Protein–RNA interactions for Protein: Q01955

COL4A3, Collagen alpha-3(IV) chain, humanhuman

Predictions only

Length 1,670 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL4A3Q01955 AMH-201ENST00000221496 1821 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
COL4A3Q01955 ITGA9-203ENST00000422441 2282 ntTSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
COL4A3Q01955 SYT7-202ENST00000535826 1621 ntTSL 5 BASIC24.46■■□□□ 1.51
COL4A3Q01955 AC010997.5-201ENST00000609182 354 ntBASIC24.45■■□□□ 1.5
COL4A3Q01955 RAB20-201ENST00000267328 1518 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
COL4A3Q01955 PWWP2B-201ENST00000305233 2651 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
COL4A3Q01955 MIR3621-201ENST00000580529 85 ntBASIC24.44■■□□□ 1.5
COL4A3Q01955 PRSS21-201ENST00000005995 1101 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
COL4A3Q01955 JMJD1C-AS1-201ENST00000609436 1335 ntBASIC24.44■■□□□ 1.5
COL4A3Q01955 EMC9-201ENST00000216799 835 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
COL4A3Q01955 MAST4-205ENST00000406039 717 ntTSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
COL4A3Q01955 AC011551.1-201ENST00000614101 683 ntBASIC24.43■■□□□ 1.5
COL4A3Q01955 GDF6-202ENST00000620978 973 ntTSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
COL4A3Q01955 SNAI3-AS1-204ENST00000567997 2048 ntBASIC24.43■■□□□ 1.5
COL4A3Q01955 MTDHP2-201ENST00000601468 714 ntBASIC24.43■■□□□ 1.5
COL4A3Q01955 MIR6724-1-201ENST00000616420 92 ntBASIC24.43■■□□□ 1.5
COL4A3Q01955 MIR6724-2-201ENST00000616483 92 ntBASIC24.43■■□□□ 1.5
COL4A3Q01955 MIR6724-4-201ENST00000617390 92 ntBASIC24.43■■□□□ 1.5
COL4A3Q01955 MIR6724-3-201ENST00000622482 92 ntBASIC24.43■■□□□ 1.5
COL4A3Q01955 AC011511.4-201ENST00000586529 1850 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.43■■□□□ 1.5
COL4A3Q01955 TOP1MT-208ENST00000519148 1868 ntTSL 2 BASIC24.42■■□□□ 1.5
COL4A3Q01955 LRRC14B-201ENST00000328278 1573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
COL4A3Q01955 HES4-201ENST00000304952 899 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
COL4A3Q01955 PCGF3-202ENST00000400151 1175 ntTSL 2 BASIC24.42■■□□□ 1.5
COL4A3Q01955 C2CD4D-201ENST00000454109 1757 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.42■■□□□ 1.5
COL4A3Q01955 TOLLIP-208ENST00000527938 549 ntTSL 4 BASIC24.41■■□□□ 1.5
COL4A3Q01955 SLC25A39-203ENST00000537904 1274 ntTSL 2 BASIC24.41■■□□□ 1.5
COL4A3Q01955 C11orf80-210ENST00000527634 1666 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.41■■□□□ 1.5
COL4A3Q01955 CNNM2-201ENST00000369875 2059 ntTSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
COL4A3Q01955 TSPAN10-203ENST00000574882 1837 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
COL4A3Q01955 CBR3-201ENST00000290354 1169 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
COL4A3Q01955 FSD1-204ENST00000597590 1634 ntTSL 5 BASIC24.4■■□□□ 1.5
COL4A3Q01955 FLT1-202ENST00000539099 1911 ntTSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
COL4A3Q01955 RBM42-206ENST00000592202 1469 ntTSL 5 BASIC24.4■■□□□ 1.5
COL4A3Q01955 DCTPP1-201ENST00000319285 1222 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
COL4A3Q01955 ZNRF2P3-201ENST00000424200 374 ntBASIC24.4■■□□□ 1.5
COL4A3Q01955 FAM66E-202ENST00000533615 2087 ntTSL 2 BASIC24.39■■□□□ 1.5
COL4A3Q01955 GTF2E2-201ENST00000355904 1762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.5
COL4A3Q01955 CIRBP-216ENST00000588090 1459 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC24.39■■□□□ 1.5
COL4A3Q01955 MADCAM1-202ENST00000346144 1309 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.5
COL4A3Q01955 HES5-201ENST00000378453 1306 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.5
COL4A3Q01955 LINC00472-204ENST00000436803 667 ntTSL 5 BASIC24.39■■□□□ 1.49
COL4A3Q01955 POLE2-201ENST00000216367 1776 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.49
COL4A3Q01955 ZNF74-204ENST00000405993 1839 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.38■■□□□ 1.49
COL4A3Q01955 AC092343.1-201ENST00000500224 729 ntTSL 3 BASIC24.38■■□□□ 1.49
COL4A3Q01955 C12orf75-207ENST00000552457 689 ntTSL 5 BASIC24.38■■□□□ 1.49
COL4A3Q01955 KRAS-204ENST00000557334 1052 ntTSL 5 BASIC24.38■■□□□ 1.49
COL4A3Q01955 CCNJL-201ENST00000257536 1848 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.38■■□□□ 1.49
COL4A3Q01955 GUK1-205ENST00000366722 850 ntTSL 3 BASIC24.37■■□□□ 1.49
COL4A3Q01955 PSMG1-201ENST00000331573 2154 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
