Protein–RNA interactions for Protein: Q13107

USP4, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 4, humanhuman

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Length 963 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP4Q13107 VAX1-202ENST00000369206 1723 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.84■■□□□ 1.57
USP4Q13107 SH2B1-205ENST00000538342 1532 ntTSL 2 BASIC24.84■■□□□ 1.57
USP4Q13107 DAZAP1-202ENST00000336761 2290 ntTSL 5 BASIC24.84■■□□□ 1.57
USP4Q13107 CITED4-201ENST00000372638 1316 ntAPPRIS P1 BASIC24.84■■□□□ 1.57
USP4Q13107 FOXG1-201ENST00000313071 4890 ntAPPRIS P1 BASIC24.84■■□□□ 1.57
USP4Q13107 CCND3-202ENST00000372988 2133 ntTSL 1 (best) BASIC24.83■■□□□ 1.57
USP4Q13107 JMJD8-201ENST00000412368 2038 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.83■■□□□ 1.57
USP4Q13107 NRM-201ENST00000259953 1755 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC24.83■■□□□ 1.57
USP4Q13107 OXSR1-203ENST00000446845 1908 ntTSL 5 BASIC24.83■■□□□ 1.57
USP4Q13107 RASSF5-204ENST00000580449 1932 ntTSL 1 (best) BASIC24.83■■□□□ 1.57
USP4Q13107 PEMT-202ENST00000395781 1050 ntTSL 2 BASIC24.83■■□□□ 1.57
USP4Q13107 R3HCC1-201ENST00000265806 1773 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.82■■□□□ 1.56
USP4Q13107 BCL7C-202ENST00000380317 2409 ntTSL 1 (best) BASIC24.82■■□□□ 1.56
USP4Q13107 DDX42-201ENST00000359353 2783 ntTSL 5 BASIC24.82■■□□□ 1.56
USP4Q13107 ADGRB2-204ENST00000398542 5176 ntTSL 5 BASIC24.82■■□□□ 1.56
USP4Q13107 TTC3-225ENST00000540756 2025 ntTSL 2 BASIC24.82■■□□□ 1.56
USP4Q13107 Z92544.1-202ENST00000571933 1220 ntBASIC24.82■■□□□ 1.56
USP4Q13107 PRMT5-228ENST00000627278 129 ntTSL 5 BASIC24.82■■□□□ 1.56
USP4Q13107 MAZ-201ENST00000219782 2698 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.82■■□□□ 1.56
USP4Q13107 GATA4-207ENST00000532059 1459 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.82■■□□□ 1.56
USP4Q13107 CAMK2N2-201ENST00000296238 1362 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.81■■□□□ 1.56
USP4Q13107 PPM1J-201ENST00000309276 1863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.81■■□□□ 1.56
USP4Q13107 RTN2-208ENST00000590526 2357 ntTSL 5 BASIC24.81■■□□□ 1.56
USP4Q13107 AL022341.2-201ENST00000573609 1417 ntTSL 3 BASIC24.81■■□□□ 1.56
USP4Q13107 TMEM151B-201ENST00000438774 1140 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC24.81■■□□□ 1.56
USP4Q13107 ZNF302-211ENST00000509528 577 ntTSL 4 BASIC24.81■■□□□ 1.56
USP4Q13107 SNAI3-AS1-203ENST00000565633 829 ntTSL 5 BASIC24.81■■□□□ 1.56
USP4Q13107 CFAP99-207ENST00000635017 2298 ntTSL 5 BASIC24.81■■□□□ 1.56
USP4Q13107 RABL6-204ENST00000371671 1580 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.8■■□□□ 1.56
USP4Q13107 AMH-201ENST00000221496 1821 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.8■■□□□ 1.56
USP4Q13107 ZDHHC16-207ENST00000393760 2014 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.8■■□□□ 1.56
USP4Q13107 AC239859.2-201ENST00000444165 318 ntBASIC24.8■■□□□ 1.56
USP4Q13107 CENPVL1-201ENST00000602548 1620 ntAPPRIS P1 BASIC24.79■■□□□ 1.56
USP4Q13107 CENPVL2-201ENST00000634648 1620 ntAPPRIS P1 BASIC24.79■■□□□ 1.56
USP4Q13107 DUSP22-201ENST00000344450 1485 ntTSL 1 (best) BASIC24.79■■□□□ 1.56
USP4Q13107 R3HCC1-202ENST00000411463 1467 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC24.79■■□□□ 1.56
USP4Q13107 HOXC-AS1-201ENST00000505700 548 ntTSL 2 BASIC24.79■■□□□ 1.56
USP4Q13107 UNCX-201ENST00000316333 2048 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.79■■□□□ 1.56
USP4Q13107 HMG20B-202ENST00000333651 1596 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.79■■□□□ 1.56
USP4Q13107 REEP6-201ENST00000233596 1794 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.78■■□□□ 1.56
USP4Q13107 CTU1-201ENST00000421832 2087 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.78■■□□□ 1.56
USP4Q13107 FAM162B-201ENST00000368557 1036 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.78■■□□□ 1.56
USP4Q13107 SMUG1-203ENST00000401977 1082 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.78■■□□□ 1.56
USP4Q13107 MMP25-AS1-209ENST00000576250 779 ntTSL 5 BASIC24.78■■□□□ 1.56
USP4Q13107 LINC01925-201ENST00000579492 500 ntTSL 5 BASIC24.78■■□□□ 1.56
USP4Q13107 CASP9-202ENST00000348549 1621 ntTSL 1 (best) BASIC24.78■■□□□ 1.56
USP4Q13107 HMX2-201ENST00000339992 1628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.77■■□□□ 1.56
USP4Q13107 ZFAND5-202ENST00000343431 1073 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.77■■□□□ 1.56
USP4Q13107 KRT18P24-201ENST00000344739 1156 ntBASIC24.77■■□□□ 1.56
