Protein–RNA interactions for Protein: Q9NUL7

DDX28, Probable ATP-dependent RNA helicase DDX28, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 540 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
DDX28Q9NUL7 RPS2P7-201ENST00000447334 885 ntBASIC20.54■□□□□ 0.88
DDX28Q9NUL7 HNRNPUL1-221ENST00000617305 1018 ntTSL 1 (best) BASIC20.54■□□□□ 0.88
DDX28Q9NUL7 CBARP-202ENST00000382477 2453 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.54■□□□□ 0.88
DDX28Q9NUL7 RBM42-205ENST00000589871 1487 ntTSL 5 BASIC20.54■□□□□ 0.88
DDX28Q9NUL7 TAZ-216ENST00000613002 1485 ntTSL 1 (best) BASIC20.54■□□□□ 0.88
DDX28Q9NUL7 GP1BB-201ENST00000366425 1553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.54■□□□□ 0.88
DDX28Q9NUL7 SLC35A2-209ENST00000452555 1563 ntTSL 2 BASIC20.54■□□□□ 0.88
DDX28Q9NUL7 SNX18-203ENST00000381410 5218 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.54■□□□□ 0.88
DDX28Q9NUL7 TMEM200B-202ENST00000521452 2501 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.54■□□□□ 0.88
DDX28Q9NUL7 TMEFF1-201ENST00000374879 2611 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.54■□□□□ 0.88
DDX28Q9NUL7 LTK-201ENST00000263800 3046 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.53■□□□□ 0.88
DDX28Q9NUL7 STOML1-201ENST00000316900 2169 ntTSL 2 BASIC20.53■□□□□ 0.88
DDX28Q9NUL7 TMED2-201ENST00000262225 2560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.53■□□□□ 0.88
DDX28Q9NUL7 FAM86JP-203ENST00000485843 2012 ntTSL 1 (best) BASIC20.53■□□□□ 0.88
DDX28Q9NUL7 CRHR1-201ENST00000293493 2621 ntTSL 5 BASIC20.53■□□□□ 0.88
DDX28Q9NUL7 DAZAP1-201ENST00000233078 2160 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.53■□□□□ 0.88
DDX28Q9NUL7 C9orf163-202ENST00000624034 2573 ntBASIC20.53■□□□□ 0.88
DDX28Q9NUL7 SOX11-201ENST00000322002 8719 ntAPPRIS P1 BASIC20.53■□□□□ 0.88
DDX28Q9NUL7 RIMBP3C-202ENST00000433039 5784 ntAPPRIS P2 BASIC20.53■□□□□ 0.88
DDX28Q9NUL7 RAB20-201ENST00000267328 1518 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.53■□□□□ 0.88
DDX28Q9NUL7 LDHB-203ENST00000396076 1538 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.53■□□□□ 0.88
DDX28Q9NUL7 C2orf72-201ENST00000373640 3657 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.52■□□□□ 0.88
DDX28Q9NUL7 GALNT13-201ENST00000392825 5536 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.52■□□□□ 0.88
DDX28Q9NUL7 GFI1-203ENST00000427103 2693 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.52■□□□□ 0.88
DDX28Q9NUL7 MARK2-204ENST00000402010 4728 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.52■□□□□ 0.88
DDX28Q9NUL7 C20orf24-201ENST00000342422 896 ntTSL 2 BASIC20.52■□□□□ 0.88
DDX28Q9NUL7 C20orf24-202ENST00000344795 1114 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.52■□□□□ 0.88
DDX28Q9NUL7 IDNK-203ENST00000405990 629 ntTSL 2 BASIC20.52■□□□□ 0.88
DDX28Q9NUL7 CCND3-223ENST00000616010 2047 ntTSL 5 BASIC20.52■□□□□ 0.88
DDX28Q9NUL7 PPP2R2C-203ENST00000382599 1807 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.52■□□□□ 0.88
DDX28Q9NUL7 INPP5J-206ENST00000404453 1613 ntTSL 1 (best) BASIC20.52■□□□□ 0.88
DDX28Q9NUL7 DMRT2-209ENST00000635183 2190 ntTSL 5 BASIC20.52■□□□□ 0.88
