Protein–RNA interactions for Protein: Q9BY43

CHMP4A, Charged multivesicular body protein 4a, humanhuman

Predictions only

Length 222 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHMP4AQ9BY43 NPTXR-202ENST00000640136 1503 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC34.25■■■■□ 3.07
CHMP4AQ9BY43 AVEN-201ENST00000306730 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.24■■■■□ 3.07
CHMP4AQ9BY43 CDKN2A-201ENST00000304494 1218 ntTSL 1 (best) BASIC34.24■■■■□ 3.07
CHMP4AQ9BY43 PSMG4-202ENST00000380305 489 ntTSL 5 BASIC34.24■■■■□ 3.07
CHMP4AQ9BY43 AC008105.3-203ENST00000591365 2238 ntTSL 2 BASIC34.23■■■■□ 3.07
CHMP4AQ9BY43 CERS1-201ENST00000429504 2094 ntTSL 1 (best) BASIC34.22■■■■□ 3.07
CHMP4AQ9BY43 JMJD8-216ENST00000609261 1901 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC34.22■■■■□ 3.07
CHMP4AQ9BY43 LRRC61-202ENST00000359623 1877 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC34.2■■■■□ 3.07
CHMP4AQ9BY43 E2F4-201ENST00000379378 2096 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.2■■■■□ 3.07
CHMP4AQ9BY43 GLRX5-201ENST00000331334 1564 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.19■■■■□ 3.06
CHMP4AQ9BY43 HES7-202ENST00000541682 1674 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC34.19■■■■□ 3.06
CHMP4AQ9BY43 HOXB3-210ENST00000489475 1845 ntTSL 2 BASIC34.18■■■■□ 3.06
CHMP4AQ9BY43 COPRS-202ENST00000378634 1041 ntTSL 2 BASIC34.18■■■■□ 3.06
CHMP4AQ9BY43 TERF2-207ENST00000567296 1129 ntTSL 1 (best) BASIC34.18■■■■□ 3.06
CHMP4AQ9BY43 CIB1-201ENST00000328649 1247 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.17■■■■□ 3.06
CHMP4AQ9BY43 TUSC1-201ENST00000358022 2052 ntAPPRIS P1 BASIC34.17■■■■□ 3.06
CHMP4AQ9BY43 NPHP3-202ENST00000383282 782 ntTSL 1 (best) BASIC34.17■■■■□ 3.06
CHMP4AQ9BY43 TXNL4A-210ENST00000591711 669 ntTSL 2 BASIC34.17■■■■□ 3.06
CHMP4AQ9BY43 CIB1-202ENST00000612800 1096 ntTSL 1 (best) BASIC34.17■■■■□ 3.06
CHMP4AQ9BY43 GALK1-205ENST00000588479 1866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.16■■■■□ 3.06
CHMP4AQ9BY43 PIK3R2-208ENST00000617642 1446 ntTSL 5 BASIC34.16■■■■□ 3.06
CHMP4AQ9BY43 AP000547.3-202ENST00000592107 1019 ntTSL 1 (best) BASIC34.16■■■■□ 3.06
CHMP4AQ9BY43 AL161658.1-201ENST00000623641 1967 ntBASIC34.14■■■■□ 3.06
CHMP4AQ9BY43 MSX1-201ENST00000382723 1939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.14■■■■□ 3.06
CHMP4AQ9BY43 PANK2-207ENST00000610179 1807 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC34.14■■■■□ 3.06
CHMP4AQ9BY43 MAD2L2-205ENST00000376669 864 ntTSL 3 BASIC34.14■■■■□ 3.06
CHMP4AQ9BY43 BOD1-201ENST00000285908 1286 ntTSL 1 (best) BASIC34.13■■■■□ 3.05
CHMP4AQ9BY43 BOD1-206ENST00000480951 814 ntTSL 2 BASIC34.13■■■■□ 3.05
CHMP4AQ9BY43 AC108673.1-201ENST00000510422 1159 ntBASIC34.13■■■■□ 3.05
CHMP4AQ9BY43 GLRB-203ENST00000509282 1757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.12■■■■□ 3.05
CHMP4AQ9BY43 GTF3C4-202ENST00000483873 1417 ntTSL 3 BASIC34.12■■■■□ 3.05
CHMP4AQ9BY43 SMIM12-205ENST00000456842 918 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC34.11■■■■□ 3.05
CHMP4AQ9BY43 UBP1-201ENST00000283628 2074 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC34.11■■■■□ 3.05
