Protein–RNA interactions for Protein: Q8NDQ6

ZNF540, Zinc finger protein 540, humanhuman

Predictions only

Length 660 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
ZNF540Q8NDQ6 VAX1-202ENST00000369206 1723 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.56■■□□□ 1.04
ZNF540Q8NDQ6 KLC1-201ENST00000246489 2294 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.56■■□□□ 1.04
ZNF540Q8NDQ6 KLC1-224ENST00000557450 2265 ntTSL 5 BASIC21.56■■□□□ 1.04
ZNF540Q8NDQ6 AC010907.1-201ENST00000441632 807 ntTSL 3 BASIC21.56■■□□□ 1.04
ZNF540Q8NDQ6 C16orf74-204ENST00000602719 1002 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC21.56■■□□□ 1.04
ZNF540Q8NDQ6 RYK-208ENST00000620660 2942 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
ZNF540Q8NDQ6 ONECUT3-201ENST00000382349 8318 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.56■■□□□ 1.04
ZNF540Q8NDQ6 ZNF707-222ENST00000532158 2218 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
ZNF540Q8NDQ6 HAUS3-202ENST00000443786 2430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
ZNF540Q8NDQ6 BCL11B-203ENST00000443726 2599 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.55■■□□□ 1.04
ZNF540Q8NDQ6 HTATSF1-201ENST00000218364 2775 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
ZNF540Q8NDQ6 BFSP1-202ENST00000377873 2207 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
ZNF540Q8NDQ6 CDR2-201ENST00000268383 2702 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
ZNF540Q8NDQ6 GPX1-201ENST00000419349 1106 ntBASIC21.55■■□□□ 1.04
ZNF540Q8NDQ6 TMEM55B-202ENST00000398020 1696 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
ZNF540Q8NDQ6 CRACR2B-201ENST00000450448 1663 ntTSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
ZNF540Q8NDQ6 NEURL4-202ENST00000399464 5200 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
ZNF540Q8NDQ6 ME2-208ENST00000638937 2471 ntTSL 5 BASIC21.54■■□□□ 1.04
ZNF540Q8NDQ6 MRPL4-201ENST00000253099 1455 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
ZNF540Q8NDQ6 HES4-202ENST00000428771 1040 ntTSL 2 BASIC21.54■■□□□ 1.04
ZNF540Q8NDQ6 AC018755.3-201ENST00000598755 664 ntTSL 2 BASIC21.54■■□□□ 1.04
ZNF540Q8NDQ6 P2RX5-201ENST00000225328 2309 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
ZNF540Q8NDQ6 ECE2-202ENST00000357474 2667 ntTSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
ZNF540Q8NDQ6 USF3-203ENST00000491165 2133 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
ZNF540Q8NDQ6 DENND1A-201ENST00000373618 3003 ntTSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
ZNF540Q8NDQ6 SLC30A2-201ENST00000374276 2494 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
ZNF540Q8NDQ6 LRFN4-202ENST00000393952 1550 ntTSL 5 BASIC21.53■■□□□ 1.04
ZNF540Q8NDQ6 C1orf122-201ENST00000373042 973 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
ZNF540Q8NDQ6 CEP120-209ENST00000515110 606 ntTSL 3 BASIC21.53■■□□□ 1.04
ZNF540Q8NDQ6 GNPTG-204ENST00000527137 386 ntTSL 2 BASIC21.53■■□□□ 1.04
ZNF540Q8NDQ6 MRPS7-203ENST00000579002 1638 ntTSL 2 BASIC21.53■■□□□ 1.04
ZNF540Q8NDQ6 LTBP3-212ENST00000529189 1997 ntTSL 2 BASIC21.53■■□□□ 1.04
ZNF540Q8NDQ6 ZFP91-CNTF-201ENST00000389919 2319 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC21.53■■□□□ 1.04
ZNF540Q8NDQ6 PKMYT1-211ENST00000573944 1891 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.53■■□□□ 1.04
ZNF540Q8NDQ6 VAV3-202ENST00000370056 4990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
ZNF540Q8NDQ6 CLDN5-201ENST00000403084 2357 ntBASIC21.53■■□□□ 1.04
ZNF540Q8NDQ6 ARHGAP29-202ENST00000370217 2043 ntTSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
ZNF540Q8NDQ6 HADH-209ENST00000603302 2032 ntTSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
ZNF540Q8NDQ6 LDB1-201ENST00000361198 2285 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
ZNF540Q8NDQ6 FAM78B-201ENST00000338353 1597 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
ZNF540Q8NDQ6 RUNX2-211ENST00000625924 1458 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
ZNF540Q8NDQ6 DLK2-201ENST00000357338 2038 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC21.52■■□□□ 1.04
ZNF540Q8NDQ6 TST-202ENST00000403892 1797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
ZNF540Q8NDQ6 ARSB-206ENST00000565165 1772 ntTSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
ZNF540Q8NDQ6 RARRES2P2-201ENST00000394842 485 ntBASIC21.52■■□□□ 1.04
ZNF540Q8NDQ6 CAMK2N1-201ENST00000375078 2336 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
ZNF540Q8NDQ6 ZBTB25-202ENST00000555220 1440 ntTSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
ZNF540Q8NDQ6 IL17RE-201ENST00000383814 2704 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
ZNF540Q8NDQ6 BAZ1A-201ENST00000358716 5920 ntTSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
