Protein–RNA interactions for Protein: Q9ULD4

BRPF3, Bromodomain and PHD finger-containing protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 1,205 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
BRPF3Q9ULD4 MIR3960-201ENST00000583311 91 ntBASIC28.45■■■□□ 2.14
BRPF3Q9ULD4 AC007029.1-201ENST00000604183 313 ntBASIC28.45■■■□□ 2.14
BRPF3Q9ULD4 MDFIC-208ENST00000614186 1068 ntTSL 1 (best) BASIC28.45■■■□□ 2.14
BRPF3Q9ULD4 REST-210ENST00000638187 1334 ntTSL 5 BASIC28.44■■■□□ 2.14
BRPF3Q9ULD4 TBL2-222ENST00000610724 2165 ntTSL 5 BASIC28.44■■■□□ 2.14
BRPF3Q9ULD4 SLC30A3-201ENST00000233535 2260 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.44■■■□□ 2.14
BRPF3Q9ULD4 PXMP2-201ENST00000317479 957 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.44■■■□□ 2.14
BRPF3Q9ULD4 DEXI-202ENST00000469379 1393 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.44■■■□□ 2.14
BRPF3Q9ULD4 FAM118A-205ENST00000441876 1776 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.44■■■□□ 2.14
BRPF3Q9ULD4 PYCR1-202ENST00000337943 1890 ntTSL 1 (best) BASIC28.44■■■□□ 2.14
BRPF3Q9ULD4 PDE5A-201ENST00000264805 3020 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.43■■■□□ 2.14
BRPF3Q9ULD4 PHACTR2-208ENST00000440869 2569 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.43■■■□□ 2.14
BRPF3Q9ULD4 VIPR2-204ENST00000421760 717 ntTSL 3 BASIC28.43■■■□□ 2.14
BRPF3Q9ULD4 ZNF767P-202ENST00000472212 2100 ntTSL 1 (best) BASIC28.43■■■□□ 2.14
BRPF3Q9ULD4 MED17-227ENST00000640521 2047 ntTSL 5 BASIC28.43■■■□□ 2.14
BRPF3Q9ULD4 CRACR2B-201ENST00000450448 1663 ntTSL 1 (best) BASIC28.42■■■□□ 2.14
BRPF3Q9ULD4 EVA1C-203ENST00000401402 1558 ntTSL 5 BASIC28.42■■■□□ 2.14
BRPF3Q9ULD4 ABHD6-205ENST00000478253 2482 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.42■■■□□ 2.14
BRPF3Q9ULD4 NPW-202ENST00000566435 991 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.42■■■□□ 2.14
BRPF3Q9ULD4 VAX1-202ENST00000369206 1723 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.42■■■□□ 2.14
BRPF3Q9ULD4 MYCN-201ENST00000281043 2602 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.41■■■□□ 2.14
BRPF3Q9ULD4 NECAB2-201ENST00000305202 1608 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.41■■■□□ 2.14
BRPF3Q9ULD4 ENDOG-201ENST00000372642 1172 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.41■■■□□ 2.14
BRPF3Q9ULD4 RP9P-202ENST00000450133 1212 ntBASIC28.41■■■□□ 2.14
BRPF3Q9ULD4 HMGA2-201ENST00000354636 1529 ntTSL 1 (best) BASIC28.41■■■□□ 2.14
BRPF3Q9ULD4 HADH-209ENST00000603302 2032 ntTSL 1 (best) BASIC28.41■■■□□ 2.14
BRPF3Q9ULD4 AL137002.2-201ENST00000639766 2238 ntTSL 5 BASIC28.41■■■□□ 2.14
BRPF3Q9ULD4 TWF2-201ENST00000305533 1718 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.4■■■□□ 2.14
BRPF3Q9ULD4 WBP1-202ENST00000393972 1325 ntTSL 2 BASIC28.4■■■□□ 2.14
BRPF3Q9ULD4 GAL3ST2-201ENST00000192314 1370 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.39■■■□□ 2.14
BRPF3Q9ULD4 C1QTNF1-206ENST00000579760 1672 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.39■■■□□ 2.14
BRPF3Q9ULD4 AC093536.1-201ENST00000569153 554 ntBASIC28.39■■■□□ 2.14
