Protein–RNA interactions for Protein: Q9UFE4

CCDC39, Coiled-coil domain-containing protein 39, humanhuman

Predictions only

Length 941 aa.

Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC39Q9UFE4 RARA-204ENST00000394089 2024 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.46■■□□□ 1.99
CCDC39Q9UFE4 MBP-237ENST00000579129 1052 ntTSL 5 BASIC27.45■■□□□ 1.98
CCDC39Q9UFE4 CRIM1-201ENST00000280527 5912 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.45■■□□□ 1.98
CCDC39Q9UFE4 ARMC6-201ENST00000269932 2412 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.45■■□□□ 1.98
CCDC39Q9UFE4 CACNA1H-201ENST00000348261 8208 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC27.44■■□□□ 1.98
CCDC39Q9UFE4 SLBP-206ENST00000489418 1977 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.44■■□□□ 1.98
CCDC39Q9UFE4 SNX21-204ENST00000372542 1824 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.44■■□□□ 1.98
CCDC39Q9UFE4 POU2F2-215ENST00000560398 1788 ntTSL 5 BASIC27.44■■□□□ 1.98
CCDC39Q9UFE4 GIT1-210ENST00000579937 2798 ntTSL 2 BASIC27.44■■□□□ 1.98
CCDC39Q9UFE4 FBXL20-203ENST00000577399 1620 ntTSL 5 BASIC27.44■■□□□ 1.98
CCDC39Q9UFE4 AMH-201ENST00000221496 1821 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.44■■□□□ 1.98
CCDC39Q9UFE4 MED17-227ENST00000640521 2047 ntTSL 5 BASIC27.43■■□□□ 1.98
CCDC39Q9UFE4 BSPRY-201ENST00000374183 2339 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.43■■□□□ 1.98
CCDC39Q9UFE4 AC060814.1-201ENST00000554326 538 ntBASIC27.43■■□□□ 1.98
CCDC39Q9UFE4 AC016595.1-201ENST00000559410 383 ntTSL 3 BASIC27.43■■□□□ 1.98
CCDC39Q9UFE4 MMD-201ENST00000262065 2735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.43■■□□□ 1.98
CCDC39Q9UFE4 FSD1-204ENST00000597590 1634 ntTSL 5 BASIC27.42■■□□□ 1.98
CCDC39Q9UFE4 EML2-209ENST00000587152 2763 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.42■■□□□ 1.98
CCDC39Q9UFE4 LSR-204ENST00000361790 2210 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC27.42■■□□□ 1.98
CCDC39Q9UFE4 C1QTNF5-202ENST00000528368 1356 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.42■■□□□ 1.98
CCDC39Q9UFE4 ZDHHC16-206ENST00000370854 1798 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC27.42■■□□□ 1.98
CCDC39Q9UFE4 AL139125.2-201ENST00000623134 1869 ntBASIC27.42■■□□□ 1.98
CCDC39Q9UFE4 TBL2-222ENST00000610724 2165 ntTSL 5 BASIC27.42■■□□□ 1.98
CCDC39Q9UFE4 PTPN2-202ENST00000327283 1706 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.41■■□□□ 1.98
CCDC39Q9UFE4 MEIS3-201ENST00000331559 2104 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.41■■□□□ 1.98
CCDC39Q9UFE4 DYRK3-203ENST00000367109 2163 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.41■■□□□ 1.98
CCDC39Q9UFE4 WIPI2-204ENST00000404704 1663 ntTSL 5 BASIC27.41■■□□□ 1.98
CCDC39Q9UFE4 PMS1-220ENST00000618056 1468 ntTSL 5 BASIC27.41■■□□□ 1.98
CCDC39Q9UFE4 MIR4449-201ENST00000578365 66 ntBASIC27.41■■□□□ 1.98
CCDC39Q9UFE4 SRP68-213ENST00000629930 165 ntTSL 5 BASIC27.41■■□□□ 1.98
CCDC39Q9UFE4 FEZ2-203ENST00000379245 2097 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.4■■□□□ 1.98
CCDC39Q9UFE4 MIR1-1HG-202ENST00000624914 1220 ntTSL 1 (best) BASIC27.4■■□□□ 1.98
