Protein–RNA interactions for Protein: Q96MW1

CCDC43, Coiled-coil domain-containing protein 43, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 224 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC43Q96MW1 HOMER3-201ENST00000221222 1384 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC26.33■■□□□ 1.8
CCDC43Q96MW1 GPR160-201ENST00000355897 2039 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.32■■□□□ 1.8
CCDC43Q96MW1 KHSRP-201ENST00000398148 2993 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.32■■□□□ 1.8
CCDC43Q96MW1 AL031848.2-201ENST00000607670 837 ntBASIC26.32■■□□□ 1.8
CCDC43Q96MW1 BCKDHB-202ENST00000356489 1514 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.32■■□□□ 1.8
CCDC43Q96MW1 TRIM14-203ENST00000375098 1792 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.32■■□□□ 1.8
CCDC43Q96MW1 SH3GL1-201ENST00000269886 2516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.32■■□□□ 1.8
CCDC43Q96MW1 CLPTM1L-201ENST00000320895 2500 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.31■■□□□ 1.8
CCDC43Q96MW1 CST6-201ENST00000312134 759 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.31■■□□□ 1.8
CCDC43Q96MW1 NDUFA10-204ENST00000407129 699 ntTSL 1 (best) BASIC26.31■■□□□ 1.8
CCDC43Q96MW1 AC010913.1-201ENST00000608612 420 ntTSL 2 BASIC26.31■■□□□ 1.8
CCDC43Q96MW1 HNRNPD-203ENST00000353341 1585 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.31■■□□□ 1.8
CCDC43Q96MW1 EGFL8-219ENST00000333845 1310 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.31■■□□□ 1.8
CCDC43Q96MW1 CITED4-201ENST00000372638 1316 ntAPPRIS P1 BASIC26.31■■□□□ 1.8
CCDC43Q96MW1 KLHDC9-203ENST00000392192 1333 ntTSL 1 (best) BASIC26.31■■□□□ 1.8
CCDC43Q96MW1 TSPAN4-202ENST00000397396 1332 ntTSL 5 BASIC26.31■■□□□ 1.8
CCDC43Q96MW1 SDS-201ENST00000257549 1606 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.31■■□□□ 1.8
CCDC43Q96MW1 FANCE-201ENST00000229769 2554 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.31■■□□□ 1.8
CCDC43Q96MW1 FCRLB-205ENST00000367948 1977 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.31■■□□□ 1.8
CCDC43Q96MW1 AEBP2-204ENST00000398864 5099 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC26.3■■□□□ 1.8
CCDC43Q96MW1 AC103724.3-201ENST00000564481 992 ntBASIC26.3■■□□□ 1.8
CCDC43Q96MW1 NPHS2-202ENST00000367616 1670 ntTSL 1 (best) BASIC26.3■■□□□ 1.8
CCDC43Q96MW1 MAZ-202ENST00000322945 2532 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.3■■□□□ 1.8
CCDC43Q96MW1 CAPNS1-216ENST00000628306 1389 ntTSL 5 BASIC26.3■■□□□ 1.8
CCDC43Q96MW1 FAM162B-201ENST00000368557 1036 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.29■■□□□ 1.8
CCDC43Q96MW1 THA1P-201ENST00000590384 1145 ntBASIC26.29■■□□□ 1.8
CCDC43Q96MW1 DENND5A-201ENST00000328194 5031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.29■■□□□ 1.8
CCDC43Q96MW1 R3HCC1-202ENST00000411463 1467 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC26.29■■□□□ 1.8
CCDC43Q96MW1 SLC15A3-201ENST00000227880 2115 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.29■■□□□ 1.8
CCDC43Q96MW1 RRAD-201ENST00000299759 1569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.29■■□□□ 1.8
CCDC43Q96MW1 ARRB2-210ENST00000572457 1660 ntTSL 5 BASIC26.28■■□□□ 1.8