DDX28Q9NUL7 RHOBTB3-206ENST00000506817 1432 ntTSL 2 BASIC20.52■□□□□ 0.87
DDX28Q9NUL7 AC093323.1-201ENST00000307533 2311 ntTSL 1 (best) BASIC20.52■□□□□ 0.87
DDX28Q9NUL7 LINGO3-201ENST00000585527 2241 ntAPPRIS P1 BASIC20.51■□□□□ 0.87
DDX28Q9NUL7 FIZ1-201ENST00000221665 2660 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.51■□□□□ 0.87
DDX28Q9NUL7 ANO8-204ENST00000630631 1905 ntTSL 5 BASIC20.51■□□□□ 0.87
DDX28Q9NUL7 UBE2K-201ENST00000261427 5245 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.51■□□□□ 0.87
DDX28Q9NUL7 TDRKH-206ENST00000440583 2296 ntTSL 5 BASIC20.51■□□□□ 0.87
DDX28Q9NUL7 ALDH16A1-203ENST00000540132 2174 ntTSL 2 BASIC20.51■□□□□ 0.87
DDX28Q9NUL7 PTCH1-210ENST00000468211 1254 ntTSL 1 (best) BASIC20.51■□□□□ 0.87
DDX28Q9NUL7 SNX5-219ENST00000606602 885 ntTSL 1 (best) BASIC20.51■□□□□ 0.87
DDX28Q9NUL7 TDRKH-205ENST00000368827 2318 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.51■□□□□ 0.87
DDX28Q9NUL7 USP25-202ENST00000285681 5216 ntTSL 1 (best) BASIC20.51■□□□□ 0.87
DDX28Q9NUL7 CTSF-201ENST00000310325 2035 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.51■□□□□ 0.87
DDX28Q9NUL7 DTNB-210ENST00000407186 2275 ntTSL 5 BASIC20.51■□□□□ 0.87
DDX28Q9NUL7 PRPSAP2-201ENST00000268835 1910 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.51■□□□□ 0.87
DDX28Q9NUL7 DTNB-206ENST00000404103 2384 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.5■□□□□ 0.87
DDX28Q9NUL7 KCNQ5-201ENST00000342056 6688 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC20.5■□□□□ 0.87
DDX28Q9NUL7 ZSCAN1-202ENST00000391700 952 ntTSL 1 (best) BASIC20.5■□□□□ 0.87
DDX28Q9NUL7 FAM136A-202ENST00000430566 885 ntTSL 3 BASIC20.5■□□□□ 0.87
DDX28Q9NUL7 TMEM191C-206ENST00000432134 1129 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.5■□□□□ 0.87
DDX28Q9NUL7 DUX4L9-201ENST00000449051 1259 ntBASIC20.5■□□□□ 0.87
DDX28Q9NUL7 UBE2I-213ENST00000566587 1098 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.5■□□□□ 0.87
DDX28Q9NUL7 AC087393.1-201ENST00000582896 145 ntBASIC20.5■□□□□ 0.87
DDX28Q9NUL7 MIR6765-201ENST00000614092 87 ntBASIC20.5■□□□□ 0.87
DDX28Q9NUL7 U85056.1-201ENST00000616429 682 ntBASIC20.5■□□□□ 0.87
DDX28Q9NUL7 SLC2A8-203ENST00000373371 2172 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.5■□□□□ 0.87
DDX28Q9NUL7 RFC2-201ENST00000055077 1695 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.5■□□□□ 0.87
DDX28Q9NUL7 RRAD-201ENST00000299759 1569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.5■□□□□ 0.87
DDX28Q9NUL7 AC141586.4-201ENST00000624558 1573 ntBASIC20.5■□□□□ 0.87
DDX28Q9NUL7 ADGRB1-201ENST00000323289 5527 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.5■□□□□ 0.87
DDX28Q9NUL7 CIDEB-201ENST00000258807 2294 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.5■□□□□ 0.87
DDX28Q9NUL7 EVC-201ENST00000264956 6431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.5■□□□□ 0.87
DDX28Q9NUL7 TXNRD2-201ENST00000334363 1893 ntTSL 1 (best) BASIC20.5■□□□□ 0.87
DDX28Q9NUL7 METTL24-201ENST00000338882 1119 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.49■□□□□ 0.87
DDX28Q9NUL7 YPEL1-202ENST00000403503 466 ntTSL 3 BASIC20.49■□□□□ 0.87
DDX28Q9NUL7 FAM222B-205ENST00000577682 549 ntTSL 4 BASIC20.49■□□□□ 0.87
