Protein–RNA interactions for Protein: Q9H4Z3

PCIF1, Phosphorylated CTD-interacting factor 1, humanhuman

Predictions only

Length 704 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
PCIF1Q9H4Z3 ITM2C-203ENST00000335005 1889 ntTSL 1 (best) BASIC25.43■■□□□ 1.66
PCIF1Q9H4Z3 TMED2-201ENST00000262225 2560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.43■■□□□ 1.66
PCIF1Q9H4Z3 GBX1-201ENST00000297537 1092 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.43■■□□□ 1.66
PCIF1Q9H4Z3 AC078883.1-201ENST00000442417 950 ntTSL 3 BASIC25.43■■□□□ 1.66
PCIF1Q9H4Z3 MIR4281-201ENST00000580852 62 ntBASIC25.43■■□□□ 1.66
PCIF1Q9H4Z3 TPI1-210ENST00000613953 1460 ntTSL 1 (best) BASIC25.42■■□□□ 1.66
PCIF1Q9H4Z3 INPP5J-206ENST00000404453 1613 ntTSL 1 (best) BASIC25.42■■□□□ 1.66
PCIF1Q9H4Z3 NFKBIB-204ENST00000572515 1929 ntTSL 1 (best) BASIC25.42■■□□□ 1.66
PCIF1Q9H4Z3 AC011448.1-201ENST00000555938 1100 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.42■■□□□ 1.66
PCIF1Q9H4Z3 LINC01124-201ENST00000409786 2117 ntBASIC25.42■■□□□ 1.66
PCIF1Q9H4Z3 ARSB-206ENST00000565165 1772 ntTSL 1 (best) BASIC25.41■■□□□ 1.66
PCIF1Q9H4Z3 BOD1-202ENST00000311086 1562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.41■■□□□ 1.66
PCIF1Q9H4Z3 KRT10-201ENST00000269576 2124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.41■■□□□ 1.66
PCIF1Q9H4Z3 AQP1-202ENST00000409611 1140 ntTSL 1 (best) BASIC25.41■■□□□ 1.66
PCIF1Q9H4Z3 AC009531.1-201ENST00000442323 580 ntTSL 4 BASIC25.41■■□□□ 1.66
PCIF1Q9H4Z3 TK2-216ENST00000564917 1156 ntTSL 3 BASIC25.41■■□□□ 1.66
PCIF1Q9H4Z3 FAM220A-201ENST00000313324 2214 ntTSL 1 (best) BASIC25.41■■□□□ 1.66
PCIF1Q9H4Z3 JAG2-202ENST00000347004 5720 ntTSL 1 (best) BASIC25.41■■□□□ 1.66
PCIF1Q9H4Z3 FAM124A-204ENST00000615498 2383 ntTSL 1 (best) BASIC25.4■■□□□ 1.66
PCIF1Q9H4Z3 AKT1-203ENST00000407796 2710 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.4■■□□□ 1.66
PCIF1Q9H4Z3 ERO1A-211ENST00000629528 998 ntTSL 5 BASIC25.4■■□□□ 1.66
PCIF1Q9H4Z3 MATK-204ENST00000585778 1994 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.4■■□□□ 1.66
PCIF1Q9H4Z3 EED-207ENST00000528180 1745 ntTSL 5 BASIC25.4■■□□□ 1.66
PCIF1Q9H4Z3 PTRH1-205ENST00000423807 1570 ntTSL 2 BASIC25.39■■□□□ 1.66
PCIF1Q9H4Z3 SOX1-201ENST00000330949 2842 ntAPPRIS P1 BASIC25.39■■□□□ 1.66
PCIF1Q9H4Z3 C1orf232-201ENST00000634842 643 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC25.39■■□□□ 1.66
PCIF1Q9H4Z3 ATP13A2-215ENST00000617114 1723 ntTSL 5 BASIC25.39■■□□□ 1.65
PCIF1Q9H4Z3 PREB-202ENST00000406567 1910 ntTSL 5 BASIC25.39■■□□□ 1.65
PCIF1Q9H4Z3 GOLGA7-201ENST00000357743 2027 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.38■■□□□ 1.65
PCIF1Q9H4Z3 PURG-202ENST00000475541 2875 ntAPPRIS P1 BASIC25.38■■□□□ 1.65
PCIF1Q9H4Z3 CTAG1B-201ENST00000328435 748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.38■■□□□ 1.65
PCIF1Q9H4Z3 PRTG-204ENST00000561292 833 ntTSL 3 BASIC25.38■■□□□ 1.65
PCIF1Q9H4Z3 CTAG1A-202ENST00000599837 748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.38■■□□□ 1.65
PCIF1Q9H4Z3 AL451085.2-201ENST00000605085 799 ntBASIC25.38■■□□□ 1.65