CHMP4AQ9BY43 MBOAT7-203ENST00000391754 1797 ntTSL 1 (best) BASIC34.09■■■■□ 3.05
CHMP4AQ9BY43 FOXD3-201ENST00000371116 2086 ntAPPRIS P1 BASIC34.09■■■■□ 3.05
CHMP4AQ9BY43 ABHD12-201ENST00000339157 2117 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC34.07■■■■□ 3.05
CHMP4AQ9BY43 TCEA2-204ENST00000395053 1733 ntTSL 1 (best) BASIC34.07■■■■□ 3.05
CHMP4AQ9BY43 KCNK3-202ENST00000620977 1956 ntTSL 1 (best) BASIC34.07■■■■□ 3.05
CHMP4AQ9BY43 SRSF9-201ENST00000229390 1201 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.07■■■■□ 3.04
CHMP4AQ9BY43 VAX2-201ENST00000234392 1147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.07■■■■□ 3.04
CHMP4AQ9BY43 UBE2S-203ENST00000589978 496 ntTSL 5 BASIC34.07■■■■□ 3.04
CHMP4AQ9BY43 ELK4-201ENST00000289703 2118 ntTSL 1 (best) BASIC34.07■■■■□ 3.04
CHMP4AQ9BY43 GUSB-202ENST00000421103 1742 ntTSL 2 BASIC34.07■■■■□ 3.04
CHMP4AQ9BY43 UCK1-201ENST00000372208 2063 ntTSL 1 (best) BASIC34.06■■■■□ 3.04
CHMP4AQ9BY43 NRG3-203ENST00000404547 2163 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC34.06■■■■□ 3.04
CHMP4AQ9BY43 COL13A1-212ENST00000520133 1833 ntTSL 5 BASIC34.06■■■■□ 3.04
CHMP4AQ9BY43 XKR6-201ENST00000297303 1550 ntTSL 1 (best) BASIC34.06■■■■□ 3.04
CHMP4AQ9BY43 MLEC-202ENST00000412616 841 ntTSL 3 BASIC34.03■■■■□ 3.04
CHMP4AQ9BY43 ZBTB7A-202ENST00000601588 2083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.03■■■■□ 3.04
CHMP4AQ9BY43 TPRA1-201ENST00000296210 1725 ntTSL 1 (best) BASIC34.02■■■■□ 3.04
CHMP4AQ9BY43 HMX1-201ENST00000400677 1895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.02■■■■□ 3.04
CHMP4AQ9BY43 ZFAND2B-206ENST00000409336 944 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC34.02■■■■□ 3.04
CHMP4AQ9BY43 ZFAND2B-221ENST00000621130 1070 ntTSL 5 BASIC34.02■■■■□ 3.04
CHMP4AQ9BY43 NOP53-201ENST00000246802 1528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.01■■■■□ 3.04
CHMP4AQ9BY43 MFAP2-202ENST00000375535 1260 ntTSL 1 (best) BASIC34■■■■□ 3.03
CHMP4AQ9BY43 FADS3-201ENST00000278829 1779 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34■■■■□ 3.03
CHMP4AQ9BY43 GLT8D1-201ENST00000266014 1849 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34■■■■□ 3.03
CHMP4AQ9BY43 WSB2-211ENST00000544233 2503 ntTSL 2 BASIC33.99■■■■□ 3.03
CHMP4AQ9BY43 AC104109.3-201ENST00000519718 483 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC33.99■■■■□ 3.03
CHMP4AQ9BY43 BATF3-201ENST00000243440 980 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.98■■■■□ 3.03
CHMP4AQ9BY43 PI4KAP1-202ENST00000611748 1906 ntTSL 1 (best) BASIC33.96■■■■□ 3.03
CHMP4AQ9BY43 PLEKHG6-206ENST00000536531 1683 ntTSL 1 (best) BASIC33.95■■■■□ 3.03
CHMP4AQ9BY43 UBE2A-207ENST00000628549 934 ntTSL 2 BASIC33.94■■■■□ 3.02
CHMP4AQ9BY43 MAPK12-201ENST00000215659 1918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.93■■■■□ 3.02
CHMP4AQ9BY43 TAZ-215ENST00000612460 1793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.93■■■■□ 3.02
CHMP4AQ9BY43 NOG-201ENST00000332822 1892 ntAPPRIS P1 BASIC33.93■■■■□ 3.02
CHMP4AQ9BY43 HSPB11-201ENST00000194214 915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.92■■■■□ 3.02
