RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000298454.3

VSTM4-201, Transcript of V-set and transmembrane domain containing 4, humanhuman

APPRIS P3 TSL 2 BASIC

Gene VSTM4, Length 2,170 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Cytoplasm, Nucleus .

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RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VSTM4-201ENST00000298454 NISCHQ9Y2I1 1504 aa50.62■■■■■ 5.69
VSTM4-201ENST00000298454 CCDC180Q9P1Z9 1646 aa43.8■■■■■ 4.6
VSTM4-201ENST00000298454 ZCCHC6Q5VYS8 1495 aaKnown RBP42.59■■■■■ 4.41
VSTM4-201ENST00000298454 DCAF8L2P0C7V8 631 aa41.94■■■■■ 4.3
VSTM4-201ENST00000298454 SHROOM4Q9ULL8 1493 aa41.83■■■■■ 4.29
VSTM4-201ENST00000298454 DCAF1Q9Y4B6 1507 aa41.72■■■■■ 4.27
VSTM4-201ENST00000298454 ABCC9O60706 1549 aa41.35■■■■■ 4.21
VSTM4-201ENST00000298454 MYO15BQ96JP2 1530 aa41.05■■■■■ 4.16
VSTM4-201ENST00000298454 NACADO15069 1562 aa40.75■■■■■ 4.11
VSTM4-201ENST00000298454 SCRIBQ14160 1630 aa40.56■■■■■ 4.08
VSTM4-201ENST00000298454 SUPT5HO00267 1087 aaKnown RBP40.42■■■■■ 4.06
VSTM4-201ENST00000298454 RB1CC1Q8TDY2 1594 aa40.34■■■■■ 4.05
VSTM4-201ENST00000298454 UNC13AQ9UPW8 1703 aa39.59■■■■□ 3.93
VSTM4-201ENST00000298454 RSF1Q96T23 1441 aaPredicted RBP39.48■■■■□ 3.91
VSTM4-201ENST00000298454 CECR2Q9BXF3 1484 aa39.43■■■■□ 3.9
VSTM4-201ENST00000298454 MROH2BQ7Z745 1585 aa39.2■■■■□ 3.87
VSTM4-201ENST00000298454 BICRAQ9NZM4 1560 aa39.2■■■■□ 3.87
VSTM4-201ENST00000298454 PABPN1Q86U42 306 aaKnown RBP eCLIP39.16■■■■□ 3.86
VSTM4-201ENST00000298454 BAZ1AQ9NRL2 1556 aaPredicted RBP39.01■■■■□ 3.84
VSTM4-201ENST00000298454 WIZO95785 1651 aa38.9■■■■□ 3.82
VSTM4-201ENST00000298454 CHIC1Q5VXU3 224 aa38.82■■■■□ 3.8
VSTM4-201ENST00000298454 SMARCA4P51532 1647 aa38.81■■■■□ 3.8
VSTM4-201ENST00000298454 TOP2AP11388 1531 aaKnown RBP38.4■■■■□ 3.74
VSTM4-201ENST00000298454 PEG3Q9GZU2 1588 aa38.25■■■■□ 3.71
VSTM4-201ENST00000298454 CCDC88BA6NC98 1476 aa38.12■■■■□ 3.69
VSTM4-201ENST00000298454 ATAD2BQ9ULI0 1458 aa38.12■■■■□ 3.69
VSTM4-201ENST00000298454 SMARCA2P51531 1590 aa38.11■■■■□ 3.69
VSTM4-201ENST00000298454 EIF4G1Q04637 1599 aaKnown RBP37.98■■■■□ 3.67
VSTM4-201ENST00000298454 BAZ1BQ9UIG0 1483 aaKnown RBP37.92■■■■□ 3.66