CCDC39Q9UFE4 C16orf72-201ENST00000327827 5953 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.4■■□□□ 1.98
CCDC39Q9UFE4 WRNIP1-205ENST00000618555 2651 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.4■■□□□ 1.98
CCDC39Q9UFE4 C2CD4D-201ENST00000454109 1757 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.4■■□□□ 1.98
CCDC39Q9UFE4 RPL27A-206ENST00000530022 878 ntTSL 1 (best) BASIC27.39■■□□□ 1.98
CCDC39Q9UFE4 NAB1-202ENST00000409581 2360 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC27.39■■□□□ 1.98
CCDC39Q9UFE4 IGFBP7-201ENST00000295666 1427 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.39■■□□□ 1.97
CCDC39Q9UFE4 APBA3-201ENST00000316757 2075 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.39■■□□□ 1.97
CCDC39Q9UFE4 FAM78B-201ENST00000338353 1597 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.39■■□□□ 1.97
CCDC39Q9UFE4 CBWD5-202ENST00000377384 1347 ntTSL 1 (best) BASIC27.39■■□□□ 1.97
CCDC39Q9UFE4 LAT-201ENST00000354453 1713 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.38■■□□□ 1.97
CCDC39Q9UFE4 C8orf58-201ENST00000289989 2016 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC27.38■■□□□ 1.97
CCDC39Q9UFE4 MCCD1-201ENST00000376191 955 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.38■■□□□ 1.97
CCDC39Q9UFE4 PDS5A-202ENST00000503396 2685 ntTSL 1 (best) BASIC27.38■■□□□ 1.97
CCDC39Q9UFE4 C3orf80-201ENST00000326474 2718 ntAPPRIS P1 BASIC27.37■■□□□ 1.97
CCDC39Q9UFE4 U2AF1-201ENST00000291552 962 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.37■■□□□ 1.97
CCDC39Q9UFE4 TTC39C-209ENST00000584250 1048 ntTSL 1 (best) BASIC27.37■■□□□ 1.97
CCDC39Q9UFE4 U2AF1L5-202ENST00000619610 813 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.37■■□□□ 1.97
CCDC39Q9UFE4 LINC01578-209ENST00000557682 2683 ntTSL 2 BASIC27.37■■□□□ 1.97
CCDC39Q9UFE4 AKT1S1-201ENST00000344175 1760 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC27.37■■□□□ 1.97
CCDC39Q9UFE4 EPS8L1-205ENST00000586329 2130 ntTSL 5 BASIC27.37■■□□□ 1.97
CCDC39Q9UFE4 SLC30A3-201ENST00000233535 2260 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.36■■□□□ 1.97
CCDC39Q9UFE4 TTC36-201ENST00000302783 874 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.36■■□□□ 1.97
CCDC39Q9UFE4 AL157400.5-201ENST00000507624 621 ntBASIC27.36■■□□□ 1.97
CCDC39Q9UFE4 FAM43A-201ENST00000329759 2494 ntAPPRIS P1 BASIC27.36■■□□□ 1.97
CCDC39Q9UFE4 ROR1-202ENST00000371080 2305 ntTSL 1 (best) BASIC27.36■■□□□ 1.97
CCDC39Q9UFE4 YRDC-201ENST00000373044 1826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.36■■□□□ 1.97
CCDC39Q9UFE4 DTNB-211ENST00000407661 2420 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC27.36■■□□□ 1.97
CCDC39Q9UFE4 SSTR5-201ENST00000293897 1362 ntAPPRIS P1 BASIC27.35■■□□□ 1.97
CCDC39Q9UFE4 SRPK3-205ENST00000393786 1900 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.35■■□□□ 1.97
CCDC39Q9UFE4 ALG1L9P-201ENST00000508969 2165 ntTSL 1 (best) BASIC27.35■■□□□ 1.97
CCDC39Q9UFE4 ZBTB25-202ENST00000555220 1440 ntTSL 1 (best) BASIC27.35■■□□□ 1.97
CCDC39Q9UFE4 TM6SF1-204ENST00000379390 1638 ntTSL 1 (best) BASIC27.35■■□□□ 1.97
CCDC39Q9UFE4 SH2D3A-202ENST00000437152 2013 ntTSL 2 BASIC27.35■■□□□ 1.97
CCDC39Q9UFE4 PKIG-207ENST00000372894 1191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.35■■□□□ 1.97
