Protein–RNA interactions for Protein: Q8N8U3

RTL3, Retrotransposon Gag-like protein 3, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 475 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
RTL3Q8N8U3 CBLN2-209ENST00000585159 2406 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
RTL3Q8N8U3 RNF223-201ENST00000453464 1902 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.43■■□□□ 1.34
RTL3Q8N8U3 PON2-217ENST00000633192 1876 ntTSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
RTL3Q8N8U3 NPAS3-201ENST00000346562 5847 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
RTL3Q8N8U3 CAPNS1-207ENST00000589146 578 ntTSL 3 BASIC23.43■■□□□ 1.34
RTL3Q8N8U3 HAUS7-211ENST00000626181 414 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.43■■□□□ 1.34
RTL3Q8N8U3 SPANXA2-OT1-201ENST00000622372 1686 ntTSL 2 BASIC23.43■■□□□ 1.34
RTL3Q8N8U3 CAPN10-207ENST00000391984 2644 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
RTL3Q8N8U3 KCNIP1-203ENST00000390656 2249 ntTSL 5 BASIC23.43■■□□□ 1.34
RTL3Q8N8U3 HES6-201ENST00000272937 1454 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
RTL3Q8N8U3 SHD-201ENST00000543264 2577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
RTL3Q8N8U3 SPHK1-210ENST00000592299 1821 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
RTL3Q8N8U3 C5orf58-204ENST00000521850 2113 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
RTL3Q8N8U3 EPB41L4B-202ENST00000374566 5800 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
RTL3Q8N8U3 TMEM256-PLSCR3-204ENST00000573331 2557 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC23.42■■□□□ 1.34
RTL3Q8N8U3 AC103702.2-201ENST00000433510 1270 ntTSL 2 BASIC23.42■■□□□ 1.34
RTL3Q8N8U3 AL356441.2-201ENST00000443009 864 ntBASIC23.42■■□□□ 1.34
RTL3Q8N8U3 GRAMD4P7-201ENST00000578182 1232 ntBASIC23.42■■□□□ 1.34
RTL3Q8N8U3 TUBBP5-204ENST00000635438 565 ntTSL 4 BASIC23.42■■□□□ 1.34
RTL3Q8N8U3 AC005703.6-201ENST00000623265 1329 ntBASIC23.41■■□□□ 1.34
RTL3Q8N8U3 HNRNPAB-208ENST00000515193 1595 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.41■■□□□ 1.34
RTL3Q8N8U3 TSPAN17-204ENST00000503045 1019 ntTSL 5 BASIC23.41■■□□□ 1.34
RTL3Q8N8U3 MIR6724-1-201ENST00000616420 92 ntBASIC23.41■■□□□ 1.34
RTL3Q8N8U3 MIR6724-2-201ENST00000616483 92 ntBASIC23.41■■□□□ 1.34
RTL3Q8N8U3 MIR6724-4-201ENST00000617390 92 ntBASIC23.41■■□□□ 1.34
RTL3Q8N8U3 MIR6724-3-201ENST00000622482 92 ntBASIC23.41■■□□□ 1.34
RTL3Q8N8U3 C1QL2-201ENST00000272520 2043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
RTL3Q8N8U3 PPP2R2C-203ENST00000382599 1807 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
RTL3Q8N8U3 NIPA2-202ENST00000359727 1531 ntTSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
RTL3Q8N8U3 ACOT1-201ENST00000311148 1713 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
RTL3Q8N8U3 TFPT-201ENST00000391757 774 ntTSL 5 BASIC23.4■■□□□ 1.34
RTL3Q8N8U3 TFPT-202ENST00000391758 804 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
RTL3Q8N8U3 RAB6B-203ENST00000469959 500 ntTSL 3 BASIC23.4■■□□□ 1.34
RTL3Q8N8U3 NPAS1-208ENST00000602212 2117 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
RTL3Q8N8U3 PFKP-201ENST00000381072 1698 ntTSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
RTL3Q8N8U3 HOXD9-201ENST00000249499 1870 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
RTL3Q8N8U3 CHST6-202ENST00000390664 2093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
RTL3Q8N8U3 LMTK3-201ENST00000270238 4972 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
RTL3Q8N8U3 AC099805.1-201ENST00000523987 1797 ntTSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
RTL3Q8N8U3 PURG-202ENST00000475541 2875 ntAPPRIS P1 BASIC23.39■■□□□ 1.34
RTL3Q8N8U3 PPIL6-203ENST00000440797 1693 ntTSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.34
RTL3Q8N8U3 PCOLCE2-201ENST00000295992 2021 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.34
RTL3Q8N8U3 PPP1R1B-201ENST00000254079 1845 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.33
RTL3Q8N8U3 CHAC1-201ENST00000444189 1204 ntTSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.33
RTL3Q8N8U3 AP002893.1-201ENST00000528885 684 ntTSL 2 BASIC23.39■■□□□ 1.33
RTL3Q8N8U3 FAM21EP-202ENST00000456967 2177 ntTSL 2 BASIC23.39■■□□□ 1.33
RTL3Q8N8U3 RABGGTA-202ENST00000399409 2265 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.33
RTL3Q8N8U3 EML2-209ENST00000587152 2763 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.39■■□□□ 1.33
RTL3Q8N8U3 BCL2L12-212ENST00000616144 1854 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.33
RTL3Q8N8U3 OSCAR-211ENST00000617140 1547 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.38■■□□□ 1.33
RTL3Q8N8U3 CPLX1-203ENST00000505203 2011 ntTSL 2 BASIC23.38■■□□□ 1.33
