Protein–RNA interactions for Protein: Q99250

SCN2A, Sodium channel protein type 2 subunit alpha, humanhuman

Predictions only

Length 2,005 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SCN2AQ99250 PPM1B-202ENST00000345249 1713 ntTSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
SCN2AQ99250 RPS2P7-201ENST00000447334 885 ntBASIC22.44■■□□□ 1.18
SCN2AQ99250 AL451085.2-201ENST00000605085 799 ntBASIC22.44■■□□□ 1.18
SCN2AQ99250 SDS-201ENST00000257549 1606 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.44■■□□□ 1.18
SCN2AQ99250 TST-202ENST00000403892 1797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
SCN2AQ99250 AC145124.1-201ENST00000528514 1361 ntTSL 2 BASIC22.44■■□□□ 1.18
SCN2AQ99250 DYRK2-203ENST00000393555 2209 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
SCN2AQ99250 FGD5-AS1-204ENST00000430166 1184 ntTSL 2 BASIC22.43■■□□□ 1.18
SCN2AQ99250 CCDC106-202ENST00000586790 2162 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
SCN2AQ99250 SP5-201ENST00000375281 2033 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
SCN2AQ99250 P2RY2-202ENST00000393596 2174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
SCN2AQ99250 MTX2-204ENST00000443241 799 ntTSL 3 BASIC22.43■■□□□ 1.18
SCN2AQ99250 AC010980.1-201ENST00000587192 1142 ntBASIC22.43■■□□□ 1.18
SCN2AQ99250 AC074183.2-201ENST00000623112 922 ntBASIC22.43■■□□□ 1.18
SCN2AQ99250 MTERF3-201ENST00000287025 1409 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
SCN2AQ99250 MYPOP-201ENST00000322217 1890 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
SCN2AQ99250 OTUD5-201ENST00000156084 2740 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
SCN2AQ99250 KLF3-AS1-202ENST00000440181 2368 ntTSL 2 BASIC22.42■■□□□ 1.18
SCN2AQ99250 AC020928.2-201ENST00000588717 2197 ntBASIC22.42■■□□□ 1.18
SCN2AQ99250 TMCO6-201ENST00000252100 1834 ntTSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
SCN2AQ99250 SH3GL1-201ENST00000269886 2516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
SCN2AQ99250 RRNAD1-201ENST00000368216 2254 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
SCN2AQ99250 SIX2-201ENST00000303077 2205 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
SCN2AQ99250 MYDGF-201ENST00000262947 1018 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
SCN2AQ99250 PROSER2-202ENST00000379200 1232 ntAPPRIS ALT2 BASIC22.41■■□□□ 1.18
SCN2AQ99250 KRT18P10-201ENST00000388836 1287 ntBASIC22.41■■□□□ 1.18
SCN2AQ99250 BHLHE23-202ENST00000612929 1109 ntBASIC22.41■■□□□ 1.18
SCN2AQ99250 MLST8-219ENST00000565250 1588 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC22.41■■□□□ 1.18
SCN2AQ99250 REEP6-201ENST00000233596 1794 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
SCN2AQ99250 TMUB1-203ENST00000462940 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
SCN2AQ99250 FCRLB-205ENST00000367948 1977 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
SCN2AQ99250 PDPK1-204ENST00000441549 1729 ntTSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
SCN2AQ99250 AC145676.1-201ENST00000514988 2004 ntBASIC22.41■■□□□ 1.18
SCN2AQ99250 PKMYT1-211ENST00000573944 1891 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.41■■□□□ 1.18
SCN2AQ99250 SNX5-201ENST00000377759 2270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
SCN2AQ99250 FBXL6-202ENST00000455319 1727 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
SCN2AQ99250 CDK2AP1-201ENST00000261692 1625 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
SCN2AQ99250 FBXL20-203ENST00000577399 1620 ntTSL 5 BASIC22.4■■□□□ 1.18
SCN2AQ99250 HERC2P9-201ENST00000507787 1023 ntTSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
SCN2AQ99250 GPRC5B-202ENST00000535671 1215 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
SCN2AQ99250 SNTA1-201ENST00000217381 2342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.18
SCN2AQ99250 AC064853.4-201ENST00000641394 363 ntAPPRIS P1 BASIC22.39■■□□□ 1.17
SCN2AQ99250 GPR150-201ENST00000380007 2065 ntAPPRIS P1 BASIC22.39■■□□□ 1.17
SCN2AQ99250 TMEM171-202ENST00000454765 1535 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
SCN2AQ99250 ECEL1-202ENST00000409941 2322 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
SCN2AQ99250 CD63-201ENST00000257857 1070 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
SCN2AQ99250 CST6-201ENST00000312134 759 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
SCN2AQ99250 FAHD1-204ENST00000615972 757 ntTSL 5 BASIC22.38■■□□□ 1.17
SCN2AQ99250 IFNL4-201ENST00000606380 1637 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
SCN2AQ99250 ANKRD53-201ENST00000272421 2185 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
