Protein–RNA interactions for Protein: Q9HCM9

TRIM39, E3 ubiquitin-protein ligase TRIM39, humanhuman

Predictions only

Length 518 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TRIM39Q9HCM9 MADCAM1-202ENST00000346144 1309 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
TRIM39Q9HCM9 YWHAH-202ENST00000397492 1879 ntTSL 3 BASIC23.24■■□□□ 1.31
TRIM39Q9HCM9 CAPZB-203ENST00000375142 1686 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.23■■□□□ 1.31
TRIM39Q9HCM9 OSCAR-206ENST00000391760 629 ntTSL 2 BASIC23.23■■□□□ 1.31
TRIM39Q9HCM9 RAET1E-AS1-203ENST00000606915 1210 ntTSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
TRIM39Q9HCM9 SKOR2-203ENST00000620245 3048 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.23■■□□□ 1.31
TRIM39Q9HCM9 PKMYT1-211ENST00000573944 1891 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.22■■□□□ 1.31
TRIM39Q9HCM9 PTH1R-206ENST00000430002 1947 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
TRIM39Q9HCM9 AFDN-201ENST00000344191 5249 ntTSL 5 BASIC23.22■■□□□ 1.31
TRIM39Q9HCM9 PRELID1-201ENST00000303204 1261 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
TRIM39Q9HCM9 ATP11B-209ENST00000493826 963 ntTSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
TRIM39Q9HCM9 CLIC3-203ENST00000494426 1017 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
TRIM39Q9HCM9 MOB4-204ENST00000409360 1447 ntTSL 5 BASIC23.22■■□□□ 1.31
TRIM39Q9HCM9 BOD1-202ENST00000311086 1562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
TRIM39Q9HCM9 CRIM1-201ENST00000280527 5912 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
TRIM39Q9HCM9 TTBK2-207ENST00000567840 1961 ntTSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
TRIM39Q9HCM9 TGFBRAP1-202ENST00000393359 5979 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
TRIM39Q9HCM9 AC009299.2-201ENST00000482477 511 ntBASIC23.21■■□□□ 1.31
TRIM39Q9HCM9 SNAI3-AS1-203ENST00000565633 829 ntTSL 5 BASIC23.21■■□□□ 1.31
TRIM39Q9HCM9 PPP4C-214ENST00000627746 1301 ntTSL 5 BASIC23.21■■□□□ 1.31
TRIM39Q9HCM9 PKIB-205ENST00000368452 1398 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
TRIM39Q9HCM9 CIRBP-216ENST00000588090 1459 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC23.21■■□□□ 1.31
TRIM39Q9HCM9 ZNF784-202ENST00000591479 1559 ntTSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
TRIM39Q9HCM9 CAPN10-204ENST00000354082 1999 ntTSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
TRIM39Q9HCM9 RBMXL2-201ENST00000306904 1874 ntAPPRIS P1 BASIC23.2■■□□□ 1.3
TRIM39Q9HCM9 PPP1CC-206ENST00000550991 1882 ntTSL 2 BASIC23.2■■□□□ 1.3
TRIM39Q9HCM9 RING1-201ENST00000374656 1752 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
TRIM39Q9HCM9 LRRC14B-201ENST00000328278 1573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
TRIM39Q9HCM9 GBX1-201ENST00000297537 1092 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
TRIM39Q9HCM9 CTAG1B-201ENST00000328435 748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
TRIM39Q9HCM9 TMEM170A-202ENST00000561878 1072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
TRIM39Q9HCM9 AC009163.4-201ENST00000567194 530 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.2■■□□□ 1.3
TRIM39Q9HCM9 CTAG1A-202ENST00000599837 748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
TRIM39Q9HCM9 DLG3-203ENST00000374360 5905 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
TRIM39Q9HCM9 EPB41L4B-202ENST00000374566 5800 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
TRIM39Q9HCM9 RGS19-201ENST00000332298 1510 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
TRIM39Q9HCM9 PGR-AS1-202ENST00000632820 1545 ntTSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
TRIM39Q9HCM9 AL160276.1-201ENST00000636672 1312 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.19■■□□□ 1.3
TRIM39Q9HCM9 AC009531.1-201ENST00000442323 580 ntTSL 4 BASIC23.19■■□□□ 1.3
TRIM39Q9HCM9 AC138207.2-201ENST00000583377 492 ntTSL 2 BASIC23.19■■□□□ 1.3
TRIM39Q9HCM9 AL035685.1-201ENST00000636663 812 ntBASIC23.19■■□□□ 1.3
TRIM39Q9HCM9 OTUD5-203ENST00000396743 2682 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
TRIM39Q9HCM9 LINC01970-201ENST00000581489 1810 ntTSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
TRIM39Q9HCM9 AC090877.2-201ENST00000558441 1738 ntBASIC23.19■■□□□ 1.3
TRIM39Q9HCM9 GPR150-201ENST00000380007 2065 ntAPPRIS P1 BASIC23.18■■□□□ 1.3
TRIM39Q9HCM9 TCEA1-211ENST00000522635 1432 ntTSL 2 BASIC23.18■■□□□ 1.3
TRIM39Q9HCM9 NR2F1-AS1-214ENST00000607831 1963 ntTSL 2 BASIC23.18■■□□□ 1.3
TRIM39Q9HCM9 TANGO2-204ENST00000401833 1920 ntTSL 5 BASIC23.18■■□□□ 1.3
TRIM39Q9HCM9 GAK-223ENST00000628912 497 ntTSL 5 BASIC23.18■■□□□ 1.3
TRIM39Q9HCM9 MFSD5-201ENST00000329548 1760 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
