Protein–RNA interactions for Protein: Q9UBR4

LHX3, LIM/homeobox protein Lhx3, humanhuman

Predictions only

Length 397 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LHX3Q9UBR4 MRPS7-203ENST00000579002 1638 ntTSL 2 BASIC23.69■■□□□ 1.38
LHX3Q9UBR4 TAZ-205ENST00000475699 1862 ntTSL 1 (best) BASIC23.68■■□□□ 1.38
LHX3Q9UBR4 IGFBP3-202ENST00000381083 1050 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.68■■□□□ 1.38
LHX3Q9UBR4 AC137630.3-201ENST00000607245 391 ntBASIC23.68■■□□□ 1.38
LHX3Q9UBR4 IGFBP3-201ENST00000275521 2262 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.68■■□□□ 1.38
LHX3Q9UBR4 MROH6-202ENST00000524906 1794 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC23.68■■□□□ 1.38
LHX3Q9UBR4 KRT72-201ENST00000293745 2015 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
LHX3Q9UBR4 FOXP1-201ENST00000318779 843 ntTSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
LHX3Q9UBR4 VSTM2L-201ENST00000373459 831 ntTSL 3 BASIC23.67■■□□□ 1.38
LHX3Q9UBR4 RFNG-201ENST00000310496 1828 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.67■■□□□ 1.38
LHX3Q9UBR4 SPIRE2-205ENST00000563972 1823 ntTSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
LHX3Q9UBR4 HSPBP1-201ENST00000255631 1768 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
LHX3Q9UBR4 E2F5-203ENST00000418930 1890 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.66■■□□□ 1.38
LHX3Q9UBR4 HSF1-204ENST00000528838 2142 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.66■■□□□ 1.38
LHX3Q9UBR4 AF131216.4-201ENST00000638924 1588 ntBASIC23.66■■□□□ 1.38
LHX3Q9UBR4 SMUG1-203ENST00000401977 1082 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.66■■□□□ 1.38
LHX3Q9UBR4 H2AFB1-201ENST00000620016 587 ntAPPRIS P1 BASIC23.66■■□□□ 1.38
LHX3Q9UBR4 SEPT2-205ENST00000401990 1734 ntTSL 1 (best) BASIC23.66■■□□□ 1.38
LHX3Q9UBR4 ARHGEF7-205ENST00000375739 5375 ntTSL 1 (best) BASIC23.66■■□□□ 1.38
LHX3Q9UBR4 AC142381.3-201ENST00000568208 1670 ntBASIC23.66■■□□□ 1.38
LHX3Q9UBR4 MED17-227ENST00000640521 2047 ntTSL 5 BASIC23.66■■□□□ 1.38
LHX3Q9UBR4 WNT11-201ENST00000322563 1930 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.65■■□□□ 1.38
LHX3Q9UBR4 MMP28-203ENST00000612672 1092 ntTSL 1 (best) BASIC23.65■■□□□ 1.38
LHX3Q9UBR4 C4orf19-202ENST00000381980 1943 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.65■■□□□ 1.38
LHX3Q9UBR4 GATA4-207ENST00000532059 1459 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.64■■□□□ 1.38
LHX3Q9UBR4 PCMT1-202ENST00000367380 1628 ntTSL 2 BASIC23.64■■□□□ 1.38
LHX3Q9UBR4 PCMT1-211ENST00000544496 1628 ntTSL 2 BASIC23.64■■□□□ 1.38
LHX3Q9UBR4 EBPL-205ENST00000378284 967 ntTSL 1 (best) BASIC23.64■■□□□ 1.37
LHX3Q9UBR4 AC138932.3-201ENST00000567634 1902 ntBASIC23.64■■□□□ 1.37
LHX3Q9UBR4 DLK2-202ENST00000372485 1572 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.64■■□□□ 1.37
LHX3Q9UBR4 SNRNP70-206ENST00000598441 1574 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.64■■□□□ 1.37
LHX3Q9UBR4 NEUROG3-201ENST00000242462 1376 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.64■■□□□ 1.37
LHX3Q9UBR4 AC105219.1-201ENST00000531565 1963 ntTSL 1 (best) BASIC23.63■■□□□ 1.37
LHX3Q9UBR4 PRDM13-202ENST00000369215 2429 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.63■■□□□ 1.37
LHX3Q9UBR4 PKDCC-201ENST00000294964 2502 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.63■■□□□ 1.37
LHX3Q9UBR4 CENPX-202ENST00000392359 805 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.63■■□□□ 1.37
LHX3Q9UBR4 BX664725.1-201ENST00000438252 379 ntBASIC23.63■■□□□ 1.37
LHX3Q9UBR4 AC092807.3-205ENST00000467666 531 ntTSL 3 BASIC23.63■■□□□ 1.37
LHX3Q9UBR4 AC026785.2-201ENST00000511821 867 ntTSL 2 BASIC23.63■■□□□ 1.37
LHX3Q9UBR4 CTDSP2-203ENST00000547701 988 ntTSL 1 (best) BASIC23.63■■□□□ 1.37
LHX3Q9UBR4 MCRIP1-210ENST00000576431 577 ntTSL 5 BASIC23.63■■□□□ 1.37
LHX3Q9UBR4 TRIR-205ENST00000592273 783 ntTSL 3 BASIC23.63■■□□□ 1.37
LHX3Q9UBR4 MIR663AHG-227ENST00000608084 765 ntTSL 5 BASIC23.63■■□□□ 1.37
LHX3Q9UBR4 CNN3-202ENST00000394202 1974 ntTSL 2 BASIC23.63■■□□□ 1.37
LHX3Q9UBR4 CDC16-204ENST00000360383 2211 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC23.63■■□□□ 1.37
LHX3Q9UBR4 AC239859.2-201ENST00000444165 318 ntBASIC23.62■■□□□ 1.37
LHX3Q9UBR4 HOXC-AS1-201ENST00000505700 548 ntTSL 2 BASIC23.62■■□□□ 1.37
LHX3Q9UBR4 TIE1-210ENST00000538015 1140 ntTSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
LHX3Q9UBR4 Z92544.1-202ENST00000571933 1220 ntBASIC23.62■■□□□ 1.37
LHX3Q9UBR4 LSM7-204ENST00000587502 575 ntTSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
