Protein–RNA interactions for Protein: Q01081

U2AF1, Splicing factor U2AF 35 kDa subunit, humanhuman

Known RBP eCLIP

Length 240 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
U2AF1Q01081 CMC1-203ENST00000418849 484 ntTSL 33.93□□□□□ -1.784e-11■■■■■ 37.5
U2AF1Q01081 TCF25-223ENST00000568870 263 ntTSL 218.58■□□□□ 0.565e-21■■■■■ 37.1
U2AF1Q01081 NSUN5P2-202ENST00000444583 1180 ntTSL 1 (best)26.29■■□□□ 1.81e-11■■■■■ 37.1
U2AF1Q01081 NSUN5P2-203ENST00000457352 1529 ntBASIC23.95■■□□□ 1.431e-11■■■■■ 37.1
U2AF1Q01081 NSUN5P2-205ENST00000602348 1776 ntTSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.371e-11■■■■■ 37.1
U2AF1Q01081 NSUN5P2-201ENST00000388955 1789 ntTSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.371e-11■■■■■ 37.1
U2AF1Q01081 NSUN5P2-204ENST00000485741 1647 ntTSL 1 (best)22.93■■□□□ 1.261e-11■■■■■ 37.1
U2AF1Q01081 APTX-232ENST00000495360 1313 ntTSL 523.15■■□□□ 1.32e-8■■■■■ 37
U2AF1Q01081 APTX-211ENST00000463596 1345 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.79■□□□□ 0.62e-8■■■■■ 37
U2AF1Q01081 APTX-202ENST00000379812 599 ntTSL 518.01■□□□□ 0.472e-8■■■■■ 37
U2AF1Q01081 APTX-221ENST00000477119 568 ntTSL 317.96■□□□□ 0.472e-8■■■■■ 37
U2AF1Q01081 APTX-201ENST00000309615 1859 ntTSL 1 (best) BASIC17.24■□□□□ 0.352e-8■■■■■ 37
U2AF1Q01081 APTX-220ENST00000476858 1068 ntTSL 1 (best) BASIC16.71■□□□□ 0.272e-8■■■■■ 37
U2AF1Q01081 APTX-203ENST00000379813 1121 ntTSL 5 BASIC16.71■□□□□ 0.272e-8■■■■■ 37
U2AF1Q01081 APTX-206ENST00000379825 2023 ntTSL 2 BASIC16.51■□□□□ 0.232e-8■■■■■ 37
U2AF1Q01081 APTX-213ENST00000465003 1991 ntTSL 1 (best)15.93■□□□□ 0.142e-8■■■■■ 37
U2AF1Q01081 APTX-227ENST00000485479 1986 ntTSL 1 (best)15.93■□□□□ 0.142e-8■■■■■ 37
U2AF1Q01081 APTX-233ENST00000496030 633 ntTSL 315.91■□□□□ 0.142e-8■■■■■ 37
U2AF1Q01081 APTX-215ENST00000468275 1455 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.092e-8■■■■■ 37
U2AF1Q01081 APTX-208ENST00000436040 2168 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.042e-8■■■■■ 37
U2AF1Q01081 APTX-223ENST00000479656 1881 ntTSL 1 (best)14.92□□□□□ -0.022e-8■■■■■ 37
U2AF1Q01081 APTX-230ENST00000494649 2099 ntTSL 1 (best)14.92□□□□□ -0.022e-8■■■■■ 37
U2AF1Q01081 APTX-209ENST00000460940 1874 ntTSL 1 (best)14.78□□□□□ -0.042e-8■■■■■ 37
U2AF1Q01081 APTX-222ENST00000478279 684 ntTSL 1 (best)14.09□□□□□ -0.152e-8■■■■■ 37
U2AF1Q01081 APTX-212ENST00000464632 679 ntTSL 1 (best)14.09□□□□□ -0.152e-8■■■■■ 37
U2AF1Q01081 APTX-224ENST00000480031 674 ntTSL 513.76□□□□□ -0.212e-8■■■■■ 37
U2AF1Q01081 APTX-204ENST00000379817 2106 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.7□□□□□ -0.222e-8■■■■■ 37
U2AF1Q01081 APTX-225ENST00000482687 1879 ntTSL 1 (best)13.67□□□□□ -0.222e-8■■■■■ 37
U2AF1Q01081 APTX-217ENST00000473221 687 ntTSL 213.36□□□□□ -0.272e-8■■■■■ 37
U2AF1Q01081 APTX-205ENST00000379819 1820 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.21□□□□□ -0.292e-8■■■■■ 37
U2AF1Q01081 APTX-219ENST00000474658 952 ntTSL 512.73□□□□□ -0.372e-8■■■■■ 37
U2AF1Q01081 APTX-226ENST00000483148 1764 ntTSL 1 (best)12.46□□□□□ -0.412e-8■■■■■ 37
