Protein–RNA interactions for Protein: Q7Z494

NPHP3, Nephrocystin-3, humanhuman

Predictions only

Length 1,330 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
NPHP3Q7Z494 CENPVL2-201ENST00000634648 1620 ntAPPRIS P1 BASIC33.08■■■□□ 2.89
NPHP3Q7Z494 PROC-203ENST00000409048 1586 ntTSL 5 BASIC33.08■■■□□ 2.89
NPHP3Q7Z494 ST7-208ENST00000393451 2110 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.08■■■□□ 2.89
NPHP3Q7Z494 CRTAP-202ENST00000449224 1811 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC33.08■■■□□ 2.89
NPHP3Q7Z494 CTF1-201ENST00000279804 1664 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC33.07■■■□□ 2.88
NPHP3Q7Z494 AL022341.2-201ENST00000573609 1417 ntTSL 3 BASIC33.07■■■□□ 2.88
NPHP3Q7Z494 RBM42-206ENST00000592202 1469 ntTSL 5 BASIC33.06■■■□□ 2.88
NPHP3Q7Z494 GUK1-205ENST00000366722 850 ntTSL 3 BASIC33.06■■■□□ 2.88
NPHP3Q7Z494 CCDC61-204ENST00000595358 1817 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC33.06■■■□□ 2.88
NPHP3Q7Z494 ADRM1-205ENST00000620230 1361 ntTSL 5 BASIC33.06■■■□□ 2.88
NPHP3Q7Z494 FBXO7-206ENST00000452138 1535 ntTSL 2 BASIC33.06■■■□□ 2.88
NPHP3Q7Z494 BMP8A-201ENST00000331593 1692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.06■■■□□ 2.88
NPHP3Q7Z494 FOXF2-201ENST00000259806 2187 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.06■■■□□ 2.88
NPHP3Q7Z494 C12orf75-207ENST00000552457 689 ntTSL 5 BASIC33.05■■■□□ 2.88
NPHP3Q7Z494 AL512631.2-201ENST00000604634 923 ntBASIC33.05■■■□□ 2.88
NPHP3Q7Z494 LRRC14B-201ENST00000328278 1573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.04■■■□□ 2.88
NPHP3Q7Z494 YTHDF1-201ENST00000370334 747 ntTSL 3 BASIC33.04■■■□□ 2.88
NPHP3Q7Z494 MRPL4-207ENST00000590669 1423 ntTSL 1 (best) BASIC33.04■■■□□ 2.88
NPHP3Q7Z494 TPI1-201ENST00000229270 1763 ntTSL 1 (best) BASIC33.04■■■□□ 2.88
NPHP3Q7Z494 SENP5-202ENST00000419026 973 ntTSL 3 BASIC33.03■■■□□ 2.88
NPHP3Q7Z494 AC004540.2-202ENST00000451264 508 ntTSL 2 BASIC33.03■■■□□ 2.88
NPHP3Q7Z494 KRAS-204ENST00000557334 1052 ntTSL 5 BASIC33.03■■■□□ 2.88
NPHP3Q7Z494 AKT1S1-201ENST00000344175 1760 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC33.03■■■□□ 2.88
NPHP3Q7Z494 YPEL1-202ENST00000403503 466 ntTSL 3 BASIC33.02■■■□□ 2.88
NPHP3Q7Z494 QDPR-206ENST00000508623 601 ntTSL 3 BASIC33.02■■■□□ 2.88
NPHP3Q7Z494 RARRES2P6-201ENST00000567333 442 ntBASIC33.02■■■□□ 2.88
NPHP3Q7Z494 ZNF584-205ENST00000596281 575 ntTSL 2 BASIC33.02■■■□□ 2.88
NPHP3Q7Z494 EXOG-217ENST00000630638 197 ntTSL 5 BASIC33.02■■■□□ 2.88
NPHP3Q7Z494 CBLN1-201ENST00000219197 2435 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.02■■■□□ 2.88
NPHP3Q7Z494 RABL6-204ENST00000371671 1580 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC33.02■■■□□ 2.88
NPHP3Q7Z494 CASP9-201ENST00000333868 2019 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC33.02■■■□□ 2.88
NPHP3Q7Z494 COMT-204ENST00000403710 1548 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC33.02■■■□□ 2.88
NPHP3Q7Z494 EBPL-204ENST00000378272 766 ntTSL 3 BASIC33.02■■■□□ 2.88
