Protein–RNA interactions for Protein: Q92900

UPF1, Regulator of nonsense transcripts 1, humanhuman

Known RBP eCLIP

Length 1,129 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
UPF1Q92900 IL15RA-214ENST00000525219 1850 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC30.31■■■□□ 2.442e-10■■■■■ 40.2
UPF1Q92900 IL15RA-204ENST00000379977 1626 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.9■■□□□ 1.92e-10■■■■■ 40.2
UPF1Q92900 IL15RA-202ENST00000379972 1631 ntTSL 525.34■■□□□ 1.652e-10■■■■■ 40.2
UPF1Q92900 IL15RA-206ENST00000397248 1799 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.642e-10■■■■■ 40.2
UPF1Q92900 IL15RA-219ENST00000534292 1694 ntTSL 1 (best)23.48■■□□□ 1.352e-10■■■■■ 40.2
UPF1Q92900 IL15RA-218ENST00000532948 1581 ntTSL 322■■□□□ 1.112e-10■■■■■ 40.2
UPF1Q92900 IL15RA-211ENST00000435171 659 ntTSL 214.62□□□□□ -0.072e-10■■■■■ 40.2
UPF1Q92900 ATP6V0E2-211ENST00000606024 893 ntTSL 1 (best) BASIC28.2■■■□□ 2.12e-7■■■■■ 40.2
UPF1Q92900 VPS35-201ENST00000299138 6790 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC6.66□□□□□ -1.342e-8■■■■■ 40.2
UPF1Q92900 JPT2-203ENST00000382711 894 ntTSL 4 BASIC20.25■□□□□ 0.832e-17■■■■■ 40.2
UPF1Q92900 JPT2-202ENST00000382710 962 ntTSL 2 BASIC16.9■□□□□ 0.32e-17■■■■■ 40.2
UPF1Q92900 JPT2-214ENST00000569765 782 ntTSL 2 BASIC15.68■□□□□ 0.12e-17■■■■■ 40.2
UPF1Q92900 D2HGDH-214ENST00000473126 1612 ntTSL 1 (best)31.34■■■□□ 2.613e-10■■■■■ 40.2
UPF1Q92900 D2HGDH-203ENST00000403782 2208 ntTSL 2 BASIC26.51■■□□□ 1.833e-10■■■■■ 40.2
UPF1Q92900 D2HGDH-212ENST00000468064 2298 ntTSL 1 (best)25.01■■□□□ 1.593e-10■■■■■ 40.2
UPF1Q92900 D2HGDH-202ENST00000400769 2277 ntTSL 225.01■■□□□ 1.593e-10■■■■■ 40.2
UPF1Q92900 D2HGDH-215ENST00000486953 2232 ntTSL 1 (best)24.51■■□□□ 1.513e-10■■■■■ 40.2
UPF1Q92900 D2HGDH-201ENST00000321264 2617 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.03■□□□□ 0.83e-10■■■■■ 40.2
UPF1Q92900 D2HGDH-206ENST00000436747 4549 ntTSL 1 (best)17.84■□□□□ 0.453e-10■■■■■ 40.2
UPF1Q92900 PCYT2-207ENST00000571581 999 ntTSL 537.88■■■■□ 3.653e-15■■■■■ 40.2
UPF1Q92900 PCYT2-214ENST00000573636 913 ntTSL 535.22■■■■□ 3.233e-15■■■■■ 40.2
UPF1Q92900 PCYT2-213ENST00000573401 1028 ntTSL 534.83■■■■□ 3.173e-15■■■■■ 40.2
UPF1Q92900 PCYT2-218ENST00000576343 1006 ntTSL 534.24■■■■□ 3.073e-15■■■■■ 40.2
UPF1Q92900 PCYT2-210ENST00000572473 575 ntTSL 529.82■■■□□ 2.363e-15■■■■■ 40.2
UPF1Q92900 FAM213B-208ENST00000474659 785 ntTSL 232.98■■■□□ 2.871e-9■■■■■ 40.1
UPF1Q92900 FAM213B-214ENST00000498083 464 ntAPPRIS ALT2 TSL 331.41■■■□□ 2.621e-9■■■■■ 40.1
UPF1Q92900 FAM213B-207ENST00000465233 589 ntAPPRIS ALT2 TSL 230.16■■■□□ 2.421e-9■■■■■ 40.1
UPF1Q92900 FAM213B-206ENST00000464043 946 ntTSL 330.05■■■□□ 2.41e-9■■■■■ 40.1
UPF1Q92900 FAM213B-213ENST00000493183 840 ntTSL 229.95■■■□□ 2.391e-9■■■■■ 40.1
UPF1Q92900 ITPKC-202ENST00000597003 582 ntTSL 225.16■■□□□ 1.623e-18■■■■■ 40.1
