Protein–RNA interactions for Protein: Q92900

UPF1, Regulator of nonsense transcripts 1, humanhuman

Known RBP eCLIP

Length 1,129 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
UPF1Q92900 SDC1-202ENST00000381150 3291 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.96□□□□□ -0.173e-15■■■■■ 66.8
UPF1Q92900 CHID1-216ENST00000529539 602 ntTSL 230.63■■■□□ 2.492e-15■■■■■ 66.8
UPF1Q92900 CHID1-220ENST00000532909 619 ntTSL 527.82■■■□□ 2.042e-15■■■■■ 66.8
UPF1Q92900 CHID1-223ENST00000534207 1171 ntTSL 523.46■■□□□ 1.352e-15■■■■■ 66.8
UPF1Q92900 CHID1-201ENST00000323578 3374 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.7■□□□□ 0.12e-15■■■■■ 66.8
UPF1Q92900 CHID1-205ENST00000454838 3255 ntTSL 5 BASIC13.39□□□□□ -0.272e-15■■■■■ 66.8
UPF1Q92900 CHID1-204ENST00000449825 3537 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC11.88□□□□□ -0.512e-15■■■■■ 66.8
UPF1Q92900 ZFAND3-201ENST00000287218 3366 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.04□□□□□ -0.322e-13■■■■■ 66.8
UPF1Q92900 ZFAND3-203ENST00000373391 3001 ntTSL 5 BASIC12.83□□□□□ -0.362e-13■■■■■ 66.8
UPF1Q92900 AQP1-203ENST00000409899 1009 ntTSL 1 (best) BASIC33.86■■■■□ 3.019e-16■■■■■ 66.5
UPF1Q92900 AQP1-202ENST00000409611 1140 ntTSL 1 (best) BASIC31.19■■■□□ 2.589e-16■■■■■ 66.5
UPF1Q92900 AC004691.2-201ENST00000509504 1531 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.26■■■□□ 2.279e-16■■■■■ 66.5
UPF1Q92900 CD276-203ENST00000537340 2439 ntTSL 2 BASIC18.43■□□□□ 0.548e-7■■■■■ 66.5
UPF1Q92900 P4HB-223ENST00000576390 439 ntTSL 4 BASIC28.13■■■□□ 2.099e-51■■■■■ 66.5
UPF1Q92900 P4HB-208ENST00000473021 914 ntTSL 1 (best)20.38■□□□□ 0.859e-51■■■■■ 66.5
UPF1Q92900 CLCN7-209ENST00000565092 2740 ntTSL 216.64■□□□□ 0.257e-8■■■■■ 66.3
UPF1Q92900 CLCN7-202ENST00000382745 4720 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.157e-8■■■■■ 66.3
UPF1Q92900 CLCN7-201ENST00000262318 3717 ntTSL 5 BASIC15.26■□□□□ 0.037e-8■■■■■ 66.3
UPF1Q92900 CLCN7-203ENST00000448525 4151 ntTSL 2 BASIC14.86□□□□□ -0.037e-8■■■■■ 66.3
UPF1Q92900 CLCN7-205ENST00000563642 4184 ntTSL 214.08□□□□□ -0.167e-8■■■■■ 66.3
UPF1Q92900 MELTF-201ENST00000296350 3963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.191e-7■■■■■ 66.2
UPF1Q92900 CSNK1D-204ENST00000398519 1580 ntTSL 5 BASIC23.01■■□□□ 1.272e-7■■■■■ 66
UPF1Q92900 CSNK1D-217ENST00000581241 6094 ntTSL 214.19□□□□□ -0.142e-7■■■■■ 66
UPF1Q92900 CSNK1D-202ENST00000314028 3712 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC13.88□□□□□ -0.192e-7■■■■■ 66
UPF1Q92900 TMBIM6-217ENST00000549385 2771 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC16.77■□□□□ 0.276e-38■■■■■ 66
UPF1Q92900 TMBIM6-203ENST00000423828 3254 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.72■□□□□ 0.111e-33■■■■■ 66
UPF1Q92900 TMBIM6-227ENST00000552699 2964 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.63□□□□□ -0.236e-38■■■■■ 66
UPF1Q92900 TMBIM6-201ENST00000267115 2836 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC10.98□□□□□ -0.651e-33■■■■■ 66
UPF1Q92900 TMBIM6-209ENST00000547798 2494 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC8.77□□□□□ -1.016e-38■■■■■ 66
UPF1Q92900 TMBIM6-202ENST00000395006 2598 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC8.2□□□□□ -1.16e-38■■■■■ 66
