Protein–RNA interactions for Protein: Q96MR9

ZNF560, Zinc finger protein 560, humanhuman

Predictions only

Length 790 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
ZNF560Q96MR9 FAM124A-204ENST00000615498 2383 ntTSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
ZNF560Q96MR9 CCDC166-201ENST00000542437 1320 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.21■■□□□ 1.47
ZNF560Q96MR9 DNPH1-201ENST00000230431 657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
ZNF560Q96MR9 ZNF767P-202ENST00000472212 2100 ntTSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
ZNF560Q96MR9 ARHGDIA-217ENST00000584461 886 ntTSL 2 BASIC24.21■■□□□ 1.47
ZNF560Q96MR9 AC110285.6-201ENST00000617652 491 ntBASIC24.21■■□□□ 1.47
ZNF560Q96MR9 RALB-208ENST00000631312 311 ntTSL 5 BASIC24.21■■□□□ 1.47
ZNF560Q96MR9 HSD11B2-201ENST00000326152 1900 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
ZNF560Q96MR9 PTPN2-202ENST00000327283 1706 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
ZNF560Q96MR9 HEXDC-202ENST00000337014 2285 ntTSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
ZNF560Q96MR9 HNRNPAB-201ENST00000355836 1602 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
ZNF560Q96MR9 SIGLEC15-201ENST00000389474 1573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.47
ZNF560Q96MR9 TMEM121-202ENST00000431372 1519 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.2■■□□□ 1.47
ZNF560Q96MR9 TLX3-201ENST00000296921 1493 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.47
ZNF560Q96MR9 ZC3H14-202ENST00000302216 2560 ntTSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.47
ZNF560Q96MR9 AC099791.2-201ENST00000605725 427 ntBASIC24.2■■□□□ 1.46
ZNF560Q96MR9 HNRNPD-202ENST00000352301 1667 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
ZNF560Q96MR9 PPIL6-203ENST00000440797 1693 ntTSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
ZNF560Q96MR9 AC064853.3-201ENST00000641801 1658 ntAPPRIS P1 BASIC24.2■■□□□ 1.46
ZNF560Q96MR9 NFKBIE-201ENST00000275015 2581 ntTSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
ZNF560Q96MR9 PON2-217ENST00000633192 1876 ntTSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
ZNF560Q96MR9 ECHDC1-203ENST00000368291 1354 ntTSL 2 BASIC24.19■■□□□ 1.46
ZNF560Q96MR9 SAMD8-202ENST00000372690 1654 ntTSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
ZNF560Q96MR9 ID2-201ENST00000234091 2041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
ZNF560Q96MR9 NMI-201ENST00000243346 1623 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
ZNF560Q96MR9 SPEF1-201ENST00000379756 1580 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
ZNF560Q96MR9 LSM8-203ENST00000422760 1920 ntTSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
ZNF560Q96MR9 PXK-202ENST00000356151 2037 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
ZNF560Q96MR9 AC113189.4-201ENST00000575331 5553 ntTSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
ZNF560Q96MR9 VAMP2-204ENST00000488857 874 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC24.18■■□□□ 1.46
ZNF560Q96MR9 RHOQ-201ENST00000238738 2975 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
ZNF560Q96MR9 ABCB10P4-201ENST00000566803 2184 ntBASIC24.18■■□□□ 1.46
ZNF560Q96MR9 AGBL5-201ENST00000323064 2382 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
ZNF560Q96MR9 HAR1A-201ENST00000433161 1882 ntTSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
ZNF560Q96MR9 VGF-203ENST00000611537 1622 ntTSL 5 BASIC24.17■■□□□ 1.46
ZNF560Q96MR9 SOX1-201ENST00000330949 2842 ntAPPRIS P1 BASIC24.17■■□□□ 1.46
ZNF560Q96MR9 CDC20-202ENST00000372462 1777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
ZNF560Q96MR9 ACAA1-219ENST00000625927 1760 ntTSL 5 BASIC24.17■■□□□ 1.46
ZNF560Q96MR9 UNC93B3-201ENST00000308076 687 ntBASIC24.17■■□□□ 1.46
ZNF560Q96MR9 CARD19-201ENST00000375464 855 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
ZNF560Q96MR9 CALM1-203ENST00000544280 1064 ntTSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
ZNF560Q96MR9 AC009086.3-201ENST00000623486 1008 ntBASIC24.17■■□□□ 1.46
ZNF560Q96MR9 PPAN-201ENST00000253107 1657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
ZNF560Q96MR9 RCC2-201ENST00000375433 2030 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
ZNF560Q96MR9 SMOX-202ENST00000305958 2233 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
ZNF560Q96MR9 SYT6-210ENST00000641643 1587 ntBASIC24.16■■□□□ 1.46
ZNF560Q96MR9 AC099805.1-201ENST00000523987 1797 ntTSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
ZNF560Q96MR9 PYCARD-202ENST00000350605 696 ntTSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
