Protein–RNA interactions for Protein: Q9H4Z3

PCIF1, Phosphorylated CTD-interacting factor 1, humanhuman

Predictions only

Length 704 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
PCIF1Q9H4Z3 TRIR-205ENST00000592273 783 ntTSL 3 BASIC25.05■■□□□ 1.6
PCIF1Q9H4Z3 AL161729.1-201ENST00000604104 1402 ntBASIC25.04■■□□□ 1.6
PCIF1Q9H4Z3 P4HA3-201ENST00000331597 2274 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.04■■□□□ 1.6
PCIF1Q9H4Z3 FKBP8-209ENST00000597960 1781 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC25.04■■□□□ 1.6
PCIF1Q9H4Z3 FEZ1-202ENST00000366139 1053 ntTSL 2 BASIC25.04■■□□□ 1.6
PCIF1Q9H4Z3 NAXE-202ENST00000368234 901 ntTSL 1 (best) BASIC25.04■■□□□ 1.6
PCIF1Q9H4Z3 PEMT-202ENST00000395781 1050 ntTSL 2 BASIC25.04■■□□□ 1.6
PCIF1Q9H4Z3 GUCD1-202ENST00000402766 865 ntTSL 2 BASIC25.04■■□□□ 1.6
PCIF1Q9H4Z3 MAGI2-AS3-201ENST00000414797 1072 ntTSL 2 BASIC25.04■■□□□ 1.6
PCIF1Q9H4Z3 CREM-229ENST00000474362 1030 ntTSL 2 BASIC25.04■■□□□ 1.6
PCIF1Q9H4Z3 AC005551.1-201ENST00000641816 493 ntAPPRIS P1 BASIC25.04■■□□□ 1.6
PCIF1Q9H4Z3 ARFIP2-202ENST00000396777 1868 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.04■■□□□ 1.6
PCIF1Q9H4Z3 NR2F6-201ENST00000291442 2404 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.04■■□□□ 1.6
PCIF1Q9H4Z3 TMUB1-201ENST00000297533 1353 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.04■■□□□ 1.6
PCIF1Q9H4Z3 SMARCB1-201ENST00000263121 1690 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.04■■□□□ 1.6
PCIF1Q9H4Z3 TRIOBP-203ENST00000403663 2324 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.03■■□□□ 1.6
PCIF1Q9H4Z3 EVX1-201ENST00000222761 1500 ntTSL 1 (best) BASIC25.03■■□□□ 1.6
PCIF1Q9H4Z3 HSF4-225ENST00000584272 1549 ntTSL 1 (best) BASIC25.03■■□□□ 1.6
PCIF1Q9H4Z3 C1QTNF12-201ENST00000330388 1036 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.03■■□□□ 1.6
PCIF1Q9H4Z3 WBP1-203ENST00000409737 1110 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC25.03■■□□□ 1.6
PCIF1Q9H4Z3 SNHG12-212ENST00000531126 719 ntTSL 1 (best) BASIC25.03■■□□□ 1.6
PCIF1Q9H4Z3 LSM7-203ENST00000585409 512 ntTSL 2 BASIC25.03■■□□□ 1.6
PCIF1Q9H4Z3 LSM8-203ENST00000422760 1920 ntTSL 1 (best) BASIC25.03■■□□□ 1.6
PCIF1Q9H4Z3 CPLX1-203ENST00000505203 2011 ntTSL 2 BASIC25.03■■□□□ 1.6
PCIF1Q9H4Z3 MARCH2-201ENST00000215555 1376 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.03■■□□□ 1.6
PCIF1Q9H4Z3 GNAS-201ENST00000265620 1866 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.02■■□□□ 1.6
PCIF1Q9H4Z3 DUSP22-214ENST00000605315 867 ntTSL 5 BASIC25.02■■□□□ 1.6
PCIF1Q9H4Z3 HNRNPUL1-222ENST00000617774 451 ntTSL 5 BASIC25.02■■□□□ 1.6
PCIF1Q9H4Z3 FAM21EP-202ENST00000456967 2177 ntTSL 2 BASIC25.02■■□□□ 1.6
PCIF1Q9H4Z3 JMJD1C-AS1-201ENST00000609436 1335 ntBASIC25.02■■□□□ 1.6
PCIF1Q9H4Z3 SLC10A4-201ENST00000273861 1790 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.02■■□□□ 1.6
PCIF1Q9H4Z3 RILP-201ENST00000301336 1771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.02■■□□□ 1.6
PCIF1Q9H4Z3 NAAA-204ENST00000507187 1750 ntTSL 1 (best) BASIC25.02■■□□□ 1.6
