Protein–RNA interactions for Protein: Q8N4P3

HDDC3, Guanosine-3',5'-bis(diphosphate) 3'-pyrophosphohydrolase MESH1, humanhuman

Predictions only

Length 179 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HDDC3Q8N4P3 ARL6IP4-210ENST00000453766 1491 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
HDDC3Q8N4P3 DNAJB11-201ENST00000265028 1688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
HDDC3Q8N4P3 RFC2-201ENST00000055077 1695 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
HDDC3Q8N4P3 EVX1-201ENST00000222761 1500 ntTSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
HDDC3Q8N4P3 OSCAR-203ENST00000356532 1355 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
HDDC3Q8N4P3 OSCAR-204ENST00000358375 1389 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
HDDC3Q8N4P3 OSCAR-210ENST00000616447 1358 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.03■■□□□ 1.28
HDDC3Q8N4P3 PDIA6-201ENST00000272227 2338 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
HDDC3Q8N4P3 PTRH1-205ENST00000423807 1570 ntTSL 2 BASIC23.03■■□□□ 1.28
HDDC3Q8N4P3 AL355987.3-201ENST00000456614 735 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC23.03■■□□□ 1.28
HDDC3Q8N4P3 AL031432.3-201ENST00000607698 485 ntBASIC23.03■■□□□ 1.28
HDDC3Q8N4P3 WNT11-201ENST00000322563 1930 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
HDDC3Q8N4P3 MYO10-205ENST00000507288 1677 ntTSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
HDDC3Q8N4P3 GATM-206ENST00000558336 1522 ntTSL 2 BASIC23.03■■□□□ 1.28
HDDC3Q8N4P3 RPP38-207ENST00000616640 1537 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.03■■□□□ 1.28
HDDC3Q8N4P3 LMO2-201ENST00000257818 2294 ntTSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
HDDC3Q8N4P3 IGFBP3-201ENST00000275521 2262 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
HDDC3Q8N4P3 FAM118A-205ENST00000441876 1776 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
HDDC3Q8N4P3 CROT-202ENST00000412227 1213 ntTSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
HDDC3Q8N4P3 CREM-210ENST00000374721 2020 ntTSL 5 BASIC23.02■■□□□ 1.28
HDDC3Q8N4P3 ARHGEF9-210ENST00000623517 2143 ntTSL 2 BASIC23.02■■□□□ 1.28
HDDC3Q8N4P3 MAZ-203ENST00000545521 2333 ntTSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
HDDC3Q8N4P3 SEPT5-201ENST00000383045 1588 ntTSL 5 BASIC23.01■■□□□ 1.27
HDDC3Q8N4P3 LHX3-201ENST00000371746 2403 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
HDDC3Q8N4P3 USF2-201ENST00000222305 1634 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
HDDC3Q8N4P3 ZNF276-202ENST00000443381 2267 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
HDDC3Q8N4P3 FUT11-201ENST00000372841 2056 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
HDDC3Q8N4P3 STX10-202ENST00000343587 1128 ntTSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
HDDC3Q8N4P3 SMIM29-205ENST00000468145 903 ntTSL 2 BASIC23.01■■□□□ 1.27
HDDC3Q8N4P3 SMIM29-207ENST00000481533 1053 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
HDDC3Q8N4P3 AP006621.1-201ENST00000532946 536 ntTSL 5 BASIC23.01■■□□□ 1.27
HDDC3Q8N4P3 GRAMD1B-217ENST00000640939 1212 ntTSL 5 BASIC23.01■■□□□ 1.27
HDDC3Q8N4P3 MXI1-201ENST00000239007 2424 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
HDDC3Q8N4P3 SLC30A5-201ENST00000380860 1317 ntTSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
HDDC3Q8N4P3 HLA-L-211ENST00000482052 1765 ntBASIC23.01■■□□□ 1.27
HDDC3Q8N4P3 UBXN2A-202ENST00000404924 1557 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.01■■□□□ 1.27
HDDC3Q8N4P3 CFAP99-207ENST00000635017 2298 ntTSL 5 BASIC23.01■■□□□ 1.27
HDDC3Q8N4P3 ALKAL2-204ENST00000403610 1389 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
HDDC3Q8N4P3 SLC25A1-201ENST00000215882 1648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
HDDC3Q8N4P3 HES6-201ENST00000272937 1454 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
HDDC3Q8N4P3 SIX2-201ENST00000303077 2205 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
HDDC3Q8N4P3 FAIM-203ENST00000393034 927 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC23■■□□□ 1.27
HDDC3Q8N4P3 GJD3-201ENST00000578689 885 ntAPPRIS P1 BASIC23■■□□□ 1.27
HDDC3Q8N4P3 OSCAR-207ENST00000391761 1826 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
HDDC3Q8N4P3 MEIS2-204ENST00000397620 2295 ntTSL 2 BASIC22.99■■□□□ 1.27
HDDC3Q8N4P3 ATP13A2-215ENST00000617114 1723 ntTSL 5 BASIC22.99■■□□□ 1.27
HDDC3Q8N4P3 LYPD2-201ENST00000359228 594 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
HDDC3Q8N4P3 SDHAP1-204ENST00000427415 559 ntTSL 4 BASIC22.99■■□□□ 1.27
HDDC3Q8N4P3 PARL-206ENST00000435888 1098 ntTSL 5 BASIC22.99■■□□□ 1.27
HDDC3Q8N4P3 SMARCA5-AS1-201ENST00000500800 945 ntTSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
