Protein–RNA interactions for Protein: Q9UI33

SCN11A, Sodium channel protein type 11 subunit alpha, humanhuman

Predictions only

Length 1,791 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SCN11AQ9UI33 SUGCT-201ENST00000335693 1645 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.35■■■□□ 2.29
SCN11AQ9UI33 CCDC85B-201ENST00000312579 1524 ntAPPRIS P1 BASIC29.34■■■□□ 2.29
SCN11AQ9UI33 HES3-201ENST00000377898 697 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.34■■■□□ 2.29
SCN11AQ9UI33 IGHV3-19-201ENST00000521488 291 ntBASIC29.34■■■□□ 2.29
SCN11AQ9UI33 MLF2-206ENST00000539187 1110 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.34■■■□□ 2.29
SCN11AQ9UI33 TSPY26P-201ENST00000476365 1326 ntBASIC29.34■■■□□ 2.29
SCN11AQ9UI33 ZNF444-211ENST00000592949 1906 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.34■■■□□ 2.29
SCN11AQ9UI33 PPAN-201ENST00000253107 1657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.34■■■□□ 2.29
SCN11AQ9UI33 C2CD4B-201ENST00000380392 1579 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.34■■■□□ 2.29
SCN11AQ9UI33 IPO9-AS1-201ENST00000413035 839 ntTSL 3 BASIC29.34■■■□□ 2.29
SCN11AQ9UI33 AC034268.1-201ENST00000441047 882 ntBASIC29.34■■■□□ 2.29
SCN11AQ9UI33 AICDA-202ENST00000537228 667 ntTSL 5 BASIC29.34■■■□□ 2.29
SCN11AQ9UI33 ZNF846-212ENST00000592859 1206 ntTSL 2 BASIC29.34■■■□□ 2.29
SCN11AQ9UI33 SP2-202ENST00000613139 908 ntTSL 5 BASIC29.34■■■□□ 2.29
SCN11AQ9UI33 AC010999.2-201ENST00000621974 596 ntTSL 2 BASIC29.34■■■□□ 2.29
SCN11AQ9UI33 ANKRD53-201ENST00000272421 2185 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.33■■■□□ 2.29
SCN11AQ9UI33 IRF3-207ENST00000593922 1494 ntTSL 1 (best) BASIC29.33■■■□□ 2.29
SCN11AQ9UI33 LIMD2-205ENST00000578402 1534 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.33■■■□□ 2.29
SCN11AQ9UI33 TTLL1-201ENST00000266254 1645 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.33■■■□□ 2.29
SCN11AQ9UI33 HOMER3-206ENST00000594439 982 ntTSL 1 (best) BASIC29.33■■■□□ 2.29
SCN11AQ9UI33 AL499627.2-201ENST00000606283 725 ntBASIC29.33■■■□□ 2.29
SCN11AQ9UI33 ACAD8-202ENST00000374752 1797 ntTSL 2 BASIC29.32■■■□□ 2.28
SCN11AQ9UI33 AC008105.3-201ENST00000586376 844 ntTSL 3 BASIC29.32■■■□□ 2.28
SCN11AQ9UI33 ALKAL2-204ENST00000403610 1389 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.32■■■□□ 2.28
SCN11AQ9UI33 MTMR14-206ENST00000420925 1427 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC29.32■■■□□ 2.28
SCN11AQ9UI33 FAM53B-201ENST00000280780 1568 ntTSL 1 (best) BASIC29.32■■■□□ 2.28
SCN11AQ9UI33 B3GAT3-201ENST00000265471 1641 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.32■■■□□ 2.28
SCN11AQ9UI33 DNAH9-209ENST00000579828 1986 ntTSL 2 BASIC29.32■■■□□ 2.28
SCN11AQ9UI33 HDGFL2-210ENST00000621835 2255 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.32■■■□□ 2.28
SCN11AQ9UI33 AC008443.4-201ENST00000503314 456 ntTSL 4 BASIC29.31■■■□□ 2.28
SCN11AQ9UI33 AC010203.1-202ENST00000550096 695 ntTSL 3 BASIC29.31■■■□□ 2.28
SCN11AQ9UI33 SPHK1-210ENST00000592299 1821 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.31■■■□□ 2.28
