Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y3Q4

HCN4, Potassium/sodium hyperpolarization-activated cyclic nucleotide-gated channel 4, humanhuman

Predictions only

Length 1,203 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HCN4Q9Y3Q4 VEGFA-207ENST00000413642 1197 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.48■■■□□ 2.15
HCN4Q9Y3Q4 TPGS1-201ENST00000359315 1114 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.47■■■□□ 2.15
HCN4Q9Y3Q4 COMMD3-201ENST00000376836 1342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.46■■■□□ 2.15
HCN4Q9Y3Q4 FAAP20-204ENST00000400919 1413 ntTSL 3 BASIC28.44■■■□□ 2.14
HCN4Q9Y3Q4 MIR3648-2-201ENST00000581792 180 ntBASIC28.44■■■□□ 2.14
HCN4Q9Y3Q4 MIR3648-1-201ENST00000615959 180 ntBASIC28.44■■■□□ 2.14
HCN4Q9Y3Q4 RNF166-209ENST00000567844 633 ntTSL 5 BASIC28.42■■■□□ 2.14
HCN4Q9Y3Q4 EIF5A-208ENST00000573542 1089 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.42■■■□□ 2.14
HCN4Q9Y3Q4 GDI1-215ENST00000630693 786 ntTSL 4 BASIC28.42■■■□□ 2.14
HCN4Q9Y3Q4 GSC-201ENST00000238558 1264 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.4■■■□□ 2.14
HCN4Q9Y3Q4 HOXD-AS2-202ENST00000440016 999 ntTSL 5 BASIC28.39■■■□□ 2.14
HCN4Q9Y3Q4 NEURL1B-203ENST00000522853 1263 ntTSL 1 (best) BASIC28.39■■■□□ 2.14
HCN4Q9Y3Q4 AC234582.1-201ENST00000447623 923 ntTSL 5 BASIC28.38■■■□□ 2.13
HCN4Q9Y3Q4 NAA50-207ENST00000493900 962 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC28.37■■■□□ 2.13
HCN4Q9Y3Q4 LTB4R2-204ENST00000533293 1515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.36■■■□□ 2.13
HCN4Q9Y3Q4 RHOC-208ENST00000369642 1355 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.34■■■□□ 2.13
HCN4Q9Y3Q4 TCEA2-202ENST00000343484 1235 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.33■■■□□ 2.13
HCN4Q9Y3Q4 HDAC11-206ENST00000405025 576 ntTSL 4 BASIC28.33■■■□□ 2.13
HCN4Q9Y3Q4 PARD6A-201ENST00000219255 1248 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.32■■■□□ 2.12
HCN4Q9Y3Q4 TRIM52-AS1-203ENST00000509252 529 ntTSL 3 BASIC28.32■■■□□ 2.12
HCN4Q9Y3Q4 GADD45A-205ENST00000617962 1142 ntTSL 1 (best) BASIC28.31■■■□□ 2.12
HCN4Q9Y3Q4 MISP3-201ENST00000269720 1424 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.31■■■□□ 2.12
HCN4Q9Y3Q4 KMT2E-AS1-201ENST00000453677 736 ntTSL 3 BASIC28.3■■■□□ 2.12
HCN4Q9Y3Q4 CLEC3B-202ENST00000428034 752 ntTSL 2 BASIC28.29■■■□□ 2.12
HCN4Q9Y3Q4 NME2-205ENST00000512737 826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.29■■■□□ 2.12
HCN4Q9Y3Q4 DDN-AS1-203ENST00000552284 934 ntTSL 3 BASIC28.29■■■□□ 2.12
HCN4Q9Y3Q4 DCUN1D5-201ENST00000260247 1337 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.27■■■□□ 2.12
HCN4Q9Y3Q4 ING2-201ENST00000302327 1189 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.27■■■□□ 2.12
HCN4Q9Y3Q4 HSD17B1-201ENST00000225929 1265 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.26■■■□□ 2.11
HCN4Q9Y3Q4 FAAP20-202ENST00000378546 729 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.26■■■□□ 2.11
HCN4Q9Y3Q4 AGPS-202ENST00000409888 815 ntTSL 4 BASIC28.26■■■□□ 2.11