UPF1Q92900 SEMA4C-205ENST00000474420 2625 ntTSL 218.03■□□□□ 0.482e-7■■■■■ 66
UPF1Q92900 SEMA4C-201ENST00000305476 3545 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.12■□□□□ 0.332e-7■■■■■ 66
UPF1Q92900 SEMA4C-204ENST00000467747 3371 ntTSL 214.6□□□□□ -0.072e-7■■■■■ 66
UPF1Q92900 SEMA4C-206ENST00000482925 3776 ntTSL 213.11□□□□□ -0.312e-7■■■■■ 66
UPF1Q92900 CMIP-201ENST00000398040 2825 ntTSL 1 (best) BASIC17.92■□□□□ 0.466e-28■■■■■ 65.9
UPF1Q92900 ACTN4-208ENST00000497637 877 ntTSL 229.37■■■□□ 2.295e-27■■■■■ 65.8
UPF1Q92900 SLC39A1-209ENST00000537590 2022 ntTSL 2 BASIC22.57■■□□□ 1.21e-8■■■■■ 65.8
UPF1Q92900 SLC39A1-202ENST00000356205 2084 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.88■□□□□ 0.771e-8■■■■■ 65.8
UPF1Q92900 SLC39A1-210ENST00000617697 2214 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.06■□□□□ 0.481e-8■■■■■ 65.8
UPF1Q92900 SLC39A1-203ENST00000368621 2398 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.84■□□□□ 0.451e-8■■■■■ 65.8
UPF1Q92900 SLC39A1-211ENST00000621013 2322 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.45■□□□□ 0.381e-8■■■■■ 65.8
UPF1Q92900 SLC39A1-204ENST00000368623 2723 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.031e-8■■■■■ 65.8
UPF1Q92900 SLC39A1-201ENST00000310483 2427 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.021e-8■■■■■ 65.8
UPF1Q92900 MIR3614-201ENST00000581261 86 ntBASIC9.82□□□□□ -0.843e-12■■■■■ 65.8
UPF1Q92900 SSR2-211ENST00000484320 1148 ntTSL 517.87■□□□□ 0.451e-13■■■■■ 65.7
UPF1Q92900 SSR2-209ENST00000480176 1040 ntTSL 217.84■□□□□ 0.451e-13■■■■■ 65.7
UPF1Q92900 SSR2-218ENST00000532074 1008 ntTSL 513.97□□□□□ -0.171e-13■■■■■ 65.7
UPF1Q92900 SSR2-201ENST00000295702 1116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.71□□□□□ -0.371e-13■■■■■ 65.7
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UPF1Q92900 SSR2-212ENST00000488179 1712 ntTSL 511.91□□□□□ -0.51e-13■■■■■ 65.7
UPF1Q92900 SSR2-205ENST00000472467 1833 ntTSL 211.62□□□□□ -0.551e-13■■■■■ 65.7
UPF1Q92900 SSR2-213ENST00000496742 825 ntTSL 3 BASIC11.43□□□□□ -0.581e-13■■■■■ 65.7
UPF1Q92900 MPDU1-210ENST00000572836 1523 ntTSL 224.26■■□□□ 1.472e-9■■■■■ 65.6
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UPF1Q92900 MPDU1-227ENST00000585217 438 ntTSL 317.6■□□□□ 0.412e-9■■■■■ 65.6
UPF1Q92900 MPDU1-204ENST00000423172 888 ntTSL 2 BASIC14.79□□□□□ -0.042e-9■■■■■ 65.6
UPF1Q92900 MPDU1-224ENST00000584378 475 ntTSL 47.14□□□□□ -1.272e-9■■■■■ 65.6
UPF1Q92900 PLA2G15-202ENST00000413021 1346 ntTSL 2 BASIC29.34■■■□□ 2.294e-9■■■■■ 65.4
UPF1Q92900 PLA2G15-203ENST00000444212 943 ntTSL 2 BASIC19.08■□□□□ 0.644e-9■■■■■ 65.4
UPF1Q92900 PEA15-203ENST00000368077 1021 ntTSL 2 BASIC21.97■■□□□ 1.117e-15■■■■■ 65.3
UPF1Q92900 WWP2-217ENST00000569297 2462 ntTSL 214.87□□□□□ -0.034e-12■■■■■ 65.3
UPF1Q92900 CDIPT-204ENST00000563415 1047 ntTSL 3 BASIC25.77■■□□□ 1.724e-7■■■■■ 65.2
UPF1Q92900 VAV2-203ENST00000406606 4691 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.56■□□□□ 0.49e-12■■■■■ 65.1
UPF1Q92900 VAV2-202ENST00000371851 5101 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.7■□□□□ 0.269e-12■■■■■ 65.1
UPF1Q92900 VAV2-201ENST00000371850 4837 ntTSL 1 (best) BASIC15.69■□□□□ 0.19e-12■■■■■ 65.1
