Protein–RNA interactions for Protein: Q8N205

SYNE4, Nesprin-4, humanhuman

Predictions only

Length 404 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SYNE4Q8N205 GDF1-201ENST00000247005 2517 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.66■■■□□ 2.18
SYNE4Q8N205 CERS1-204ENST00000623882 2517 ntTSL 1 (best) BASIC28.66■■■□□ 2.18
SYNE4Q8N205 SYNGR3-201ENST00000248121 2051 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.65■■■□□ 2.18
SYNE4Q8N205 DGCR6-208ENST00000608842 1837 ntTSL 2 BASIC28.65■■■□□ 2.18
SYNE4Q8N205 AL122058.1-201ENST00000412321 1166 ntTSL 1 (best) BASIC28.65■■■□□ 2.18
SYNE4Q8N205 ATP6V0B-204ENST00000471859 865 ntTSL 5 BASIC28.65■■■□□ 2.18
SYNE4Q8N205 CFAP99-207ENST00000635017 2298 ntTSL 5 BASIC28.65■■■□□ 2.18
SYNE4Q8N205 ADSSL1-201ENST00000330877 1766 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.65■■■□□ 2.18
SYNE4Q8N205 SDF4-202ENST00000360001 1956 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.64■■■□□ 2.18
SYNE4Q8N205 CPSF4-204ENST00000436336 1738 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC28.64■■■□□ 2.18
SYNE4Q8N205 PTMA-205ENST00000410064 814 ntTSL 2 BASIC28.64■■■□□ 2.18
SYNE4Q8N205 CAMTA1-208ENST00000473578 567 ntTSL 1 (best) BASIC28.64■■■□□ 2.18
SYNE4Q8N205 WDR86-AS1-204ENST00000489632 751 ntTSL 3 BASIC28.64■■■□□ 2.18
SYNE4Q8N205 SF1-220ENST00000626028 704 ntTSL 2 BASIC28.64■■■□□ 2.18
SYNE4Q8N205 RING1-201ENST00000374656 1752 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.64■■■□□ 2.18
SYNE4Q8N205 ARHGEF9-210ENST00000623517 2143 ntTSL 2 BASIC28.64■■■□□ 2.18
SYNE4Q8N205 C14orf80-206ENST00000392527 1476 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.64■■■□□ 2.17
SYNE4Q8N205 CBWD2-201ENST00000259199 1812 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.64■■■□□ 2.17
SYNE4Q8N205 ECEL1-202ENST00000409941 2322 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC28.63■■■□□ 2.17
SYNE4Q8N205 ATP5C1-202ENST00000356708 1163 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC28.63■■■□□ 2.17
SYNE4Q8N205 CCDC160-201ENST00000370809 1299 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.63■■■□□ 2.17
SYNE4Q8N205 AC006455.2-201ENST00000429931 906 ntBASIC28.63■■■□□ 2.17
SYNE4Q8N205 PAFAH1B2-205ENST00000529887 1056 ntTSL 1 (best) BASIC28.63■■■□□ 2.17
SYNE4Q8N205 AP006621.3-202ENST00000530083 765 ntTSL 3 BASIC28.63■■■□□ 2.17
SYNE4Q8N205 NKX2-2-AS1-201ENST00000549659 638 ntTSL 5 BASIC28.63■■■□□ 2.17
SYNE4Q8N205 DUX4L19-201ENST00000557448 1267 ntBASIC28.63■■■□□ 2.17
SYNE4Q8N205 HNRNPL-201ENST00000221419 2471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.63■■■□□ 2.17
SYNE4Q8N205 RCAN1-201ENST00000313806 2490 ntTSL 1 (best) BASIC28.63■■■□□ 2.17
SYNE4Q8N205 C17orf82-201ENST00000623772 1530 ntBASIC28.63■■■□□ 2.17
SYNE4Q8N205 MYPOP-201ENST00000322217 1890 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.62■■■□□ 2.17
SYNE4Q8N205 HABP4-202ENST00000375251 2304 ntTSL 1 (best) BASIC28.62■■■□□ 2.17
SYNE4Q8N205 PTCHD3P2-201ENST00000424937 1205 ntBASIC28.62■■■□□ 2.17
SYNE4Q8N205 AC097381.1-201ENST00000429019 1296 ntBASIC28.62■■■□□ 2.17
