Protein–RNA interactions for Protein: Q15427

SF3B4, Splicing factor 3B subunit 4, humanhuman

Known RBP eCLIP

Length 424 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SF3B4Q15427 KLF6-206ENST00000497571 4656 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.93□□□□□ -0.56e-12■■■■■ 50.4
SF3B4Q15427 KLF6-207ENST00000542957 4537 ntTSL 5 BASIC11.37□□□□□ -0.596e-12■■■■■ 50.4
SF3B4Q15427 RPS15-213ENST00000617694 338 ntTSL 310.16□□□□□ -0.782e-10■■■■■ 50.4
SF3B4Q15427 KLF6-205ENST00000492125 432 ntTSL 1 (best)9.92□□□□□ -0.826e-12■■■■■ 50.4
SF3B4Q15427 RSL24D1-202ENST00000562895 435 ntTSL 38.77□□□□□ -1.012e-10■■■■■ 50.4
SF3B4Q15427 USP7-211ENST00000565883 453 ntTSL 24.22□□□□□ -1.733e-15■■■■■ 50.4
SF3B4Q15427 USP7-205ENST00000562615 304 ntTSL 23.77□□□□□ -1.813e-15■■■■■ 50.4
SF3B4Q15427 XPO5-210ENST00000496341 800 ntTSL 52.76□□□□□ -1.973e-15■■■■■ 50.4
SF3B4Q15427 REV1-212ENST00000482595 484 ntTSL 52.62□□□□□ -1.993e-15■■■■■ 50.4
SF3B4Q15427 VPS36-207ENST00000611132 4607 ntTSL 1 (best) BASIC14.14□□□□□ -0.159e-7■■■■■ 50.3
SF3B4Q15427 VPS36-201ENST00000378060 4417 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC7.79□□□□□ -1.169e-7■■■■■ 50.3
SF3B4Q15427 LBR-206ENST00000441022 536 ntTSL 24.73□□□□□ -1.654e-7■■■■■ 50.3
SF3B4Q15427 RBM5-201ENST00000347869 3188 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC8.7□□□□□ -1.022e-7■■■■■ 50.3
SF3B4Q15427 RBM5-212ENST00000464087 5616 ntTSL 27.82□□□□□ -1.162e-7■■■■■ 50.3
SF3B4Q15427 UBAP2-203ENST00000379235 2673 ntTSL 1 (best)11.23□□□□□ -0.612e-9■■■■■ 50.3
SF3B4Q15427 UBAP2-205ENST00000379239 2513 ntTSL 2 BASIC10.96□□□□□ -0.662e-9■■■■■ 50.3
SF3B4Q15427 UBAP2-212ENST00000629575 3460 ntTSL 27.54□□□□□ -1.22e-9■■■■■ 50.3
SF3B4Q15427 UBAP2-204ENST00000379238 4289 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC7.35□□□□□ -1.232e-9■■■■■ 50.3
SF3B4Q15427 UBAP2-201ENST00000360802 4284 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC7.35□□□□□ -1.232e-9■■■■■ 50.3
SF3B4Q15427 NAXD-203ENST00000470164 2377 ntTSL 215.2■□□□□ 0.022e-10■■■■■ 50.3
SF3B4Q15427 NAXD-202ENST00000424185 2311 ntTSL 2 BASIC14.92□□□□□ -0.022e-10■■■■■ 50.3
SF3B4Q15427 NAXD-201ENST00000309957 2659 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.73□□□□□ -0.212e-10■■■■■ 50.3
SF3B4Q15427 NCOR1-211ENST00000460276 1848 ntTSL 219.92■□□□□ 0.783e-9■■■■■ 50.2
SF3B4Q15427 NCOR1-206ENST00000411510 1883 ntTSL 1 (best)19.9■□□□□ 0.783e-9■■■■■ 50.2
SF3B4Q15427 NCOR1-221ENST00000582357 1877 ntTSL 1 (best)17.34■□□□□ 0.373e-9■■■■■ 50.2
SF3B4Q15427 NCOR1-209ENST00000436828 1969 ntTSL 1 (best)16.16■□□□□ 0.183e-9■■■■■ 50.2
SF3B4Q15427 KBTBD2-206ENST00000477129 695 ntTSL 29.57□□□□□ -0.883e-9■■■■■ 50.2
SF3B4Q15427 NCOR1-202ENST00000395848 3106 ntTSL 1 (best) BASIC5.48□□□□□ -1.533e-9■■■■■ 50.2
SF3B4Q15427 KBTBD2-208ENST00000621876 1196 ntTSL 5 BASIC4.44□□□□□ -1.73e-9■■■■■ 50.2
SF3B4Q15427 VIL1-202ENST00000392114 1968 ntTSL 2 BASIC10.74□□□□□ -0.693e-6■■■■■ 50.2
SF3B4Q15427 VIL1-201ENST00000248444 6531 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC9.52□□□□□ -0.893e-6■■■■■ 50.2