PCIF1Q9H4Z3 SLC25A29-201ENST00000359232 2385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.02■■□□□ 1.6
PCIF1Q9H4Z3 PTX3-201ENST00000295927 1940 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.02■■□□□ 1.6
PCIF1Q9H4Z3 RNF223-201ENST00000453464 1902 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.02■■□□□ 1.6
PCIF1Q9H4Z3 RUNDC3A-202ENST00000426726 2048 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.02■■□□□ 1.6
PCIF1Q9H4Z3 C7orf49-203ENST00000430372 1579 ntTSL 5 BASIC25.01■■□□□ 1.59
PCIF1Q9H4Z3 HSPBP1-202ENST00000433386 1572 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.01■■□□□ 1.59
PCIF1Q9H4Z3 FZD9-201ENST00000344575 2338 ntAPPRIS P1 BASIC25.01■■□□□ 1.59
PCIF1Q9H4Z3 MIF-201ENST00000215754 939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.01■■□□□ 1.59
PCIF1Q9H4Z3 GUSBP5-201ENST00000418136 578 ntBASIC25.01■■□□□ 1.59
PCIF1Q9H4Z3 MADCAM1-206ENST00000617201 1491 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.01■■□□□ 1.59
PCIF1Q9H4Z3 MADCAM1-207ENST00000619333 1485 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.01■■□□□ 1.59
PCIF1Q9H4Z3 MADCAM1-210ENST00000622462 1461 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.01■■□□□ 1.59
PCIF1Q9H4Z3 THRA-202ENST00000394121 2260 ntTSL 2 BASIC25■■□□□ 1.59
PCIF1Q9H4Z3 NPAS3-201ENST00000346562 5847 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25■■□□□ 1.59
PCIF1Q9H4Z3 STMN4-201ENST00000265770 1250 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25■■□□□ 1.59
PCIF1Q9H4Z3 UNC93B8-201ENST00000511903 705 ntBASIC25■■□□□ 1.59
PCIF1Q9H4Z3 AC243829.1-202ENST00000618848 486 ntTSL 3 BASIC25■■□□□ 1.59
PCIF1Q9H4Z3 LINC01578-209ENST00000557682 2683 ntTSL 2 BASIC25■■□□□ 1.59
PCIF1Q9H4Z3 TMEM179-204ENST00000556573 1430 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25■■□□□ 1.59
PCIF1Q9H4Z3 LINC00092-201ENST00000412122 1726 ntTSL 1 (best) BASIC25■■□□□ 1.59
PCIF1Q9H4Z3 C6orf201-202ENST00000380175 1834 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25■■□□□ 1.59
PCIF1Q9H4Z3 PON2-217ENST00000633192 1876 ntTSL 1 (best) BASIC25■■□□□ 1.59
PCIF1Q9H4Z3 C1QL2-201ENST00000272520 2043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25■■□□□ 1.59
PCIF1Q9H4Z3 ZFP91-CNTF-201ENST00000389919 2319 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC25■■□□□ 1.59
PCIF1Q9H4Z3 RMI2-201ENST00000312499 1457 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.99■■□□□ 1.59
PCIF1Q9H4Z3 PTH1R-201ENST00000313049 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.99■■□□□ 1.59
PCIF1Q9H4Z3 R3HDM4-201ENST00000361574 1815 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.99■■□□□ 1.59
PCIF1Q9H4Z3 MDK-202ENST00000395565 951 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC24.99■■□□□ 1.59
PCIF1Q9H4Z3 RABGGTA-202ENST00000399409 2265 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.99■■□□□ 1.59
PCIF1Q9H4Z3 RPL31-208ENST00000409733 825 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.99■■□□□ 1.59
PCIF1Q9H4Z3 LRRC61-205ENST00000493307 1456 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.99■■□□□ 1.59
PCIF1Q9H4Z3 ZNF302-211ENST00000509528 577 ntTSL 4 BASIC24.99■■□□□ 1.59
