Protein–RNA interactions for Protein: P62857

RPS28, 40S ribosomal protein S28, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 69 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
RPS28P62857 RAB40C-201ENST00000248139 2699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.31■□□□□ 0.2
RPS28P62857 NR2F6-201ENST00000291442 2404 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.3■□□□□ 0.2
RPS28P62857 TMEM229A-201ENST00000455783 2108 ntAPPRIS P1 BASIC16.3■□□□□ 0.2
RPS28P62857 ST6GALNAC6-205ENST00000373146 2460 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.3■□□□□ 0.2
RPS28P62857 PDIA6-201ENST00000272227 2338 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.3■□□□□ 0.2
RPS28P62857 CAPN12-212ENST00000601953 2381 ntTSL 5 BASIC16.29■□□□□ 0.2
RPS28P62857 MFSD12-201ENST00000355415 2124 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.29■□□□□ 0.2
RPS28P62857 PCSK6-218ENST00000619160 3093 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.29■□□□□ 0.2
RPS28P62857 HOOK2-201ENST00000264827 2603 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.29■□□□□ 0.2
RPS28P62857 RNF19B-202ENST00000356990 2598 ntTSL 1 (best) BASIC16.29■□□□□ 0.2
RPS28P62857 LMNTD2-201ENST00000329451 2084 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.28■□□□□ 0.2
RPS28P62857 ST6GALNAC6-204ENST00000373144 2406 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.28■□□□□ 0.2
RPS28P62857 HOXB3-201ENST00000311626 2642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.28■□□□□ 0.2
RPS28P62857 PQLC1-203ENST00000397778 2555 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.28■□□□□ 0.2
RPS28P62857 RCOR3-202ENST00000367006 2525 ntTSL 1 (best) BASIC16.27■□□□□ 0.2
RPS28P62857 MPND-207ENST00000599840 1611 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.27■□□□□ 0.2
RPS28P62857 BIN1-203ENST00000346226 2401 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.27■□□□□ 0.2
RPS28P62857 PLEKHA8-201ENST00000258679 2293 ntTSL 1 (best) BASIC16.27■□□□□ 0.2
RPS28P62857 AC006455.5-202ENST00000615248 2284 ntTSL 1 (best) BASIC16.27■□□□□ 0.2
RPS28P62857 NPAS3-206ENST00000548645 2926 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.27■□□□□ 0.19
RPS28P62857 AP003068.2-202ENST00000526623 1662 ntTSL 2 BASIC16.26■□□□□ 0.19
RPS28P62857 SRSF11-203ENST00000370951 2385 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.26■□□□□ 0.19
RPS28P62857 ZNF787-203ENST00000610935 1925 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.25■□□□□ 0.19
RPS28P62857 ZNF775-201ENST00000329630 2257 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.25■□□□□ 0.19
RPS28P62857 MAGI2-211ENST00000535697 6146 ntTSL 5 BASIC16.24■□□□□ 0.19
RPS28P62857 HOXD8-201ENST00000313173 1917 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC16.24■□□□□ 0.19
RPS28P62857 C3orf80-201ENST00000326474 2718 ntAPPRIS P1 BASIC16.24■□□□□ 0.19
RPS28P62857 ZDHHC14-204ENST00000414563 3134 ntTSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.19
RPS28P62857 SPIRE1-203ENST00000410092 5533 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.19
RPS28P62857 NPDC1-201ENST00000371600 2187 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
RPS28P62857 TSPOAP1-AS1-203ENST00000579527 2042 ntTSL 2 BASIC16.23■□□□□ 0.19
RPS28P62857 AHSA2-201ENST00000357022 2437 ntTSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
RPS28P62857 SOX10-201ENST00000360880 2861 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
RPS28P62857 PEA15-201ENST00000360472 2471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
RPS28P62857 MAP3K3-210ENST00000584573 2480 ntTSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
RPS28P62857 GNB1-210ENST00000615252 3048 ntTSL 5 BASIC16.22■□□□□ 0.19
RPS28P62857 TSKU-201ENST00000333090 2712 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
RPS28P62857 FTCD-204ENST00000397748 1955 ntTSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
RPS28P62857 PCYT2-203ENST00000538936 5147 ntTSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
RPS28P62857 RTN4R-201ENST00000043402 2157 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
RPS28P62857 RCAN1-201ENST00000313806 2490 ntTSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.18
RPS28P62857 CACNA1H-201ENST00000348261 8208 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
RPS28P62857 NHLRC4-201ENST00000424439 2097 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.2■□□□□ 0.18
RPS28P62857 GABRA5-203ENST00000400081 2761 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.2■□□□□ 0.18
RPS28P62857 KCNK3-202ENST00000620977 1956 ntTSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
RPS28P62857 MBOAT7-202ENST00000338624 2076 ntTSL 2 BASIC16.2■□□□□ 0.18
RPS28P62857 SECTM1-201ENST00000269389 2235 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
RPS28P62857 LMTK3-202ENST00000600059 5113 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.19■□□□□ 0.18