SYNE4Q8N205 POLR2H-208ENST00000456318 1802 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.62■■■□□ 2.17
SYNE4Q8N205 EZH2-206ENST00000478654 2522 ntTSL 5 BASIC28.62■■■□□ 2.17
SYNE4Q8N205 SNUPN-207ENST00000567134 1641 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.61■■■□□ 2.17
SYNE4Q8N205 CBWD2-203ENST00000416503 1665 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.61■■■□□ 2.17
SYNE4Q8N205 ZDHHC16-205ENST00000370846 1280 ntTSL 3 BASIC28.61■■■□□ 2.17
SYNE4Q8N205 MOSPD3-203ENST00000393950 1191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.61■■■□□ 2.17
SYNE4Q8N205 TANGO2-207ENST00000420290 1859 ntTSL 2 BASIC28.61■■■□□ 2.17
SYNE4Q8N205 CDIPT-207ENST00000566113 1671 ntTSL 2 BASIC28.61■■■□□ 2.17
SYNE4Q8N205 FEZ2-203ENST00000379245 2097 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.6■■■□□ 2.17
SYNE4Q8N205 AC091305.1-201ENST00000479476 895 ntBASIC28.6■■■□□ 2.17
SYNE4Q8N205 AC087623.3-201ENST00000607047 1098 ntBASIC28.6■■■□□ 2.17
SYNE4Q8N205 IKBIP-202ENST00000342502 1645 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC28.6■■■□□ 2.17
SYNE4Q8N205 DNAJB11-201ENST00000265028 1688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.6■■■□□ 2.17
SYNE4Q8N205 SNCB-201ENST00000310112 1383 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.6■■■□□ 2.17
SYNE4Q8N205 KBTBD13-201ENST00000432196 1377 ntAPPRIS P1 BASIC28.6■■■□□ 2.17
SYNE4Q8N205 LINC00092-201ENST00000412122 1726 ntTSL 1 (best) BASIC28.6■■■□□ 2.17
SYNE4Q8N205 CDC16-204ENST00000360383 2211 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC28.59■■■□□ 2.17
SYNE4Q8N205 SPTSSA-201ENST00000298130 2777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.59■■■□□ 2.17
SYNE4Q8N205 USF2-207ENST00000595068 1612 ntTSL 5 BASIC28.59■■■□□ 2.17
SYNE4Q8N205 PFKP-201ENST00000381072 1698 ntTSL 1 (best) BASIC28.59■■■□□ 2.17
SYNE4Q8N205 UBFD1-208ENST00000567264 642 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.59■■■□□ 2.17
SYNE4Q8N205 SYF2-201ENST00000236273 1345 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.59■■■□□ 2.17
SYNE4Q8N205 ENKD1-206ENST00000602644 1353 ntTSL 5 BASIC28.59■■■□□ 2.17
SYNE4Q8N205 LEFTY1-201ENST00000272134 1626 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.58■■■□□ 2.17
SYNE4Q8N205 AC022211.4-201ENST00000625094 2161 ntBASIC28.58■■■□□ 2.17
SYNE4Q8N205 KREMEN2-205ENST00000575769 1922 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.58■■■□□ 2.17
SYNE4Q8N205 TTBK2-207ENST00000567840 1961 ntTSL 1 (best) BASIC28.58■■■□□ 2.17
SYNE4Q8N205 CD37-213ENST00000598095 1598 ntTSL 2 BASIC28.58■■■□□ 2.17
SYNE4Q8N205 SNRNP70-201ENST00000221448 1603 ntTSL 2 BASIC28.58■■■□□ 2.17
SYNE4Q8N205 UBAP1L-203ENST00000559089 1694 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.58■■■□□ 2.16
SYNE4Q8N205 SCO2-204ENST00000543927 1051 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.57■■■□□ 2.16
SYNE4Q8N205 ZNF264-206ENST00000600531 774 ntTSL 2 BASIC28.57■■■□□ 2.16
SYNE4Q8N205 SYNGR3-206ENST00000618464 1213 ntTSL 1 (best) BASIC28.57■■■□□ 2.16
SYNE4Q8N205 SLC35A3-216ENST00000639221 1032 ntTSL 5 BASIC28.57■■■□□ 2.16
