9UGP4 LINC01971-201ENST00000617888 1048 ntBASIC28.01■■■□□ 2.07
LIMD1Q9UGP4 DEXI-201ENST00000331808 1561 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28■■■□□ 2.07
LIMD1Q9UGP4 CGREF1-204ENST00000402550 1575 ntTSL 2 BASIC28■■■□□ 2.07
LIMD1Q9UGP4 CTDNEP1-201ENST00000318988 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28■■■□□ 2.07
LIMD1Q9UGP4 ABHD17AP3-201ENST00000503096 1137 ntBASIC27.98■■■□□ 2.07
LIMD1Q9UGP4 SULT4A1-201ENST00000330884 2468 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.98■■■□□ 2.07
LIMD1Q9UGP4 PRSS41-201ENST00000399677 1127 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.97■■■□□ 2.07
LIMD1Q9UGP4 AP000547.3-202ENST00000592107 1019 ntTSL 1 (best) BASIC27.97■■■□□ 2.07
LIMD1Q9UGP4 CTDNEP1-210ENST00000574322 1708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.96■■■□□ 2.07
LIMD1Q9UGP4 PARD6A-201ENST00000219255 1248 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.96■■■□□ 2.07
LIMD1Q9UGP4 PLEKHJ1-201ENST00000326631 1206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.95■■■□□ 2.06
LIMD1Q9UGP4 FAAP20-202ENST00000378546 729 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.95■■■□□ 2.06
LIMD1Q9UGP4 C5orf66-AS1-201ENST00000507035 843 ntTSL 2 BASIC27.95■■■□□ 2.06
LIMD1Q9UGP4 ACTR3B-202ENST00000377776 1566 ntTSL 1 (best) BASIC27.94■■■□□ 2.06
LIMD1Q9UGP4 SERINC2-201ENST00000373709 1997 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.92■■■□□ 2.06
LIMD1Q9UGP4 FAM78B-202ENST00000354422 1475 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.92■■■□□ 2.06
LIMD1Q9UGP4 SCX-201ENST00000567180 999 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.92■■■□□ 2.06
LIMD1Q9UGP4 C16orf95-205ENST00000567970 1031 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.92■■■□□ 2.06
LIMD1Q9UGP4 VEGFA-226ENST00000611736 1239 ntTSL 1 (best) BASIC27.92■■■□□ 2.06
LIMD1Q9UGP4 UBE2L6-201ENST00000287156 1354 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.91■■■□□ 2.06
LIMD1Q9UGP4 ING2-201ENST00000302327 1189 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.91■■■□□ 2.06
LIMD1Q9UGP4 PPP4R4-202ENST00000328839 876 ntTSL 1 (best) BASIC27.9■■■□□ 2.06
LIMD1Q9UGP4 BMP7-202ENST00000395864 1746 ntTSL 5 BASIC27.89■■■□□ 2.06
LIMD1Q9UGP4 GNPTAB-206ENST00000549940 1678 ntTSL 1 (best) BASIC27.89■■■□□ 2.06
LIMD1Q9UGP4 U2AF1L5-201ENST00000610664 897 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC27.89■■■□□ 2.06
LIMD1Q9UGP4 TWIST1-201ENST00000242261 1666 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.88■■■□□ 2.05
LIMD1Q9UGP4 GADD45G-201ENST00000252506 1065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.88■■■□□ 2.05
LIMD1Q9UGP4 CIB1-201ENST00000328649 1247 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.88■■■□□ 2.05
LIMD1Q9UGP4 VEGFA-208ENST00000417285 1081 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.88■■■□□ 2.05
LIMD1Q9UGP4 CIB1-202ENST00000612800 1096 ntTSL 1 (best) BASIC27.88■■■□□ 2.05
LIMD1Q9UGP4 STUB1-201ENST00000219548 1472 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.86■■■□□ 2.05
LIMD1Q9UGP4 RNF130-201ENST00000261947 1766 ntTSL 1 (best) BASIC27.86■■■□□ 2.05
LIMD1Q9UGP4 EIF5A-208ENST00000573542 1089 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.84■■■□□ 2.05
LIMD1Q9UGP4 AURKAIP1-203ENST00000338370 1072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.83■■■□□ 2.05
LIMD1Q9UGP4 U2AF1-201ENST00000291552 962 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.82■■■□□ 2.04
LIMD1Q9UGP4 PTPRF-216ENST00000617451 1129 ntTSL 5 BASIC27.82■■■□□ 2.04