ZNF540Q8NDQ6 RNF126P1-201ENST00000567452 1320 ntBASIC21.52■■□□□ 1.03
ZNF540Q8NDQ6 ZBTB22-208ENST00000431845 2651 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.03
ZNF540Q8NDQ6 HOXD9-201ENST00000249499 1870 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.03
ZNF540Q8NDQ6 GOLGA7-201ENST00000357743 2027 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
ZNF540Q8NDQ6 SLC22A18-201ENST00000312221 1628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
ZNF540Q8NDQ6 HSD17B12-202ENST00000395700 994 ntTSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
ZNF540Q8NDQ6 BLOC1S3-202ENST00000587722 732 ntAPPRIS P1 BASIC21.51■■□□□ 1.03
ZNF540Q8NDQ6 RPARP-AS1-205ENST00000596045 431 ntTSL 3 BASIC21.51■■□□□ 1.03
ZNF540Q8NDQ6 KDM4C-203ENST00000401787 1406 ntTSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
ZNF540Q8NDQ6 PITX2-209ENST00000557119 1889 ntTSL 2 BASIC21.51■■□□□ 1.03
ZNF540Q8NDQ6 CHKA-202ENST00000356135 1755 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
ZNF540Q8NDQ6 CHODL-201ENST00000299295 2548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
ZNF540Q8NDQ6 POU4F1-201ENST00000377208 4547 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
ZNF540Q8NDQ6 HOXA10-201ENST00000283921 2541 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
ZNF540Q8NDQ6 LAGE3-201ENST00000357360 949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
ZNF540Q8NDQ6 SPATA33-209ENST00000579310 1490 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.5■■□□□ 1.03
ZNF540Q8NDQ6 FAM86JP-203ENST00000485843 2012 ntTSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
ZNF540Q8NDQ6 ANKRD28-201ENST00000399451 6564 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
ZNF540Q8NDQ6 TMEM102-201ENST00000323206 1973 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
ZNF540Q8NDQ6 EMC10-206ENST00000598585 1610 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.49■■□□□ 1.03
ZNF540Q8NDQ6 MAGED2-206ENST00000375068 2189 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
ZNF540Q8NDQ6 DOHH-201ENST00000427575 2031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
ZNF540Q8NDQ6 NKX6-3-202ENST00000524115 1683 ntTSL 2 BASIC21.49■■□□□ 1.03
ZNF540Q8NDQ6 KAT5-208ENST00000530446 1697 ntTSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
ZNF540Q8NDQ6 ST8SIA6-201ENST00000377602 2276 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
ZNF540Q8NDQ6 G6PC3-201ENST00000269097 1533 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
ZNF540Q8NDQ6 ARHGEF9-210ENST00000623517 2143 ntTSL 2 BASIC21.49■■□□□ 1.03
ZNF540Q8NDQ6 RBM4B-203ENST00000525754 2339 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.49■■□□□ 1.03
ZNF540Q8NDQ6 KCNK13-201ENST00000282146 2522 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
ZNF540Q8NDQ6 AC004812.2-201ENST00000611079 2094 ntBASIC21.48■■□□□ 1.03
ZNF540Q8NDQ6 PEBP1-201ENST00000261313 1697 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
ZNF540Q8NDQ6 KIF2A-202ENST00000401507 2539 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
ZNF540Q8NDQ6 PTPRM-211ENST00000580170 5941 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
ZNF540Q8NDQ6 TAF10-201ENST00000299424 1215 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
ZNF540Q8NDQ6 PKIG-207ENST00000372894 1191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
ZNF540Q8NDQ6 AGO3-204ENST00000397828 1035 ntTSL 2 BASIC21.48■■□□□ 1.03
ZNF540Q8NDQ6 PTH1R-207ENST00000449590 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
ZNF540Q8NDQ6 COPZ2-210ENST00000621465 895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
ZNF540Q8NDQ6 CBWD5-202ENST00000377384 1347 ntTSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
ZNF540Q8NDQ6 PTGES2-202ENST00000338961 2331 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
ZNF540Q8NDQ6 SLC25A42-201ENST00000318596 3120 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
ZNF540Q8NDQ6 ASRGL1-202ENST00000415229 2270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
ZNF540Q8NDQ6 IGFBPL1-201ENST00000377694 1093 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.47■■□□□ 1.03
ZNF540Q8NDQ6 BANF1-208ENST00000533166 1135 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.47■■□□□ 1.03
ZNF540Q8NDQ6 ABHD17AP5-201ENST00000580133 923 ntBASIC21.47■■□□□ 1.03
ZNF540Q8NDQ6 AC022413.1-201ENST00000624602 984 ntBASIC21.47■■□□□ 1.03
ZNF540Q8NDQ6 PCSK6-220ENST00000622483 3132 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
ZNF540Q8NDQ6 PQLC3-201ENST00000295083 1830 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
ZNF540Q8NDQ6 OPN3-201ENST00000366554 2620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
ZNF540Q8NDQ6 HRH3-202ENST00000340177 2659 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
ZNF540Q8NDQ6 AFDN-AS1-201ENST00000359760 2238 ntTSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 71.1 ms