SYNE4Q8N205 OAS3-205ENST00000548514 1392 ntTSL 2 BASIC28.57■■■□□ 2.16
SYNE4Q8N205 MADCAM1-206ENST00000617201 1491 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.57■■■□□ 2.16
SYNE4Q8N205 MADCAM1-207ENST00000619333 1485 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.57■■■□□ 2.16
SYNE4Q8N205 MADCAM1-210ENST00000622462 1461 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.57■■■□□ 2.16
SYNE4Q8N205 ZNF837-201ENST00000427624 2038 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.56■■■□□ 2.16
SYNE4Q8N205 HSPBP1-202ENST00000433386 1572 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.56■■■□□ 2.16
SYNE4Q8N205 AL162430.1-201ENST00000480705 870 ntBASIC28.56■■■□□ 2.16
SYNE4Q8N205 PCP4L1-201ENST00000504449 1424 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.56■■■□□ 2.16
SYNE4Q8N205 AC093249.6-202ENST00000568500 1142 ntTSL 2 BASIC28.56■■■□□ 2.16
SYNE4Q8N205 SLC12A5-217ENST00000626937 1224 ntTSL 1 (best) BASIC28.56■■■□□ 2.16
SYNE4Q8N205 AKT1S1-203ENST00000391831 2025 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.55■■■□□ 2.16
SYNE4Q8N205 RASEF-201ENST00000340717 1765 ntTSL 2 BASIC28.55■■■□□ 2.16
SYNE4Q8N205 MYCBPAP-202ENST00000419930 1640 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.55■■■□□ 2.16
SYNE4Q8N205 PLBD2-202ENST00000545182 2321 ntTSL 2 BASIC28.55■■■□□ 2.16
SYNE4Q8N205 TMEM202-AS1-202ENST00000565181 2325 ntBASIC28.55■■■□□ 2.16
SYNE4Q8N205 SLC22A18-201ENST00000312221 1628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.54■■■□□ 2.16
SYNE4Q8N205 MED25-211ENST00000617849 1548 ntTSL 1 (best) BASIC28.54■■■□□ 2.16
SYNE4Q8N205 LINC01116-201ENST00000295549 1407 ntTSL 2 BASIC28.54■■■□□ 2.16
SYNE4Q8N205 CENPH-201ENST00000283006 1389 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.54■■■□□ 2.16
SYNE4Q8N205 FXYD7-201ENST00000270310 712 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.54■■■□□ 2.16
SYNE4Q8N205 PPM1N-207ENST00000451287 1293 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.54■■■□□ 2.16
SYNE4Q8N205 AC004707.1-201ENST00000511627 715 ntTSL 3 BASIC28.54■■■□□ 2.16
SYNE4Q8N205 NRIP3-203ENST00000531090 980 ntTSL 2 BASIC28.54■■■□□ 2.16
SYNE4Q8N205 PLD4-205ENST00000553861 667 ntTSL 2 BASIC28.54■■■□□ 2.16
SYNE4Q8N205 PRSS22-203ENST00000571228 1037 ntTSL 2 BASIC28.54■■■□□ 2.16
SYNE4Q8N205 AIPL1-206ENST00000571740 1202 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.54■■■□□ 2.16
SYNE4Q8N205 CA15P2-201ENST00000611168 834 ntBASIC28.54■■■□□ 2.16
SYNE4Q8N205 NKILA-201ENST00000613231 537 ntTSL 4 BASIC28.54■■■□□ 2.16
SYNE4Q8N205 BIN1-201ENST00000259238 2338 ntTSL 1 (best) BASIC28.53■■■□□ 2.16
SYNE4Q8N205 STARD3NL-201ENST00000009041 1728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.53■■■□□ 2.16
SYNE4Q8N205 SAP25-203ENST00000614631 987 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC28.53■■■□□ 2.16
SYNE4Q8N205 HNRNPAB-201ENST00000355836 1602 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.52■■■□□ 2.16
SYNE4Q8N205 SRPK3-205ENST00000393786 1900 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.52■■■□□ 2.16
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 33.5 ms