SCN11AQ9UI33 TTC34-202ENST00000637179 1775 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC29.3■■■□□ 2.28
SCN11AQ9UI33 ACOT1-201ENST00000311148 1713 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.3■■■□□ 2.28
SCN11AQ9UI33 SH3RF3-AS1-201ENST00000567491 1604 ntBASIC29.3■■■□□ 2.28
SCN11AQ9UI33 ARIH2OS-201ENST00000408959 1598 ntAPPRIS P1 BASIC29.3■■■□□ 2.28
SCN11AQ9UI33 AK1-201ENST00000223836 736 ntTSL 3 BASIC29.3■■■□□ 2.28
SCN11AQ9UI33 TRIR-201ENST00000242784 970 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.3■■■□□ 2.28
SCN11AQ9UI33 RTCA-202ENST00000370126 538 ntTSL 1 (best) BASIC29.3■■■□□ 2.28
SCN11AQ9UI33 UBE2E2-203ENST00000425792 1248 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.3■■■□□ 2.28
SCN11AQ9UI33 TSEN34-201ENST00000302937 2294 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.3■■■□□ 2.28
SCN11AQ9UI33 USF3-203ENST00000491165 2133 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.3■■■□□ 2.28
SCN11AQ9UI33 AC142381.3-201ENST00000568208 1670 ntBASIC29.3■■■□□ 2.28
SCN11AQ9UI33 SPPL2B-211ENST00000614794 1559 ntTSL 1 (best) BASIC29.3■■■□□ 2.28
SCN11AQ9UI33 SNUPN-201ENST00000308588 1513 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.3■■■□□ 2.28
SCN11AQ9UI33 PPP1R14C-201ENST00000361131 2152 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.29■■■□□ 2.28
SCN11AQ9UI33 TLX1-203ENST00000467928 1838 ntTSL 1 (best) BASIC29.29■■■□□ 2.28
SCN11AQ9UI33 TMEM202-AS1-202ENST00000565181 2325 ntBASIC29.29■■■□□ 2.28
SCN11AQ9UI33 SPANXA2-OT1-201ENST00000622372 1686 ntTSL 2 BASIC29.29■■■□□ 2.28
SCN11AQ9UI33 AC133637.1-201ENST00000624115 1537 ntBASIC29.29■■■□□ 2.28
SCN11AQ9UI33 ATG16L2-201ENST00000321297 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.29■■■□□ 2.28
SCN11AQ9UI33 C2orf82-201ENST00000331342 465 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.29■■■□□ 2.28
SCN11AQ9UI33 UBE2C-202ENST00000335046 737 ntTSL 2 BASIC29.29■■■□□ 2.28
SCN11AQ9UI33 POMZP3-202ENST00000310842 1490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.28■■■□□ 2.28
SCN11AQ9UI33 CDC20-202ENST00000372462 1777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.28■■■□□ 2.28
SCN11AQ9UI33 KISS1R-201ENST00000234371 1625 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.28■■■□□ 2.28
SCN11AQ9UI33 NMRAL1-202ENST00000404295 1233 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.28■■■□□ 2.28
SCN11AQ9UI33 OR2I1P-207ENST00000453522 948 ntBASIC29.28■■■□□ 2.28
SCN11AQ9UI33 APBA3-201ENST00000316757 2075 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.28■■■□□ 2.28
SCN11AQ9UI33 CCDC28B-201ENST00000373602 1089 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.27■■■□□ 2.28
SCN11AQ9UI33 KRT18P5-201ENST00000436075 1291 ntBASIC29.27■■■□□ 2.28
SCN11AQ9UI33 LINC01942-201ENST00000521373 513 ntTSL 4 BASIC29.27■■■□□ 2.28
SCN11AQ9UI33 SLBP-206ENST00000489418 1977 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.27■■■□□ 2.28
SCN11AQ9UI33 EED-207ENST00000528180 1745 ntTSL 5 BASIC29.27■■■□□ 2.28
SCN11AQ9UI33 AC135731.1-201ENST00000569415 2548 ntBASIC29.27■■■□□ 2.28
SCN11AQ9UI33 HOXB7-201ENST00000239165 1371 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.27■■■□□ 2.28
