Protein–RNA interactions for Protein: Q96GC9

VMP1, Vacuole membrane protein 1, humanhuman

Predictions only

Length 406 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VMP1Q96GC9 GAL3ST2-201ENST00000192314 1370 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
VMP1Q96GC9 ADGRA2-202ENST00000412232 5651 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
VMP1Q96GC9 ADSS-201ENST00000366535 2780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
VMP1Q96GC9 FAM159A-204ENST00000517870 748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
VMP1Q96GC9 HOMER3-207ENST00000594794 903 ntTSL 5 BASIC22.53■■□□□ 1.2
VMP1Q96GC9 AC018755.3-202ENST00000596210 929 ntBASIC22.53■■□□□ 1.2
VMP1Q96GC9 KLF16-204ENST00000617223 1133 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
VMP1Q96GC9 RNF19B-203ENST00000373456 2560 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
VMP1Q96GC9 AL121899.1-202ENST00000411839 536 ntTSL 5 BASIC22.52■■□□□ 1.2
VMP1Q96GC9 SPCS2P3-201ENST00000500401 656 ntBASIC22.52■■□□□ 1.2
VMP1Q96GC9 NEURL1B-203ENST00000522853 1263 ntTSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
VMP1Q96GC9 NRM-201ENST00000259953 1755 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC22.52■■□□□ 1.2
VMP1Q96GC9 LRFN4-202ENST00000393952 1550 ntTSL 5 BASIC22.51■■□□□ 1.19
VMP1Q96GC9 FLT1-202ENST00000539099 1911 ntTSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
VMP1Q96GC9 C19orf47-202ENST00000392035 2126 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
VMP1Q96GC9 GRK4-204ENST00000503518 2136 ntTSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
VMP1Q96GC9 ID4-201ENST00000378700 2344 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
VMP1Q96GC9 NECAB2-201ENST00000305202 1608 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
VMP1Q96GC9 QDPR-208ENST00000513615 1188 ntTSL 2 BASIC22.51■■□□□ 1.19
VMP1Q96GC9 MIR6765-201ENST00000614092 87 ntBASIC22.51■■□□□ 1.19
VMP1Q96GC9 ZC3H14-202ENST00000302216 2560 ntTSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
VMP1Q96GC9 MBLAC1-201ENST00000398075 1502 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
VMP1Q96GC9 DHFR-203ENST00000505337 1719 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.51■■□□□ 1.19
VMP1Q96GC9 HOXA4-204ENST00000610970 1728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
VMP1Q96GC9 GNB1-210ENST00000615252 3048 ntTSL 5 BASIC22.5■■□□□ 1.19
VMP1Q96GC9 WTAP-207ENST00000631126 1430 ntTSL 3 BASIC22.5■■□□□ 1.19
VMP1Q96GC9 RNF166-201ENST00000312838 1883 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
VMP1Q96GC9 LINC00588-201ENST00000521663 1875 ntTSL 2 BASIC22.5■■□□□ 1.19
VMP1Q96GC9 PCYT2-204ENST00000570388 1474 ntTSL 2 BASIC22.5■■□□□ 1.19
VMP1Q96GC9 PTH1R-201ENST00000313049 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
VMP1Q96GC9 DUX4L18-201ENST00000553347 1267 ntBASIC22.5■■□□□ 1.19
VMP1Q96GC9 ATAD3B-201ENST00000308647 2448 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
VMP1Q96GC9 SRR-201ENST00000344595 2728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
VMP1Q96GC9 TNFRSF12A-201ENST00000326577 1033 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
VMP1Q96GC9 GUK1-208ENST00000366728 842 ntTSL 2 BASIC22.49■■□□□ 1.19
VMP1Q96GC9 CCDC37-AS1-202ENST00000506660 986 ntTSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
VMP1Q96GC9 AC104002.3-202ENST00000557170 1100 ntTSL 3 BASIC22.49■■□□□ 1.19
VMP1Q96GC9 ZDHHC14-204ENST00000414563 3134 ntTSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
VMP1Q96GC9 CASP9-202ENST00000348549 1621 ntTSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
VMP1Q96GC9 RBM42-205ENST00000589871 1487 ntTSL 5 BASIC22.48■■□□□ 1.19
VMP1Q96GC9 NDEL1-201ENST00000334527 2372 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
VMP1Q96GC9 LY6H-201ENST00000342752 951 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
VMP1Q96GC9 ENHO-201ENST00000399775 1082 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.48■■□□□ 1.19
VMP1Q96GC9 LY6H-202ENST00000414417 1056 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
VMP1Q96GC9 LY6H-203ENST00000430474 925 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC22.48■■□□□ 1.19
VMP1Q96GC9 FAM193A-211ENST00000637812 4885 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.48■■□□□ 1.19
VMP1Q96GC9 HOMER1-202ENST00000334082 5881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
VMP1Q96GC9 MAGI2-202ENST00000419488 6800 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
VMP1Q96GC9 BAMBI-201ENST00000375533 1877 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
VMP1Q96GC9 MEIS2-204ENST00000397620 2295 ntTSL 2 BASIC22.47■■□□□ 1.19
