Protein–RNA interactions for Protein: P31249

HOXD3, Homeobox protein Hox-D3, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 432 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXD3P31249 CAMK2N2-201ENST00000296238 1362 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.37■□□□□ 0.53
HOXD3P31249 PAIP1-208ENST00000514514 1603 ntTSL 5 BASIC18.37■□□□□ 0.53
HOXD3P31249 ZNF263-204ENST00000573578 1636 ntTSL 5 BASIC18.37■□□□□ 0.53
HOXD3P31249 SENP3-201ENST00000321337 2611 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.36■□□□□ 0.53
HOXD3P31249 BOD1-202ENST00000311086 1562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.36■□□□□ 0.53
HOXD3P31249 MPST-203ENST00000401419 1345 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.36■□□□□ 0.53
HOXD3P31249 BIN1-211ENST00000409400 2143 ntTSL 1 (best) BASIC18.36■□□□□ 0.53
HOXD3P31249 TMEM125-202ENST00000439858 1786 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.36■□□□□ 0.53
HOXD3P31249 USP2-204ENST00000525735 1704 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.36■□□□□ 0.53
HOXD3P31249 BICDL2-203ENST00000572449 1984 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.36■□□□□ 0.53
HOXD3P31249 FGF22-202ENST00000586042 1288 ntTSL 1 (best) BASIC18.36■□□□□ 0.53
HOXD3P31249 ZEB1-AS1-205ENST00000605946 382 ntTSL 5 BASIC18.36■□□□□ 0.53
HOXD3P31249 AL160276.1-201ENST00000636672 1312 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.36■□□□□ 0.53
HOXD3P31249 PEA15-201ENST00000360472 2471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.35■□□□□ 0.53
HOXD3P31249 SNAI3-AS1-204ENST00000567997 2048 ntBASIC18.35■□□□□ 0.53
HOXD3P31249 PRKAR1B-203ENST00000403562 1917 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.35■□□□□ 0.53
HOXD3P31249 DRAM2-211ENST00000539140 1883 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.35■□□□□ 0.53
HOXD3P31249 RDH14-201ENST00000381249 1587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.35■□□□□ 0.53
HOXD3P31249 RBFOX2-209ENST00000438146 1356 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.35■□□□□ 0.53
HOXD3P31249 RFLNA-202ENST00000338359 652 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.35■□□□□ 0.53
HOXD3P31249 AC239859.2-201ENST00000444165 318 ntBASIC18.35■□□□□ 0.53
HOXD3P31249 KLC1-225ENST00000557575 2188 ntTSL 5 BASIC18.35■□□□□ 0.53
HOXD3P31249 LYPLA1-215ENST00000618914 2482 ntTSL 5 BASIC18.34■□□□□ 0.53
HOXD3P31249 AC010501.1-201ENST00000606270 1962 ntBASIC18.34■□□□□ 0.53
HOXD3P31249 ZNF692-201ENST00000306601 1931 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.34■□□□□ 0.53
HOXD3P31249 AL356441.2-201ENST00000443009 864 ntBASIC18.34■□□□□ 0.53
HOXD3P31249 DLX2-202ENST00000466293 1852 ntTSL 2 BASIC18.34■□□□□ 0.53
HOXD3P31249 P2RX4-203ENST00000359949 1836 ntTSL 5 BASIC18.34■□□□□ 0.53
HOXD3P31249 TTBK2-205ENST00000567274 1777 ntTSL 5 BASIC18.34■□□□□ 0.53
HOXD3P31249 CACNG7-203ENST00000391767 2688 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.34■□□□□ 0.53
HOXD3P31249 DSG2-201ENST00000261590 5831 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.34■□□□□ 0.53
HOXD3P31249 UBE2E3-202ENST00000410062 1570 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.34■□□□□ 0.53