HCN4Q9Y3Q4 UBALD1-203ENST00000587649 707 ntTSL 3 BASIC28.26■■■□□ 2.11
HCN4Q9Y3Q4 ABHD17AP5-201ENST00000580133 923 ntBASIC28.25■■■□□ 2.11
HCN4Q9Y3Q4 PPP1R14B-201ENST00000309318 982 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.24■■■□□ 2.11
HCN4Q9Y3Q4 KCTD5-202ENST00000564195 774 ntTSL 5 BASIC28.24■■■□□ 2.11
HCN4Q9Y3Q4 AC116407.1-201ENST00000398832 1599 ntTSL 2 BASIC28.24■■■□□ 2.11
HCN4Q9Y3Q4 ARRDC1-201ENST00000371421 1586 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.23■■■□□ 2.11
HCN4Q9Y3Q4 BCL7B-202ENST00000411832 1458 ntTSL 2 BASIC28.22■■■□□ 2.11
HCN4Q9Y3Q4 VAX2-201ENST00000234392 1147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.22■■■□□ 2.11
HCN4Q9Y3Q4 VEGFA-208ENST00000417285 1081 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.2■■■□□ 2.1
HCN4Q9Y3Q4 AC021231.2-201ENST00000594613 730 ntBASIC28.19■■■□□ 2.1
HCN4Q9Y3Q4 RPS2-209ENST00000529806 993 ntTSL 3 BASIC28.18■■■□□ 2.1
HCN4Q9Y3Q4 C16orf95-206ENST00000618367 974 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.17■■■□□ 2.1
HCN4Q9Y3Q4 RP9P-201ENST00000381639 1303 ntTSL 1 (best) BASIC28.17■■■□□ 2.1
HCN4Q9Y3Q4 ANKS1B-202ENST00000333732 1675 ntTSL 2 BASIC28.16■■■□□ 2.1
HCN4Q9Y3Q4 AC007383.2-202ENST00000435627 482 ntTSL 2 BASIC28.16■■■□□ 2.1
HCN4Q9Y3Q4 DENR-202ENST00000455982 1052 ntTSL 5 BASIC28.16■■■□□ 2.1
HCN4Q9Y3Q4 ELOC-207ENST00000522337 816 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.16■■■□□ 2.1
HCN4Q9Y3Q4 P2RX2-203ENST00000350048 1344 ntTSL 1 (best) BASIC28.16■■■□□ 2.1
HCN4Q9Y3Q4 CCDC149-203ENST00000502801 1079 ntTSL 1 (best) BASIC28.15■■■□□ 2.1
HCN4Q9Y3Q4 GRK2-204ENST00000526285 1458 ntTSL 5 BASIC28.15■■■□□ 2.1
HCN4Q9Y3Q4 AC145285.7-201ENST00000614819 1539 ntBASIC28.14■■■□□ 2.1
HCN4Q9Y3Q4 RARRES2P2-201ENST00000394842 485 ntBASIC28.14■■■□□ 2.1
HCN4Q9Y3Q4 CR559946.2-201ENST00000623684 991 ntBASIC28.14■■■□□ 2.1
HCN4Q9Y3Q4 U2AF1-201ENST00000291552 962 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.13■■■□□ 2.09
HCN4Q9Y3Q4 U2AF1L5-202ENST00000619610 813 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.13■■■□□ 2.09
HCN4Q9Y3Q4 MRPL51-201ENST00000229238 1234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.11■■■□□ 2.09
HCN4Q9Y3Q4 C11orf84-201ENST00000294244 2024 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.11■■■□□ 2.09
HCN4Q9Y3Q4 INO80B-WBP1-202ENST00000452361 2040 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC28.11■■■□□ 2.09
HCN4Q9Y3Q4 MFAP2-202ENST00000375535 1260 ntTSL 1 (best) BASIC28.08■■■□□ 2.09
HCN4Q9Y3Q4 TSEN34-203ENST00000396388 1349 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.07■■■□□ 2.08
HCN4Q9Y3Q4 HINT2-201ENST00000259667 628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.06■■■□□ 2.08
HCN4Q9Y3Q4 MXD3-208ENST00000513063 861 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.06■■■□□ 2.08
HCN4Q9Y3Q4 C16orf95-205ENST00000567970 1031 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.06■■■□□ 2.08
HCN4Q9Y3Q4 DUX4L11-201ENST00000611504 1267 ntBASIC28.06■■■□□ 2.08
