Protein–RNA interactions for Protein: Q8N4P3

HDDC3, Guanosine-3',5'-bis(diphosphate) 3'-pyrophosphohydrolase MESH1, humanhuman

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Length 179 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HDDC3Q8N4P3 STOML2-202ENST00000452248 1296 ntTSL 2 BASIC22.22■■□□□ 1.15
HDDC3Q8N4P3 ASRGL1-210ENST00000534571 639 ntTSL 2 BASIC22.22■■□□□ 1.15
HDDC3Q8N4P3 AC012414.1-201ENST00000556676 535 ntBASIC22.22■■□□□ 1.15
HDDC3Q8N4P3 PDCD5-204ENST00000586035 601 ntTSL 3 BASIC22.22■■□□□ 1.15
HDDC3Q8N4P3 H2AFB3-201ENST00000615853 591 ntAPPRIS P1 BASIC22.22■■□□□ 1.15
HDDC3Q8N4P3 STOML2-205ENST00000619795 1293 ntTSL 3 BASIC22.22■■□□□ 1.15
HDDC3Q8N4P3 ZFAND2B-202ENST00000409097 1765 ntTSL 2 BASIC22.22■■□□□ 1.15
HDDC3Q8N4P3 EGR4-201ENST00000436467 2377 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
HDDC3Q8N4P3 CLPTM1-201ENST00000337392 2604 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
HDDC3Q8N4P3 FAM219A-202ENST00000379078 770 ntTSL 3 BASIC22.21■■□□□ 1.15
HDDC3Q8N4P3 FAM219A-205ENST00000379084 893 ntTSL 5 BASIC22.21■■□□□ 1.15
HDDC3Q8N4P3 TNFRSF18-202ENST00000379265 705 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
HDDC3Q8N4P3 INS-202ENST00000381330 597 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
HDDC3Q8N4P3 PRMT2-204ENST00000397628 954 ntTSL 2 BASIC22.21■■□□□ 1.15
HDDC3Q8N4P3 OTUB1-212ENST00000543988 1259 ntTSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
HDDC3Q8N4P3 AL354811.1-201ENST00000610286 706 ntBASIC22.21■■□□□ 1.15
HDDC3Q8N4P3 CDIPT-210ENST00000570016 1346 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.21■■□□□ 1.15
HDDC3Q8N4P3 TTC39A-203ENST00000371747 1876 ntTSL 2 BASIC22.21■■□□□ 1.15
HDDC3Q8N4P3 AL353803.4-201ENST00000565882 1934 ntBASIC22.21■■□□□ 1.15
HDDC3Q8N4P3 MRPL37-202ENST00000360840 1483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
HDDC3Q8N4P3 BLOC1S4-201ENST00000320776 1617 ntAPPRIS P1 BASIC22.2■■□□□ 1.15
HDDC3Q8N4P3 AC004687.1-201ENST00000579003 1625 ntBASIC22.2■■□□□ 1.15
HDDC3Q8N4P3 RNF223-201ENST00000453464 1902 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.2■■□□□ 1.14
HDDC3Q8N4P3 PLEKHB1-201ENST00000227214 2016 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
HDDC3Q8N4P3 GADD45G-202ENST00000375769 977 ntTSL 2 BASIC22.2■■□□□ 1.14
HDDC3Q8N4P3 CKLF-205ENST00000417030 628 ntAPPRIS ALT2 TSL 4 BASIC22.2■■□□□ 1.14
HDDC3Q8N4P3 JARID2-AS1-201ENST00000441978 455 ntTSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
HDDC3Q8N4P3 YJEFN3-203ENST00000514277 995 ntTSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
HDDC3Q8N4P3 VSTM4-201ENST00000298454 2170 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.2■■□□□ 1.14
HDDC3Q8N4P3 KDELR1-203ENST00000597017 1594 ntTSL 2 BASIC22.2■■□□□ 1.14
HDDC3Q8N4P3 LEF1-AS1-207ENST00000512637 1675 ntTSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
HDDC3Q8N4P3 LGALS9B-202ENST00000423676 1713 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
HDDC3Q8N4P3 H19-210ENST00000439725 1929 ntTSL 2 BASIC22.19■■□□□ 1.14
HDDC3Q8N4P3 ZC3H14-202ENST00000302216 2560 ntTSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
HDDC3Q8N4P3 MAF-202ENST00000393350 6384 ntAPPRIS ALT2 BASIC22.19■■□□□ 1.14
HDDC3Q8N4P3 LHPP-203ENST00000392757 840 ntTSL 3 BASIC22.19■■□□□ 1.14
HDDC3Q8N4P3 ATE1-AS1-201ENST00000437593 951 ntTSL 2 BASIC22.19■■□□□ 1.14
HDDC3Q8N4P3 UCHL5-201ENST00000367448 1534 ntTSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
HDDC3Q8N4P3 DXO-201ENST00000337523 1628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
HDDC3Q8N4P3 TMEM230-205ENST00000379279 1636 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.19■■□□□ 1.14
HDDC3Q8N4P3 FAM167A-204ENST00000528897 1620 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.19■■□□□ 1.14
HDDC3Q8N4P3 SCN1B-206ENST00000638536 1600 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
HDDC3Q8N4P3 CCKBR-206ENST00000532715 1734 ntTSL 3 BASIC22.19■■□□□ 1.14
HDDC3Q8N4P3 R3HDM4-203ENST00000587975 1765 ntTSL 3 BASIC22.19■■□□□ 1.14
HDDC3Q8N4P3 AC113189.4-201ENST00000575331 5553 ntTSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
HDDC3Q8N4P3 SPON2-222ENST00000617421 2156 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.19■■□□□ 1.14
HDDC3Q8N4P3 OSCAR-209ENST00000616215 2016 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.18■■□□□ 1.14
HDDC3Q8N4P3 CEBPB-201ENST00000303004 1956 ntAPPRIS P1 BASIC22.18■■□□□ 1.14
HDDC3Q8N4P3 CBWD5-207ENST00000382405 1791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
HDDC3Q8N4P3 AC099805.1-201ENST00000523987 1797 ntTSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
HDDC3Q8N4P3 AC007326.4-201ENST00000638240 1669 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.18■■□□□ 1.14