VSTM4-201ENST00000298454 TRIM41Q8WV44 630 aa37.89■■■■□ 3.66
VSTM4-201ENST00000298454 NCAPD3P42695 1498 aa37.67■■■■□ 3.62
VSTM4-201ENST00000298454 HMGXB3Q12766 1538 aa37.6■■■■□ 3.61
VSTM4-201ENST00000298454 ABCC8Q09428 1581 aa37.5■■■■□ 3.59
VSTM4-201ENST00000298454 LOC105371045A0A1W2PR82 267 aa37.47■■■■□ 3.59
VSTM4-201ENST00000298454 FAM9AQ8IZU1 332 aaPredicted RBP37.34■■■■□ 3.57
VSTM4-201ENST00000298454 CC2D2AQ9P2K1 1620 aa37.34■■■■□ 3.57
VSTM4-201ENST00000298454 WRNQ14191 1432 aaPredicted RBP eCLIP37.13■■■■□ 3.54
VSTM4-201ENST00000298454 SYNJ1O43426 1573 aa36.99■■■■□ 3.51
VSTM4-201ENST00000298454 CFTRP13569 1480 aa36.98■■■■□ 3.51
VSTM4-201ENST00000298454 EHMT2Q96KQ7 1210 aa36.91■■■■□ 3.5
VSTM4-201ENST00000298454 SOGA1O94964 1423 aa36.9■■■■□ 3.5
VSTM4-201ENST00000298454 CADPSQ9ULU8 1353 aa36.78■■■■□ 3.48
VSTM4-201ENST00000298454 RUSC2Q8N2Y8 1516 aa36.76■■■■□ 3.47
VSTM4-201ENST00000298454 TOP2BQ02880 1626 aa36.73■■■■□ 3.47
VSTM4-201ENST00000298454 EEA1Q15075 1411 aa36.69■■■■□ 3.46
VSTM4-201ENST00000298454 PRDM2Q13029 1718 aa36.67■■■■□ 3.46
VSTM4-201ENST00000298454 BIVM-ERCC5R4GMW8 1640 aa36.65■■■■□ 3.46
VSTM4-201ENST00000298454 CSRNP3Q8WYN3 585 aa36.61■■■■□ 3.45
VSTM4-201ENST00000298454 CUX1P39880 1505 aa36.61■■■■□ 3.45
VSTM4-201ENST00000298454 DNAJC5BQ9UF47 199 aa36.51■■■■□ 3.44
VSTM4-201ENST00000298454 NESP48681 1621 aa36.44■■■■□ 3.42
VSTM4-201ENST00000298454 FANCD2Q9BXW9 1451 aa36.4■■■■□ 3.42
VSTM4-201ENST00000298454 GOLGA3Q08378 1498 aa36.29■■■■□ 3.4
VSTM4-201ENST00000298454 LAMC3Q9Y6N6 1575 aa36.29■■■■□ 3.4
VSTM4-201ENST00000298454 TNIKQ9UKE5 1360 aa36.26■■■■□ 3.4
VSTM4-201ENST00000298454 CEP164Q9UPV0 1460 aa36.25■■■■□ 3.39
VSTM4-201ENST00000298454 UBTFP17480 764 aaKnown RBP36.23■■■■□ 3.39
VSTM4-201ENST00000298454 KIF21BO75037 1637 aa36.23■■■■□ 3.39
VSTM4-201ENST00000298454 CEP162Q5TB80 1403 aa36.15■■■■□ 3.38
VSTM4-201ENST00000298454 PCGF6Q9BYE7 350 aa36.15■■■■□ 3.38
VSTM4-201ENST00000298454 FGD5Q6ZNL6 1462 aa36.14■■■■□ 3.38
VSTM4-201ENST00000298454 KIF27Q86VH2 1401 aa36.13■■■■□ 3.37
VSTM4-201ENST00000298454 RAPGEF2Q9Y4G8 1499 aa36.09■■■■□ 3.37
VSTM4-201ENST00000298454 DNMBPQ6XZF7 1577 aa36.08■■■■□ 3.37
VSTM4-201ENST00000298454 PDS5BQ9NTI5 1447 aa36.04■■■■□ 3.36
VSTM4-201ENST00000298454 TOPBP1Q92547 1522 aa36.03■■■■□ 3.36