NPHP3Q7Z494 LFNG-201ENST00000222725 2377 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC33.01■■■□□ 2.88
NPHP3Q7Z494 AL449106.1-201ENST00000608517 1980 ntBASIC33.01■■■□□ 2.88
NPHP3Q7Z494 MTCH1-202ENST00000373627 2057 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.01■■■□□ 2.87
NPHP3Q7Z494 CBR3-201ENST00000290354 1169 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.01■■■□□ 2.87
NPHP3Q7Z494 KDELR3-202ENST00000409006 931 ntTSL 1 (best) BASIC33.01■■■□□ 2.87
NPHP3Q7Z494 AC009531.1-201ENST00000442323 580 ntTSL 4 BASIC33.01■■■□□ 2.87
NPHP3Q7Z494 MXD3-201ENST00000423571 1534 ntTSL 2 BASIC33■■■□□ 2.87
NPHP3Q7Z494 DCTPP1-201ENST00000319285 1222 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33■■■□□ 2.87
NPHP3Q7Z494 DHRS13-201ENST00000378895 1921 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33■■■□□ 2.87
NPHP3Q7Z494 CDK2AP1-201ENST00000261692 1625 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.99■■■□□ 2.87
NPHP3Q7Z494 HOMER3-201ENST00000221222 1384 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC32.99■■■□□ 2.87
NPHP3Q7Z494 SLC25A39-203ENST00000537904 1274 ntTSL 2 BASIC32.99■■■□□ 2.87
NPHP3Q7Z494 AC092666.2-201ENST00000613287 246 ntBASIC32.99■■■□□ 2.87
NPHP3Q7Z494 CLK2-201ENST00000355560 2120 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC32.98■■■□□ 2.87
NPHP3Q7Z494 PCK2-202ENST00000396973 1830 ntTSL 1 (best) BASIC32.98■■■□□ 2.87
NPHP3Q7Z494 SURF2-201ENST00000371964 842 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.98■■■□□ 2.87
NPHP3Q7Z494 ZNRF2P3-201ENST00000424200 374 ntBASIC32.98■■■□□ 2.87
NPHP3Q7Z494 JMJD1C-AS1-201ENST00000609436 1335 ntBASIC32.97■■■□□ 2.87
NPHP3Q7Z494 CIRBP-216ENST00000588090 1459 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC32.97■■■□□ 2.87
NPHP3Q7Z494 EMC10-202ENST00000376918 2014 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC32.97■■■□□ 2.87
NPHP3Q7Z494 NRARP-201ENST00000356628 1770 ntAPPRIS P1 BASIC32.97■■■□□ 2.87
NPHP3Q7Z494 DNAJB2-202ENST00000392086 1946 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC32.97■■■□□ 2.87
NPHP3Q7Z494 UBALD2-201ENST00000327490 1593 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.97■■■□□ 2.87
NPHP3Q7Z494 PFN2-210ENST00000481767 1620 ntTSL 2 BASIC32.96■■■□□ 2.87
NPHP3Q7Z494 LRRC1-201ENST00000370882 808 ntTSL 3 BASIC32.96■■■□□ 2.87
NPHP3Q7Z494 HMX2-201ENST00000339992 1628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.96■■■□□ 2.87
NPHP3Q7Z494 GNAI2-202ENST00000313601 2464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.95■■■□□ 2.87
NPHP3Q7Z494 AC011551.1-201ENST00000614101 683 ntBASIC32.95■■■□□ 2.86
NPHP3Q7Z494 H2AFB1-201ENST00000620016 587 ntAPPRIS P1 BASIC32.95■■■□□ 2.86
NPHP3Q7Z494 FKBP8-213ENST00000608443 1849 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC32.94■■■□□ 2.86
NPHP3Q7Z494 P2RX2-202ENST00000348800 1222 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC32.94■■■□□ 2.86
NPHP3Q7Z494 P2RX2-204ENST00000351222 1140 ntTSL 1 (best) BASIC32.94■■■□□ 2.86
NPHP3Q7Z494 AC105935.1-201ENST00000424174 422 ntTSL 3 BASIC32.94■■■□□ 2.86