HCN4Q9Y3Q4 DUX4L12-201ENST00000614593 1267 ntBASIC28.06■■■□□ 2.08
HCN4Q9Y3Q4 DUX4L14-201ENST00000621227 1267 ntBASIC28.06■■■□□ 2.08
HCN4Q9Y3Q4 MAPK3-201ENST00000263025 1861 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.06■■■□□ 2.08
HCN4Q9Y3Q4 PPP1CC-202ENST00000340766 1472 ntTSL 2 BASIC28.05■■■□□ 2.08
HCN4Q9Y3Q4 AC068134.2-201ENST00000437095 576 ntTSL 3 BASIC28.05■■■□□ 2.08
HCN4Q9Y3Q4 LANCL3-203ENST00000614025 1469 ntTSL 2 BASIC28.04■■■□□ 2.08
HCN4Q9Y3Q4 PIGX-201ENST00000296333 953 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.04■■■□□ 2.08
HCN4Q9Y3Q4 STARD10-220ENST00000545082 1085 ntTSL 3 BASIC28.04■■■□□ 2.08
HCN4Q9Y3Q4 CIB2-204ENST00000557846 934 ntTSL 3 BASIC28.03■■■□□ 2.08
HCN4Q9Y3Q4 RASSF7-201ENST00000397582 1731 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.03■■■□□ 2.08
HCN4Q9Y3Q4 MAPK3-205ENST00000395202 1008 ntTSL 1 (best) BASIC28.01■■■□□ 2.07
HCN4Q9Y3Q4 LINC01971-201ENST00000617888 1048 ntBASIC27.99■■■□□ 2.07
HCN4Q9Y3Q4 B4GALT2-203ENST00000372324 2203 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.99■■■□□ 2.07
HCN4Q9Y3Q4 AURKAIP1-203ENST00000338370 1072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.98■■■□□ 2.07
HCN4Q9Y3Q4 PABPN1-201ENST00000216727 2001 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.97■■■□□ 2.07
HCN4Q9Y3Q4 PSMG4-202ENST00000380305 489 ntTSL 5 BASIC27.97■■■□□ 2.07
HCN4Q9Y3Q4 INPP5A-202ENST00000368593 1432 ntTSL 1 (best) BASIC27.97■■■□□ 2.07
HCN4Q9Y3Q4 Z97634.1-201ENST00000412293 1715 ntTSL 1 (best) BASIC27.97■■■□□ 2.07
HCN4Q9Y3Q4 MAPK1-202ENST00000398822 1487 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.95■■■□□ 2.07
HCN4Q9Y3Q4 AC019069.1-201ENST00000610008 1333 ntBASIC27.95■■■□□ 2.07
HCN4Q9Y3Q4 C5orf66-AS1-201ENST00000507035 843 ntTSL 2 BASIC27.94■■■□□ 2.06
HCN4Q9Y3Q4 MAD2L2-205ENST00000376669 864 ntTSL 3 BASIC27.92■■■□□ 2.06
HCN4Q9Y3Q4 AC012354.3-201ENST00000623734 483 ntBASIC27.92■■■□□ 2.06
HCN4Q9Y3Q4 CDKN3-202ENST00000335183 893 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.91■■■□□ 2.06
HCN4Q9Y3Q4 METTL24-201ENST00000338882 1119 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.91■■■□□ 2.06
HCN4Q9Y3Q4 DNLZ-201ENST00000371738 724 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.91■■■□□ 2.06
HCN4Q9Y3Q4 CDKN3-211ENST00000611205 874 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.91■■■□□ 2.06
HCN4Q9Y3Q4 HNRNPUL1-221ENST00000617305 1018 ntTSL 1 (best) BASIC27.91■■■□□ 2.06
HCN4Q9Y3Q4 ILK-212ENST00000532063 1617 ntTSL 2 BASIC27.9■■■□□ 2.06
HCN4Q9Y3Q4 GADD45G-201ENST00000252506 1065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.9■■■□□ 2.06
HCN4Q9Y3Q4 FEZF2-203ENST00000486811 2001 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.89■■■□□ 2.05
HCN4Q9Y3Q4 GTF3C4-202ENST00000483873 1417 ntTSL 3 BASIC27.88■■■□□ 2.05
HCN4Q9Y3Q4 RAB43-207ENST00000476465 1627 ntTSL 3 BASIC27.87■■■□□ 2.05
HCN4Q9Y3Q4 H2AFV-204ENST00000350771 687 ntTSL 2 BASIC27.84■■■□□ 2.05
HCN4Q9Y3Q4 TERF2-207ENST00000567296 1129 ntTSL 1 (best) BASIC27.83■■■□□ 2.05
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 47.3 ms