SF3B4Q15427 DNAJC9-201ENST00000372950 3032 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.24□□□□□ -0.452e-12■■■■■ 50.2
SF3B4Q15427 RAD23A-208ENST00000591499 1350 ntTSL 217.81■□□□□ 0.441e-8■■■■■ 50.2
SF3B4Q15427 RAD23A-203ENST00000586534 1746 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.59■□□□□ 0.411e-8■■■■■ 50.2
SF3B4Q15427 RAD23A-201ENST00000316856 1736 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.081e-8■■■■■ 50.2
SF3B4Q15427 RAD23A-210ENST00000593114 1691 ntTSL 514.78□□□□□ -0.041e-8■■■■■ 50.2
SF3B4Q15427 RAD23A-209ENST00000592268 1526 ntTSL 5 BASIC12.47□□□□□ -0.411e-8■■■■■ 50.2
SF3B4Q15427 FAM133B-210ENST00000492686 455 ntTSL 54.27□□□□□ -1.732e-6■■■■■ 50.2
SF3B4Q15427 C3-211ENST00000599668 627 ntTSL 38.25□□□□□ -1.097e-11■■■■■ 50.1
SF3B4Q15427 TBCK-215ENST00000509532 848 ntTSL 510.79□□□□□ -0.681e-9■■■■■ 50.1
SF3B4Q15427 TBCK-204ENST00000394708 3047 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC9.93□□□□□ -0.821e-9■■■■■ 50.1
SF3B4Q15427 TBCK-202ENST00000361687 3312 ntTSL 1 (best) BASIC9.08□□□□□ -0.961e-9■■■■■ 50.1
SF3B4Q15427 TBCK-203ENST00000394706 3349 ntTSL 1 (best) BASIC8.73□□□□□ -1.011e-9■■■■■ 50.1
SF3B4Q15427 TBCK-201ENST00000273980 8101 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC8.48□□□□□ -1.051e-9■■■■■ 50.1
SF3B4Q15427 TBCK-206ENST00000467183 3566 ntTSL 1 (best)8.25□□□□□ -1.091e-9■■■■■ 50.1
SF3B4Q15427 TBCK-205ENST00000432496 3362 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC5.3□□□□□ -1.561e-9■■■■■ 50.1
SF3B4Q15427 TBCK-210ENST00000506280 532 ntTSL 53.61□□□□□ -1.831e-9■■■■■ 50.1
SF3B4Q15427 KEL-207ENST00000478969 351 ntTSL 39.01□□□□□ -0.971e-6■■■■■ 50.1
SF3B4Q15427 KEL-205ENST00000470850 705 ntTSL 27.9□□□□□ -1.141e-6■■■■■ 50.1
SF3B4Q15427 GCKR-201ENST00000264717 2186 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.71□□□□□ -0.221e-7■■■■■ 50
SF3B4Q15427 HIP1R-202ENST00000452196 2054 ntTSL 1 (best)16.01■□□□□ 0.152e-12■■■■■ 50
SF3B4Q15427 HIP1R-204ENST00000535831 3078 ntTSL 215.11■□□□□ 0.012e-12■■■■■ 50
SF3B4Q15427 HIP1R-206ENST00000536772 538 ntTSL 212.44□□□□□ -0.422e-12■■■■■ 50
SF3B4Q15427 SLC2A4RG-202ENST00000473157 991 ntTSL 315.7■□□□□ 0.11e-11■■■■■ 50
SF3B4Q15427 RPS8-205ENST00000474582 391 ntTSL 1 (best)10.52□□□□□ -0.736e-16■■■■■ 50
SF3B4Q15427 RPS8-206ENST00000484599 852 ntTSL 39.95□□□□□ -0.826e-16■■■■■ 50
SF3B4Q15427 RPS8-203ENST00000464658 898 ntTSL 28.44□□□□□ -1.066e-16■■■■■ 50
SF3B4Q15427 LIG1-215ENST00000597901 565 ntTSL 413.74□□□□□ -0.212e-7■■■■■ 50
SF3B4Q15427 OXA1L-203ENST00000412791 1440 ntTSL 5 BASIC14.18□□□□□ -0.141e-6■■■■■ 50
SF3B4Q15427 OXA1L-201ENST00000285848 1719 ntTSL 1 (best) BASIC13.34□□□□□ -0.271e-6■■■■■ 50
SF3B4Q15427 OXA1L-202ENST00000358043 1750 ntTSL 2 BASIC12.84□□□□□ -0.351e-6■■■■■ 50
SF3B4Q15427 OXA1L-212ENST00000604262 1571 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.53□□□□□ -0.41e-6■■■■■ 50
SF3B4Q15427 OXA1L-209ENST00000495424 1679 ntTSL 211.08□□□□□ -0.641e-6■■■■■ 50
SF3B4Q15427 OXA1L-207ENST00000481218 1596 ntTSL 58.53□□□□□ -1.041e-6■■■■■ 50
SF3B4Q15427 OXA1L-213ENST00000612549 2971 ntTSL 1 (best) BASIC7.89□□□□□ -1.151e-6■■■■■ 50
SF3B4Q15427 ARFGAP1-208ENST00000518691 1162 ntTSL 217.58■□□□□ 0.44e-10■■■■■ 49.9