VSTM4-201ENST00000298454 CUX2O14529 1486 aa36■■■■□ 3.35
VSTM4-201ENST00000298454 PRXQ9BXM0 1461 aa36■■■■□ 3.35
VSTM4-201ENST00000298454 URB2Q14146 1524 aaKnown RBP35.93■■■■□ 3.34
VSTM4-201ENST00000298454 TRIM26Q12899 539 aaPredicted RBP35.92■■■■□ 3.34
VSTM4-201ENST00000298454 POLA1P09884 1462 aaPredicted RBP35.91■■■■□ 3.34
VSTM4-201ENST00000298454 ERICH3Q5RHP9 1530 aa35.91■■■■□ 3.34
VSTM4-201ENST00000298454 KIF21AQ7Z4S6 1674 aa35.89■■■■□ 3.34
VSTM4-201ENST00000298454 RAD54L2Q9Y4B4 1467 aa35.87■■■■□ 3.33
VSTM4-201ENST00000298454 IGF1RP08069 1367 aa35.83■■■■□ 3.33
VSTM4-201ENST00000298454 ABCA10Q8WWZ4 1543 aa35.77■■■■□ 3.32
VSTM4-201ENST00000298454 CLIP1P30622 1438 aa35.77■■■■□ 3.32
VSTM4-201ENST00000298454 PPARGC1BQ86YN6 1023 aaKnown RBP35.76■■■■□ 3.31
VSTM4-201ENST00000298454 RANGAP1P46060 587 aaPredicted RBP35.68■■■■□ 3.3
VSTM4-201ENST00000298454 CARMIL1Q5VZK9 1371 aa35.64■■■■□ 3.3
VSTM4-201ENST00000298454 WDR97A6NE52 1622 aa35.59■■■■□ 3.29
VSTM4-201ENST00000298454 MRC2Q9UBG0 1479 aa35.56■■■■□ 3.28
VSTM4-201ENST00000298454 TDRD9Q8NDG6 1382 aaKnown RBP35.5■■■■□ 3.27
VSTM4-201ENST00000298454 VPS8Q8N3P4 1428 aa35.49■■■■□ 3.27
VSTM4-201ENST00000298454 TARBP1Q13395 1621 aaKnown RBP35.44■■■■□ 3.26
VSTM4-201ENST00000298454 ABCA5Q8WWZ7 1642 aa35.44■■■■□ 3.26
VSTM4-201ENST00000298454 TTBK1Q5TCY1 1321 aaPredicted RBP35.4■■■■□ 3.26
VSTM4-201ENST00000298454 GAPVD1Q14C86 1478 aa35.4■■■■□ 3.26
VSTM4-201ENST00000298454 ARAP1Q96P48 1450 aa35.38■■■■□ 3.25
VSTM4-201ENST00000298454 CUL7Q14999 1698 aa35.38■■■■□ 3.25
VSTM4-201ENST00000298454 ERCC6Q03468 1493 aa35.35■■■■□ 3.25
VSTM4-201ENST00000298454 HRCP23327 699 aa35.34■■■■□ 3.25
VSTM4-201ENST00000298454 WDR62O43379 1518 aa35.34■■■■□ 3.25
VSTM4-201ENST00000298454 ARHGAP35Q9NRY4 1499 aa35.3■■■■□ 3.24
VSTM4-201ENST00000298454 AQRO60306 1485 aaKnown RBP eCLIP35.2■■■■□ 3.22
VSTM4-201ENST00000298454 IFT140Q96RY7 1462 aa35.18■■■■□ 3.22
VSTM4-201ENST00000298454 APLP2Q06481 763 aa35.17■■■■□ 3.22
VSTM4-201ENST00000298454 THOC2Q8NI27 1593 aaKnown RBP35.16■■■■□ 3.22
VSTM4-201ENST00000298454 PBRM1Q86U86 1689 aa35.11■■■■□ 3.21
VSTM4-201ENST00000298454 ZNF608Q9ULD9 1512 aaPredicted RBP35.11■■■■□ 3.21
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