CHMP4AQ9BY43 CIB2-204ENST00000557846 934 ntTSL 3 BASIC33.92■■■■□ 3.02
CHMP4AQ9BY43 MISP3-202ENST00000587086 1535 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC33.92■■■■□ 3.02
CHMP4AQ9BY43 ATP6V1E2-204ENST00000522587 1559 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC33.92■■■■□ 3.02
CHMP4AQ9BY43 MYLIP-202ENST00000356840 1666 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.91■■■■□ 3.02
CHMP4AQ9BY43 ADRA1D-201ENST00000379453 2728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.89■■■■□ 3.02
CHMP4AQ9BY43 PGM5-201ENST00000396392 1782 ntTSL 1 (best) BASIC33.89■■■■□ 3.02
CHMP4AQ9BY43 NOXA1-201ENST00000341349 1678 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.89■■■■□ 3.02
CHMP4AQ9BY43 VEGFA-207ENST00000413642 1197 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC33.88■■■■□ 3.01
CHMP4AQ9BY43 ECI1-207ENST00000570258 1512 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC33.88■■■■□ 3.01
CHMP4AQ9BY43 DUX4L29-201ENST00000425409 679 ntBASIC33.87■■■■□ 3.01
CHMP4AQ9BY43 MIR6090-201ENST00000622481 60 ntBASIC33.87■■■■□ 3.01
CHMP4AQ9BY43 GKAP1-203ENST00000376371 1778 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.86■■■■□ 3.01
CHMP4AQ9BY43 HDAC11-206ENST00000405025 576 ntTSL 4 BASIC33.86■■■■□ 3.01
CHMP4AQ9BY43 PABPC1L2B-AS1-201ENST00000416989 1167 ntTSL 3 BASIC33.86■■■■□ 3.01
CHMP4AQ9BY43 AL662864.1-201ENST00000454388 1167 ntTSL 3 BASIC33.86■■■■□ 3.01
CHMP4AQ9BY43 CHPT1-201ENST00000229266 1585 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC33.85■■■■□ 3.01
CHMP4AQ9BY43 AC004540.2-201ENST00000451368 611 ntTSL 2 BASIC33.85■■■■□ 3.01
CHMP4AQ9BY43 UBALD1-202ENST00000587615 799 ntTSL 2 BASIC33.85■■■■□ 3.01
CHMP4AQ9BY43 RAB26-201ENST00000210187 1675 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.84■■■■□ 3.01
CHMP4AQ9BY43 RCE1-201ENST00000309657 1485 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.84■■■■□ 3.01
CHMP4AQ9BY43 POLR1D-201ENST00000302979 1166 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC33.84■■■■□ 3.01
CHMP4AQ9BY43 DOCK5-202ENST00000410074 786 ntTSL 2 BASIC33.84■■■■□ 3.01
CHMP4AQ9BY43 ABHD17AP4-201ENST00000411545 909 ntBASIC33.84■■■■□ 3.01
CHMP4AQ9BY43 TRAM2-AS1-201ENST00000453216 664 ntTSL 3 BASIC33.84■■■■□ 3.01
CHMP4AQ9BY43 KLHL35-204ENST00000539798 1936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.84■■■■□ 3.01
CHMP4AQ9BY43 PPP3CC-204ENST00000518852 1598 ntTSL 2 BASIC33.84■■■■□ 3.01
CHMP4AQ9BY43 RP9P-201ENST00000381639 1303 ntTSL 1 (best) BASIC33.81■■■■□ 3
CHMP4AQ9BY43 MPST-206ENST00000429360 1331 ntTSL 1 (best) BASIC33.81■■■■□ 3
CHMP4AQ9BY43 KLC2-205ENST00000394078 1557 ntTSL 5 BASIC33.81■■■■□ 3
CHMP4AQ9BY43 ZNF706-207ENST00000519882 959 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC33.81■■■■□ 3
CHMP4AQ9BY43 ZNF706-213ENST00000521272 732 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC33.81■■■■□ 3
CHMP4AQ9BY43 AC004837.3-201ENST00000420748 565 ntTSL 4 BASIC33.8■■■■□ 3
CHMP4AQ9BY43 ARHGDIG-201ENST00000219409 949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.79■■■■□ 3
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 15.1 ms