BRPF3Q9ULD4 AC011511.4-201ENST00000586529 1850 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.39■■■□□ 2.14
BRPF3Q9ULD4 LY6K-201ENST00000292430 2671 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.39■■■□□ 2.14
BRPF3Q9ULD4 BARHL1-201ENST00000263610 2341 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.38■■■□□ 2.13
BRPF3Q9ULD4 RAD51-210ENST00000557850 1397 ntTSL 2 BASIC28.38■■■□□ 2.13
BRPF3Q9ULD4 AC007383.2-202ENST00000435627 482 ntTSL 2 BASIC28.38■■■□□ 2.13
BRPF3Q9ULD4 ZDHHC16-206ENST00000370854 1798 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC28.37■■■□□ 2.13
BRPF3Q9ULD4 AC010501.1-201ENST00000606270 1962 ntBASIC28.37■■■□□ 2.13
BRPF3Q9ULD4 SLC35D3-201ENST00000331858 2359 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.37■■■□□ 2.13
BRPF3Q9ULD4 ATP6V0A2-209ENST00000613625 1620 ntTSL 1 (best) BASIC28.37■■■□□ 2.13
BRPF3Q9ULD4 HTATSF1-201ENST00000218364 2775 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.37■■■□□ 2.13
BRPF3Q9ULD4 B3GALT6-201ENST00000379198 2777 ntAPPRIS P1 BASIC28.37■■■□□ 2.13
BRPF3Q9ULD4 YRDC-201ENST00000373044 1826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.37■■■□□ 2.13
BRPF3Q9ULD4 RARRES2P2-201ENST00000394842 485 ntBASIC28.37■■■□□ 2.13
BRPF3Q9ULD4 STEAP2-204ENST00000394626 2456 ntTSL 2 BASIC28.37■■■□□ 2.13
BRPF3Q9ULD4 GSK3A-201ENST00000222330 2188 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.37■■■□□ 2.13
BRPF3Q9ULD4 KCNG1-201ENST00000371571 2211 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.37■■■□□ 2.13
BRPF3Q9ULD4 ERF-201ENST00000222329 2698 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.36■■■□□ 2.13
BRPF3Q9ULD4 OPRD1-202ENST00000621425 1217 ntTSL 1 (best) BASIC28.36■■■□□ 2.13
BRPF3Q9ULD4 ARHGDIA-203ENST00000541078 1517 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC28.35■■■□□ 2.13
BRPF3Q9ULD4 TNFRSF4-201ENST00000379236 1068 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.35■■■□□ 2.13
BRPF3Q9ULD4 MXD3-208ENST00000513063 861 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.35■■■□□ 2.13
BRPF3Q9ULD4 AC096887.2-201ENST00000623443 1957 ntBASIC28.35■■■□□ 2.13
BRPF3Q9ULD4 SLC16A11-202ENST00000447225 1779 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.34■■■□□ 2.13
BRPF3Q9ULD4 ARHGEF35-201ENST00000378115 2431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.34■■■□□ 2.13
BRPF3Q9ULD4 ANGPTL6-203ENST00000589181 1579 ntTSL 5 BASIC28.34■■■□□ 2.13
BRPF3Q9ULD4 AC026202.3-201ENST00000600805 1127 ntBASIC28.34■■■□□ 2.13
BRPF3Q9ULD4 EPM2A-208ENST00000618445 1694 ntTSL 1 (best) BASIC28.34■■■□□ 2.13
BRPF3Q9ULD4 SSTR4-201ENST00000255008 1427 ntAPPRIS P1 BASIC28.34■■■□□ 2.13
BRPF3Q9ULD4 HYAL2-207ENST00000442581 2318 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.34■■■□□ 2.13
BRPF3Q9ULD4 SH2B1-205ENST00000538342 1532 ntTSL 2 BASIC28.33■■■□□ 2.13
BRPF3Q9ULD4 ZNF747-203ENST00000568028 1511 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.33■■■□□ 2.13
BRPF3Q9ULD4 CASP9-201ENST00000333868 2019 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.33■■■□□ 2.13
BRPF3Q9ULD4 RAP2CP1-202ENST00000605179 643 ntBASIC28.33■■■□□ 2.13
BRPF3Q9ULD4 BRD4-212ENST00000630599 726 ntTSL 2 BASIC28.33■■■□□ 2.13
BRPF3Q9ULD4 PHF23-212ENST00000576955 1944 ntTSL 2 BASIC28.33■■■□□ 2.13