NPHP3Q7Z494 AK3-203ENST00000447596 705 ntTSL 2 BASIC32.94■■■□□ 2.86
NPHP3Q7Z494 P2RX2-207ENST00000449132 1113 ntTSL 1 (best) BASIC32.94■■■□□ 2.86
NPHP3Q7Z494 MYL5-208ENST00000511290 781 ntTSL 1 (best) BASIC32.94■■■□□ 2.86
NPHP3Q7Z494 RAD21-AS1-201ENST00000521487 2010 ntTSL 1 (best) BASIC32.94■■■□□ 2.86
NPHP3Q7Z494 DCBLD1-201ENST00000296955 1979 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC32.93■■■□□ 2.86
NPHP3Q7Z494 TK2-202ENST00000417693 1046 ntTSL 2 BASIC32.93■■■□□ 2.86
NPHP3Q7Z494 LINC00472-204ENST00000436803 667 ntTSL 5 BASIC32.93■■■□□ 2.86
NPHP3Q7Z494 MCRIP1-210ENST00000576431 577 ntTSL 5 BASIC32.93■■■□□ 2.86
NPHP3Q7Z494 HES5-201ENST00000378453 1306 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.93■■■□□ 2.86
NPHP3Q7Z494 MRPL41-201ENST00000371443 1262 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.92■■■□□ 2.86
NPHP3Q7Z494 CTF1-202ENST00000395019 1617 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC32.92■■■□□ 2.86
NPHP3Q7Z494 AGFG1-205ENST00000409979 2089 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC32.91■■■□□ 2.86
NPHP3Q7Z494 FGD5-AS1-204ENST00000430166 1184 ntTSL 2 BASIC32.91■■■□□ 2.86
NPHP3Q7Z494 TMEM80-207ENST00000608174 800 ntTSL 5 BASIC32.91■■■□□ 2.86
NPHP3Q7Z494 MEN1-204ENST00000377313 1871 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC32.91■■■□□ 2.86
NPHP3Q7Z494 AC106739.1-201ENST00000617035 715 ntBASIC32.9■■■□□ 2.86
NPHP3Q7Z494 RASSF1-AS1-201ENST00000629828 790 ntBASIC32.9■■■□□ 2.86
NPHP3Q7Z494 DGAT1-201ENST00000332324 1473 ntTSL 5 BASIC32.9■■■□□ 2.86
NPHP3Q7Z494 RPP38-201ENST00000378197 1457 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.9■■■□□ 2.86
NPHP3Q7Z494 SNRNP70-206ENST00000598441 1574 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.9■■■□□ 2.86
NPHP3Q7Z494 EPM2A-208ENST00000618445 1694 ntTSL 1 (best) BASIC32.9■■■□□ 2.86
NPHP3Q7Z494 SDCCAG3-201ENST00000298537 2314 ntTSL 1 (best) BASIC32.89■■■□□ 2.86
NPHP3Q7Z494 ERRFI1-204ENST00000474874 479 ntTSL 3 BASIC32.89■■■□□ 2.86
NPHP3Q7Z494 AC009097.2-201ENST00000562763 465 ntTSL 2 BASIC32.89■■■□□ 2.86
NPHP3Q7Z494 GAK-223ENST00000628912 497 ntTSL 5 BASIC32.89■■■□□ 2.86
NPHP3Q7Z494 PLEK2-201ENST00000216446 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.88■■■□□ 2.85
NPHP3Q7Z494 NPW-201ENST00000329610 498 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC32.88■■■□□ 2.85
NPHP3Q7Z494 AC026271.2-201ENST00000428091 497 ntBASIC32.88■■■□□ 2.85
NPHP3Q7Z494 TMEM121-202ENST00000431372 1519 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC32.88■■■□□ 2.85
NPHP3Q7Z494 TMUB1-203ENST00000462940 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.88■■■□□ 2.85
NPHP3Q7Z494 EIF3J-203ENST00000535391 925 ntTSL 2 BASIC32.88■■■□□ 2.85
NPHP3Q7Z494 SLC39A3-201ENST00000269740 1502 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.87■■■□□ 2.85
NPHP3Q7Z494 TRIM7-202ENST00000334421 1228 ntTSL 1 (best) BASIC32.87■■■□□ 2.85
NPHP3Q7Z494 PXDC1-202ENST00000380283 2190 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.87■■■□□ 2.85
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 11.8 ms