Protein–RNA interactions for Protein: A6NC98

CCDC88B, Coiled-coil domain-containing protein 88B, humanhuman

Predictions only

Length 1,476 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC88BA6NC98 BRF1-221ENST00000619151 1530 ntTSL 5 BASIC47.52■■■■■ 5.2
CCDC88BA6NC98 SSBP4-202ENST00000348495 1721 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC47.52■■■■■ 5.2
CCDC88BA6NC98 MIR639-201ENST00000384974 98 ntBASIC47.51■■■■■ 5.2
CCDC88BA6NC98 STUB1-201ENST00000219548 1472 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC47.51■■■■■ 5.2
CCDC88BA6NC98 POLR1D-201ENST00000302979 1166 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC47.5■■■■■ 5.19
CCDC88BA6NC98 DOCK5-202ENST00000410074 786 ntTSL 2 BASIC47.48■■■■■ 5.19
CCDC88BA6NC98 CIB2-204ENST00000557846 934 ntTSL 3 BASIC47.47■■■■■ 5.19
CCDC88BA6NC98 UBE2S-203ENST00000589978 496 ntTSL 5 BASIC47.47■■■■■ 5.19
CCDC88BA6NC98 AL118558.1-203ENST00000553701 447 ntTSL 3 BASIC47.46■■■■■ 5.19
CCDC88BA6NC98 AC108673.1-201ENST00000510422 1159 ntBASIC47.46■■■■■ 5.19
CCDC88BA6NC98 ABHD17A-201ENST00000250974 1630 ntTSL 1 (best) BASIC47.45■■■■■ 5.19
CCDC88BA6NC98 AL139393.1-201ENST00000417479 573 ntTSL 5 BASIC47.45■■■■■ 5.19
CCDC88BA6NC98 SDCCAG3-204ENST00000371725 2129 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC47.44■■■■■ 5.18
CCDC88BA6NC98 ECI1-207ENST00000570258 1512 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC47.42■■■■■ 5.18
CCDC88BA6NC98 RNF166-209ENST00000567844 633 ntTSL 5 BASIC47.41■■■■■ 5.18
CCDC88BA6NC98 AC012615.2-201ENST00000586259 447 ntTSL 4 BASIC47.41■■■■■ 5.18
CCDC88BA6NC98 MRPL9-201ENST00000368829 882 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC47.4■■■■■ 5.18
CCDC88BA6NC98 AL589765.4-201ENST00000512280 382 ntTSL 3 BASIC47.4■■■■■ 5.18
CCDC88BA6NC98 GRPEL2-204ENST00000513661 546 ntTSL 2 BASIC47.4■■■■■ 5.18
CCDC88BA6NC98 UBE2A-207ENST00000628549 934 ntTSL 2 BASIC47.4■■■■■ 5.18
CCDC88BA6NC98 MISP3-202ENST00000587086 1535 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC47.39■■■■■ 5.18
CCDC88BA6NC98 MIR3648-2-201ENST00000581792 180 ntBASIC47.39■■■■■ 5.18
CCDC88BA6NC98 MIR3648-1-201ENST00000615959 180 ntBASIC47.39■■■■■ 5.18
CCDC88BA6NC98 SLC9A3R2-202ENST00000432365 1564 ntTSL 1 (best) BASIC47.38■■■■■ 5.18
CCDC88BA6NC98 RP9-201ENST00000297157 1121 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC47.37■■■■■ 5.17
CCDC88BA6NC98 PRKAR1B-201ENST00000360274 2007 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC47.37■■■■■ 5.17
CCDC88BA6NC98 CR559946.2-201ENST00000623684 991 ntBASIC47.36■■■■■ 5.17
CCDC88BA6NC98 MXD3-203ENST00000439742 1483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC47.36■■■■■ 5.17
CCDC88BA6NC98 SDCCAG3-202ENST00000357365 2304 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC47.35■■■■■ 5.17
CCDC88BA6NC98 AC016575.1-201ENST00000607026 382 ntBASIC47.34■■■■■ 5.17
CCDC88BA6NC98 GDI1-215ENST00000630693 786 ntTSL 4 BASIC47.34■■■■■ 5.17
CCDC88BA6NC98 RNF215-203ENST00000382363 1992 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC47.33■■■■■ 5.17
CCDC88BA6NC98 PLEKHJ1-201ENST00000326631 1206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC47.3■■■■■ 5.16
