Protein–RNA interactions for Protein: Q96BD8

SKA1, Spindle and kinetochore-associated protein 1, humanhuman

Predictions only

Length 255 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SKA1Q96BD8 ITGB3-202ENST00000571680 1668 ntTSL 1 (best) BASIC23.86■■□□□ 1.41
SKA1Q96BD8 CITED4-201ENST00000372638 1316 ntAPPRIS P1 BASIC23.85■■□□□ 1.41
SKA1Q96BD8 PTPN2-202ENST00000327283 1706 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.85■■□□□ 1.41
SKA1Q96BD8 AL357033.1-201ENST00000370520 1933 ntTSL 2 BASIC23.85■■□□□ 1.41
SKA1Q96BD8 FOXP1-201ENST00000318779 843 ntTSL 1 (best) BASIC23.85■■□□□ 1.41
SKA1Q96BD8 PEMT-202ENST00000395781 1050 ntTSL 2 BASIC23.85■■□□□ 1.41
SKA1Q96BD8 BX664725.1-201ENST00000438252 379 ntBASIC23.85■■□□□ 1.41
SKA1Q96BD8 GAL3ST2-201ENST00000192314 1370 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.85■■□□□ 1.41
SKA1Q96BD8 AZIN2-201ENST00000294517 2182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.85■■□□□ 1.41
SKA1Q96BD8 TMEM44-202ENST00000347147 2245 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.84■■□□□ 1.41
SKA1Q96BD8 CAPN10-207ENST00000391984 2644 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.84■■□□□ 1.41
SKA1Q96BD8 HAS2-AS1-201ENST00000514180 1656 ntTSL 1 (best) BASIC23.84■■□□□ 1.41
SKA1Q96BD8 UBALD1-206ENST00000590965 1462 ntTSL 2 BASIC23.84■■□□□ 1.41
SKA1Q96BD8 CHKB-AS1-201ENST00000380711 578 ntTSL 2 BASIC23.84■■□□□ 1.41
SKA1Q96BD8 RPL31-208ENST00000409733 825 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.84■■□□□ 1.41
SKA1Q96BD8 ZNF302-211ENST00000509528 577 ntTSL 4 BASIC23.84■■□□□ 1.41
SKA1Q96BD8 RIMKLB-205ENST00000535829 2236 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.84■■□□□ 1.41
SKA1Q96BD8 EPB41L4B-202ENST00000374566 5800 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.84■■□□□ 1.41
SKA1Q96BD8 ZFPM1-201ENST00000319555 5380 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.83■■□□□ 1.41
SKA1Q96BD8 TSGA13-204ENST00000456951 2046 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC23.83■■□□□ 1.41
SKA1Q96BD8 SCTR-201ENST00000019103 1865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.83■■□□□ 1.4
SKA1Q96BD8 MED22-201ENST00000343730 1437 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.83■■□□□ 1.4
SKA1Q96BD8 SH2D3A-202ENST00000437152 2013 ntTSL 2 BASIC23.83■■□□□ 1.4
SKA1Q96BD8 DYRK3-203ENST00000367109 2163 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.82■■□□□ 1.4
SKA1Q96BD8 GIT1-210ENST00000579937 2798 ntTSL 2 BASIC23.82■■□□□ 1.4
SKA1Q96BD8 YIF1A-201ENST00000359461 943 ntTSL 2 BASIC23.82■■□□□ 1.4
SKA1Q96BD8 NAXE-202ENST00000368234 901 ntTSL 1 (best) BASIC23.82■■□□□ 1.4
SKA1Q96BD8 YIF1A-203ENST00000376901 1124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.82■■□□□ 1.4
SKA1Q96BD8 MRPS34-202ENST00000397375 1024 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.82■■□□□ 1.4
SKA1Q96BD8 PRR7-204ENST00000510492 1285 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.82■■□□□ 1.4
SKA1Q96BD8 THRA-201ENST00000264637 2538 ntTSL 1 (best) BASIC23.82■■□□□ 1.4
SKA1Q96BD8 MMD-201ENST00000262065 2735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.82■■□□□ 1.4