PCIF1Q9H4Z3 CLPTM1-201ENST00000337392 2604 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.38■■□□□ 1.65
PCIF1Q9H4Z3 CRACR2B-202ENST00000525077 1578 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.38■■□□□ 1.65
PCIF1Q9H4Z3 RAB40B-201ENST00000269347 2189 ntTSL 2 BASIC25.38■■□□□ 1.65
PCIF1Q9H4Z3 PFN2-210ENST00000481767 1620 ntTSL 2 BASIC25.37■■□□□ 1.65
PCIF1Q9H4Z3 KRT72-203ENST00000537672 1813 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.37■■□□□ 1.65
PCIF1Q9H4Z3 AGBL5-201ENST00000323064 2382 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.37■■□□□ 1.65
PCIF1Q9H4Z3 ESR2-202ENST00000341099 2060 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.37■■□□□ 1.65
PCIF1Q9H4Z3 SDF4-202ENST00000360001 1956 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.37■■□□□ 1.65
PCIF1Q9H4Z3 CSNK1G3-207ENST00000512718 1569 ntTSL 2 BASIC25.37■■□□□ 1.65
PCIF1Q9H4Z3 ZNF767P-202ENST00000472212 2100 ntTSL 1 (best) BASIC25.37■■□□□ 1.65
PCIF1Q9H4Z3 BTBD6-201ENST00000327471 1948 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.37■■□□□ 1.65
PCIF1Q9H4Z3 GJC1-209ENST00000592524 1837 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.37■■□□□ 1.65
PCIF1Q9H4Z3 WFDC1-201ENST00000219454 1534 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.37■■□□□ 1.65
PCIF1Q9H4Z3 SERINC5-203ENST00000509193 1441 ntTSL 1 (best) BASIC25.37■■□□□ 1.65
PCIF1Q9H4Z3 SLC19A1-202ENST00000380010 1884 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.36■■□□□ 1.65
PCIF1Q9H4Z3 DOK3-205ENST00000501403 1872 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.36■■□□□ 1.65
PCIF1Q9H4Z3 CDH23-206ENST00000398842 1759 ntTSL 5 BASIC25.36■■□□□ 1.65
PCIF1Q9H4Z3 NUDT18-202ENST00000613958 1754 ntTSL 2 BASIC25.36■■□□□ 1.65
PCIF1Q9H4Z3 HTRA2-202ENST00000352222 1450 ntTSL 1 (best) BASIC25.36■■□□□ 1.65
PCIF1Q9H4Z3 NDEL1-201ENST00000334527 2372 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.36■■□□□ 1.65
PCIF1Q9H4Z3 PRR7-204ENST00000510492 1285 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.36■■□□□ 1.65
PCIF1Q9H4Z3 MYL12B-203ENST00000581193 1249 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.36■■□□□ 1.65
PCIF1Q9H4Z3 CACNG6-203ENST00000352529 1635 ntTSL 5 BASIC25.36■■□□□ 1.65
PCIF1Q9H4Z3 MSX2-201ENST00000239243 2241 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.36■■□□□ 1.65
PCIF1Q9H4Z3 MAP3K3-210ENST00000584573 2480 ntTSL 1 (best) BASIC25.36■■□□□ 1.65
PCIF1Q9H4Z3 PLEKHA8-201ENST00000258679 2293 ntTSL 1 (best) BASIC25.35■■□□□ 1.65
PCIF1Q9H4Z3 SNRNP70-206ENST00000598441 1574 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.35■■□□□ 1.65
PCIF1Q9H4Z3 ZNF688-203ENST00000563276 1492 ntTSL 2 BASIC25.35■■□□□ 1.65
PCIF1Q9H4Z3 CKB-201ENST00000348956 1709 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.35■■□□□ 1.65
PCIF1Q9H4Z3 BDH1-207ENST00000441275 1605 ntTSL 5 BASIC25.35■■□□□ 1.65
PCIF1Q9H4Z3 TXNRD2-201ENST00000334363 1893 ntTSL 1 (best) BASIC25.35■■□□□ 1.65
PCIF1Q9H4Z3 ST3GAL6-AS1-203ENST00000488132 769 ntTSL 3 BASIC25.35■■□□□ 1.65
PCIF1Q9H4Z3 H2AFB1-201ENST00000620016 587 ntAPPRIS P1 BASIC25.35■■□□□ 1.65
PCIF1Q9H4Z3 SOHLH1-202ENST00000425225 1411 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.35■■□□□ 1.65
