Protein–RNA interactions for Protein: Q9HCM9

TRIM39, E3 ubiquitin-protein ligase TRIM39, humanhuman

Predictions only

Length 518 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TRIM39Q9HCM9 DCAF4-206ENST00000509153 1521 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.47■■□□□ 1.19
TRIM39Q9HCM9 AC004812.2-201ENST00000611079 2094 ntBASIC22.46■■□□□ 1.19
TRIM39Q9HCM9 ADORA2B-201ENST00000304222 1735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
TRIM39Q9HCM9 EI24-213ENST00000618552 1747 ntTSL 5 BASIC22.46■■□□□ 1.19
TRIM39Q9HCM9 TNFRSF25-201ENST00000348333 1119 ntTSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
TRIM39Q9HCM9 TNFRSF25-202ENST00000351748 705 ntTSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
TRIM39Q9HCM9 QDPR-206ENST00000508623 601 ntTSL 3 BASIC22.46■■□□□ 1.19
TRIM39Q9HCM9 ZNRF1-205ENST00000566250 1069 ntTSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
TRIM39Q9HCM9 ZNRF1-206ENST00000567962 1234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
TRIM39Q9HCM9 CBWD3-213ENST00000618217 1611 ntTSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
TRIM39Q9HCM9 GATS-205ENST00000436886 2726 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.19
TRIM39Q9HCM9 GNB1-210ENST00000615252 3048 ntTSL 5 BASIC22.45■■□□□ 1.18
TRIM39Q9HCM9 AC093323.1-202ENST00000635031 2045 ntBASIC22.45■■□□□ 1.18
TRIM39Q9HCM9 MEIS3-201ENST00000331559 2104 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.45■■□□□ 1.18
TRIM39Q9HCM9 SMOX-201ENST00000278795 2164 ntTSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
TRIM39Q9HCM9 AMZ2P1-201ENST00000397713 2259 ntTSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
TRIM39Q9HCM9 TRIOBP-203ENST00000403663 2324 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
TRIM39Q9HCM9 CDKN2B-202ENST00000380142 859 ntTSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
TRIM39Q9HCM9 TMEM134-202ENST00000393877 823 ntTSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
TRIM39Q9HCM9 MAST4-206ENST00000406374 1066 ntTSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
TRIM39Q9HCM9 EPDR1-202ENST00000423717 638 ntTSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
TRIM39Q9HCM9 AL512631.2-201ENST00000604634 923 ntBASIC22.45■■□□□ 1.18
TRIM39Q9HCM9 RASSF1-AS1-201ENST00000629828 790 ntBASIC22.45■■□□□ 1.18
TRIM39Q9HCM9 PLPP2-202ENST00000327790 1397 ntTSL 5 BASIC22.45■■□□□ 1.18
TRIM39Q9HCM9 PFKP-201ENST00000381072 1698 ntTSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
TRIM39Q9HCM9 LRRC24-201ENST00000529415 1758 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
TRIM39Q9HCM9 TLX1-203ENST00000467928 1838 ntTSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
TRIM39Q9HCM9 SPHK1-210ENST00000592299 1821 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
TRIM39Q9HCM9 RAB40B-201ENST00000269347 2189 ntTSL 2 BASIC22.45■■□□□ 1.18
TRIM39Q9HCM9 MBOAT7-205ENST00000431666 2471 ntTSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
TRIM39Q9HCM9 HES6-201ENST00000272937 1454 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
TRIM39Q9HCM9 HOMER2-201ENST00000304231 1990 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC22.44■■□□□ 1.18
TRIM39Q9HCM9 CLTB-201ENST00000310418 1215 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
TRIM39Q9HCM9 CLTB-202ENST00000345807 1161 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
TRIM39Q9HCM9 CTAG1B-202ENST00000359887 998 ntTSL 2 BASIC22.44■■□□□ 1.18
TRIM39Q9HCM9 SURF2-201ENST00000371964 842 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
TRIM39Q9HCM9 IL15RA-209ENST00000397255 759 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.44■■□□□ 1.18
TRIM39Q9HCM9 IL15RA-216ENST00000530685 660 ntTSL 5 BASIC22.44■■□□□ 1.18
TRIM39Q9HCM9 CCDC106-205ENST00000588740 1404 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
TRIM39Q9HCM9 USF2-207ENST00000595068 1612 ntTSL 5 BASIC22.44■■□□□ 1.18
TRIM39Q9HCM9 FAM124A-204ENST00000615498 2383 ntTSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
TRIM39Q9HCM9 RILP-201ENST00000301336 1771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
TRIM39Q9HCM9 GMPPB-202ENST00000308388 1582 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
TRIM39Q9HCM9 PEX7-201ENST00000318471 1464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
TRIM39Q9HCM9 TMC6-218ENST00000591436 1155 ntTSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
TRIM39Q9HCM9 AL445237.1-202ENST00000604581 425 ntTSL 5 BASIC22.43■■□□□ 1.18
TRIM39Q9HCM9 SH2D3A-202ENST00000437152 2013 ntTSL 2 BASIC22.43■■□□□ 1.18
TRIM39Q9HCM9 PTX3-201ENST00000295927 1940 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
TRIM39Q9HCM9 GNAS-201ENST00000265620 1866 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
