Protein–RNA interactions for Protein: Q9UBR4

LHX3, LIM/homeobox protein Lhx3, humanhuman

Predictions only

Length 397 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LHX3Q9UBR4 ITM2C-203ENST00000335005 1889 ntTSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
LHX3Q9UBR4 MBD2-201ENST00000256429 5188 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
LHX3Q9UBR4 MAP2K2-201ENST00000262948 1734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.33
LHX3Q9UBR4 GTF2IP1-204ENST00000616377 2632 ntTSL 2 BASIC23.33■■□□□ 1.33
LHX3Q9UBR4 TXNRD2-201ENST00000334363 1893 ntTSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.33
LHX3Q9UBR4 AC103702.2-201ENST00000433510 1270 ntTSL 2 BASIC23.33■■□□□ 1.33
LHX3Q9UBR4 TMEM170A-206ENST00000569276 609 ntTSL 2 BASIC23.33■■□□□ 1.33
LHX3Q9UBR4 MSX2-201ENST00000239243 2241 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.33
LHX3Q9UBR4 SUGCT-201ENST00000335693 1645 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.32
LHX3Q9UBR4 ZNF174-202ENST00000344823 1557 ntTSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
LHX3Q9UBR4 C1QTNF12-201ENST00000330388 1036 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
LHX3Q9UBR4 U2AF1-202ENST00000380276 940 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
LHX3Q9UBR4 CLTA-206ENST00000466396 695 ntTSL 2 BASIC23.32■■□□□ 1.32
LHX3Q9UBR4 SNHG12-212ENST00000531126 719 ntTSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
LHX3Q9UBR4 TMEM240-203ENST00000624426 796 ntTSL 3 BASIC23.32■■□□□ 1.32
LHX3Q9UBR4 KRT10-201ENST00000269576 2124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
LHX3Q9UBR4 CBARP-202ENST00000382477 2453 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.32■■□□□ 1.32
LHX3Q9UBR4 POLR2H-208ENST00000456318 1802 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.31■■□□□ 1.32
LHX3Q9UBR4 HHEX-201ENST00000282728 1727 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
LHX3Q9UBR4 MARCH2-201ENST00000215555 1376 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.31■■□□□ 1.32
LHX3Q9UBR4 TANGO2-207ENST00000420290 1859 ntTSL 2 BASIC23.31■■□□□ 1.32
LHX3Q9UBR4 LSM4-201ENST00000252816 986 ntTSL 2 BASIC23.31■■□□□ 1.32
LHX3Q9UBR4 STMN4-201ENST00000265770 1250 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
LHX3Q9UBR4 SUSD3-202ENST00000375472 1195 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
LHX3Q9UBR4 MIR6722-201ENST00000617286 78 ntBASIC23.31■■□□□ 1.32
LHX3Q9UBR4 EVX1-201ENST00000222761 1500 ntTSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
LHX3Q9UBR4 TMEM179-204ENST00000556573 1430 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.31■■□□□ 1.32
LHX3Q9UBR4 AL161729.1-201ENST00000604104 1402 ntBASIC23.31■■□□□ 1.32
LHX3Q9UBR4 GJC1-209ENST00000592524 1837 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.31■■□□□ 1.32
LHX3Q9UBR4 GP1BB-201ENST00000366425 1553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
LHX3Q9UBR4 LINC01124-201ENST00000409786 2117 ntBASIC23.3■■□□□ 1.32
LHX3Q9UBR4 CYP4V2-201ENST00000378802 2042 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
LHX3Q9UBR4 HSF4-225ENST00000584272 1549 ntTSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
LHX3Q9UBR4 ADPRHL2-201ENST00000373178 1668 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
LHX3Q9UBR4 PGF-203ENST00000553716 1699 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
LHX3Q9UBR4 TRAPPC5-202ENST00000426877 765 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.3■■□□□ 1.32
LHX3Q9UBR4 GNPTG-201ENST00000204679 1983 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
LHX3Q9UBR4 MFSD7-202ENST00000347950 1599 ntTSL 2 BASIC23.3■■□□□ 1.32
LHX3Q9UBR4 TMED2-201ENST00000262225 2560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
LHX3Q9UBR4 NUDT18-202ENST00000613958 1754 ntTSL 2 BASIC23.29■■□□□ 1.32
LHX3Q9UBR4 NKX6-3-201ENST00000518699 1352 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.29■■□□□ 1.32
LHX3Q9UBR4 RAB33A-201ENST00000257017 1258 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
LHX3Q9UBR4 EXOG-217ENST00000630638 197 ntTSL 5 BASIC23.29■■□□□ 1.32
LHX3Q9UBR4 OTUD5-203ENST00000396743 2682 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
LHX3Q9UBR4 FAM83F-202ENST00000473717 1917 ntTSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
LHX3Q9UBR4 TRIM7-202ENST00000334421 1228 ntTSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
LHX3Q9UBR4 CD72-202ENST00000378430 585 ntTSL 3 BASIC23.28■■□□□ 1.32
LHX3Q9UBR4 RPIA-201ENST00000283646 1848 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