CCDC39Q9UFE4 LTC4S-205ENST00000486713 496 ntTSL 2 BASIC27.35■■□□□ 1.97
CCDC39Q9UFE4 AC022413.1-201ENST00000624602 984 ntBASIC27.35■■□□□ 1.97
CCDC39Q9UFE4 PDPK1-204ENST00000441549 1729 ntTSL 1 (best) BASIC27.35■■□□□ 1.97
CCDC39Q9UFE4 ATP6V0A2-209ENST00000613625 1620 ntTSL 1 (best) BASIC27.34■■□□□ 1.97
CCDC39Q9UFE4 CTSZ-201ENST00000217131 1495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.34■■□□□ 1.97
CCDC39Q9UFE4 PRDM13-202ENST00000369215 2429 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.34■■□□□ 1.97
CCDC39Q9UFE4 CENPV-201ENST00000299736 1165 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.34■■□□□ 1.97
CCDC39Q9UFE4 MOB2-207ENST00000614710 705 ntTSL 5 BASIC27.34■■□□□ 1.97
CCDC39Q9UFE4 RING1-201ENST00000374656 1752 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.34■■□□□ 1.97
CCDC39Q9UFE4 RUNX1-205ENST00000399240 1590 ntTSL 3 BASIC27.34■■□□□ 1.97
CCDC39Q9UFE4 HOXC9-201ENST00000303450 1516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.33■■□□□ 1.97
CCDC39Q9UFE4 BIN1-211ENST00000409400 2143 ntTSL 1 (best) BASIC27.33■■□□□ 1.97
CCDC39Q9UFE4 MDFIC-206ENST00000448022 484 ntTSL 2 BASIC27.33■■□□□ 1.97
CCDC39Q9UFE4 DGAT2-201ENST00000228027 2453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.32■■□□□ 1.96
CCDC39Q9UFE4 ZNF821-201ENST00000313565 1874 ntTSL 1 (best) BASIC27.32■■□□□ 1.96
CCDC39Q9UFE4 CEBPB-AS1-201ENST00000613921 2648 ntTSL 3 BASIC27.32■■□□□ 1.96
CCDC39Q9UFE4 CEP120-209ENST00000515110 606 ntTSL 3 BASIC27.32■■□□□ 1.96
CCDC39Q9UFE4 KRT72-201ENST00000293745 2015 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.32■■□□□ 1.96
CCDC39Q9UFE4 FZD8-201ENST00000374694 4030 ntAPPRIS P1 BASIC27.32■■□□□ 1.96
CCDC39Q9UFE4 ADIPOR1-201ENST00000340990 2177 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.32■■□□□ 1.96
CCDC39Q9UFE4 GNG10-201ENST00000374293 1491 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.32■■□□□ 1.96
CCDC39Q9UFE4 RAD51-208ENST00000532743 1515 ntTSL 2 BASIC27.31■■□□□ 1.96
CCDC39Q9UFE4 TMEM8B-203ENST00000377996 2473 ntTSL 2 BASIC27.31■■□□□ 1.96
CCDC39Q9UFE4 AC092296.2-201ENST00000589470 999 ntBASIC27.31■■□□□ 1.96
CCDC39Q9UFE4 TSR3-201ENST00000007390 1243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.31■■□□□ 1.96
CCDC39Q9UFE4 KLC1-205ENST00000380038 2322 ntTSL 2 BASIC27.31■■□□□ 1.96
CCDC39Q9UFE4 ARHGEF35-201ENST00000378115 2431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.31■■□□□ 1.96
CCDC39Q9UFE4 AL357033.1-201ENST00000370520 1933 ntTSL 2 BASIC27.31■■□□□ 1.96
CCDC39Q9UFE4 PEX26-202ENST00000399744 1672 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.3■■□□□ 1.96
CCDC39Q9UFE4 LHX3-201ENST00000371746 2403 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.3■■□□□ 1.96
CCDC39Q9UFE4 RPS2-201ENST00000343262 985 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.3■■□□□ 1.96
CCDC39Q9UFE4 PTGER1-201ENST00000292513 1421 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.3■■□□□ 1.96
CCDC39Q9UFE4 BRD3-202ENST00000371834 2529 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.3■■□□□ 1.96
CCDC39Q9UFE4 BCL11B-203ENST00000443726 2599 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.3■■□□□ 1.96
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 31.2 ms