U2AF1Q01081 APTX-214ENST00000467331 2101 ntTSL 1 (best)12.31□□□□□ -0.442e-8■■■■■ 37
U2AF1Q01081 APTX-216ENST00000472896 1759 ntTSL 1 (best)12□□□□□ -0.492e-8■■■■■ 37
U2AF1Q01081 APTX-207ENST00000397172 1740 ntTSL 1 (best) BASIC11.73□□□□□ -0.532e-8■■■■■ 37
U2AF1Q01081 APTX-228ENST00000486724 556 ntTSL 410.85□□□□□ -0.672e-8■■■■■ 37
U2AF1Q01081 CCT6P1-202ENST00000442266 1317 ntTSL 2 BASIC23.96■■□□□ 1.437e-10■■■■■ 36.8
U2AF1Q01081 RPL23-205ENST00000470646 333 ntTSL 317.64■□□□□ 0.418e-19■■■■■ 36.8
U2AF1Q01081 RPL23-202ENST00000378096 392 ntTSL 316.27■□□□□ 0.28e-19■■■■■ 36.8
U2AF1Q01081 RPL23-203ENST00000394332 625 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.27■□□□□ 0.28e-19■■■■■ 36.8
U2AF1Q01081 RPL23-207ENST00000577407 615 ntTSL 2 BASIC16.27■□□□□ 0.28e-19■■■■■ 36.8
U2AF1Q01081 CCT6P1-201ENST00000434500 1544 ntBASIC15.93■□□□□ 0.147e-10■■■■■ 36.8
U2AF1Q01081 RPL23-204ENST00000394333 444 ntTSL 2 BASIC15.49■□□□□ 0.078e-19■■■■■ 36.8
U2AF1Q01081 CCT6P1-203ENST00000443108 1170 ntTSL 2 BASIC14.97□□□□□ -0.017e-10■■■■■ 36.8
U2AF1Q01081 RPL23-209ENST00000584056 549 ntTSL 214.17□□□□□ -0.148e-19■■■■■ 36.8
U2AF1Q01081 RPL23-208ENST00000577760 3081 nt13.79□□□□□ -0.28e-19■■■■■ 36.8
U2AF1Q01081 RPL23-201ENST00000245857 588 ntTSL 3 BASIC13.49□□□□□ -0.258e-19■■■■■ 36.8
U2AF1Q01081 RPL23-206ENST00000479035 2821 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.32□□□□□ -0.288e-19■■■■■ 36.8
U2AF1Q01081 RPL23-211ENST00000584912 2779 ntTSL 1 (best)10.92□□□□□ -0.668e-19■■■■■ 36.8
U2AF1Q01081 TPT1-AS1-211ENST00000520622 604 ntTSL 4 BASIC28.44■■■□□ 2.146e-11■■■■■ 36.7
U2AF1Q01081 TPT1-AS1-210ENST00000520590 873 ntTSL 5 BASIC27.47■■□□□ 1.996e-11■■■■■ 36.7
U2AF1Q01081 TPT1-AS1-219ENST00000523506 574 ntTSL 4 BASIC21.79■■□□□ 1.086e-11■■■■■ 36.7
U2AF1Q01081 TPT1-AS1-220ENST00000524062 2285 ntTSL 221.13■□□□□ 0.976e-11■■■■■ 36.7
U2AF1Q01081 TPT1-AS1-203ENST00000412946 744 ntTSL 3 BASIC18.21■□□□□ 0.516e-11■■■■■ 36.7
U2AF1Q01081 TPT1-AS1-217ENST00000522859 769 ntTSL 217.53■□□□□ 0.46e-11■■■■■ 36.7
U2AF1Q01081 SYCP2L-201ENST00000283141 3130 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.346e-11■■■■■ 36.7
U2AF1Q01081 SYCP2L-202ENST00000341041 3069 ntTSL 215.74■□□□□ 0.116e-11■■■■■ 36.7
U2AF1Q01081 TPT1-AS1-205ENST00000517509 3456 ntTSL 2 BASIC15.28■□□□□ 0.046e-11■■■■■ 36.7
U2AF1Q01081 TPT1-AS1-218ENST00000523445 856 ntTSL 5 BASIC12.86□□□□□ -0.356e-11■■■■■ 36.7
U2AF1Q01081 TPT1-AS1-212ENST00000520924 553 ntTSL 410.34□□□□□ -0.756e-11■■■■■ 36.7
U2AF1Q01081 TPT1-AS1-214ENST00000521507 665 ntTSL 5 BASIC10.34□□□□□ -0.756e-11■■■■■ 36.7
U2AF1Q01081 TPT1-AS1-213ENST00000521336 759 ntTSL 5 BASIC10.09□□□□□ -0.796e-11■■■■■ 36.7
U2AF1Q01081 TPT1-AS1-207ENST00000520310 563 ntTSL 5 BASIC8.59□□□□□ -1.036e-11■■■■■ 36.7
U2AF1Q01081 SYCP2L-207ENST00000543878 2436 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC7.03□□□□□ -1.286e-11■■■■■ 36.7
U2AF1Q01081 SYCP2L-204ENST00000474197 728 ntTSL 24.33□□□□□ -1.726e-11■■■■■ 36.7
U2AF1Q01081 UBR4-210ENST00000466969 510 ntTSL 216.52■□□□□ 0.242e-22■■■■■ 36.6