VMP1Q96GC9 PVT1-212ENST00000521951 1535 ntTSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
VMP1Q96GC9 MRPL23-202ENST00000381519 643 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.47■■□□□ 1.19
VMP1Q96GC9 MRPL23-205ENST00000397298 736 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
VMP1Q96GC9 LINC01233-202ENST00000598832 568 ntTSL 2 BASIC22.47■■□□□ 1.19
VMP1Q96GC9 AMH-201ENST00000221496 1821 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
VMP1Q96GC9 GTPBP3-202ENST00000358792 1951 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC22.47■■□□□ 1.19
VMP1Q96GC9 DUSP8P4-201ENST00000399538 1761 ntBASIC22.46■■□□□ 1.19
VMP1Q96GC9 COPRS-201ENST00000302362 968 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
VMP1Q96GC9 LINC01770-201ENST00000417917 634 ntTSL 2 BASIC22.46■■□□□ 1.19
VMP1Q96GC9 ABHD17B-202ENST00000377041 1312 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
VMP1Q96GC9 DLK2-201ENST00000357338 2038 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.46■■□□□ 1.19
VMP1Q96GC9 SHISA8-202ENST00000621082 1405 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.46■■□□□ 1.19
VMP1Q96GC9 ANKRD16-202ENST00000380092 1646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
VMP1Q96GC9 CDC16-211ENST00000628084 2058 ntTSL 5 BASIC22.45■■□□□ 1.18
VMP1Q96GC9 HSBP1L1-201ENST00000451882 771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
VMP1Q96GC9 DSG2-202ENST00000585206 1081 ntTSL 2 BASIC22.45■■□□□ 1.18
VMP1Q96GC9 EHBP1L1-201ENST00000309295 5185 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
VMP1Q96GC9 SSBP4-201ENST00000270061 1768 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
VMP1Q96GC9 METTL24-201ENST00000338882 1119 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.44■■□□□ 1.18
VMP1Q96GC9 OSCAR-202ENST00000351806 1375 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
VMP1Q96GC9 GTF2E2-201ENST00000355904 1762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
VMP1Q96GC9 DYRK2-203ENST00000393555 2209 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
VMP1Q96GC9 AC148477.1-201ENST00000537720 476 ntTSL 3 BASIC22.44■■□□□ 1.18
VMP1Q96GC9 ERFE-207ENST00000546354 1065 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
VMP1Q96GC9 SHISA5-201ENST00000296444 2369 ntTSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
VMP1Q96GC9 RARA-204ENST00000394089 2024 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.43■■□□□ 1.18
VMP1Q96GC9 FSD1-204ENST00000597590 1634 ntTSL 5 BASIC22.43■■□□□ 1.18
VMP1Q96GC9 IDNK-203ENST00000405990 629 ntTSL 2 BASIC22.43■■□□□ 1.18
VMP1Q96GC9 C17orf49-201ENST00000439424 850 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
VMP1Q96GC9 PYY2-202ENST00000441253 1076 ntTSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
VMP1Q96GC9 ARRDC2-202ENST00000379656 2528 ntTSL 2 BASIC22.43■■□□□ 1.18
VMP1Q96GC9 AZIN2-201ENST00000294517 2182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
VMP1Q96GC9 CASP9-201ENST00000333868 2019 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
VMP1Q96GC9 PORCN-202ENST00000355961 1848 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
VMP1Q96GC9 TSPAN10-203ENST00000574882 1837 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
VMP1Q96GC9 FBXL8-201ENST00000258200 1658 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
VMP1Q96GC9 DVL1-201ENST00000378888 3239 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.42■■□□□ 1.18
VMP1Q96GC9 C21orf2-202ENST00000339818 2233 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
VMP1Q96GC9 ADAM22-209ENST00000439864 2576 ntTSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
VMP1Q96GC9 HYI-210ENST00000486909 905 ntTSL 5 BASIC22.42■■□□□ 1.18
VMP1Q96GC9 ATXN3-252ENST00000620536 1044 ntTSL 5 BASIC22.42■■□□□ 1.18
VMP1Q96GC9 ATXN3-253ENST00000621269 936 ntTSL 5 BASIC22.42■■□□□ 1.18
VMP1Q96GC9 LRIG1-202ENST00000383703 5283 ntTSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
VMP1Q96GC9 GGH-201ENST00000260118 1607 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
VMP1Q96GC9 RCCD1-206ENST00000556618 1556 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.42■■□□□ 1.18
VMP1Q96GC9 BIN1-207ENST00000357970 2497 ntTSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
VMP1Q96GC9 SLC39A2-201ENST00000298681 1379 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
VMP1Q96GC9 PRRX2-201ENST00000372469 1311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
VMP1Q96GC9 KRT18P10-201ENST00000388836 1287 ntBASIC22.41■■□□□ 1.18
VMP1Q96GC9 AC016910.1-201ENST00000422799 1046 ntTSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 140.6 ms