Protein–RNA interactions for Protein: P06340

HLA-DOA, HLA class II histocompatibility antigen, DO alpha chain, humanhuman

Predictions only

Length 250 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HLA-DOAP06340 AC011511.4-201ENST00000586529 1850 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.21■■■□□ 2.11
HLA-DOAP06340 FAM107A-203ENST00000447756 1432 ntTSL 1 (best) BASIC28.21■■■□□ 2.11
HLA-DOAP06340 C14orf80-211ENST00000450383 1107 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.21■■■□□ 2.11
HLA-DOAP06340 CREM-229ENST00000474362 1030 ntTSL 2 BASIC28.21■■■□□ 2.11
HLA-DOAP06340 ZNF821-201ENST00000313565 1874 ntTSL 1 (best) BASIC28.21■■■□□ 2.11
HLA-DOAP06340 RAB20-201ENST00000267328 1518 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.2■■■□□ 2.1
HLA-DOAP06340 BCKDHB-202ENST00000356489 1514 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.2■■■□□ 2.1
HLA-DOAP06340 MT1E-201ENST00000306061 704 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.2■■■□□ 2.1
HLA-DOAP06340 RPL31-208ENST00000409733 825 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.2■■■□□ 2.1
HLA-DOAP06340 CLIC3-203ENST00000494426 1017 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.2■■■□□ 2.1
HLA-DOAP06340 AC137630.3-201ENST00000607245 391 ntBASIC28.2■■■□□ 2.1
HLA-DOAP06340 HAUS7-211ENST00000626181 414 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.2■■■□□ 2.1
HLA-DOAP06340 NKPD1-202ENST00000589776 1950 ntAPPRIS P1 BASIC28.2■■■□□ 2.1
HLA-DOAP06340 HTRA2-202ENST00000352222 1450 ntTSL 1 (best) BASIC28.2■■■□□ 2.1
HLA-DOAP06340 CCNJL-201ENST00000257536 1848 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.2■■■□□ 2.1
HLA-DOAP06340 RDH14-201ENST00000381249 1587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.2■■■□□ 2.1
HLA-DOAP06340 DNAJC21-201ENST00000342382 2309 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.19■■■□□ 2.1
HLA-DOAP06340 GBX1-201ENST00000297537 1092 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.19■■■□□ 2.1
HLA-DOAP06340 AC026785.2-201ENST00000511821 867 ntTSL 2 BASIC28.19■■■□□ 2.1
HLA-DOAP06340 MIR663AHG-227ENST00000608084 765 ntTSL 5 BASIC28.19■■■□□ 2.1
HLA-DOAP06340 LCNL1-201ENST00000408973 1839 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.19■■■□□ 2.1
HLA-DOAP06340 MRPL4-207ENST00000590669 1423 ntTSL 1 (best) BASIC28.18■■■□□ 2.1
HLA-DOAP06340 THRA-204ENST00000546243 1909 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.18■■■□□ 2.1
HLA-DOAP06340 MRPS34-202ENST00000397375 1024 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.18■■■□□ 2.1
HLA-DOAP06340 LYL1-201ENST00000264824 1490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.18■■■□□ 2.1
HLA-DOAP06340 IFNL4-201ENST00000606380 1637 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC28.18■■■□□ 2.1
HLA-DOAP06340 TMUB1-203ENST00000462940 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.18■■■□□ 2.1
HLA-DOAP06340 TMUB1-201ENST00000297533 1353 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.17■■■□□ 2.1
HLA-DOAP06340 PKM-203ENST00000389093 2279 ntTSL 5 BASIC28.16■■■□□ 2.1
HLA-DOAP06340 YIF1A-201ENST00000359461 943 ntTSL 2 BASIC28.16■■■□□ 2.1
HLA-DOAP06340 VSTM2L-201ENST00000373459 831 ntTSL 3 BASIC28.16■■■□□ 2.1