CCDC43Q96MW1 SPG21-201ENST00000204566 1822 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.28■■□□□ 1.8
CCDC43Q96MW1 HMCES-204ENST00000502878 1952 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.28■■□□□ 1.8
CCDC43Q96MW1 CFAP77-202ENST00000393215 901 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.28■■□□□ 1.8
CCDC43Q96MW1 TMPO-AS1-201ENST00000546421 738 ntTSL 5 BASIC26.28■■□□□ 1.8
CCDC43Q96MW1 AL590094.1-201ENST00000635581 706 ntTSL 2 BASIC26.28■■□□□ 1.8
CCDC43Q96MW1 AC064853.4-201ENST00000641394 363 ntAPPRIS P1 BASIC26.28■■□□□ 1.8
CCDC43Q96MW1 PKM-204ENST00000449901 2526 ntTSL 2 BASIC26.28■■□□□ 1.8
CCDC43Q96MW1 AC078883.1-201ENST00000442417 950 ntTSL 3 BASIC26.27■■□□□ 1.8
CCDC43Q96MW1 TMEM104-205ENST00000582773 1740 ntTSL 2 BASIC26.27■■□□□ 1.8
CCDC43Q96MW1 HOMER1-202ENST00000334082 5881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.27■■□□□ 1.8
CCDC43Q96MW1 OTUD5-203ENST00000396743 2682 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.26■■□□□ 1.79
CCDC43Q96MW1 KREMEN2-205ENST00000575769 1922 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.26■■□□□ 1.79
CCDC43Q96MW1 ZNF74-204ENST00000405993 1839 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.26■■□□□ 1.79
CCDC43Q96MW1 KAT8-202ENST00000448516 1789 ntTSL 1 (best) BASIC26.26■■□□□ 1.79
CCDC43Q96MW1 TPI1-210ENST00000613953 1460 ntTSL 1 (best) BASIC26.26■■□□□ 1.79
CCDC43Q96MW1 NPAS3-203ENST00000357798 2763 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.26■■□□□ 1.79
CCDC43Q96MW1 RABL6-202ENST00000357466 1820 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.25■■□□□ 1.79
CCDC43Q96MW1 RABEP2-203ENST00000544477 1645 ntTSL 2 BASIC26.25■■□□□ 1.79
CCDC43Q96MW1 TMUB1-203ENST00000462940 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.25■■□□□ 1.79
CCDC43Q96MW1 SERP2-201ENST00000379179 784 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.25■■□□□ 1.79
CCDC43Q96MW1 EPM2A-202ENST00000435470 1278 ntTSL 1 (best) BASIC26.25■■□□□ 1.79
CCDC43Q96MW1 AL121906.1-201ENST00000606866 440 ntTSL 3 BASIC26.25■■□□□ 1.79
CCDC43Q96MW1 TTC9-201ENST00000256367 5217 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.25■■□□□ 1.79
CCDC43Q96MW1 LURAP1L-201ENST00000319264 1753 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.25■■□□□ 1.79
CCDC43Q96MW1 E2F5-202ENST00000416274 1728 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC26.25■■□□□ 1.79
CCDC43Q96MW1 RBM33-201ENST00000287912 1404 ntTSL 2 BASIC26.24■■□□□ 1.79
CCDC43Q96MW1 FOXA3-201ENST00000302177 1989 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.24■■□□□ 1.79
CCDC43Q96MW1 CLEC2L-201ENST00000422142 1359 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC26.24■■□□□ 1.79
CCDC43Q96MW1 KLF3-AS1-202ENST00000440181 2368 ntTSL 2 BASIC26.24■■□□□ 1.79
CCDC43Q96MW1 YWHAH-202ENST00000397492 1879 ntTSL 3 BASIC26.23■■□□□ 1.79
CCDC43Q96MW1 BIN1-210ENST00000393041 2272 ntTSL 1 (best) BASIC26.23■■□□□ 1.79
CCDC43Q96MW1 SP5-201ENST00000375281 2033 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.23■■□□□ 1.79
CCDC43Q96MW1 AC120024.1-201ENST00000562672 995 ntBASIC26.23■■□□□ 1.79
CCDC43Q96MW1 AL451085.2-201ENST00000605085 799 ntBASIC26.23■■□□□ 1.79
CCDC43Q96MW1 ARL4D-201ENST00000320033 1612 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.22■■□□□ 1.79