CCDC88BA6NC98 CIB1-201ENST00000328649 1247 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC47.29■■■■■ 5.16
CCDC88BA6NC98 CIB1-202ENST00000612800 1096 ntTSL 1 (best) BASIC47.29■■■■■ 5.16
CCDC88BA6NC98 KRT18-201ENST00000388835 1562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC47.29■■■■■ 5.16
CCDC88BA6NC98 GALK1-205ENST00000588479 1866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC47.29■■■■■ 5.16
CCDC88BA6NC98 HOXB3-207ENST00000472863 1909 ntTSL 2 BASIC47.29■■■■■ 5.16
CCDC88BA6NC98 SCARA3-202ENST00000337221 1910 ntTSL 1 (best) BASIC47.28■■■■■ 5.16
CCDC88BA6NC98 SCX-201ENST00000567180 999 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC47.27■■■■■ 5.16
CCDC88BA6NC98 SLC2A4RG-201ENST00000266077 1731 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC47.27■■■■■ 5.16
CCDC88BA6NC98 DTNBP1-202ENST00000344537 1403 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC47.26■■■■■ 5.16
CCDC88BA6NC98 LINC01971-201ENST00000617888 1048 ntBASIC47.25■■■■■ 5.15
CCDC88BA6NC98 CCZ1-201ENST00000325974 1802 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC47.24■■■■■ 5.15
CCDC88BA6NC98 DUX4L11-201ENST00000611504 1267 ntBASIC47.24■■■■■ 5.15
CCDC88BA6NC98 DUX4L12-201ENST00000614593 1267 ntBASIC47.24■■■■■ 5.15
CCDC88BA6NC98 DUX4L14-201ENST00000621227 1267 ntBASIC47.24■■■■■ 5.15
CCDC88BA6NC98 CENPV-201ENST00000299736 1165 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC47.22■■■■■ 5.15
CCDC88BA6NC98 CLEC3B-202ENST00000428034 752 ntTSL 2 BASIC47.22■■■■■ 5.15
CCDC88BA6NC98 KCNQ5-204ENST00000370392 1469 ntTSL 1 (best) BASIC47.21■■■■■ 5.15
CCDC88BA6NC98 KLC2-205ENST00000394078 1557 ntTSL 5 BASIC47.2■■■■■ 5.15
CCDC88BA6NC98 HSD17B1-201ENST00000225929 1265 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC47.2■■■■■ 5.15
CCDC88BA6NC98 ADRA2C-202ENST00000509482 1600 ntTSL 3 BASIC47.19■■■■■ 5.15
CCDC88BA6NC98 VEGFA-226ENST00000611736 1239 ntTSL 1 (best) BASIC47.19■■■■■ 5.14
CCDC88BA6NC98 RASGEF1C-207ENST00000615330 2268 ntTSL 5 BASIC47.15■■■■■ 5.14
CCDC88BA6NC98 PRSS41-201ENST00000399677 1127 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC47.13■■■■■ 5.13
CCDC88BA6NC98 TRIM52-AS1-203ENST00000509252 529 ntTSL 3 BASIC47.11■■■■■ 5.13
CCDC88BA6NC98 C16orf95-205ENST00000567970 1031 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC47.1■■■■■ 5.13
CCDC88BA6NC98 ATP6V1E2-204ENST00000522587 1559 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC47.1■■■■■ 5.13
CCDC88BA6NC98 TUBB6-201ENST00000317702 2064 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC47.09■■■■■ 5.13
CCDC88BA6NC98 AGPS-202ENST00000409888 815 ntTSL 4 BASIC47.08■■■■■ 5.13
CCDC88BA6NC98 HSD17B1P1-201ENST00000590052 955 ntBASIC47.08■■■■■ 5.13
CCDC88BA6NC98 GADD45G-201ENST00000252506 1065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC47.07■■■■■ 5.13
CCDC88BA6NC98 SLC35D2-203ENST00000375259 1361 ntTSL 1 (best) BASIC47.07■■■■■ 5.13
CCDC88BA6NC98 ANGPTL6-204ENST00000592641 1781 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC47.05■■■■■ 5.12
CCDC88BA6NC98 AGPAT2-202ENST00000371696 1512 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC47.05■■■■■ 5.12
CCDC88BA6NC98 SNTG2-201ENST00000308624 1888 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC47.05■■■■■ 5.12