U2AF1Q01081 HNRNPD-206ENST00000508119 735 ntTSL 212.07□□□□□ -0.484e-13■■■■■ 36.6
U2AF1Q01081 PNISR-208ENST00000481229 395 ntTSL 35.35□□□□□ -1.552e-41■■■■■ 36.6
U2AF1Q01081 TMEM245-203ENST00000472207 3261 ntTSL 29.29□□□□□ -0.927e-13■■■■■ 36.3
U2AF1Q01081 TMEM245-204ENST00000482868 555 ntTSL 29.27□□□□□ -0.937e-13■■■■■ 36.3
U2AF1Q01081 BUB1B-202ENST00000412359 3628 ntTSL 2 BASIC11.44□□□□□ -0.587e-22■■■■■ 36
U2AF1Q01081 BUB1B-201ENST00000287598 3725 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.35□□□□□ -0.597e-22■■■■■ 36
U2AF1Q01081 BUB1B-203ENST00000557848 633 ntTSL 36.41□□□□□ -1.387e-22■■■■■ 36
U2AF1Q01081 BUB1B-209ENST00000559733 786 ntTSL 34.67□□□□□ -1.667e-22■■■■■ 36
U2AF1Q01081 BUB1B-210ENST00000559772 560 ntTSL 42.7□□□□□ -1.987e-22■■■■■ 36
U2AF1Q01081 FNBP4-202ENST00000524696 481 ntTSL 316.85■□□□□ 0.292e-28■■■■■ 36
U2AF1Q01081 FNBP4-207ENST00000528388 814 ntTSL 25.87□□□□□ -1.472e-28■■■■■ 36
U2AF1Q01081 NAP1L4-203ENST00000430811 860 ntTSL 234.17■■■■□ 3.065e-8■■■■■ 36
U2AF1Q01081 NAP1L4-213ENST00000526842 535 ntTSL 523.83■■□□□ 1.415e-8■■■■■ 36
U2AF1Q01081 NAP1L4-221ENST00000534372 544 ntTSL 514.35□□□□□ -0.115e-8■■■■■ 36
U2AF1Q01081 NAP1L4-218ENST00000530064 625 ntTSL 510.42□□□□□ -0.745e-8■■■■■ 36
U2AF1Q01081 NAP1L4-219ENST00000531291 572 ntTSL 510.15□□□□□ -0.785e-8■■■■■ 36
U2AF1Q01081 NAP1L4-216ENST00000528968 587 ntTSL 59.29□□□□□ -0.925e-8■■■■■ 36
U2AF1Q01081 NAP1L4-217ENST00000529361 555 ntTSL 57.77□□□□□ -1.175e-8■■■■■ 36
U2AF1Q01081 NAP1L4-220ENST00000532325 526 ntTSL 57.38□□□□□ -1.235e-8■■■■■ 36
U2AF1Q01081 NAP1L4-202ENST00000399614 594 ntTSL 45.57□□□□□ -1.525e-8■■■■■ 36
U2AF1Q01081 NAP1L4-204ENST00000448187 888 ntTSL 55.29□□□□□ -1.565e-8■■■■■ 36
U2AF1Q01081 NAP1L4-205ENST00000455338 352 ntTSL 53.11□□□□□ -1.915e-8■■■■■ 36
U2AF1Q01081 EIF4G3-206ENST00000411888 1122 ntTSL 534.8■■■■□ 3.161e-10■■■■■ 35.9
U2AF1Q01081 EIF4G3-208ENST00000438975 1270 ntTSL 527.25■■□□□ 1.951e-10■■■■■ 35.9
U2AF1Q01081 EIF4G3-214ENST00000634879 5325 ntTSL 5 BASIC22.58■■□□□ 1.211e-10■■■■■ 35.9
U2AF1Q01081 PPIL2-207ENST00000462188 1735 ntTSL 221.87■■□□□ 1.091e-10■■■■■ 35.9
U2AF1Q01081 EIF4G3-212ENST00000602326 6196 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.54■□□□□ 0.881e-10■■■■■ 35.9
U2AF1Q01081 EIF4G3-205ENST00000400422 5762 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.04■□□□□ 0.81e-10■■■■■ 35.9
U2AF1Q01081 PPIL2-205ENST00000446951 1926 ntTSL 1 (best)20.01■□□□□ 0.791e-10■■■■■ 35.9
U2AF1Q01081 PPIL2-202ENST00000398831 2574 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.63■□□□□ 0.571e-10■■■■■ 35.9
U2AF1Q01081 PPIL2-212ENST00000626352 2625 ntTSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.551e-10■■■■■ 35.9
U2AF1Q01081 EIF4G3-204ENST00000374935 5567 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.14■□□□□ 0.491e-10■■■■■ 35.9
U2AF1Q01081 PPIL2-201ENST00000335025 4929 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0.011e-10■■■■■ 35.9
U2AF1Q01081 PPIL2-204ENST00000417788 4213 ntTSL 213.19□□□□□ -0.31e-10■■■■■ 35.9
Retrieved 100 of 10,096 protein–RNA pairs in 42.7 ms