RPS28P62857 NAPA-201ENST00000263354 1839 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
RPS28P62857 QKI-207ENST00000453779 5685 ntTSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
RPS28P62857 FLJ37453-201ENST00000317122 2473 ntTSL 2 BASIC16.18■□□□□ 0.18
RPS28P62857 LINC00543-201ENST00000567234 1845 ntBASIC16.18■□□□□ 0.18
RPS28P62857 CHSY1-201ENST00000254190 4550 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
RPS28P62857 CPLX1-203ENST00000505203 2011 ntTSL 2 BASIC16.18■□□□□ 0.18
RPS28P62857 TMEM185A-208ENST00000611119 2662 ntTSL 2 BASIC16.17■□□□□ 0.18
RPS28P62857 MBOAT7-205ENST00000431666 2471 ntTSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
RPS28P62857 BIN1-207ENST00000357970 2497 ntTSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
RPS28P62857 CDC16-204ENST00000360383 2211 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC16.16■□□□□ 0.18
RPS28P62857 RASSF5-204ENST00000580449 1932 ntTSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
RPS28P62857 PREB-201ENST00000260643 2166 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
RPS28P62857 RAPGEF1-203ENST00000372195 6256 ntTSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
RPS28P62857 DPY19L1-209ENST00000638088 5075 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.13■□□□□ 0.17
RPS28P62857 VWA1-201ENST00000338660 2147 ntTSL 2 BASIC16.13■□□□□ 0.17
RPS28P62857 ROM1-201ENST00000278833 1878 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
RPS28P62857 FEV-201ENST00000295727 1879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
RPS28P62857 COL13A1-213ENST00000520267 2276 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.13■□□□□ 0.17
RPS28P62857 OTUD5-208ENST00000610466 2487 ntTSL 5 BASIC16.12■□□□□ 0.17
RPS28P62857 GATS-205ENST00000436886 2726 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
RPS28P62857 E2F4-201ENST00000379378 2096 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
RPS28P62857 SHISA5-201ENST00000296444 2369 ntTSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
RPS28P62857 KHSRP-201ENST00000398148 2993 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
RPS28P62857 LRRC45-201ENST00000306688 2701 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
RPS28P62857 FAM43A-201ENST00000329759 2494 ntAPPRIS P1 BASIC16.1■□□□□ 0.17
RPS28P62857 IRX4-202ENST00000505790 2538 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
RPS28P62857 HOXA10-206ENST00000613671 2175 ntTSL 5 BASIC16.09■□□□□ 0.17
RPS28P62857 SPIRE1-202ENST00000409402 5665 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
RPS28P62857 SPG21-201ENST00000204566 1822 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
RPS28P62857 MRAP2-201ENST00000257776 2153 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
RPS28P62857 DPF1-206ENST00000420980 2227 ntTSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
RPS28P62857 DDX42-201ENST00000359353 2783 ntTSL 5 BASIC16.06■□□□□ 0.16
RPS28P62857 IGFBP3-201ENST00000275521 2262 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
RPS28P62857 OPN3-201ENST00000366554 2620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
RPS28P62857 RILPL1-205ENST00000636882 2258 ntTSL 5 BASIC16.05■□□□□ 0.16
RPS28P62857 POU2F2-215ENST00000560398 1788 ntTSL 5 BASIC16.04■□□□□ 0.16
RPS28P62857 UCK1-201ENST00000372208 2063 ntTSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
RPS28P62857 NPAS3-210ENST00000551492 2817 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.03■□□□□ 0.16
RPS28P62857 AARD-201ENST00000378279 2299 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
RPS28P62857 WHRN-203ENST00000374057 1718 ntTSL 2 BASIC16.02■□□□□ 0.16
RPS28P62857 ARMC6-201ENST00000269932 2412 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.02■□□□□ 0.15
RPS28P62857 MAGI2-215ENST00000628980 6212 ntTSL 5 BASIC16.01■□□□□ 0.15
RPS28P62857 IRX3-201ENST00000329734 2601 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
RPS28P62857 PRR5-216ENST00000611394 1843 ntTSL 2 BASIC16.01■□□□□ 0.15
RPS28P62857 MTCP1-202ENST00000369476 2274 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.01■□□□□ 0.15
RPS28P62857 DEDD-212ENST00000545495 2329 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16■□□□□ 0.15
RPS28P62857 YAP1-202ENST00000345877 5284 ntTSL 5 BASIC15.99■□□□□ 0.15
RPS28P62857 PTPA-202ENST00000347048 1989 ntTSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
RPS28P62857 FRAT2-201ENST00000371019 2213 ntAPPRIS P1 BASIC15.99■□□□□ 0.15
RPS28P62857 DVL3-201ENST00000313143 5254 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
RPS28P62857 ANKRD54-201ENST00000215941 2184 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
RPS28P62857 PDE10A-205ENST00000616273 2118 ntTSL 2 BASIC15.98■□□□□ 0.15
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 69.2 ms