UPF1Q92900 C19orf48-212ENST00000600373 709 ntTSL 221.02■□□□□ 0.964e-22■■■■■ 40.1
UPF1Q92900 C19orf48-213ENST00000601267 782 ntTSL 218.79■□□□□ 0.64e-22■■■■■ 40.1
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UPF1Q92900 C19orf48-208ENST00000597493 971 ntTSL 217.36■□□□□ 0.373e-22■■■■■ 40.1
UPF1Q92900 MAN1B1-204ENST00000475449 905 ntTSL 323.01■■□□□ 1.273e-9■■■■■ 40
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UPF1Q92900 MAN1B1-209ENST00000536349 5048 ntTSL 214.54□□□□□ -0.083e-9■■■■■ 40
UPF1Q92900 MAN1B1-202ENST00000371589 2769 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.12□□□□□ -0.153e-9■■■■■ 40
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UPF1Q92900 EHD1-213ENST00000621096 3336 ntTSL 5 BASIC13.61□□□□□ -0.237e-9■■■■■ 40
UPF1Q92900 EHD1-201ENST00000320631 4551 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.99□□□□□ -0.497e-9■■■■■ 40
UPF1Q92900 ELOF1-201ENST00000252445 1019 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.99■■□□□ 1.591e-28■■■■■ 40
UPF1Q92900 ELOF1-204ENST00000587806 1172 ntTSL 2 BASIC24.69■■□□□ 1.541e-28■■■■■ 40
UPF1Q92900 ELOF1-205ENST00000589171 743 ntTSL 3 BASIC23.27■■□□□ 1.326e-59■■■■■ 40
UPF1Q92900 ELOF1-206ENST00000590700 585 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.87■■□□□ 1.256e-59■■■■■ 40
UPF1Q92900 ELOF1-202ENST00000586120 658 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.08■□□□□ 0.976e-59■■■■■ 40
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UPF1Q92900 ELOF1-207ENST00000591674 679 ntTSL 2 BASIC11.34□□□□□ -0.596e-59■■■■■ 40
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UPF1Q92900 GORASP1-206ENST00000422110 2523 ntTSL 2 BASIC19.85■□□□□ 0.772e-10■■■■■ 39.9
UPF1Q92900 GORASP1-212ENST00000452389 2933 ntTSL 1 (best)16.45■□□□□ 0.222e-10■■■■■ 39.9
UPF1Q92900 GORASP1-211ENST00000441302 3240 ntTSL 214.71□□□□□ -0.052e-10■■■■■ 39.9
UPF1Q92900 GORASP1-201ENST00000319283 3722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.86□□□□□ -0.192e-10■■■■■ 39.9
UPF1Q92900 GORASP1-213ENST00000453680 2873 ntTSL 1 (best)12.98□□□□□ -0.332e-10■■■■■ 39.9
UPF1Q92900 PCYOX1-201ENST00000264441 2959 ntTSL 5 BASIC14.94□□□□□ -0.025e-14■■■■■ 39.8
UPF1Q92900 MVK-208ENST00000539696 608 ntTSL 5 BASIC37.22■■■■□ 3.554e-11■■■■■ 39.8
UPF1Q92900 ELF3-206ENST00000475698 833 ntTSL 218.73■□□□□ 0.595e-7■■■■■ 39.8
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UPF1Q92900 PKM-216ENST00000565184 2503 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.58■□□□□ 0.569e-15■■■■■ 39.8
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UPF1Q92900 PKM-202ENST00000335181 2318 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC11.86□□□□□ -0.519e-15■■■■■ 39.8
UPF1Q92900 PKM-212ENST00000564440 3016 ntTSL 1 (best)11.43□□□□□ -0.589e-15■■■■■ 39.8
UPF1Q92900 MKRN3-203ENST00000568252 1312 ntTSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.164e-9■■■■■ 39.8
UPF1Q92900 MKRN3-204ENST00000568945 2740 ntTSL 410.64□□□□□ -0.714e-9■■■■■ 39.8