HDDC3Q8N4P3 LYRM1-201ENST00000219168 1626 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.18■■□□□ 1.14
HDDC3Q8N4P3 AVPR2-203ENST00000370049 1307 ntTSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
HDDC3Q8N4P3 POLR2H-204ENST00000438240 994 ntTSL 3 BASIC22.18■■□□□ 1.14
HDDC3Q8N4P3 KCNMA1-283ENST00000640523 5425 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.17■■□□□ 1.14
HDDC3Q8N4P3 NFKBIE-201ENST00000275015 2581 ntTSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
HDDC3Q8N4P3 CFP-202ENST00000377005 1435 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
HDDC3Q8N4P3 UBALD1-208ENST00000591401 1305 ntTSL 5 BASIC22.17■■□□□ 1.14
HDDC3Q8N4P3 SETD9-211ENST00000628593 1306 ntTSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
HDDC3Q8N4P3 SLC26A1-203ENST00000398520 1111 ntTSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
HDDC3Q8N4P3 H1FX-201ENST00000333762 1507 ntAPPRIS P1 BASIC22.16■■□□□ 1.14
HDDC3Q8N4P3 ASCC1-204ENST00000394915 1510 ntTSL 5 BASIC22.16■■□□□ 1.14
HDDC3Q8N4P3 OAZ2-201ENST00000326005 1934 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.16■■□□□ 1.14
HDDC3Q8N4P3 AP1S1-201ENST00000337619 1306 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
HDDC3Q8N4P3 FAM124A-204ENST00000615498 2383 ntTSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
HDDC3Q8N4P3 RAMP2-201ENST00000253796 780 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
HDDC3Q8N4P3 SOCS1-201ENST00000332029 1225 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
HDDC3Q8N4P3 PRKCQ-AS1-204ENST00000455810 920 ntTSL 2 BASIC22.16■■□□□ 1.14
HDDC3Q8N4P3 VPS53-216ENST00000574029 585 ntTSL 4 BASIC22.16■■□□□ 1.14
HDDC3Q8N4P3 BX088645.1-201ENST00000636699 1728 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.16■■□□□ 1.14
HDDC3Q8N4P3 ID2-201ENST00000234091 2041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
HDDC3Q8N4P3 TMEM102-201ENST00000323206 1973 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
HDDC3Q8N4P3 TMEM102-202ENST00000396568 1962 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.16■■□□□ 1.14
HDDC3Q8N4P3 C5orf49-201ENST00000399810 2385 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
HDDC3Q8N4P3 NDUFAF1-201ENST00000260361 1461 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
HDDC3Q8N4P3 CAPG-201ENST00000263867 1442 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
HDDC3Q8N4P3 PARP9-207ENST00000492382 1837 ntTSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
HDDC3Q8N4P3 CCDC157-202ENST00000399824 1759 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
HDDC3Q8N4P3 SH2D3A-202ENST00000437152 2013 ntTSL 2 BASIC22.15■■□□□ 1.14
HDDC3Q8N4P3 DTNB-206ENST00000404103 2384 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.15■■□□□ 1.14
HDDC3Q8N4P3 CRB3-202ENST00000356762 733 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
HDDC3Q8N4P3 CDKN2AIPNL-201ENST00000395009 800 ntTSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
HDDC3Q8N4P3 AL355877.1-204ENST00000451482 1078 ntTSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
HDDC3Q8N4P3 AC104986.2-201ENST00000521696 380 ntTSL 2 BASIC22.15■■□□□ 1.14
HDDC3Q8N4P3 NTF6G-201ENST00000591094 616 ntBASIC22.15■■□□□ 1.14
HDDC3Q8N4P3 ATMIN-201ENST00000299575 4884 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
HDDC3Q8N4P3 KCTD15-207ENST00000589786 1625 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.15■■□□□ 1.14
HDDC3Q8N4P3 MID1IP1-203ENST00000457894 1902 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.15■■□□□ 1.14
HDDC3Q8N4P3 PTPRM-201ENST00000332175 6095 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
HDDC3Q8N4P3 UBA5-208ENST00000473651 1513 ntTSL 5 BASIC22.15■■□□□ 1.14
HDDC3Q8N4P3 TRIM14-202ENST00000342043 1479 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
HDDC3Q8N4P3 CDCP1-202ENST00000425231 1416 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.14
HDDC3Q8N4P3 MIR222HG-201ENST00000602461 1379 ntTSL 5 BASIC22.14■■□□□ 1.14
HDDC3Q8N4P3 NIPSNAP2-201ENST00000322090 1999 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.14
HDDC3Q8N4P3 MRPS2-202ENST00000371785 1640 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.14■■□□□ 1.14
HDDC3Q8N4P3 YIF1B-202ENST00000337679 1257 ntTSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
HDDC3Q8N4P3 AL021707.1-201ENST00000416406 500 ntTSL 3 BASIC22.14■■□□□ 1.13
HDDC3Q8N4P3 AC093817.1-201ENST00000507296 812 ntTSL 3 BASIC22.14■■□□□ 1.13
HDDC3Q8N4P3 AC105233.4-201ENST00000642045 216 ntBASIC22.14■■□□□ 1.13
HDDC3Q8N4P3 CAMK2N1-201ENST00000375078 2336 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
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