HOXD3P31249 KAZALD1-201ENST00000370200 1913 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.33■□□□□ 0.53
HOXD3P31249 AL022341.2-201ENST00000573609 1417 ntTSL 3 BASIC18.33■□□□□ 0.53
HOXD3P31249 IL15RA-214ENST00000525219 1850 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.33■□□□□ 0.53
HOXD3P31249 TGFBRAP1-202ENST00000393359 5979 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.33■□□□□ 0.53
HOXD3P31249 RUNDC3A-201ENST00000225441 1821 ntTSL 1 (best) BASIC18.33■□□□□ 0.53
HOXD3P31249 TWF2-201ENST00000305533 1718 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.33■□□□□ 0.52
HOXD3P31249 MYDGF-201ENST00000262947 1018 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.33■□□□□ 0.52
HOXD3P31249 SSX2IP-209ENST00000603677 1149 ntTSL 1 (best) BASIC18.33■□□□□ 0.52
HOXD3P31249 TMEM171-202ENST00000454765 1535 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.33■□□□□ 0.52
HOXD3P31249 SLC52A2-208ENST00000527078 1790 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.32■□□□□ 0.52
HOXD3P31249 AC019069.1-201ENST00000610008 1333 ntBASIC18.32■□□□□ 0.52
HOXD3P31249 PNCK-204ENST00000370150 1612 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.32■□□□□ 0.52
HOXD3P31249 NDEL1-219ENST00000585098 454 ntTSL 3 BASIC18.32■□□□□ 0.52
HOXD3P31249 ZSWIM6-201ENST00000252744 5501 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.32■□□□□ 0.52
HOXD3P31249 MTERF3-204ENST00000523821 1529 ntTSL 1 (best) BASIC18.32■□□□□ 0.52
HOXD3P31249 MSANTD2-201ENST00000239614 2495 ntTSL 2 BASIC18.31■□□□□ 0.52
HOXD3P31249 GSK3A-201ENST00000222330 2188 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.31■□□□□ 0.52
HOXD3P31249 IFNL4-201ENST00000606380 1637 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC18.31■□□□□ 0.52
HOXD3P31249 TMUB1-202ENST00000392818 1563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.31■□□□□ 0.52
HOXD3P31249 CDCA5-202ENST00000404147 1012 ntTSL 2 BASIC18.31■□□□□ 0.52
HOXD3P31249 HOXC-AS1-201ENST00000505700 548 ntTSL 2 BASIC18.31■□□□□ 0.52
HOXD3P31249 ZNF302-211ENST00000509528 577 ntTSL 4 BASIC18.31■□□□□ 0.52
HOXD3P31249 TMEM218-215ENST00000532407 1103 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.31■□□□□ 0.52
HOXD3P31249 TMPO-AS1-201ENST00000546421 738 ntTSL 5 BASIC18.31■□□□□ 0.52
HOXD3P31249 TRAF7-203ENST00000565383 799 ntTSL 5 BASIC18.31■□□□□ 0.52
HOXD3P31249 OXLD1-203ENST00000571503 803 ntTSL 2 BASIC18.31■□□□□ 0.52
HOXD3P31249 NBPF26-209ENST00000624419 1133 ntTSL 5 BASIC18.31■□□□□ 0.52
HOXD3P31249 SLC39A3-201ENST00000269740 1502 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.31■□□□□ 0.52
HOXD3P31249 ZNF747-203ENST00000568028 1511 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.31■□□□□ 0.52
HOXD3P31249 AC096887.2-201ENST00000623443 1957 ntBASIC18.31■□□□□ 0.52
HOXD3P31249 MEIS3-204ENST00000558555 1715 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.31■□□□□ 0.52
HOXD3P31249 SYT7-202ENST00000535826 1621 ntTSL 5 BASIC18.31■□□□□ 0.52
HOXD3P31249 YRDC-201ENST00000373044 1826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.3■□□□□ 0.52
HOXD3P31249 FKBP1A-211ENST00000618612 1518 ntTSL 1 (best) BASIC18.3■□□□□ 0.52