HLA-DOAP06340 YIF1A-203ENST00000376901 1124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.16■■■□□ 2.1
HLA-DOAP06340 MAGI2-AS3-201ENST00000414797 1072 ntTSL 2 BASIC28.16■■■□□ 2.1
HLA-DOAP06340 C1QTNF1-206ENST00000579760 1672 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.16■■■□□ 2.1
HLA-DOAP06340 ACTG1-210ENST00000575842 2256 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.16■■■□□ 2.1
HLA-DOAP06340 NEUROG3-201ENST00000242462 1376 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.15■■■□□ 2.1
HLA-DOAP06340 PAOX-203ENST00000357296 1633 ntTSL 1 (best) BASIC28.15■■■□□ 2.1
HLA-DOAP06340 FAM72B-203ENST00000452190 748 ntTSL 3 BASIC28.15■■■□□ 2.1
HLA-DOAP06340 MIR4281-201ENST00000580852 62 ntBASIC28.15■■■□□ 2.1
HLA-DOAP06340 AC011551.1-201ENST00000614101 683 ntBASIC28.15■■■□□ 2.1
HLA-DOAP06340 PHF23-212ENST00000576955 1944 ntTSL 2 BASIC28.15■■■□□ 2.1
HLA-DOAP06340 ST6GALNAC6-205ENST00000373146 2460 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.15■■■□□ 2.1
HLA-DOAP06340 FRAT2-201ENST00000371019 2213 ntAPPRIS P1 BASIC28.15■■■□□ 2.1
HLA-DOAP06340 FAM173A-207ENST00000569529 1052 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.14■■■□□ 2.1
HLA-DOAP06340 CCDC194-202ENST00000636079 705 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.14■■■□□ 2.1
HLA-DOAP06340 LRRC14B-201ENST00000328278 1573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.14■■■□□ 2.1
HLA-DOAP06340 CACNG6-203ENST00000352529 1635 ntTSL 5 BASIC28.14■■■□□ 2.09
HLA-DOAP06340 SLC35A2-209ENST00000452555 1563 ntTSL 2 BASIC28.13■■■□□ 2.09
HLA-DOAP06340 TST-201ENST00000249042 1211 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.13■■■□□ 2.09
HLA-DOAP06340 CHKB-AS1-201ENST00000380711 578 ntTSL 2 BASIC28.13■■■□□ 2.09
HLA-DOAP06340 AC092849.1-201ENST00000475250 303 ntTSL 4 BASIC28.13■■■□□ 2.09
HLA-DOAP06340 TRAF7-203ENST00000565383 799 ntTSL 5 BASIC28.13■■■□□ 2.09
HLA-DOAP06340 LMTK3-202ENST00000600059 5113 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.13■■■□□ 2.09
HLA-DOAP06340 CIRBP-216ENST00000588090 1459 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC28.13■■■□□ 2.09
HLA-DOAP06340 AQP10-201ENST00000324978 1791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.12■■■□□ 2.09
HLA-DOAP06340 TTBK2-205ENST00000567274 1777 ntTSL 5 BASIC28.12■■■□□ 2.09
HLA-DOAP06340 DTWD2-204ENST00000515439 1275 ntTSL 5 BASIC28.12■■■□□ 2.09
HLA-DOAP06340 GRAMD4P7-201ENST00000578182 1232 ntBASIC28.12■■■□□ 2.09
HLA-DOAP06340 AC021242.3-201ENST00000607598 1377 ntBASIC28.11■■■□□ 2.09
HLA-DOAP06340 TSPAN4-203ENST00000397397 1423 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.11■■■□□ 2.09
HLA-DOAP06340 CTDSP2-203ENST00000547701 988 ntTSL 1 (best) BASIC28.11■■■□□ 2.09
HLA-DOAP06340 GABRA5-203ENST00000400081 2761 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.11■■■□□ 2.09
HLA-DOAP06340 PEX26-202ENST00000399744 1672 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.1■■■□□ 2.09
HLA-DOAP06340 CARM1-202ENST00000344150 2722 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.1■■■□□ 2.09
HLA-DOAP06340 SYCE1-204ENST00000432597 1254 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.1■■■□□ 2.09
HLA-DOAP06340 TMEM218-215ENST00000532407 1103 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.1■■■□□ 2.09