LHX3Q9UBR4 CDK9-201ENST00000373264 2463 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
LHX3Q9UBR4 ARHGEF9-210ENST00000623517 2143 ntTSL 2 BASIC23.62■■□□□ 1.37
LHX3Q9UBR4 VDAC2-203ENST00000332211 1557 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
LHX3Q9UBR4 CRACR2B-202ENST00000525077 1578 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
LHX3Q9UBR4 SLC22A18-201ENST00000312221 1628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
LHX3Q9UBR4 DNAJB11-201ENST00000265028 1688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
LHX3Q9UBR4 NREP-202ENST00000379671 2581 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
LHX3Q9UBR4 PNMT-201ENST00000269582 1253 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
LHX3Q9UBR4 OR2A1-AS1-204ENST00000470435 602 ntBASIC23.6■■□□□ 1.37
LHX3Q9UBR4 EPHA10-211ENST00000540011 720 ntTSL 5 BASIC23.6■■□□□ 1.37
LHX3Q9UBR4 DGCR6-208ENST00000608842 1837 ntTSL 2 BASIC23.6■■□□□ 1.37
LHX3Q9UBR4 AMIGO1-201ENST00000369862 2229 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.6■■□□□ 1.37
LHX3Q9UBR4 BIN1-201ENST00000259238 2338 ntTSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
LHX3Q9UBR4 FAM181A-204ENST00000557000 1652 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
LHX3Q9UBR4 SLC52A2-202ENST00000402965 1777 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.6■■□□□ 1.37
LHX3Q9UBR4 MATK-204ENST00000585778 1994 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
LHX3Q9UBR4 FEZ2-203ENST00000379245 2097 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
LHX3Q9UBR4 ZNF428-201ENST00000300811 1412 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
LHX3Q9UBR4 HES6-204ENST00000409182 863 ntTSL 2 BASIC23.59■■□□□ 1.37
LHX3Q9UBR4 AC021242.3-201ENST00000607598 1377 ntBASIC23.59■■□□□ 1.37
LHX3Q9UBR4 DHRS11-215ENST00000618403 1598 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
LHX3Q9UBR4 TMEM51-205ENST00000434578 1861 ntTSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
LHX3Q9UBR4 WFDC1-201ENST00000219454 1534 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
LHX3Q9UBR4 GADD45A-202ENST00000370986 1496 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.37
LHX3Q9UBR4 ADGRB2-204ENST00000398542 5176 ntTSL 5 BASIC23.58■■□□□ 1.37
LHX3Q9UBR4 AC092849.1-201ENST00000475250 303 ntTSL 4 BASIC23.58■■□□□ 1.37
LHX3Q9UBR4 ZNF503-AS2-201ENST00000425916 2026 ntTSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.37
LHX3Q9UBR4 ANO8-204ENST00000630631 1905 ntTSL 5 BASIC23.58■■□□□ 1.37
LHX3Q9UBR4 PAPD7-201ENST00000230859 5459 ntTSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.36
LHX3Q9UBR4 SERINC5-203ENST00000509193 1441 ntTSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.36
LHX3Q9UBR4 RFC2-201ENST00000055077 1695 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
LHX3Q9UBR4 AP003733.4-201ENST00000623785 1697 ntBASIC23.57■■□□□ 1.36
LHX3Q9UBR4 HMX3-201ENST00000357878 1173 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.57■■□□□ 1.36
LHX3Q9UBR4 SENP5-202ENST00000419026 973 ntTSL 3 BASIC23.57■■□□□ 1.36
LHX3Q9UBR4 AC090587.2-201ENST00000430222 527 ntTSL 2 BASIC23.57■■□□□ 1.36
LHX3Q9UBR4 ECEL1-202ENST00000409941 2322 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
LHX3Q9UBR4 TNIP2-206ENST00000510267 2006 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.56■■□□□ 1.36
LHX3Q9UBR4 LRRC1-201ENST00000370882 808 ntTSL 3 BASIC23.56■■□□□ 1.36
LHX3Q9UBR4 KRT125P-201ENST00000546827 989 ntBASIC23.56■■□□□ 1.36
LHX3Q9UBR4 FAM173A-207ENST00000569529 1052 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
LHX3Q9UBR4 ZNF180-205ENST00000587047 525 ntTSL 4 BASIC23.56■■□□□ 1.36
LHX3Q9UBR4 KLHL26-202ENST00000595182 522 ntTSL 4 BASIC23.56■■□□□ 1.36
LHX3Q9UBR4 IL17RE-203ENST00000421412 2158 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
LHX3Q9UBR4 TSEN54-201ENST00000333213 1944 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
LHX3Q9UBR4 FAM107A-203ENST00000447756 1432 ntTSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
LHX3Q9UBR4 SPG21-201ENST00000204566 1822 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
LHX3Q9UBR4 PTOV1-220ENST00000601675 1587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
LHX3Q9UBR4 ARMC10-205ENST00000428183 2445 ntTSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
LHX3Q9UBR4 SRR-201ENST00000344595 2728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
LHX3Q9UBR4 PHF11-202ENST00000378319 1359 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 32.6 ms