TRIM39Q9HCM9 DDX42-201ENST00000359353 2783 ntTSL 5 BASIC23.18■■□□□ 1.3
TRIM39Q9HCM9 KAT8-206ENST00000543774 1846 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.17■■□□□ 1.3
TRIM39Q9HCM9 CCNG2-201ENST00000316355 5526 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
TRIM39Q9HCM9 LAT-217ENST00000630764 610 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.17■■□□□ 1.3
TRIM39Q9HCM9 WIPI2-202ENST00000382384 1948 ntTSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
TRIM39Q9HCM9 MEIS2-204ENST00000397620 2295 ntTSL 2 BASIC23.17■■□□□ 1.3
TRIM39Q9HCM9 LTB4R2-205ENST00000543919 1560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
TRIM39Q9HCM9 ANKRD53-201ENST00000272421 2185 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
TRIM39Q9HCM9 NR6A1-201ENST00000344523 1846 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.17■■□□□ 1.3
TRIM39Q9HCM9 ST6GALNAC6-204ENST00000373144 2406 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
TRIM39Q9HCM9 BRI3-201ENST00000297290 780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
TRIM39Q9HCM9 RNF146-205ENST00000477776 762 ntTSL 3 BASIC23.16■■□□□ 1.3
TRIM39Q9HCM9 PRR7-204ENST00000510492 1285 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
TRIM39Q9HCM9 CACNA1H-201ENST00000348261 8208 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
TRIM39Q9HCM9 SNCB-201ENST00000310112 1383 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
TRIM39Q9HCM9 REXO4-202ENST00000371942 2360 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
TRIM39Q9HCM9 RAP2A-201ENST00000245304 5487 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
TRIM39Q9HCM9 LRP11-202ENST00000367368 1042 ntTSL 2 BASIC23.15■■□□□ 1.3
TRIM39Q9HCM9 MDK-203ENST00000395566 828 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
TRIM39Q9HCM9 ST3GAL6-AS1-203ENST00000488132 769 ntTSL 3 BASIC23.15■■□□□ 1.3
TRIM39Q9HCM9 MIR4281-201ENST00000580852 62 ntBASIC23.15■■□□□ 1.3
TRIM39Q9HCM9 TADA2B-201ENST00000310074 4350 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
TRIM39Q9HCM9 SIX2-201ENST00000303077 2205 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.3
TRIM39Q9HCM9 CADM4-201ENST00000222374 2178 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.3
TRIM39Q9HCM9 SNTA1-201ENST00000217381 2342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.3
TRIM39Q9HCM9 PDIA6-201ENST00000272227 2338 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.3
TRIM39Q9HCM9 HABP4-202ENST00000375251 2304 ntTSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.3
TRIM39Q9HCM9 NELFB-201ENST00000343053 2698 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.29
TRIM39Q9HCM9 ST20-MTHFS-201ENST00000479961 859 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.14■■□□□ 1.29
TRIM39Q9HCM9 LINC01925-201ENST00000579492 500 ntTSL 5 BASIC23.14■■□□□ 1.29
TRIM39Q9HCM9 IQANK1-201ENST00000527139 1803 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.14■■□□□ 1.29
TRIM39Q9HCM9 TRIM54-201ENST00000296098 2027 ntTSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
TRIM39Q9HCM9 AC137630.3-201ENST00000607245 391 ntBASIC23.13■■□□□ 1.29
TRIM39Q9HCM9 SMOX-203ENST00000339123 2074 ntTSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
TRIM39Q9HCM9 LDHB-203ENST00000396076 1538 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.13■■□□□ 1.29
TRIM39Q9HCM9 FNTA-201ENST00000302279 1840 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
TRIM39Q9HCM9 ARHGEF35-201ENST00000378115 2431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
TRIM39Q9HCM9 EVA1B-201ENST00000270824 1054 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.12■■□□□ 1.29
TRIM39Q9HCM9 AQP1-202ENST00000409611 1140 ntTSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
TRIM39Q9HCM9 Z92544.1-202ENST00000571933 1220 ntBASIC23.12■■□□□ 1.29
TRIM39Q9HCM9 ZNF365-206ENST00000395255 1674 ntTSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
TRIM39Q9HCM9 PPP1R14C-201ENST00000361131 2152 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
TRIM39Q9HCM9 SLC35B2-204ENST00000537814 1715 ntTSL 2 BASIC23.11■■□□□ 1.29
TRIM39Q9HCM9 PTPA-202ENST00000347048 1989 ntTSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
TRIM39Q9HCM9 HSPE1-201ENST00000233893 950 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
TRIM39Q9HCM9 MYL12B-203ENST00000581193 1249 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.11■■□□□ 1.29
TRIM39Q9HCM9 LSM7-204ENST00000587502 575 ntTSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
TRIM39Q9HCM9 H2AFB1-201ENST00000620016 587 ntAPPRIS P1 BASIC23.11■■□□□ 1.29
TRIM39Q9HCM9 PRMT5-228ENST00000627278 129 ntTSL 5 BASIC23.11■■□□□ 1.29
TRIM39Q9HCM9 FUT11-202ENST00000394790 2175 ntTSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 51.5 ms