UPF1Q92900 TMEM201-202ENST00000340381 3776 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.19■□□□□ 0.021e-7■■■■■ 39.8
UPF1Q92900 TMEM201-203ENST00000416541 3447 ntTSL 1 (best)10.18□□□□□ -0.781e-7■■■■■ 39.8
UPF1Q92900 LETM1-201ENST00000302787 5462 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.85■□□□□ 0.933e-7■■■■■ 39.8
UPF1Q92900 PSPH-202ENST00000395471 2178 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.162e-10■■■■■ 39.7
UPF1Q92900 PSPH-201ENST00000275605 2131 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.95■■□□□ 1.112e-10■■■■■ 39.7
UPF1Q92900 PSPH-210ENST00000437355 1409 ntTSL 517.33■□□□□ 0.362e-10■■■■■ 39.7
UPF1Q92900 NACC1-202ENST00000585663 615 ntTSL 524.1■■□□□ 1.451e-7■■■■■ 39.7
UPF1Q92900 SHISA5-211ENST00000460758 1297 ntTSL 1 (best)18.25■□□□□ 0.513e-12■■■■■ 39.7
UPF1Q92900 CDCA8-201ENST00000327331 2303 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.79□□□□□ -0.27e-17■■■■■ 39.7
UPF1Q92900 CDCA8-202ENST00000373055 2469 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.15□□□□□ -0.627e-17■■■■■ 39.7
UPF1Q92900 TIMM50-205ENST00000595527 2274 nt16.31■□□□□ 0.25e-14■■■■■ 39.7
UPF1Q92900 VPS4A-204ENST00000566354 2329 ntTSL 1 (best)15.29■□□□□ 0.046e-11■■■■■ 39.7
UPF1Q92900 POFUT2-201ENST00000331343 4825 ntTSL 1 (best) BASIC17.72■□□□□ 0.435e-8■■■■■ 39.7
UPF1Q92900 POFUT2-214ENST00000615172 2472 ntTSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.085e-8■■■■■ 39.7
UPF1Q92900 POFUT2-202ENST00000334538 3077 ntTSL 1 (best)14.1□□□□□ -0.155e-8■■■■■ 39.7
UPF1Q92900 POFUT2-203ENST00000349485 2871 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.66□□□□□ -0.225e-8■■■■■ 39.7
UPF1Q92900 POFUT2-213ENST00000612472 2959 ntTSL 5 BASIC12.96□□□□□ -0.335e-8■■■■■ 39.7
UPF1Q92900 POFUT2-208ENST00000471540 3176 ntTSL 512.65□□□□□ -0.395e-8■■■■■ 39.7
UPF1Q92900 DDX6-208ENST00000620157 6152 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC6.64□□□□□ -1.359e-23■■■■■ 39.6
UPF1Q92900 CSNK1G2-201ENST00000255641 2918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.042e-8■■■■■ 39.6
UPF1Q92900 RXRA-201ENST00000356384 5770 ntTSL 515.79■□□□□ 0.122e-7■■■■■ 39.6
UPF1Q92900 RNF126-207ENST00000605891 1671 ntTSL 541.33■■■■■ 4.218e-18■■■■■ 39.6
UPF1Q92900 RNF126-201ENST00000292363 1694 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC38.58■■■■□ 3.778e-18■■■■■ 39.6
UPF1Q92900 RNF126-204ENST00000590885 1436 ntTSL 524.99■■□□□ 1.598e-18■■■■■ 39.6
UPF1Q92900 RNF126-202ENST00000586749 2092 ntTSL 224.47■■□□□ 1.518e-18■■■■■ 39.6
UPF1Q92900 SPC24-203ENST00000585567 633 ntTSL 322.12■■□□□ 1.133e-17■■■■■ 39.6
UPF1Q92900 SPC24-206ENST00000592540 2315 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.11■□□□□ 0.333e-17■■■■■ 39.6
UPF1Q92900 PLXNA1-201ENST00000393409 9066 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.62□□□□□ -0.397e-8■■■■■ 39.6
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