ZNF560Q96MR9 AL122058.1-201ENST00000412321 1166 ntTSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
ZNF560Q96MR9 SMIM29-205ENST00000468145 903 ntTSL 2 BASIC24.16■■□□□ 1.46
ZNF560Q96MR9 SMIM29-207ENST00000481533 1053 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
ZNF560Q96MR9 NRL-205ENST00000560550 788 ntTSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
ZNF560Q96MR9 PPP1R14A-204ENST00000591291 433 ntTSL 5 BASIC24.16■■□□□ 1.46
ZNF560Q96MR9 SF1-220ENST00000626028 704 ntTSL 2 BASIC24.16■■□□□ 1.46
ZNF560Q96MR9 KCNIP1-203ENST00000390656 2249 ntTSL 5 BASIC24.16■■□□□ 1.46
ZNF560Q96MR9 SESN3-202ENST00000416495 1408 ntTSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
ZNF560Q96MR9 FUS-210ENST00000568685 1785 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.16■■□□□ 1.46
ZNF560Q96MR9 PICALM-202ENST00000393346 2340 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
ZNF560Q96MR9 TMEM185A-208ENST00000611119 2662 ntTSL 2 BASIC24.16■■□□□ 1.46
ZNF560Q96MR9 CCDC107-203ENST00000378407 899 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.15■■□□□ 1.46
ZNF560Q96MR9 TYROBP-203ENST00000544690 522 ntTSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
ZNF560Q96MR9 ARG2-201ENST00000261783 2045 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
ZNF560Q96MR9 MADCAM1-205ENST00000613880 1509 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.15■■□□□ 1.46
ZNF560Q96MR9 LEFTY1-201ENST00000272134 1626 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.46
ZNF560Q96MR9 HACD3-205ENST00000562901 1797 ntTSL 5 BASIC24.14■■□□□ 1.46
ZNF560Q96MR9 ACYP2-202ENST00000394666 993 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.45
ZNF560Q96MR9 WDR86-AS1-204ENST00000489632 751 ntTSL 3 BASIC24.14■■□□□ 1.45
ZNF560Q96MR9 PCP4L1-201ENST00000504449 1424 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.45
ZNF560Q96MR9 LRRC34-206ENST00000522526 1899 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.45
ZNF560Q96MR9 TGFBR3L-202ENST00000565886 1260 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.14■■□□□ 1.45
ZNF560Q96MR9 AL136162.1-201ENST00000607711 1078 ntBASIC24.14■■□□□ 1.45
ZNF560Q96MR9 ZSWIM6-201ENST00000252744 5501 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.14■■□□□ 1.45
ZNF560Q96MR9 NPAS1-208ENST00000602212 2117 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.45
ZNF560Q96MR9 B3GALT4-204ENST00000451237 1694 ntAPPRIS P1 BASIC24.14■■□□□ 1.45
ZNF560Q96MR9 PTH1R-202ENST00000418619 2070 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.14■■□□□ 1.45
ZNF560Q96MR9 AL353743.1-201ENST00000637846 1769 ntTSL 5 BASIC24.14■■□□□ 1.45
ZNF560Q96MR9 CYP2A13-201ENST00000330436 1739 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
ZNF560Q96MR9 ARIH2OS-201ENST00000408959 1598 ntAPPRIS P1 BASIC24.13■■□□□ 1.45
ZNF560Q96MR9 NOCT-201ENST00000280614 1952 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
ZNF560Q96MR9 FXYD3-201ENST00000344013 1404 ntTSL 5 BASIC24.13■■□□□ 1.45
ZNF560Q96MR9 YTHDF1-201ENST00000370334 747 ntTSL 3 BASIC24.13■■□□□ 1.45
ZNF560Q96MR9 ZNF32-202ENST00000395797 1201 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.13■■□□□ 1.45
ZNF560Q96MR9 POLR2F-211ENST00000488684 564 ntTSL 2 BASIC24.13■■□□□ 1.45
ZNF560Q96MR9 ARFIP2-205ENST00000525235 852 ntTSL 2 BASIC24.13■■□□□ 1.45
ZNF560Q96MR9 ZNF264-206ENST00000600531 774 ntTSL 2 BASIC24.13■■□□□ 1.45
ZNF560Q96MR9 SPRED3-204ENST00000587013 1539 ntTSL 5 BASIC24.13■■□□□ 1.45
ZNF560Q96MR9 TBC1D22A-202ENST00000355704 1886 ntTSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
ZNF560Q96MR9 ARF1-213ENST00000540651 1972 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.12■■□□□ 1.45
ZNF560Q96MR9 AC135279.3-201ENST00000610945 1311 ntBASIC24.12■■□□□ 1.45
ZNF560Q96MR9 UBALD1-201ENST00000283474 1413 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
ZNF560Q96MR9 C19orf60-201ENST00000358607 839 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
ZNF560Q96MR9 LYPD2-201ENST00000359228 594 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
ZNF560Q96MR9 PTCHD3P2-201ENST00000424937 1205 ntBASIC24.12■■□□□ 1.45
ZNF560Q96MR9 C19orf60-202ENST00000450195 702 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
ZNF560Q96MR9 NDUFS3-206ENST00000528192 561 ntTSL 5 BASIC24.12■■□□□ 1.45
ZNF560Q96MR9 AC091982.4-201ENST00000623943 726 ntTSL 2 BASIC24.12■■□□□ 1.45
ZNF560Q96MR9 ARL6IP4-201ENST00000315580 1644 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
ZNF560Q96MR9 METTL21A-210ENST00000458426 1366 ntTSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
ZNF560Q96MR9 LGALS9B-202ENST00000423676 1713 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
ZNF560Q96MR9 PINK1-201ENST00000321556 2660 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 35 ms