CCDC43Q96MW1 PDSS1-201ENST00000376215 1626 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.22■■□□□ 1.79
CCDC43Q96MW1 FHL2-203ENST00000358129 1578 ntTSL 5 BASIC26.22■■□□□ 1.79
CCDC43Q96MW1 AC011448.1-201ENST00000555938 1100 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.22■■□□□ 1.79
CCDC43Q96MW1 SSSCA1-AS1-201ENST00000567594 614 ntBASIC26.22■■□□□ 1.79
CCDC43Q96MW1 MMP25-AS1-209ENST00000576250 779 ntTSL 5 BASIC26.22■■□□□ 1.79
CCDC43Q96MW1 TMEM260-202ENST00000538838 1638 ntTSL 1 (best) BASIC26.21■■□□□ 1.79
CCDC43Q96MW1 KRT18P24-201ENST00000344739 1156 ntBASIC26.21■■□□□ 1.79
CCDC43Q96MW1 SDHAF1-201ENST00000378887 1117 ntAPPRIS P1 BASIC26.21■■□□□ 1.79
CCDC43Q96MW1 TK2-216ENST00000564917 1156 ntTSL 3 BASIC26.21■■□□□ 1.79
CCDC43Q96MW1 AC011551.1-201ENST00000614101 683 ntBASIC26.21■■□□□ 1.79
CCDC43Q96MW1 PKMYT1-211ENST00000573944 1891 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.21■■□□□ 1.79
CCDC43Q96MW1 TTBK2-207ENST00000567840 1961 ntTSL 1 (best) BASIC26.2■■□□□ 1.79
CCDC43Q96MW1 MAPK9-202ENST00000347470 1509 ntTSL 5 BASIC26.2■■□□□ 1.79
CCDC43Q96MW1 CTAG1B-201ENST00000328435 748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.2■■□□□ 1.78
CCDC43Q96MW1 CTAG1A-202ENST00000599837 748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.2■■□□□ 1.78
CCDC43Q96MW1 MRPL4-207ENST00000590669 1423 ntTSL 1 (best) BASIC26.2■■□□□ 1.78
CCDC43Q96MW1 GNAL-201ENST00000269162 1722 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.19■■□□□ 1.78
CCDC43Q96MW1 AC138207.2-201ENST00000583377 492 ntTSL 2 BASIC26.19■■□□□ 1.78
CCDC43Q96MW1 MOB4-204ENST00000409360 1447 ntTSL 5 BASIC26.19■■□□□ 1.78
CCDC43Q96MW1 CAPZB-203ENST00000375142 1686 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC26.19■■□□□ 1.78
CCDC43Q96MW1 YWHAH-201ENST00000248975 1825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.18■■□□□ 1.78
CCDC43Q96MW1 KAT8-206ENST00000543774 1846 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.18■■□□□ 1.78
CCDC43Q96MW1 KCNQ5-208ENST00000414165 6236 ntTSL 5 BASIC26.18■■□□□ 1.78
CCDC43Q96MW1 RRAS2-201ENST00000256196 1516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.18■■□□□ 1.78
CCDC43Q96MW1 PKIB-205ENST00000368452 1398 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.18■■□□□ 1.78
CCDC43Q96MW1 SLC6A10P-202ENST00000431994 2058 ntBASIC26.18■■□□□ 1.78
CCDC43Q96MW1 BOD1-202ENST00000311086 1562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.17■■□□□ 1.78
CCDC43Q96MW1 PRELID1-201ENST00000303204 1261 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.17■■□□□ 1.78
CCDC43Q96MW1 TMEM170A-202ENST00000561878 1072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.17■■□□□ 1.78
CCDC43Q96MW1 AC009163.4-201ENST00000567194 530 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.17■■□□□ 1.78
CCDC43Q96MW1 RGS19-201ENST00000332298 1510 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.17■■□□□ 1.78
CCDC43Q96MW1 RING1-201ENST00000374656 1752 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.17■■□□□ 1.78
CCDC43Q96MW1 ZNF688-203ENST00000563276 1492 ntTSL 2 BASIC26.17■■□□□ 1.78
CCDC43Q96MW1 CIRBP-216ENST00000588090 1459 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC26.17■■□□□ 1.78
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 64.6 ms