COL4A3Q01955 PIK3R2-207ENST00000617130 2187 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
COL4A3Q01955 NR6A1-203ENST00000416460 1898 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
COL4A3Q01955 TMEM55B-201ENST00000250489 1961 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
COL4A3Q01955 LIN7B-202ENST00000391864 582 ntTSL 3 BASIC24.37■■□□□ 1.49
COL4A3Q01955 C19orf47-202ENST00000392035 2126 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
COL4A3Q01955 TANGO2-214ENST00000447208 2086 ntTSL 3 BASIC24.36■■□□□ 1.49
COL4A3Q01955 KCNJ4-201ENST00000303592 2065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
COL4A3Q01955 TMUB1-202ENST00000392818 1563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
COL4A3Q01955 SLC35A2-209ENST00000452555 1563 ntTSL 2 BASIC24.36■■□□□ 1.49
COL4A3Q01955 SENCR-201ENST00000526269 1298 ntTSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
COL4A3Q01955 RARRES2P6-201ENST00000567333 442 ntBASIC24.36■■□□□ 1.49
COL4A3Q01955 PAIP1-208ENST00000514514 1603 ntTSL 5 BASIC24.36■■□□□ 1.49
COL4A3Q01955 BSCL2-205ENST00000403550 1693 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC24.35■■□□□ 1.49
COL4A3Q01955 AC004540.2-202ENST00000451264 508 ntTSL 2 BASIC24.35■■□□□ 1.49
COL4A3Q01955 AC005837.3-201ENST00000612163 286 ntBASIC24.35■■□□□ 1.49
COL4A3Q01955 PDSS1-201ENST00000376215 1626 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
COL4A3Q01955 NDEL1-202ENST00000380025 2181 ntTSL 5 BASIC24.35■■□□□ 1.49
COL4A3Q01955 PLEKHF1-201ENST00000436066 2084 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
COL4A3Q01955 YTHDF1-201ENST00000370334 747 ntTSL 3 BASIC24.34■■□□□ 1.49
COL4A3Q01955 PAOX-203ENST00000357296 1633 ntTSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
COL4A3Q01955 FOXB2-201ENST00000376708 1299 ntAPPRIS P1 BASIC24.34■■□□□ 1.49
COL4A3Q01955 PLEKHO1-202ENST00000369126 1809 ntTSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.49
COL4A3Q01955 RPP38-201ENST00000378197 1457 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.49
COL4A3Q01955 IRAK1-205ENST00000429936 2127 ntTSL 5 BASIC24.33■■□□□ 1.49
COL4A3Q01955 EXOG-217ENST00000630638 197 ntTSL 5 BASIC24.33■■□□□ 1.49
COL4A3Q01955 TAZ-216ENST00000613002 1485 ntTSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
COL4A3Q01955 EVA1C-201ENST00000300255 1998 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
COL4A3Q01955 HDGFL1-201ENST00000510882 2174 ntAPPRIS P1 BASIC24.31■■□□□ 1.48
COL4A3Q01955 RALB-203ENST00000420510 1252 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.31■■□□□ 1.48
COL4A3Q01955 PABPN1-207ENST00000556821 1220 ntTSL 2 BASIC24.31■■□□□ 1.48
COL4A3Q01955 H2AFB1-201ENST00000620016 587 ntAPPRIS P1 BASIC24.31■■□□□ 1.48
COL4A3Q01955 ANKS3-203ENST00000450067 2272 ntTSL 5 BASIC24.31■■□□□ 1.48
COL4A3Q01955 SLC25A6-201ENST00000381401 2062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
COL4A3Q01955 EEF1D-203ENST00000419152 1452 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.31■■□□□ 1.48
COL4A3Q01955 P2RX2-202ENST00000348800 1222 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
COL4A3Q01955 P2RX2-204ENST00000351222 1140 ntTSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
COL4A3Q01955 SURF2-201ENST00000371964 842 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
COL4A3Q01955 AK3-203ENST00000447596 705 ntTSL 2 BASIC24.3■■□□□ 1.48
COL4A3Q01955 P2RX2-207ENST00000449132 1113 ntTSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
COL4A3Q01955 MCRIP1-202ENST00000457257 942 ntTSL 3 BASIC24.3■■□□□ 1.48
COL4A3Q01955 ZNRF1-205ENST00000566250 1069 ntTSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
COL4A3Q01955 ZNRF1-206ENST00000567962 1234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
COL4A3Q01955 GAK-223ENST00000628912 497 ntTSL 5 BASIC24.3■■□□□ 1.48
COL4A3Q01955 SNRNP70-206ENST00000598441 1574 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
COL4A3Q01955 AF131216.4-201ENST00000638924 1588 ntBASIC24.3■■□□□ 1.48
COL4A3Q01955 PORCN-202ENST00000355961 1848 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
COL4A3Q01955 CLK2-203ENST00000368361 2166 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
COL4A3Q01955 TNFSF12-TNFSF13-201ENST00000293826 1816 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
COL4A3Q01955 CD72-202ENST00000378430 585 ntTSL 3 BASIC24.3■■□□□ 1.48
COL4A3Q01955 ERRFI1-204ENST00000474874 479 ntTSL 3 BASIC24.3■■□□□ 1.48
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 64 ms