HOXD3P31249 BTBD6-203ENST00000392554 2176 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.3■□□□□ 0.52
HOXD3P31249 ARTN-203ENST00000414809 1943 ntAPPRIS P4 TSL 3 BASIC18.3■□□□□ 0.52
HOXD3P31249 FAM136A-202ENST00000430566 885 ntTSL 3 BASIC18.3■□□□□ 0.52
HOXD3P31249 LONRF2P2-201ENST00000439212 571 ntBASIC18.3■□□□□ 0.52
HOXD3P31249 PRR7-204ENST00000510492 1285 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.3■□□□□ 0.52
HOXD3P31249 EME2-205ENST00000568449 1234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.3■□□□□ 0.52
HOXD3P31249 AC010913.1-201ENST00000608612 420 ntTSL 2 BASIC18.3■□□□□ 0.52
HOXD3P31249 TOMM40-203ENST00000426677 1725 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.29■□□□□ 0.52
HOXD3P31249 YIF1A-201ENST00000359461 943 ntTSL 2 BASIC18.29■□□□□ 0.52
HOXD3P31249 YIF1A-203ENST00000376901 1124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.29■□□□□ 0.52
HOXD3P31249 CHKB-AS1-201ENST00000380711 578 ntTSL 2 BASIC18.29■□□□□ 0.52
HOXD3P31249 C5orf38-202ENST00000397835 681 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.29■□□□□ 0.52
HOXD3P31249 FGD5-AS1-204ENST00000430166 1184 ntTSL 2 BASIC18.29■□□□□ 0.52
HOXD3P31249 AC019171.1-201ENST00000601251 1056 ntBASIC18.29■□□□□ 0.52
HOXD3P31249 HAUS7-211ENST00000626181 414 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.29■□□□□ 0.52
HOXD3P31249 ZDHHC16-206ENST00000370854 1798 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.29■□□□□ 0.52
HOXD3P31249 AJAP1-201ENST00000378190 2383 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.28■□□□□ 0.52
HOXD3P31249 SNHG7-204ENST00000447221 2157 ntTSL 2 BASIC18.28■□□□□ 0.52
HOXD3P31249 CCNJL-201ENST00000257536 1848 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.28■□□□□ 0.52
HOXD3P31249 GYG2-205ENST00000398806 1956 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
HOXD3P31249 RHOF-203ENST00000537171 1485 ntTSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
HOXD3P31249 CENPVL1-201ENST00000602548 1620 ntAPPRIS P1 BASIC18.28■□□□□ 0.52
HOXD3P31249 CENPVL2-201ENST00000634648 1620 ntAPPRIS P1 BASIC18.28■□□□□ 0.52
HOXD3P31249 MROH6-211ENST00000534459 1789 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.28■□□□□ 0.52
HOXD3P31249 AC091060.1-201ENST00000623524 1766 ntBASIC18.28■□□□□ 0.52
HOXD3P31249 TK2-216ENST00000564917 1156 ntTSL 3 BASIC18.28■□□□□ 0.52
HOXD3P31249 MLST8-219ENST00000565250 1588 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC18.28■□□□□ 0.52
HOXD3P31249 AQP10-201ENST00000324978 1791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.52
HOXD3P31249 HMX2-201ENST00000339992 1628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.52
HOXD3P31249 FBXL20-203ENST00000577399 1620 ntTSL 5 BASIC18.27■□□□□ 0.52
HOXD3P31249 JMJD8-201ENST00000412368 2038 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.52
HOXD3P31249 RCCD1-203ENST00000555155 1871 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC18.27■□□□□ 0.52
HOXD3P31249 MAPKAP1-207ENST00000394060 1586 ntTSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.52
HOXD3P31249 MED22-201ENST00000343730 1437 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.52
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 37.3 ms