DDX28Q9NUL7 TSPAN4-203ENST00000397397 1423 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.49■□□□□ 0.87
DDX28Q9NUL7 PCSK6-214ENST00000611716 4409 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.49■□□□□ 0.87
DDX28Q9NUL7 ZFYVE28-202ENST00000503000 1874 ntTSL 1 (best) BASIC20.49■□□□□ 0.87
DDX28Q9NUL7 PRSS56-201ENST00000449534 2157 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.49■□□□□ 0.87
DDX28Q9NUL7 PRSS56-203ENST00000617714 2158 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC20.49■□□□□ 0.87
DDX28Q9NUL7 DUSP22-201ENST00000344450 1485 ntTSL 1 (best) BASIC20.49■□□□□ 0.87
DDX28Q9NUL7 BDH1-207ENST00000441275 1605 ntTSL 5 BASIC20.49■□□□□ 0.87
DDX28Q9NUL7 RARA-AS1-201ENST00000581080 1790 ntTSL 1 (best) BASIC20.49■□□□□ 0.87
DDX28Q9NUL7 REPIN1-214ENST00000489432 2058 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.49■□□□□ 0.87
DDX28Q9NUL7 SKIDA1-201ENST00000444772 2667 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.49■□□□□ 0.87
DDX28Q9NUL7 C6orf136-201ENST00000293604 1978 ntTSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
DDX28Q9NUL7 RHOT1-205ENST00000545287 2516 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC20.48■□□□□ 0.87
DDX28Q9NUL7 SHISA8-202ENST00000621082 1405 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC20.48■□□□□ 0.87
DDX28Q9NUL7 MRPL23-202ENST00000381519 643 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.48■□□□□ 0.87
DDX28Q9NUL7 MRPL23-205ENST00000397298 736 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
DDX28Q9NUL7 FGF22-202ENST00000586042 1288 ntTSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
DDX28Q9NUL7 C11orf96-203ENST00000617612 1294 ntAPPRIS P1 BASIC20.48■□□□□ 0.87
DDX28Q9NUL7 AP000802.1-201ENST00000500537 1934 ntTSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
DDX28Q9NUL7 HSPBP1-201ENST00000255631 1768 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
DDX28Q9NUL7 ST3GAL5-269ENST00000640992 2292 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.48■□□□□ 0.87
DDX28Q9NUL7 JMJD8-201ENST00000412368 2038 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
DDX28Q9NUL7 PNMA6A-201ENST00000421798 2209 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.47■□□□□ 0.87
DDX28Q9NUL7 TTYH3-201ENST00000258796 4840 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
DDX28Q9NUL7 LMAN2-208ENST00000515209 1149 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC20.47■□□□□ 0.87
DDX28Q9NUL7 NHLH1-201ENST00000302101 2563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
DDX28Q9NUL7 TMEM51-205ENST00000434578 1861 ntTSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
DDX28Q9NUL7 C8orf82-202ENST00000524821 2476 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
DDX28Q9NUL7 SP9-201ENST00000394967 2554 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.46■□□□□ 0.87
DDX28Q9NUL7 TCF7L1-201ENST00000282111 2968 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
DDX28Q9NUL7 PSMG4-207ENST00000451246 824 ntTSL 3 BASIC20.46■□□□□ 0.87
DDX28Q9NUL7 LINC01233-202ENST00000598832 568 ntTSL 2 BASIC20.46■□□□□ 0.87
DDX28Q9NUL7 BCKDHB-202ENST00000356489 1514 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 18.9 ms