HLA-DOAP06340 ZNF180-205ENST00000587047 525 ntTSL 4 BASIC28.1■■■□□ 2.09
HLA-DOAP06340 MADCAM1-202ENST00000346144 1309 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.1■■■□□ 2.09
HLA-DOAP06340 SERF1A-202ENST00000354833 1889 ntTSL 1 (best) BASIC28.1■■■□□ 2.09
HLA-DOAP06340 SERF1B-201ENST00000380750 1889 ntTSL 1 (best) BASIC28.1■■■□□ 2.09
HLA-DOAP06340 EVA1C-201ENST00000300255 1998 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.1■■■□□ 2.09
HLA-DOAP06340 TRAPPC5-202ENST00000426877 765 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.09■■■□□ 2.09
HLA-DOAP06340 CUL4A-209ENST00000488558 1111 ntTSL 3 BASIC28.09■■■□□ 2.09
HLA-DOAP06340 CHTF8-205ENST00000519520 856 ntTSL 2 BASIC28.09■■■□□ 2.09
HLA-DOAP06340 NBPF26-209ENST00000624419 1133 ntTSL 5 BASIC28.09■■■□□ 2.09
HLA-DOAP06340 GAK-223ENST00000628912 497 ntTSL 5 BASIC28.09■■■□□ 2.09
HLA-DOAP06340 ZNF74-204ENST00000405993 1839 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.08■■■□□ 2.09
HLA-DOAP06340 DAZAP1-202ENST00000336761 2290 ntTSL 5 BASIC28.08■■■□□ 2.09
HLA-DOAP06340 C16orf87-201ENST00000285697 1585 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.08■■■□□ 2.09
HLA-DOAP06340 HNRNPD-203ENST00000353341 1585 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC28.08■■■□□ 2.09
HLA-DOAP06340 PICK1-201ENST00000356976 2055 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.08■■■□□ 2.09
HLA-DOAP06340 S100A6-201ENST00000368719 665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.08■■■□□ 2.09
HLA-DOAP06340 AC009531.1-201ENST00000442323 580 ntTSL 4 BASIC28.08■■■□□ 2.09
HLA-DOAP06340 UNC93B8-201ENST00000511903 705 ntBASIC28.08■■■□□ 2.09
HLA-DOAP06340 TCEA1-214ENST00000640382 1234 ntTSL 5 BASIC28.08■■■□□ 2.09
HLA-DOAP06340 SLC35B2-204ENST00000537814 1715 ntTSL 2 BASIC28.08■■■□□ 2.09
HLA-DOAP06340 POLE2-201ENST00000216367 1776 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.08■■■□□ 2.09
HLA-DOAP06340 NXPH4-201ENST00000349394 1804 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.08■■■□□ 2.09
HLA-DOAP06340 FOXO3B-201ENST00000395675 1928 ntBASIC28.08■■■□□ 2.09
HLA-DOAP06340 WIPI2-204ENST00000404704 1663 ntTSL 5 BASIC28.07■■■□□ 2.08
HLA-DOAP06340 TST-202ENST00000403892 1797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.07■■■□□ 2.08
HLA-DOAP06340 SSSCA1-AS1-201ENST00000567594 614 ntBASIC28.07■■■□□ 2.08
HLA-DOAP06340 CFD-202ENST00000592860 809 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.07■■■□□ 2.08
HLA-DOAP06340 HOOK2-201ENST00000264827 2603 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.07■■■□□ 2.08
HLA-DOAP06340 GATA4-209ENST00000622443 1982 ntTSL 5 BASIC28.07■■■□□ 2.08
HLA-DOAP06340 COL13A1-203ENST00000398969 2267 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.07■■■□□ 2.08
HLA-DOAP06340 TWF2-201ENST00000305533 1718 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.06■■■□□ 2.08
HLA-DOAP06340 TNFSF12-TNFSF13-201ENST00000293826 1816 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.06■■■□□ 2.08
HLA-DOAP06340 PLEKHO1-202ENST00000369126 1809 ntTSL 1 (best) BASIC28.06■■■□□ 2.08
HLA-DOAP06340 RNF166-201ENST00000312838 1883 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.06■■■□□ 2.08
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 57.1 ms