RTL3Q8N8U3 TRAPPC5-202ENST00000426877 765 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.38■■□□□ 1.33
RTL3Q8N8U3 SLC16A10-206ENST00000612036 1231 ntTSL 5 BASIC23.38■■□□□ 1.33
RTL3Q8N8U3 LGALS9B-202ENST00000423676 1713 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
RTL3Q8N8U3 TSNARE1-208ENST00000524325 1963 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC23.38■■□□□ 1.33
RTL3Q8N8U3 TGFBRAP1-202ENST00000393359 5979 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
RTL3Q8N8U3 CCNG2-201ENST00000316355 5526 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
RTL3Q8N8U3 RAB11FIP1-203ENST00000522727 1866 ntTSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
RTL3Q8N8U3 AC090241.2-201ENST00000602329 432 ntTSL 4 BASIC23.37■■□□□ 1.33
RTL3Q8N8U3 FNDC4-201ENST00000264703 1657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
RTL3Q8N8U3 CTSF-201ENST00000310325 2035 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
RTL3Q8N8U3 IFNGR2-202ENST00000381995 1742 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.36■■□□□ 1.33
RTL3Q8N8U3 KHSRP-201ENST00000398148 2993 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
RTL3Q8N8U3 AC112229.4-201ENST00000488671 1528 ntTSL 2 BASIC23.36■■□□□ 1.33
RTL3Q8N8U3 GALNT12-201ENST00000375011 2735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
RTL3Q8N8U3 PON2-218ENST00000633531 1653 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
RTL3Q8N8U3 DNAJC25-GNG10-201ENST00000374294 1448 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.35■■□□□ 1.33
RTL3Q8N8U3 UBL7-202ENST00000395081 1427 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
RTL3Q8N8U3 RASEF-201ENST00000340717 1765 ntTSL 2 BASIC23.35■■□□□ 1.33
RTL3Q8N8U3 RPP38-207ENST00000616640 1537 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.35■■□□□ 1.33
RTL3Q8N8U3 ID4-201ENST00000378700 2344 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
RTL3Q8N8U3 USF2-207ENST00000595068 1612 ntTSL 5 BASIC23.35■■□□□ 1.33
RTL3Q8N8U3 DRAP1-201ENST00000312515 989 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
RTL3Q8N8U3 U2AF1-202ENST00000380276 940 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
RTL3Q8N8U3 AC092343.1-201ENST00000500224 729 ntTSL 3 BASIC23.35■■□□□ 1.33
RTL3Q8N8U3 MCUB-201ENST00000394650 2278 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
RTL3Q8N8U3 CNTFR-201ENST00000351266 1910 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
RTL3Q8N8U3 ZNF503-AS2-202ENST00000466942 1430 ntTSL 2 BASIC23.34■■□□□ 1.33
RTL3Q8N8U3 B3GAT3-201ENST00000265471 1641 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
RTL3Q8N8U3 MBOAT7-205ENST00000431666 2471 ntTSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
RTL3Q8N8U3 UFD1-201ENST00000263202 1814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
RTL3Q8N8U3 CADPS-203ENST00000383710 5471 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
RTL3Q8N8U3 MT2A-201ENST00000245185 786 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
RTL3Q8N8U3 UBFD1-208ENST00000567264 642 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.34■■□□□ 1.33
RTL3Q8N8U3 EEF1D-203ENST00000419152 1452 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.34■■□□□ 1.33
RTL3Q8N8U3 KCNMA1-283ENST00000640523 5425 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.34■■□□□ 1.33
RTL3Q8N8U3 SLC25A29-201ENST00000359232 2385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
RTL3Q8N8U3 PLEKHB1-201ENST00000227214 2016 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.33
RTL3Q8N8U3 SNX18-201ENST00000326277 2063 ntTSL 2 BASIC23.33■■□□□ 1.33
RTL3Q8N8U3 HACD3-205ENST00000562901 1797 ntTSL 5 BASIC23.33■■□□□ 1.33
RTL3Q8N8U3 GGTA1P-203ENST00000481799 1487 ntTSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.33
RTL3Q8N8U3 OSCAR-203ENST00000356532 1355 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.33
RTL3Q8N8U3 OSCAR-204ENST00000358375 1389 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.33
RTL3Q8N8U3 OSCAR-210ENST00000616447 1358 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.33■■□□□ 1.33
RTL3Q8N8U3 P2RX2-205ENST00000352418 1200 ntTSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.33
RTL3Q8N8U3 ARPC4-208ENST00000498623 942 ntTSL 2 BASIC23.33■■□□□ 1.33
RTL3Q8N8U3 PARP9-207ENST00000492382 1837 ntTSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.32
RTL3Q8N8U3 CYP2A13-201ENST00000330436 1739 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.32
RTL3Q8N8U3 CCDC106-205ENST00000588740 1404 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.32
RTL3Q8N8U3 TTC39A-203ENST00000371747 1876 ntTSL 2 BASIC23.32■■□□□ 1.32
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 38.4 ms