PCIF1Q9H4Z3 STMN4-204ENST00000519997 1623 ntTSL 2 BASIC24.99■■□□□ 1.59
PCIF1Q9H4Z3 C12orf75-207ENST00000552457 689 ntTSL 5 BASIC24.99■■□□□ 1.59
PCIF1Q9H4Z3 TMEM170A-206ENST00000569276 609 ntTSL 2 BASIC24.99■■□□□ 1.59
PCIF1Q9H4Z3 LIMD2-205ENST00000578402 1534 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.99■■□□□ 1.59
PCIF1Q9H4Z3 EI24-213ENST00000618552 1747 ntTSL 5 BASIC24.98■■□□□ 1.59
PCIF1Q9H4Z3 NRL-202ENST00000396997 1517 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.98■■□□□ 1.59
PCIF1Q9H4Z3 ADAMTS13-203ENST00000371910 1074 ntTSL 1 (best) BASIC24.98■■□□□ 1.59
PCIF1Q9H4Z3 GDF6-202ENST00000620978 973 ntTSL 1 (best) BASIC24.98■■□□□ 1.59
PCIF1Q9H4Z3 ID4-201ENST00000378700 2344 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.98■■□□□ 1.59
PCIF1Q9H4Z3 RNPEP-202ENST00000367286 2282 ntTSL 5 BASIC24.98■■□□□ 1.59
PCIF1Q9H4Z3 PSIP1-202ENST00000380716 1889 ntTSL 5 BASIC24.98■■□□□ 1.59
PCIF1Q9H4Z3 ALDH1A3-203ENST00000557963 1670 ntBASIC24.97■■□□□ 1.59
PCIF1Q9H4Z3 EI24-204ENST00000527235 1625 ntTSL 5 BASIC24.97■■□□□ 1.59
PCIF1Q9H4Z3 MED25-211ENST00000617849 1548 ntTSL 1 (best) BASIC24.97■■□□□ 1.59
PCIF1Q9H4Z3 C1orf35-201ENST00000272139 1427 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.97■■□□□ 1.59
PCIF1Q9H4Z3 MRPS34-202ENST00000397375 1024 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.97■■□□□ 1.59
PCIF1Q9H4Z3 AL136090.1-201ENST00000446849 366 ntTSL 3 BASIC24.97■■□□□ 1.59
PCIF1Q9H4Z3 ZEB1-AS1-205ENST00000605946 382 ntTSL 5 BASIC24.97■■□□□ 1.59
PCIF1Q9H4Z3 MMD-201ENST00000262065 2735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.97■■□□□ 1.59
PCIF1Q9H4Z3 IKBIP-202ENST00000342502 1645 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.97■■□□□ 1.59
PCIF1Q9H4Z3 MFSD7-202ENST00000347950 1599 ntTSL 2 BASIC24.97■■□□□ 1.59
PCIF1Q9H4Z3 SAMD13-205ENST00000370673 1567 ntTSL 2 BASIC24.97■■□□□ 1.59
PCIF1Q9H4Z3 CTSF-201ENST00000310325 2035 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.96■■□□□ 1.59
PCIF1Q9H4Z3 P3H3-201ENST00000290510 2632 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.96■■□□□ 1.59
PCIF1Q9H4Z3 MTDHP2-201ENST00000601468 714 ntBASIC24.96■■□□□ 1.59
PCIF1Q9H4Z3 NPAS1-208ENST00000602212 2117 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.96■■□□□ 1.59
PCIF1Q9H4Z3 SNX18-201ENST00000326277 2063 ntTSL 2 BASIC24.96■■□□□ 1.59
PCIF1Q9H4Z3 AF117829.1-207ENST00000504145 1572 ntTSL 3 BASIC24.96■■□□□ 1.59
PCIF1Q9H4Z3 TLX1-203ENST00000467928 1838 ntTSL 1 (best) BASIC24.96■■□□□ 1.59
PCIF1Q9H4Z3 AK8-201ENST00000298545 2072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.95■■□□□ 1.59
PCIF1Q9H4Z3 ADORA2B-201ENST00000304222 1735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.95■■□□□ 1.59
PCIF1Q9H4Z3 FGF22-201ENST00000215530 1311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.95■■□□□ 1.58
PCIF1Q9H4Z3 CLTA-206ENST00000466396 695 ntTSL 2 BASIC24.95■■□□□ 1.58
PCIF1Q9H4Z3 NKIRAS2-209ENST00000479407 992 ntTSL 3 BASIC24.95■■□□□ 1.58
PCIF1Q9H4Z3 AC010997.5-201ENST00000609182 354 ntBASIC24.95■■□□□ 1.58
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 14.6 ms