LHX3Q9UBR4 FAR2P4-203ENST00000560285 1739 ntTSL 2 BASIC23.28■■□□□ 1.32
LHX3Q9UBR4 PLEKHA8-202ENST00000396257 1907 ntTSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
LHX3Q9UBR4 HNRNPAB-208ENST00000515193 1595 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.27■■□□□ 1.32
LHX3Q9UBR4 LINC00543-201ENST00000567234 1845 ntBASIC23.27■■□□□ 1.32
LHX3Q9UBR4 P2RX2-205ENST00000352418 1200 ntTSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
LHX3Q9UBR4 YIF1A-201ENST00000359461 943 ntTSL 2 BASIC23.27■■□□□ 1.32
LHX3Q9UBR4 YIF1A-203ENST00000376901 1124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
LHX3Q9UBR4 AL136090.1-201ENST00000446849 366 ntTSL 3 BASIC23.27■■□□□ 1.32
LHX3Q9UBR4 TSPAN17-204ENST00000503045 1019 ntTSL 5 BASIC23.27■■□□□ 1.32
LHX3Q9UBR4 SLC16A10-206ENST00000612036 1231 ntTSL 5 BASIC23.27■■□□□ 1.32
LHX3Q9UBR4 AP000802.1-201ENST00000500537 1934 ntTSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
LHX3Q9UBR4 EGR4-201ENST00000436467 2377 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
LHX3Q9UBR4 PREB-202ENST00000406567 1910 ntTSL 5 BASIC23.26■■□□□ 1.31
LHX3Q9UBR4 ZNF444-211ENST00000592949 1906 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
LHX3Q9UBR4 ALDH16A1-203ENST00000540132 2174 ntTSL 2 BASIC23.26■■□□□ 1.31
LHX3Q9UBR4 MOSPD3-204ENST00000424091 1115 ntTSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
LHX3Q9UBR4 MIR6724-1-201ENST00000616420 92 ntBASIC23.26■■□□□ 1.31
LHX3Q9UBR4 MIR6724-2-201ENST00000616483 92 ntBASIC23.26■■□□□ 1.31
LHX3Q9UBR4 MIR6724-4-201ENST00000617390 92 ntBASIC23.26■■□□□ 1.31
LHX3Q9UBR4 MIR6724-3-201ENST00000622482 92 ntBASIC23.26■■□□□ 1.31
LHX3Q9UBR4 C6orf89-201ENST00000355190 1309 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
LHX3Q9UBR4 HSD11B1L-206ENST00000423665 1525 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
LHX3Q9UBR4 PCMTD2-202ENST00000299468 1049 ntTSL 5 BASIC23.25■■□□□ 1.31
LHX3Q9UBR4 AC141586.4-201ENST00000624558 1573 ntBASIC23.25■■□□□ 1.31
LHX3Q9UBR4 LTBP3-212ENST00000529189 1997 ntTSL 2 BASIC23.25■■□□□ 1.31
LHX3Q9UBR4 CREB3L3-205ENST00000602257 1475 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
LHX3Q9UBR4 PIP5K1C-203ENST00000539785 2289 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.24■■□□□ 1.31
LHX3Q9UBR4 DRAP1-201ENST00000312515 989 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
LHX3Q9UBR4 ERRFI1-203ENST00000469499 995 ntTSL 3 BASIC23.24■■□□□ 1.31
LHX3Q9UBR4 ABHD8-201ENST00000247706 2090 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
LHX3Q9UBR4 C1orf35-201ENST00000272139 1427 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
LHX3Q9UBR4 SLC22A31-206ENST00000614943 1860 ntTSL 5 BASIC23.24■■□□□ 1.31
LHX3Q9UBR4 RHOQ-201ENST00000238738 2975 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
LHX3Q9UBR4 UXS1-201ENST00000283148 2099 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC23.23■■□□□ 1.31
LHX3Q9UBR4 RAB40B-201ENST00000269347 2189 ntTSL 2 BASIC23.23■■□□□ 1.31
LHX3Q9UBR4 ADIPOR1-201ENST00000340990 2177 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
LHX3Q9UBR4 TCEA1-214ENST00000640382 1234 ntTSL 5 BASIC23.23■■□□□ 1.31
LHX3Q9UBR4 NFKBIE-201ENST00000275015 2581 ntTSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
LHX3Q9UBR4 RBFOX1-206ENST00000535565 1599 ntTSL 2 BASIC23.23■■□□□ 1.31
LHX3Q9UBR4 CNPY3-202ENST00000394142 954 ntTSL 5 BASIC23.22■■□□□ 1.31
LHX3Q9UBR4 AC092343.1-201ENST00000500224 729 ntTSL 3 BASIC23.22■■□□□ 1.31
LHX3Q9UBR4 ST3GAL5-269ENST00000640992 2292 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.22■■□□□ 1.31
LHX3Q9UBR4 MADCAM1-206ENST00000617201 1491 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.22■■□□□ 1.31
LHX3Q9UBR4 MADCAM1-207ENST00000619333 1485 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.22■■□□□ 1.31
LHX3Q9UBR4 MADCAM1-210ENST00000622462 1461 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.22■■□□□ 1.31
LHX3Q9UBR4 LINC00092-201ENST00000412122 1726 ntTSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
LHX3Q9UBR4 SLC10A4-201ENST00000273861 1790 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
LHX3Q9UBR4 DACT1-206ENST00000556859 2239 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.21■■□□□ 1.31
LHX3Q9UBR4 ZC3H14-202ENST00000302216 2560 ntTSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
LHX3Q9UBR4 CHKB-AS1-201ENST00000380711 578 ntTSL 2 BASIC23.21■■□□□ 1.31
LHX3Q9UBR4 PYCR1-203ENST00000402252 1346 ntTSL 2 BASIC23.21■■□□□ 1.31
LHX3Q9UBR4 PINK1-201ENST00000321556 2660 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 34 ms