LIMD1Q9UGP4 U2AF1L5-202ENST00000619610 813 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.82■■■□□ 2.04
LIMD1Q9UGP4 POLR1D-201ENST00000302979 1166 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.81■■■□□ 2.04
LIMD1Q9UGP4 AL139393.1-201ENST00000417479 573 ntTSL 5 BASIC27.81■■■□□ 2.04
LIMD1Q9UGP4 SLC35D2-203ENST00000375259 1361 ntTSL 1 (best) BASIC27.81■■■□□ 2.04
LIMD1Q9UGP4 BCL7B-202ENST00000411832 1458 ntTSL 2 BASIC27.81■■■□□ 2.04
LIMD1Q9UGP4 BRF1-221ENST00000619151 1530 ntTSL 5 BASIC27.81■■■□□ 2.04
LIMD1Q9UGP4 DTNBP1-202ENST00000344537 1403 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.8■■■□□ 2.04
LIMD1Q9UGP4 GRASP-206ENST00000552049 1688 ntTSL 1 (best) BASIC27.8■■■□□ 2.04
LIMD1Q9UGP4 EBPL-201ENST00000242827 914 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.79■■■□□ 2.04
LIMD1Q9UGP4 RANBP1-202ENST00000402752 1132 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC27.79■■■□□ 2.04
LIMD1Q9UGP4 TCAM1P-201ENST00000463377 452 ntTSL 3 BASIC27.79■■■□□ 2.04
LIMD1Q9UGP4 AP000911.3-201ENST00000526377 1130 ntTSL 3 BASIC27.79■■■□□ 2.04
LIMD1Q9UGP4 METRNL-202ENST00000570778 967 ntTSL 5 BASIC27.78■■■□□ 2.04
LIMD1Q9UGP4 CPNE1-203ENST00000397442 1695 ntTSL 5 BASIC27.78■■■□□ 2.04
LIMD1Q9UGP4 KCNK1-202ENST00000366621 2161 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.77■■■□□ 2.04
LIMD1Q9UGP4 STARD10-220ENST00000545082 1085 ntTSL 3 BASIC27.76■■■□□ 2.03
LIMD1Q9UGP4 KLC2-205ENST00000394078 1557 ntTSL 5 BASIC27.76■■■□□ 2.03
LIMD1Q9UGP4 GALK1-205ENST00000588479 1866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.74■■■□□ 2.03
LIMD1Q9UGP4 SLC9A3R2-202ENST00000432365 1564 ntTSL 1 (best) BASIC27.74■■■□□ 2.03
LIMD1Q9UGP4 QDPR-201ENST00000281243 1648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.74■■■□□ 2.03
LIMD1Q9UGP4 TMEM80-202ENST00000397512 1572 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.73■■■□□ 2.03
LIMD1Q9UGP4 DTNBP1-212ENST00000622898 1305 ntTSL 1 (best) BASIC27.73■■■□□ 2.03
LIMD1Q9UGP4 MRPL51-201ENST00000229238 1234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.73■■■□□ 2.03
LIMD1Q9UGP4 MAD2L2-207ENST00000376692 1118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.73■■■□□ 2.03
LIMD1Q9UGP4 FKBP1A-210ENST00000614856 562 ntTSL 2 BASIC27.73■■■□□ 2.03
LIMD1Q9UGP4 VPS37D-201ENST00000324941 1624 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.73■■■□□ 2.03
LIMD1Q9UGP4 AC018755.3-201ENST00000598755 664 ntTSL 2 BASIC27.72■■■□□ 2.03
LIMD1Q9UGP4 ABHD17A-201ENST00000250974 1630 ntTSL 1 (best) BASIC27.7■■■□□ 2.03
LIMD1Q9UGP4 DUX4L13-201ENST00000554103 1267 ntBASIC27.7■■■□□ 2.02
LIMD1Q9UGP4 DUX4L15-201ENST00000611059 1267 ntBASIC27.7■■■□□ 2.02
LIMD1Q9UGP4 DUX4L23-201ENST00000615195 1269 ntBASIC27.7■■■□□ 2.02
LIMD1Q9UGP4 DUX4L24-201ENST00000617576 1269 ntBASIC27.7■■■□□ 2.02
LIMD1Q9UGP4 DUX4L22-201ENST00000618238 1269 ntBASIC27.7■■■□□ 2.02
LIMD1Q9UGP4 DUX4L20-201ENST00000619712 1269 ntBASIC27.7■■■□□ 2.02
LIMD1Q9UGP4 DUX4L21-201ENST00000622058 1269 ntBASIC27.7■■■□□ 2.02
LIMD1Q9UGP4 DUX4L10-201ENST00000622460 1267 ntBASIC27.7■■■□□ 2.02
LIMD1Q9UGP4 DUX4L25-201ENST00000624915 1269 ntBASIC27.7■■■□□ 2.02
LIMD1Q9UGP4 RRAD-202ENST00000420652 1476 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.7■■■□□ 2.02
LIMD1Q9UGP4 IL1R1-201ENST00000409288 1735 ntTSL 5 BASIC27.7■■■□□ 2.02
LIMD1Q9UGP4 NME2-205ENST00000512737 826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.68■■■□□ 2.02
LIMD1Q9UGP4 SSBP4-202ENST00000348495 1721 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC27.67■■■□□ 2.02
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 154.8 ms