UPF1Q92900 STMN3-201ENST00000370053 2255 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.093e-8■■■■■ 65.1
UPF1Q92900 STMN3-202ENST00000540534 2351 ntTSL 2 BASIC21.47■■□□□ 1.033e-8■■■■■ 65.1
UPF1Q92900 ABHD2-207ENST00000565973 2347 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.68■□□□□ 0.742e-18■■■■■ 65
UPF1Q92900 ATP6V0E2-210ENST00000495408 569 ntTSL 413.17□□□□□ -0.35e-7■■■■■ 64.7
UPF1Q92900 ATP6V0E2-209ENST00000490092 501 ntTSL 411.17□□□□□ -0.625e-7■■■■■ 64.7
UPF1Q92900 AC140504.1-201ENST00000568766 498 ntAPPRIS P1 TSL 232.93■■■□□ 2.867e-8■■■■■ 64.7
UPF1Q92900 AC140504.1-202ENST00000568222 652 ntTSL 5 BASIC28.26■■■□□ 2.117e-8■■■■■ 64.7
UPF1Q92900 AC140504.1-203ENST00000567442 476 ntTSL 226.02■■□□□ 1.767e-8■■■■■ 64.7
UPF1Q92900 MPV17L-201ENST00000287594 5820 ntTSL 1 (best) BASIC17.02■□□□□ 0.327e-8■■■■■ 64.7
UPF1Q92900 MED15-203ENST00000382974 2235 ntTSL 1 (best) BASIC14.53□□□□□ -0.084e-13■■■■■ 64.7
UPF1Q92900 REEP6-202ENST00000395479 739 ntAPPRIS ALT2 TSL 323.28■■□□□ 1.325e-13■■■■■ 64.6
UPF1Q92900 MTFP1-204ENST00000412752 759 ntTSL 329.88■■■□□ 2.374e-18■■■■■ 64.6
UPF1Q92900 RAB3IL1-203ENST00000526200 636 ntTSL 318.03■□□□□ 0.481e-15■■■■■ 64.5
UPF1Q92900 NAT9-211ENST00000580632 799 ntTSL 3 BASIC20.27■□□□□ 0.841e-19■■■■■ 64.3
UPF1Q92900 BSG-215ENST00000618006 1329 ntTSL 2 BASIC23.5■■□□□ 1.359e-40■■■■■ 64.3
UPF1Q92900 BSG-214ENST00000614867 960 ntTSL 3 BASIC23.09■■□□□ 1.299e-40■■■■■ 64.3
UPF1Q92900 BSG-216ENST00000618112 769 ntTSL 222.61■■□□□ 1.219e-40■■■■■ 64.3
UPF1Q92900 BSG-203ENST00000353555 1616 ntTSL 1 (best) BASIC20.74■□□□□ 0.919e-40■■■■■ 64.3
UPF1Q92900 BSG-202ENST00000346916 1605 ntTSL 1 (best) BASIC20.74■□□□□ 0.919e-40■■■■■ 64.3
UPF1Q92900 BSG-204ENST00000545507 1795 ntTSL 1 (best) BASIC20.33■□□□□ 0.849e-40■■■■■ 64.3
UPF1Q92900 BSG-201ENST00000333511 1974 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.95■□□□□ 0.789e-40■■■■■ 64.3
UPF1Q92900 BSG-205ENST00000571735 2155 ntTSL 218.42■□□□□ 0.549e-40■■■■■ 64.3
UPF1Q92900 MRPS26-201ENST00000380325 1127 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.91■■■□□ 2.066e-12■■■■■ 64.3
UPF1Q92900 PRKACA-204ENST00000587372 824 ntTSL 318.95■□□□□ 0.622e-45■■■■■ 64
UPF1Q92900 HYOU1-212ENST00000532519 2162 ntTSL 5 BASIC19.9■□□□□ 0.784e-11■■■■■ 63.9
UPF1Q92900 PRKCSH-213ENST00000591510 591 ntTSL 321.78■■□□□ 1.086e-15■■■■■ 63.6
UPF1Q92900 SLC19A1-209ENST00000485649 1896 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.06■■□□□ 1.62e-19■■■■■ 63.4
UPF1Q92900 KHSRP-212ENST00000600480 851 ntTSL 222.41■■□□□ 1.184e-29■■■■■ 63.3
UPF1Q92900 ADD2-210ENST00000456320 997 ntTSL 520.24■□□□□ 0.831e-8■■■■■ 63.1
UPF1Q92900 ADD2-202ENST00000355733 2654 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.171e-8■■■■■ 63.1
UPF1Q92900 ADD2-214ENST00000522886 874 ntTSL 513.86□□□□□ -0.191e-8■■■■■ 63.1
UPF1Q92900 ADD2-205ENST00000413157 3776 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC11.16□□□□□ -0.621e-8■■■■■ 63.1
UPF1Q92900 SLC35A2-209ENST00000452555 1563 ntTSL 2 BASIC30.37■■■□□ 2.456e-7■■■■■ 63
UPF1Q92900 RCC1-202ENST00000373832 2424 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.322e-11■■■■■ 62.9
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