HDDC3Q8N4P3 TMEM218-209ENST00000529583 848 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.99■■□□□ 1.27
HDDC3Q8N4P3 AC024257.2-201ENST00000549699 147 ntBASIC22.99■■□□□ 1.27
HDDC3Q8N4P3 KRTAP5-4-202ENST00000616115 660 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.99■■□□□ 1.27
HDDC3Q8N4P3 MATK-202ENST00000395040 1907 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
HDDC3Q8N4P3 IRF3-227ENST00000600911 1637 ntTSL 5 BASIC22.99■■□□□ 1.27
HDDC3Q8N4P3 GLRX3-201ENST00000331244 1302 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
HDDC3Q8N4P3 BIN1-206ENST00000352848 2209 ntTSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
HDDC3Q8N4P3 FGF8-204ENST00000347978 823 ntTSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
HDDC3Q8N4P3 TNFRSF6B-201ENST00000369996 1124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
HDDC3Q8N4P3 BAD-203ENST00000394532 1157 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
HDDC3Q8N4P3 AC105265.2-201ENST00000467189 838 ntBASIC22.98■■□□□ 1.27
HDDC3Q8N4P3 NEDD4L-237ENST00000617539 728 ntTSL 2 BASIC22.98■■□□□ 1.27
HDDC3Q8N4P3 CPSF4-204ENST00000436336 1738 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
HDDC3Q8N4P3 CCDC166-201ENST00000542437 1320 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.98■■□□□ 1.27
HDDC3Q8N4P3 SDSL-201ENST00000345635 1397 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
HDDC3Q8N4P3 AMZ2-219ENST00000612294 1498 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
HDDC3Q8N4P3 OSCAR-205ENST00000359649 1892 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC22.97■■□□□ 1.27
HDDC3Q8N4P3 METTL23-201ENST00000341249 1155 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.97■■□□□ 1.27
HDDC3Q8N4P3 KLRG2-202ENST00000393039 1148 ntTSL 5 BASIC22.97■■□□□ 1.27
HDDC3Q8N4P3 DPP10-AS1-201ENST00000432658 730 ntTSL 1 (best) BASIC22.97■■□□□ 1.27
HDDC3Q8N4P3 GATA2-AS1-201ENST00000464242 1163 ntTSL 2 BASIC22.97■■□□□ 1.27
HDDC3Q8N4P3 LRRC24-202ENST00000533758 1701 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.96■■□□□ 1.27
HDDC3Q8N4P3 ZNF598-202ENST00000562103 2717 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
HDDC3Q8N4P3 ANO8-204ENST00000630631 1905 ntTSL 5 BASIC22.96■■□□□ 1.27
HDDC3Q8N4P3 AC105219.1-201ENST00000531565 1963 ntTSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
HDDC3Q8N4P3 MEIS1-AS3-201ENST00000454167 707 ntTSL 4 BASIC22.96■■□□□ 1.27
HDDC3Q8N4P3 PRELID1-203ENST00000503216 1171 ntTSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
HDDC3Q8N4P3 CCDC189-211ENST00000545825 1046 ntTSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
HDDC3Q8N4P3 FBXO33-202ENST00000554190 534 ntTSL 3 BASIC22.96■■□□□ 1.27
HDDC3Q8N4P3 ZNF503-AS2-202ENST00000466942 1430 ntTSL 2 BASIC22.96■■□□□ 1.27
HDDC3Q8N4P3 SLC22A18-201ENST00000312221 1628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
HDDC3Q8N4P3 SLC35A2-201ENST00000247138 1672 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
HDDC3Q8N4P3 AC022211.4-201ENST00000625094 2161 ntBASIC22.96■■□□□ 1.27
HDDC3Q8N4P3 CLPTM1L-201ENST00000320895 2500 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
HDDC3Q8N4P3 IFFO2-203ENST00000455833 6188 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.95■■□□□ 1.27
HDDC3Q8N4P3 PRSS22-201ENST00000161006 1386 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.95■■□□□ 1.26
HDDC3Q8N4P3 MRPL46-201ENST00000312475 1019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.95■■□□□ 1.26
HDDC3Q8N4P3 C19orf60-201ENST00000358607 839 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.95■■□□□ 1.26
HDDC3Q8N4P3 LBX2-202ENST00000377566 1186 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.95■■□□□ 1.26
HDDC3Q8N4P3 HSPE1-203ENST00000409729 478 ntTSL 2 BASIC22.95■■□□□ 1.26
HDDC3Q8N4P3 C19orf60-202ENST00000450195 702 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.95■■□□□ 1.26
HDDC3Q8N4P3 FAM174B-207ENST00000555748 866 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC22.95■■□□□ 1.26
HDDC3Q8N4P3 TRIM72-202ENST00000613872 1573 ntTSL 1 (best) BASIC22.95■■□□□ 1.26
HDDC3Q8N4P3 RRNAD1-201ENST00000368216 2254 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.94■■□□□ 1.26
HDDC3Q8N4P3 C8orf58-201ENST00000289989 2016 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.94■■□□□ 1.26
HDDC3Q8N4P3 GTPBP3-203ENST00000361619 1894 ntTSL 2 BASIC22.94■■□□□ 1.26
HDDC3Q8N4P3 C20orf27-202ENST00000379772 1886 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.94■■□□□ 1.26
HDDC3Q8N4P3 E2F5-203ENST00000418930 1890 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.94■■□□□ 1.26
HDDC3Q8N4P3 SNX21-204ENST00000372542 1824 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.94■■□□□ 1.26
HDDC3Q8N4P3 LINC01342-201ENST00000416774 1620 ntTSL 1 (best) BASIC22.94■■□□□ 1.26
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 46.6 ms