BRPF3Q9ULD4 SPIRE1-203ENST00000410092 5533 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.33■■■□□ 2.13
BRPF3Q9ULD4 AOC3-207ENST00000617500 2392 ntTSL 4 BASIC28.32■■■□□ 2.12
BRPF3Q9ULD4 MROH6-211ENST00000534459 1789 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.32■■■□□ 2.12
BRPF3Q9ULD4 TMCO6-201ENST00000252100 1834 ntTSL 1 (best) BASIC28.32■■■□□ 2.12
BRPF3Q9ULD4 ALKAL1-201ENST00000358543 1217 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.32■■■□□ 2.12
BRPF3Q9ULD4 NFIX-203ENST00000397661 3143 ntTSL 5 BASIC28.32■■■□□ 2.12
BRPF3Q9ULD4 MSRB1-206ENST00000622125 1363 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC28.32■■■□□ 2.12
BRPF3Q9ULD4 ELL3-201ENST00000319359 2352 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.32■■■□□ 2.12
BRPF3Q9ULD4 TMEM256-PLSCR3-204ENST00000573331 2557 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC28.32■■■□□ 2.12
BRPF3Q9ULD4 GRM6-202ENST00000517717 2673 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.32■■■□□ 2.12
BRPF3Q9ULD4 R3HDM4-203ENST00000587975 1765 ntTSL 3 BASIC28.32■■■□□ 2.12
BRPF3Q9ULD4 SH3GLB2-203ENST00000372564 2982 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.32■■■□□ 2.12
BRPF3Q9ULD4 AL139125.2-201ENST00000623134 1869 ntBASIC28.32■■■□□ 2.12
BRPF3Q9ULD4 ACTL10-201ENST00000330271 2028 ntAPPRIS P1 BASIC28.31■■■□□ 2.12
BRPF3Q9ULD4 CCSER2-202ENST00000359979 2066 ntTSL 1 (best) BASIC28.31■■■□□ 2.12
BRPF3Q9ULD4 LTK-202ENST00000355166 2940 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.31■■■□□ 2.12
BRPF3Q9ULD4 GFER-205ENST00000569451 517 ntTSL 5 BASIC28.31■■■□□ 2.12
BRPF3Q9ULD4 NRG3-201ENST00000372141 2158 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.31■■■□□ 2.12
BRPF3Q9ULD4 C19orf68-201ENST00000328759 2277 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.3■■■□□ 2.12
BRPF3Q9ULD4 AKT1S1-203ENST00000391831 2025 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.3■■■□□ 2.12
BRPF3Q9ULD4 RPIA-201ENST00000283646 1848 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.3■■■□□ 2.12
BRPF3Q9ULD4 FBXL20-203ENST00000577399 1620 ntTSL 5 BASIC28.3■■■□□ 2.12
BRPF3Q9ULD4 PVT1-212ENST00000521951 1535 ntTSL 1 (best) BASIC28.3■■■□□ 2.12
BRPF3Q9ULD4 ANKRD20A11P-201ENST00000344693 1088 ntTSL 1 (best) BASIC28.3■■■□□ 2.12
BRPF3Q9ULD4 TSPAN13-201ENST00000262067 2093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.3■■■□□ 2.12
BRPF3Q9ULD4 CACTIN-AS1-201ENST00000592274 1913 ntTSL 2 BASIC28.3■■■□□ 2.12
BRPF3Q9ULD4 PAIP1-208ENST00000514514 1603 ntTSL 5 BASIC28.29■■■□□ 2.12
BRPF3Q9ULD4 AC009831.1-201ENST00000580420 1582 ntBASIC28.29■■■□□ 2.12
BRPF3Q9ULD4 C15orf59-201ENST00000379822 1342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.29■■■□□ 2.12
BRPF3Q9ULD4 AC008105.2-203ENST00000591361 550 ntTSL 4 BASIC28.29■■■□□ 2.12
BRPF3Q9ULD4 RDH14-201ENST00000381249 1587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.28■■■□□ 2.12
BRPF3Q9ULD4 SIAH2-201ENST00000312960 2517 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.28■■■□□ 2.12
BRPF3Q9ULD4 PTPA-210ENST00000414510 1153 ntTSL 1 (best) BASIC28.28■■■□□ 2.12
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 13.1 ms