PCIF1Q9H4Z3 SHD-201ENST00000543264 2577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.35■■□□□ 1.65
PCIF1Q9H4Z3 AF131216.4-201ENST00000638924 1588 ntBASIC25.35■■□□□ 1.65
PCIF1Q9H4Z3 GNPTG-201ENST00000204679 1983 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.35■■□□□ 1.65
PCIF1Q9H4Z3 FANCE-201ENST00000229769 2554 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.34■■□□□ 1.65
PCIF1Q9H4Z3 MAPK9-202ENST00000347470 1509 ntTSL 5 BASIC25.34■■□□□ 1.65
PCIF1Q9H4Z3 BRI3-201ENST00000297290 780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.34■■□□□ 1.65
PCIF1Q9H4Z3 SNAI3-AS1-203ENST00000565633 829 ntTSL 5 BASIC25.34■■□□□ 1.65
PCIF1Q9H4Z3 LINC01925-201ENST00000579492 500 ntTSL 5 BASIC25.34■■□□□ 1.65
PCIF1Q9H4Z3 PXK-201ENST00000302779 1974 ntTSL 1 (best) BASIC25.34■■□□□ 1.65
PCIF1Q9H4Z3 ADIPOR1-201ENST00000340990 2177 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.34■■□□□ 1.65
PCIF1Q9H4Z3 ABHD8-201ENST00000247706 2090 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.33■■□□□ 1.65
PCIF1Q9H4Z3 SMOX-202ENST00000305958 2233 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.33■■□□□ 1.65
PCIF1Q9H4Z3 OSCAR-205ENST00000359649 1892 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC25.33■■□□□ 1.65
PCIF1Q9H4Z3 SERP2-201ENST00000379179 784 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.33■■□□□ 1.65
PCIF1Q9H4Z3 ALDH16A1-203ENST00000540132 2174 ntTSL 2 BASIC25.33■■□□□ 1.65
PCIF1Q9H4Z3 RAET1E-AS1-203ENST00000606915 1210 ntTSL 1 (best) BASIC25.33■■□□□ 1.65
PCIF1Q9H4Z3 TSKU-201ENST00000333090 2712 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.33■■□□□ 1.64
PCIF1Q9H4Z3 PCSK6-216ENST00000615296 2921 ntTSL 5 BASIC25.33■■□□□ 1.64
PCIF1Q9H4Z3 ST20-MTHFS-201ENST00000479961 859 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.32■■□□□ 1.64
PCIF1Q9H4Z3 MCRIP1-210ENST00000576431 577 ntTSL 5 BASIC25.32■■□□□ 1.64
PCIF1Q9H4Z3 CCND3-202ENST00000372988 2133 ntTSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
PCIF1Q9H4Z3 ADSSL1-202ENST00000332972 1969 ntTSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
PCIF1Q9H4Z3 VSTM2L-201ENST00000373459 831 ntTSL 3 BASIC25.31■■□□□ 1.64
PCIF1Q9H4Z3 EPHA10-211ENST00000540011 720 ntTSL 5 BASIC25.31■■□□□ 1.64
PCIF1Q9H4Z3 UXS1-201ENST00000283148 2099 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC25.31■■□□□ 1.64
PCIF1Q9H4Z3 PLEKHA8-202ENST00000396257 1907 ntTSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
PCIF1Q9H4Z3 AL160276.1-201ENST00000636672 1312 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.31■■□□□ 1.64
PCIF1Q9H4Z3 DHRS11-215ENST00000618403 1598 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
PCIF1Q9H4Z3 NEUROG3-201ENST00000242462 1376 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
PCIF1Q9H4Z3 C14orf80-204ENST00000392522 1630 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC25.3■■□□□ 1.64
PCIF1Q9H4Z3 GADD45A-202ENST00000370986 1496 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
PCIF1Q9H4Z3 LRP11-202ENST00000367368 1042 ntTSL 2 BASIC25.3■■□□□ 1.64
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 61 ms