SKA1Q96BD8 ZNF767P-202ENST00000472212 2100 ntTSL 1 (best) BASIC23.81■■□□□ 1.4
SKA1Q96BD8 CHSY1-201ENST00000254190 4550 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.81■■□□□ 1.4
SKA1Q96BD8 ZNF365-206ENST00000395255 1674 ntTSL 1 (best) BASIC23.81■■□□□ 1.4
SKA1Q96BD8 LINC01925-201ENST00000579492 500 ntTSL 5 BASIC23.81■■□□□ 1.4
SKA1Q96BD8 HAUS7-211ENST00000626181 414 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.81■■□□□ 1.4
SKA1Q96BD8 ZNF821-201ENST00000313565 1874 ntTSL 1 (best) BASIC23.81■■□□□ 1.4
SKA1Q96BD8 SLC25A10-202ENST00000350690 1885 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.81■■□□□ 1.4
SKA1Q96BD8 TNIP2-206ENST00000510267 2006 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.81■■□□□ 1.4
SKA1Q96BD8 ZNF263-204ENST00000573578 1636 ntTSL 5 BASIC23.81■■□□□ 1.4
SKA1Q96BD8 TARSL2-207ENST00000615656 2356 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.8■■□□□ 1.4
SKA1Q96BD8 RINL-208ENST00000598904 1846 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC23.8■■□□□ 1.4
SKA1Q96BD8 MEIS3-201ENST00000331559 2104 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.8■■□□□ 1.4
SKA1Q96BD8 GNB1-210ENST00000615252 3048 ntTSL 5 BASIC23.8■■□□□ 1.4
SKA1Q96BD8 IFFO2-203ENST00000455833 6188 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.8■■□□□ 1.4
SKA1Q96BD8 TWF2-201ENST00000305533 1718 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.8■■□□□ 1.4
SKA1Q96BD8 CST6-201ENST00000312134 759 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.8■■□□□ 1.4
SKA1Q96BD8 KRT18P24-201ENST00000344739 1156 ntBASIC23.8■■□□□ 1.4
SKA1Q96BD8 CCDC194-202ENST00000636079 705 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.8■■□□□ 1.4
SKA1Q96BD8 TMEM64-201ENST00000418210 4663 ntTSL 2 BASIC23.8■■□□□ 1.4
SKA1Q96BD8 PPP1R3F-205ENST00000495799 1537 ntTSL 1 (best) BASIC23.79■■□□□ 1.4
SKA1Q96BD8 CCDC106-202ENST00000586790 2162 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.79■■□□□ 1.4
SKA1Q96BD8 ZNF837-201ENST00000427624 2038 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.79■■□□□ 1.4
SKA1Q96BD8 NPAS3-201ENST00000346562 5847 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.79■■□□□ 1.4
SKA1Q96BD8 EBPL-205ENST00000378284 967 ntTSL 1 (best) BASIC23.79■■□□□ 1.4
SKA1Q96BD8 ST20-MTHFS-201ENST00000479961 859 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.79■■□□□ 1.4
SKA1Q96BD8 ST3GAL6-AS1-203ENST00000488132 769 ntTSL 3 BASIC23.79■■□□□ 1.4
SKA1Q96BD8 AGAP3-201ENST00000335367 2675 ntTSL 1 (best) BASIC23.79■■□□□ 1.4
SKA1Q96BD8 ZDHHC14-204ENST00000414563 3134 ntTSL 1 (best) BASIC23.79■■□□□ 1.4
SKA1Q96BD8 AKT1S1-201ENST00000344175 1760 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.78■■□□□ 1.4
SKA1Q96BD8 DTWD2-204ENST00000515439 1275 ntTSL 5 BASIC23.78■■□□□ 1.4
SKA1Q96BD8 KCTD5-201ENST00000301738 2482 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.78■■□□□ 1.4
SKA1Q96BD8 AC133561.1-201ENST00000568600 2415 ntBASIC23.78■■□□□ 1.4
SKA1Q96BD8 CCDC154-201ENST00000389176 2212 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC23.78■■□□□ 1.4
SKA1Q96BD8 JAG2-202ENST00000347004 5720 ntTSL 1 (best) BASIC23.77■■□□□ 1.4