SCN11AQ9UI33 PHF10-202ENST00000366780 1589 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC29.27■■■□□ 2.28
SCN11AQ9UI33 LINC00454-202ENST00000430978 1327 ntTSL 5 BASIC29.27■■■□□ 2.28
SCN11AQ9UI33 ZC3H14-223ENST00000557607 1983 ntTSL 5 BASIC29.27■■■□□ 2.28
SCN11AQ9UI33 AC011446.1-201ENST00000591825 458 ntTSL 2 BASIC29.26■■■□□ 2.28
SCN11AQ9UI33 KIAA2013-201ENST00000376572 2815 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.26■■■□□ 2.27
SCN11AQ9UI33 PGF-203ENST00000553716 1699 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.26■■■□□ 2.27
SCN11AQ9UI33 ESR2-202ENST00000341099 2060 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.25■■■□□ 2.27
SCN11AQ9UI33 DAZAP1-205ENST00000587079 2086 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC29.25■■■□□ 2.27
SCN11AQ9UI33 TXNRD2-201ENST00000334363 1893 ntTSL 1 (best) BASIC29.25■■■□□ 2.27
SCN11AQ9UI33 RUNDC3A-202ENST00000426726 2048 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.25■■■□□ 2.27
SCN11AQ9UI33 SAMD8-202ENST00000372690 1654 ntTSL 1 (best) BASIC29.25■■■□□ 2.27
SCN11AQ9UI33 FKBP8-209ENST00000597960 1781 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC29.25■■■□□ 2.27
SCN11AQ9UI33 SCUBE1-208ENST00000615096 1119 ntTSL 2 BASIC29.25■■■□□ 2.27
SCN11AQ9UI33 HOXA4-204ENST00000610970 1728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.25■■■□□ 2.27
SCN11AQ9UI33 SENP3-201ENST00000321337 2611 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.25■■■□□ 2.27
SCN11AQ9UI33 AL357033.1-201ENST00000370520 1933 ntTSL 2 BASIC29.25■■■□□ 2.27
SCN11AQ9UI33 XBP1-201ENST00000216037 1850 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.24■■■□□ 2.27
SCN11AQ9UI33 MIR572-201ENST00000384983 95 ntBASIC29.24■■■□□ 2.27
SCN11AQ9UI33 JARID2-AS1-201ENST00000441978 455 ntTSL 1 (best) BASIC29.24■■■□□ 2.27
SCN11AQ9UI33 TMEM70-203ENST00000517439 617 ntTSL 2 BASIC29.24■■■□□ 2.27
SCN11AQ9UI33 DUX4L2-201ENST00000561772 1275 ntBASIC29.24■■■□□ 2.27
SCN11AQ9UI33 DUX4-206ENST00000616166 1275 ntAPPRIS P2 BASIC29.24■■■□□ 2.27
SCN11AQ9UI33 DUX4L6-201ENST00000626483 1275 ntBASIC29.24■■■□□ 2.27
SCN11AQ9UI33 DUX4L1-201ENST00000627662 1275 ntBASIC29.24■■■□□ 2.27
SCN11AQ9UI33 DUX4L8-201ENST00000629013 1275 ntBASIC29.24■■■□□ 2.27
SCN11AQ9UI33 DUX4L3-201ENST00000630187 1275 ntBASIC29.24■■■□□ 2.27
SCN11AQ9UI33 DUX4L7-201ENST00000630678 1275 ntBASIC29.24■■■□□ 2.27
SCN11AQ9UI33 DUX4L5-201ENST00000630834 1275 ntBASIC29.24■■■□□ 2.27
SCN11AQ9UI33 RILP-201ENST00000301336 1771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.24■■■□□ 2.27
SCN11AQ9UI33 ARF1-213ENST00000540651 1972 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.24■■■□□ 2.27
SCN11AQ9UI33 GJD4-201ENST00000321660 1580 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.24■■■□□ 2.27
SCN11AQ9UI33 PPP1R1B-201ENST00000254079 1845 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.24■■■□□ 2.27
SCN11AQ9UI33 RNASEH2B-201ENST00000336617 1629 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.23■■■□□ 2.27
SCN11AQ9UI33 IFNGR2-202ENST00000381995 1742 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC29.23■■■□□ 2.27
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 49 ms