CCDC88BA6NC98 STK25-202ENST00000401869 2251 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC47.04■■■■■ 5.12
CCDC88BA6NC98 MAD2L2-207ENST00000376692 1118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC47.04■■■■■ 5.12
CCDC88BA6NC98 CALM3-209ENST00000597743 577 ntTSL 4 BASIC47.03■■■■■ 5.12
CCDC88BA6NC98 BTBD19-203ENST00000450269 1572 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC47.03■■■■■ 5.12
CCDC88BA6NC98 NOXA1-201ENST00000341349 1678 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC47.03■■■■■ 5.12
CCDC88BA6NC98 SAMD1-202ENST00000533683 2164 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC47.01■■■■■ 5.12
CCDC88BA6NC98 ING2-201ENST00000302327 1189 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC47.01■■■■■ 5.12
CCDC88BA6NC98 TCAM1P-201ENST00000463377 452 ntTSL 3 BASIC47.01■■■■■ 5.12
CCDC88BA6NC98 CLDND1-226ENST00000513287 999 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC47.01■■■■■ 5.12
CCDC88BA6NC98 U2AF1-201ENST00000291552 962 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC46.99■■■■■ 5.11
CCDC88BA6NC98 U2AF1L5-202ENST00000619610 813 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC46.99■■■■■ 5.11
CCDC88BA6NC98 R3HDM4-208ENST00000626716 138 ntTSL 5 BASIC46.99■■■■■ 5.11
CCDC88BA6NC98 P2RX2-203ENST00000350048 1344 ntTSL 1 (best) BASIC46.99■■■■■ 5.11
CCDC88BA6NC98 PCYT2-206ENST00000571105 1628 ntTSL 5 BASIC46.98■■■■■ 5.11
CCDC88BA6NC98 C5orf66-AS1-201ENST00000507035 843 ntTSL 2 BASIC46.98■■■■■ 5.11
CCDC88BA6NC98 FOXD1-202ENST00000615637 2272 ntAPPRIS P1 BASIC46.97■■■■■ 5.11
CCDC88BA6NC98 CHPT1-201ENST00000229266 1585 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC46.94■■■■■ 5.1
CCDC88BA6NC98 AURKAIP1-203ENST00000338370 1072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC46.94■■■■■ 5.1
CCDC88BA6NC98 H2AFV-204ENST00000350771 687 ntTSL 2 BASIC46.94■■■■■ 5.1
CCDC88BA6NC98 RDX-206ENST00000528900 1814 ntTSL 1 (best) BASIC46.94■■■■■ 5.1
CCDC88BA6NC98 AC120057.4-201ENST00000624722 1615 ntBASIC46.93■■■■■ 5.1
CCDC88BA6NC98 U2AF1L5-201ENST00000610664 897 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC46.93■■■■■ 5.1
CCDC88BA6NC98 AC004837.3-201ENST00000420748 565 ntTSL 4 BASIC46.92■■■■■ 5.1
CCDC88BA6NC98 AC105285.1-201ENST00000500914 2036 ntTSL 1 (best) BASIC46.91■■■■■ 5.1
CCDC88BA6NC98 RHOC-202ENST00000339083 1418 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC46.91■■■■■ 5.1
CCDC88BA6NC98 HNRNPAB-206ENST00000506339 1747 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC46.87■■■■■ 5.09
CCDC88BA6NC98 CHST12-204ENST00000618655 2131 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC46.87■■■■■ 5.09
CCDC88BA6NC98 DTNBP1-212ENST00000622898 1305 ntTSL 1 (best) BASIC46.86■■■■■ 5.09
CCDC88BA6NC98 FAAP20-202ENST00000378546 729 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC46.86■■■■■ 5.09
CCDC88BA6NC98 FKBP1A-210ENST00000614856 562 ntTSL 2 BASIC46.82■■■■■ 5.09
CCDC88BA6NC98 CCM2-201ENST00000258781 1894 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC46.82■■■■■ 5.09
CCDC88BA6NC98 BRD4-212ENST00000630599 726 ntTSL 2 BASIC46.82■■■■■ 5.09
CCDC88BA6NC98 PIK3R2-208ENST00000617642 1446 ntTSL 5 BASIC46.81■■■■■ 5.08
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 14.9 ms