SKA1Q96BD8 BSPRY-201ENST00000374183 2339 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.77■■□□□ 1.4
SKA1Q96BD8 R3HCC1-202ENST00000411463 1467 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC23.77■■□□□ 1.4
SKA1Q96BD8 ZNF747-203ENST00000568028 1511 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.77■■□□□ 1.4
SKA1Q96BD8 HMG20B-202ENST00000333651 1596 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.77■■□□□ 1.4
SKA1Q96BD8 MLST8-219ENST00000565250 1588 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC23.77■■□□□ 1.4
SKA1Q96BD8 PRDM13-202ENST00000369215 2429 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.76■■□□□ 1.39
SKA1Q96BD8 HADH-203ENST00000505878 1719 ntTSL 1 (best) BASIC23.76■■□□□ 1.39
SKA1Q96BD8 BRI3-201ENST00000297290 780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.76■■□□□ 1.39
SKA1Q96BD8 HMX3-201ENST00000357878 1173 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.76■■□□□ 1.39
SKA1Q96BD8 CARNMT1-201ENST00000376830 1012 ntTSL 1 (best) BASIC23.76■■□□□ 1.39
SKA1Q96BD8 MTURN-203ENST00000409688 843 ntTSL 2 BASIC23.76■■□□□ 1.39
SKA1Q96BD8 MIR4787-201ENST00000607364 84 ntBASIC23.76■■□□□ 1.39
SKA1Q96BD8 ERO1A-211ENST00000629528 998 ntTSL 5 BASIC23.76■■□□□ 1.39
SKA1Q96BD8 THRA-209ENST00000584985 2421 ntTSL 1 (best) BASIC23.76■■□□□ 1.39
SKA1Q96BD8 CDK2AP1-201ENST00000261692 1625 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.76■■□□□ 1.39
SKA1Q96BD8 TYMP-203ENST00000395680 1608 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.76■■□□□ 1.39
SKA1Q96BD8 TYMP-204ENST00000395681 1604 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.76■■□□□ 1.39
SKA1Q96BD8 EPM2A-208ENST00000618445 1694 ntTSL 1 (best) BASIC23.76■■□□□ 1.39
SKA1Q96BD8 ROR1-202ENST00000371080 2305 ntTSL 1 (best) BASIC23.75■■□□□ 1.39
SKA1Q96BD8 LTB4R-202ENST00000396782 1627 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.75■■□□□ 1.39
SKA1Q96BD8 FSD1-204ENST00000597590 1634 ntTSL 5 BASIC23.75■■□□□ 1.39
SKA1Q96BD8 MAGI2-AS3-201ENST00000414797 1072 ntTSL 2 BASIC23.75■■□□□ 1.39
SKA1Q96BD8 NBPF26-209ENST00000624419 1133 ntTSL 5 BASIC23.75■■□□□ 1.39
SKA1Q96BD8 PRMT5-228ENST00000627278 129 ntTSL 5 BASIC23.75■■□□□ 1.39
SKA1Q96BD8 NAB1-202ENST00000409581 2360 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC23.75■■□□□ 1.39
SKA1Q96BD8 ARRB2-210ENST00000572457 1660 ntTSL 5 BASIC23.75■■□□□ 1.39
SKA1Q96BD8 TMUB1-201ENST00000297533 1353 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.75■■□□□ 1.39
SKA1Q96BD8 FKBP8-213ENST00000608443 1849 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.75■■□□□ 1.39
SKA1Q96BD8 FAM107A-203ENST00000447756 1432 ntTSL 1 (best) BASIC23.75■■□□□ 1.39
SKA1Q96BD8 BMP6-201ENST00000283147 2780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.74■■□□□ 1.39
SKA1Q96BD8 CREM-229ENST00000474362 1030 ntTSL 2 BASIC23.74■■□□□ 1.39
SKA1Q96BD8 GRAMD4P7-201ENST00000578182 1232 ntBASIC23.74■■□□□ 1.39
SKA1Q96BD8 TCEA1-214ENST00000640382 1234 ntTSL 5 BASIC23.74■■□□□ 1.39
SKA1Q96BD8 CCDC151-202ENST00000586836 1867 ntTSL 2 BASIC23.74■■□□□ 1.39
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 20.1 ms