SF3B4Q15427 FP236383.1-201ENST00000623860 2498 ntTSL 2 BASIC12.05□□□□□ -0.487e-7■■■■■ 49.9
SF3B4Q15427 ULK1-206ENST00000542313 307 ntTSL 311.07□□□□□ -0.642e-11■■■■■ 49.9
SF3B4Q15427 PLK1-208ENST00000568568 582 ntTSL 313.81□□□□□ -0.22e-10■■■■■ 49.9
SF3B4Q15427 PLK1-207ENST00000567897 711 ntTSL 313.35□□□□□ -0.272e-10■■■■■ 49.9
SF3B4Q15427 HDAC5-203ENST00000586339 465 ntTSL 212.9□□□□□ -0.345e-10■■■■■ 49.9
SF3B4Q15427 MLLT6-206ENST00000615858 1208 ntTSL 410.26□□□□□ -0.771e-15■■■■■ 49.9
SF3B4Q15427 SHANK2-202ENST00000357171 1373 ntTSL 5 BASIC12.3□□□□□ -0.441e-19■■■■■ 49.9
SF3B4Q15427 SHANK2-218ENST00000601538 9062 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC11.57□□□□□ -0.561e-19■■■■■ 49.9
SF3B4Q15427 SHANK2-203ENST00000409161 9208 ntTSL 1 (best) BASIC11.54□□□□□ -0.561e-19■■■■■ 49.9
SF3B4Q15427 SHANK2-201ENST00000338508 7271 ntTSL 5 BASIC11.09□□□□□ -0.631e-19■■■■■ 49.9
SF3B4Q15427 SHANK2-211ENST00000449833 8850 ntTSL 5 BASIC10.96□□□□□ -0.661e-19■■■■■ 49.9
SF3B4Q15427 SHANK2-205ENST00000412252 1376 ntTSL 510.77□□□□□ -0.681e-19■■■■■ 49.9
SF3B4Q15427 SHANK2-219ENST00000606715 5738 nt10.72□□□□□ -0.691e-19■■■■■ 49.9
SF3B4Q15427 SHANK2-206ENST00000424924 6821 ntTSL 59.95□□□□□ -0.821e-19■■■■■ 49.9
SF3B4Q15427 EP400NL-201ENST00000332441 2741 ntTSL 219.04■□□□□ 0.643e-11■■■■■ 49.8
SF3B4Q15427 SLC5A9-208ENST00000527929 520 ntTSL 47.02□□□□□ -1.294e-14■■■■■ 49.8
SF3B4Q15427 DCAF6-206ENST00000455334 796 ntTSL 517.4■□□□□ 0.386e-7■■■■■ 49.8
SF3B4Q15427 DCAF6-205ENST00000450548 724 ntTSL 316.72■□□□□ 0.276e-7■■■■■ 49.8
SF3B4Q15427 DCAF6-208ENST00000470721 2803 ntTSL 216.28■□□□□ 0.26e-7■■■■■ 49.8
SF3B4Q15427 DCAF6-209ENST00000470919 827 ntTSL 24.42□□□□□ -1.76e-7■■■■■ 49.8
SF3B4Q15427 VPS52-212ENST00000445902 2960 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.05□□□□□ -0.161e-6■■■■■ 49.7
SF3B4Q15427 VPS52-218ENST00000482399 3338 ntTSL 2 BASIC12.45□□□□□ -0.421e-6■■■■■ 49.7
SF3B4Q15427 VPS52-217ENST00000478934 2602 ntTSL 210.23□□□□□ -0.771e-6■■■■■ 49.7
SF3B4Q15427 CEP135-201ENST00000257287 5562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC8.65□□□□□ -1.024e-8■■■■■ 49.7
SF3B4Q15427 CEP135-203ENST00000506202 5129 ntTSL 1 (best)8.3□□□□□ -1.084e-8■■■■■ 49.7
SF3B4Q15427 TTC3-208ENST00000428693 999 ntTSL 511□□□□□ -0.652e-6■■■■■ 49.7
SF3B4Q15427 OSBPL9-227ENST00000625138 863 ntTSL 54.3□□□□□ -1.725e-12■■■■■ 49.7
SF3B4Q15427 MSMO1-204ENST00000505270 482 ntTSL 34.31□□□□□ -1.721e-19■■■■■ 49.7
SF3B4Q15427 CFB-271ENST00000425368 2862 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.22□□□□□ -0.616e-7■■■■■ 49.7
SF3B4Q15427 TMEM214-205ENST00000434544 834 ntTSL 215.24■□□□□ 0.032e-9■■■■■ 49.6
SF3B4Q15427 TMEM214-207ENST00000444135 919 ntTSL 513.66□□□□□ -0.224e-8■■■■■ 49.6
SF3B4Q15427 XAB2-202ENST00000595288 4555 ntTSL 215.24■□□□□ 0.032e-8■■■■■ 49.6
SF3B4Q15427 XAB2-201ENST00000358368 2667 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.23□□□□□ -0.452e-8■■■■■ 49.6
SF3B4Q15427 KRT18-201ENST00000388835 1562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.325e-8■■■■■ 49.6
Retrieved 100 of 47,349 protein–RNA pairs in 3360.7 ms