TRIM39Q9HCM9 KLC3-202ENST00000470402 1820 ntTSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
TRIM39Q9HCM9 GRIN2D-201ENST00000263269 5093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
TRIM39Q9HCM9 HEXDC-202ENST00000337014 2285 ntTSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
TRIM39Q9HCM9 C1QTNF1-207ENST00000580454 1396 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.42■■□□□ 1.18
TRIM39Q9HCM9 FAM173A-201ENST00000219535 806 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.42■■□□□ 1.18
TRIM39Q9HCM9 PRELID1-203ENST00000503216 1171 ntTSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
TRIM39Q9HCM9 MIR4466-201ENST00000606121 54 ntBASIC22.42■■□□□ 1.18
TRIM39Q9HCM9 PICALM-202ENST00000393346 2340 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
TRIM39Q9HCM9 ACOT1-201ENST00000311148 1713 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
TRIM39Q9HCM9 DCAF15-201ENST00000254337 2278 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
TRIM39Q9HCM9 AL117348.2-201ENST00000432920 1625 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.42■■□□□ 1.18
TRIM39Q9HCM9 ZNF767P-202ENST00000472212 2100 ntTSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
TRIM39Q9HCM9 SCAMP3-202ENST00000355379 1537 ntTSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
TRIM39Q9HCM9 OSCAR-211ENST00000617140 1547 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.41■■□□□ 1.18
TRIM39Q9HCM9 ACBD4-214ENST00000591859 1998 ntTSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
TRIM39Q9HCM9 AMZ2-219ENST00000612294 1498 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
TRIM39Q9HCM9 AGBL5-201ENST00000323064 2382 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
TRIM39Q9HCM9 BCL11B-203ENST00000443726 2599 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.41■■□□□ 1.18
TRIM39Q9HCM9 SDHAP1-204ENST00000427415 559 ntTSL 4 BASIC22.41■■□□□ 1.18
TRIM39Q9HCM9 PEMT-206ENST00000435340 960 ntTSL 5 BASIC22.41■■□□□ 1.18
TRIM39Q9HCM9 NDEL1-201ENST00000334527 2372 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
TRIM39Q9HCM9 GFRA4-201ENST00000290417 1427 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
TRIM39Q9HCM9 PON2-202ENST00000433091 1726 ntTSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
TRIM39Q9HCM9 CAPNS1-207ENST00000589146 578 ntTSL 3 BASIC22.4■■□□□ 1.18
TRIM39Q9HCM9 C20orf27-202ENST00000379772 1886 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
TRIM39Q9HCM9 FZD8-201ENST00000374694 4030 ntAPPRIS P1 BASIC22.4■■□□□ 1.18
TRIM39Q9HCM9 AKT1-203ENST00000407796 2710 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
TRIM39Q9HCM9 LINC01116-201ENST00000295549 1407 ntTSL 2 BASIC22.4■■□□□ 1.18
TRIM39Q9HCM9 SMOX-202ENST00000305958 2233 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.18
TRIM39Q9HCM9 UROS-204ENST00000368797 1313 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.18
TRIM39Q9HCM9 BAD-203ENST00000394532 1157 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
TRIM39Q9HCM9 AL136116.3-201ENST00000402907 1138 ntBASIC22.39■■□□□ 1.17
TRIM39Q9HCM9 PABPN1-207ENST00000556821 1220 ntTSL 2 BASIC22.39■■□□□ 1.17
TRIM39Q9HCM9 NAGLU-201ENST00000225927 2544 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
TRIM39Q9HCM9 PFKFB4-202ENST00000383734 1491 ntTSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
TRIM39Q9HCM9 ST7-201ENST00000265437 2899 ntTSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
TRIM39Q9HCM9 AC009102.2-201ENST00000606772 1639 ntBASIC22.39■■□□□ 1.17
TRIM39Q9HCM9 ID2-201ENST00000234091 2041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
TRIM39Q9HCM9 PTPN2-202ENST00000327283 1706 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
TRIM39Q9HCM9 HSD11B2-201ENST00000326152 1900 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
TRIM39Q9HCM9 SSR2-210ENST00000480567 895 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.38■■□□□ 1.17
TRIM39Q9HCM9 Z98883.1-202ENST00000635107 1289 ntTSL 5 BASIC22.38■■□□□ 1.17
TRIM39Q9HCM9 EPM2A-209ENST00000638262 2679 ntTSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
TRIM39Q9HCM9 PPP1R1B-201ENST00000254079 1845 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
TRIM39Q9HCM9 UFD1-201ENST00000263202 1814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
TRIM39Q9HCM9 NAT8L-202ENST00000423729 5870 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
TRIM39Q9HCM9 SPG21-202ENST00000416889 1533 ntTSL 2 BASIC22.37■■□□□ 1.17
TRIM39Q9HCM9 GGTA1P-203ENST00000481799 1487 ntTSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
TRIM39Q9HCM9 MAST4-205ENST00000406039 717 ntTSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
TRIM39Q9HCM9 RAB6B-203ENST00000469959 500 ntTSL 3 BASIC22.37■■□□□ 1.17
TRIM39Q9HCM9 SENCR-201ENST00000526269 1298 ntTSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 69.5 ms