SCN2AQ99250 MROH6-210ENST00000533679 1921 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
SCN2AQ99250 IDNK-201ENST00000376417 511 ntTSL 5 BASIC22.38■■□□□ 1.17
SCN2AQ99250 IDNK-202ENST00000376419 692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
SCN2AQ99250 RABL6-202ENST00000357466 1820 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
SCN2AQ99250 KRT8P33-201ENST00000508125 1423 ntBASIC22.38■■□□□ 1.17
SCN2AQ99250 SLC35A2-209ENST00000452555 1563 ntTSL 2 BASIC22.38■■□□□ 1.17
SCN2AQ99250 RBFOX2-209ENST00000438146 1356 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
SCN2AQ99250 C16orf87-201ENST00000285697 1585 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
SCN2AQ99250 PFDN2-201ENST00000368010 677 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
SCN2AQ99250 SDHAF1-201ENST00000378887 1117 ntAPPRIS P1 BASIC22.37■■□□□ 1.17
SCN2AQ99250 FUT11-202ENST00000394790 2175 ntTSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
SCN2AQ99250 ANKRD9-204ENST00000559651 1444 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
SCN2AQ99250 FAM173A-202ENST00000564000 1088 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.37■■□□□ 1.17
SCN2AQ99250 AC018755.3-202ENST00000596210 929 ntBASIC22.37■■□□□ 1.17
SCN2AQ99250 PINK1-201ENST00000321556 2660 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
SCN2AQ99250 CDC16-204ENST00000360383 2211 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.37■■□□□ 1.17
SCN2AQ99250 BTBD6-205ENST00000536364 1973 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.37■■□□□ 1.17
SCN2AQ99250 POU2F2-208ENST00000529952 1716 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
SCN2AQ99250 AC053527.1-201ENST00000502790 685 ntTSL 3 BASIC22.36■■□□□ 1.17
SCN2AQ99250 SSX2IP-209ENST00000603677 1149 ntTSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
SCN2AQ99250 DUSP22-201ENST00000344450 1485 ntTSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
SCN2AQ99250 HSPE1-201ENST00000233893 950 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
SCN2AQ99250 FAM136A-202ENST00000430566 885 ntTSL 3 BASIC22.36■■□□□ 1.17
SCN2AQ99250 AL355490.1-201ENST00000445808 805 ntTSL 3 BASIC22.36■■□□□ 1.17
SCN2AQ99250 MAZ-203ENST00000545521 2333 ntTSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
SCN2AQ99250 E2F5-202ENST00000416274 1728 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
SCN2AQ99250 FKBP1A-211ENST00000618612 1518 ntTSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
SCN2AQ99250 NR2F1-AS1-214ENST00000607831 1963 ntTSL 2 BASIC22.36■■□□□ 1.17
SCN2AQ99250 IGFBP3-201ENST00000275521 2262 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
SCN2AQ99250 CENPVL1-201ENST00000602548 1620 ntAPPRIS P1 BASIC22.35■■□□□ 1.17
SCN2AQ99250 CENPVL2-201ENST00000634648 1620 ntAPPRIS P1 BASIC22.35■■□□□ 1.17
SCN2AQ99250 NPHS2-202ENST00000367616 1670 ntTSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
SCN2AQ99250 SERP2-201ENST00000379179 784 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
SCN2AQ99250 FAM120C-203ENST00000477084 1140 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
SCN2AQ99250 AC009299.2-201ENST00000482477 511 ntBASIC22.35■■□□□ 1.17
SCN2AQ99250 PAOX-203ENST00000357296 1633 ntTSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
SCN2AQ99250 ATG16L2-201ENST00000321297 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
SCN2AQ99250 TMEM104-205ENST00000582773 1740 ntTSL 2 BASIC22.35■■□□□ 1.17
SCN2AQ99250 CARNMT1-201ENST00000376830 1012 ntTSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
SCN2AQ99250 MBD3-202ENST00000434436 2439 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
SCN2AQ99250 CLEC2L-201ENST00000422142 1359 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC22.34■■□□□ 1.17
SCN2AQ99250 LYSMD2-202ENST00000454181 1228 ntTSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
SCN2AQ99250 CDKN2A-214ENST00000579755 1283 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
SCN2AQ99250 MAPK9-202ENST00000347470 1509 ntTSL 5 BASIC22.34■■□□□ 1.17
SCN2AQ99250 NAXE-203ENST00000368235 1125 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
SCN2AQ99250 QDPR-202ENST00000428702 1278 ntTSL 2 BASIC22.33■■□□□ 1.17
SCN2AQ99250 ATP11B-209ENST00000493826 963 ntTSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
SCN2AQ99250 KAT8-206ENST00000543774 1846 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.33■■□□□ 1.17
SCN2AQ99250 DCUN1D2-208ENST00000478244 2045 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
SCN2AQ99250 LTB4R2-205ENST00000543919 1560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 57.8 ms