USP4Q13107 CHKA-202ENST00000356135 1755 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.77■■□□□ 1.56
USP4Q13107 UBALD1-206ENST00000590965 1462 ntTSL 2 BASIC24.77■■□□□ 1.56
USP4Q13107 SLC39A3-201ENST00000269740 1502 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
USP4Q13107 SLC25A1-202ENST00000451283 1514 ntTSL 2 BASIC24.76■■□□□ 1.55
USP4Q13107 CCDC71L-201ENST00000315965 1575 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.76■■□□□ 1.55
USP4Q13107 PNCK-204ENST00000370150 1612 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.76■■□□□ 1.55
USP4Q13107 ESRRA-203ENST00000406310 2218 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
USP4Q13107 YIF1A-201ENST00000359461 943 ntTSL 2 BASIC24.76■■□□□ 1.55
USP4Q13107 YIF1A-203ENST00000376901 1124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
USP4Q13107 EBPL-205ENST00000378284 967 ntTSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
USP4Q13107 NDUFA10-204ENST00000407129 699 ntTSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
USP4Q13107 AL356441.2-201ENST00000443009 864 ntBASIC24.76■■□□□ 1.55
USP4Q13107 ST20-MTHFS-201ENST00000479961 859 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.76■■□□□ 1.55
USP4Q13107 LSM7-204ENST00000587502 575 ntTSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
USP4Q13107 THA1P-201ENST00000590384 1145 ntBASIC24.76■■□□□ 1.55
USP4Q13107 EVA1C-203ENST00000401402 1558 ntTSL 5 BASIC24.76■■□□□ 1.55
USP4Q13107 ATPAF1-213ENST00000574428 1760 ntTSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
USP4Q13107 KISS1-201ENST00000367194 709 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
USP4Q13107 NAXE-202ENST00000368234 901 ntTSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
USP4Q13107 U2AF1-202ENST00000380276 940 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
USP4Q13107 FGD5-AS1-204ENST00000430166 1184 ntTSL 2 BASIC24.75■■□□□ 1.55
USP4Q13107 AC131212.1-201ENST00000613771 668 ntBASIC24.75■■□□□ 1.55
USP4Q13107 ERO1A-211ENST00000629528 998 ntTSL 5 BASIC24.75■■□□□ 1.55
USP4Q13107 CLEC2L-201ENST00000422142 1359 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC24.75■■□□□ 1.55
USP4Q13107 CNNM2-201ENST00000369875 2059 ntTSL 1 (best) BASIC24.74■■□□□ 1.55
USP4Q13107 HAUS7-211ENST00000626181 414 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.74■■□□□ 1.55
USP4Q13107 PKIB-205ENST00000368452 1398 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.74■■□□□ 1.55
USP4Q13107 FSD1-204ENST00000597590 1634 ntTSL 5 BASIC24.74■■□□□ 1.55
USP4Q13107 FAM57A-202ENST00000308278 2412 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.74■■□□□ 1.55
USP4Q13107 TAZ-205ENST00000475699 1862 ntTSL 1 (best) BASIC24.73■■□□□ 1.55
USP4Q13107 FSD1-201ENST00000221856 1831 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.73■■□□□ 1.55
USP4Q13107 CTF1-201ENST00000279804 1664 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.73■■□□□ 1.55
USP4Q13107 CFAP77-202ENST00000393215 901 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.73■■□□□ 1.55
USP4Q13107 YPEL1-202ENST00000403503 466 ntTSL 3 BASIC24.73■■□□□ 1.55
USP4Q13107 ST3GAL6-AS1-203ENST00000488132 769 ntTSL 3 BASIC24.73■■□□□ 1.55
USP4Q13107 GTF2IP1-204ENST00000616377 2632 ntTSL 2 BASIC24.73■■□□□ 1.55
USP4Q13107 BCL11B-203ENST00000443726 2599 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.73■■□□□ 1.55
USP4Q13107 CLPTM1L-201ENST00000320895 2500 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.73■■□□□ 1.55
USP4Q13107 ACSS1-203ENST00000432802 2438 ntTSL 2 BASIC24.73■■□□□ 1.55
USP4Q13107 HTRA1-201ENST00000368984 2120 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.73■■□□□ 1.55
USP4Q13107 MT1E-201ENST00000306061 704 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.72■■□□□ 1.55
USP4Q13107 CREM-229ENST00000474362 1030 ntTSL 2 BASIC24.72■■□□□ 1.55
USP4Q13107 AC120024.1-201ENST00000562672 995 ntBASIC24.72■■□□□ 1.55
USP4Q13107 MYL12B-203ENST00000581193 1249 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.72■■□□□ 1.55
USP4Q13107 SYT7-202ENST00000535826 1621 ntTSL 5 BASIC24.72■■□□□ 1.55
USP4Q13107 IRAK1-205ENST00000429936 2127 ntTSL 5 BASIC24.71■■□□□ 1.55
USP4Q13107 RBM33-201ENST00000287912 1404 ntTSL 2 BASIC24.71■■□□□ 1.55
USP4Q13107 ZNF692-201ENST00000306601 1931 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.71■■□□□ 1.55
USP4Q13107 BX664725.1-201ENST00000438252 379 ntBASIC24.71■■□□□ 1.55
USP4Q13107 DNMT3A-206ENST00000406659 1775 ntTSL 1 (best) BASIC24.71■■□□□ 1.55
USP4Q13107 TOMM40-203ENST00000426677 1725 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.71■■□□□ 1.55
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