Protein–RNA interactions for Protein: Q13263

TRIM28, Transcription intermediary factor 1-beta, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 835 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TRIM28Q13263 RAB3IL1-202ENST00000394836 2284 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.15■■■□□ 2.42
TRIM28Q13263 CFAP77-202ENST00000393215 901 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC30.14■■■□□ 2.42
TRIM28Q13263 GATA4-207ENST00000532059 1459 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC30.13■■■□□ 2.41
TRIM28Q13263 CLK2-203ENST00000368361 2166 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC30.13■■■□□ 2.41
TRIM28Q13263 BSCL2-205ENST00000403550 1693 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC30.13■■■□□ 2.41
TRIM28Q13263 TOP1MT-208ENST00000519148 1868 ntTSL 2 BASIC30.12■■■□□ 2.41
TRIM28Q13263 SCCPDH-201ENST00000366510 2503 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.12■■■□□ 2.41
TRIM28Q13263 DACT2-202ENST00000366796 2028 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC30.12■■■□□ 2.41
TRIM28Q13263 SLC25A1-202ENST00000451283 1514 ntTSL 2 BASIC30.12■■■□□ 2.41
TRIM28Q13263 TSPAN10-203ENST00000574882 1837 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC30.11■■■□□ 2.41
TRIM28Q13263 IL15RA-214ENST00000525219 1850 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC30.11■■■□□ 2.41
TRIM28Q13263 MMP25-AS1-209ENST00000576250 779 ntTSL 5 BASIC30.11■■■□□ 2.41
TRIM28Q13263 LINC01925-201ENST00000579492 500 ntTSL 5 BASIC30.11■■■□□ 2.41
TRIM28Q13263 AC090241.2-201ENST00000602329 432 ntTSL 4 BASIC30.11■■■□□ 2.41
TRIM28Q13263 ERO1A-211ENST00000629528 998 ntTSL 5 BASIC30.11■■■□□ 2.41
TRIM28Q13263 CLEC2L-201ENST00000422142 1359 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC30.11■■■□□ 2.41
TRIM28Q13263 TOMM40-203ENST00000426677 1725 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC30.1■■■□□ 2.41
TRIM28Q13263 TNIP2-201ENST00000315423 1974 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC30.1■■■□□ 2.41
TRIM28Q13263 TMEM54-201ENST00000329151 871 ntTSL 1 (best) BASIC30.1■■■□□ 2.41
TRIM28Q13263 AC239859.2-201ENST00000444165 318 ntBASIC30.1■■■□□ 2.41
TRIM28Q13263 ZNF302-211ENST00000509528 577 ntTSL 4 BASIC30.1■■■□□ 2.41
TRIM28Q13263 SNAI3-AS1-204ENST00000567997 2048 ntBASIC30.1■■■□□ 2.41
TRIM28Q13263 YPEL1-202ENST00000403503 466 ntTSL 3 BASIC30.09■■■□□ 2.41
TRIM28Q13263 LSM7-204ENST00000587502 575 ntTSL 1 (best) BASIC30.09■■■□□ 2.41
TRIM28Q13263 RNF19B-201ENST00000235150 2334 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC30.08■■■□□ 2.41
TRIM28Q13263 CTF1-201ENST00000279804 1664 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC30.08■■■□□ 2.41
TRIM28Q13263 HOMER3-201ENST00000221222 1384 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC30.08■■■□□ 2.41
TRIM28Q13263 FAM162B-201ENST00000368557 1036 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.08■■■□□ 2.41
TRIM28Q13263 TMEM151B-201ENST00000438774 1140 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC30.08■■■□□ 2.41
TRIM28Q13263 HOXC-AS1-201ENST00000505700 548 ntTSL 2 BASIC30.08■■■□□ 2.41
TRIM28Q13263 RBM33-201ENST00000287912 1404 ntTSL 2 BASIC30.07■■■□□ 2.4
TRIM28Q13263 KISS1-201ENST00000367194 709 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC30.07■■■□□ 2.4
TRIM28Q13263 NDUFA10-204ENST00000407129 699 ntTSL 1 (best) BASIC30.07■■■□□ 2.4
TRIM28Q13263 FGD5-AS1-204ENST00000430166 1184 ntTSL 2 BASIC30.07■■■□□ 2.4
TRIM28Q13263 C2CD4D-201ENST00000454109 1757 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC30.07■■■□□ 2.4
TRIM28Q13263 IFNL4-201ENST00000606380 1637 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC30.07■■■□□ 2.4
TRIM28Q13263 CAMK2N2-201ENST00000296238 1362 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.06■■■□□ 2.4
TRIM28Q13263 DHFR-203ENST00000505337 1719 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC30.06■■■□□ 2.4
TRIM28Q13263 GBX1-201ENST00000297537 1092 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.06■■■□□ 2.4
TRIM28Q13263 ZFAND5-202ENST00000343431 1073 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC30.06■■■□□ 2.4
TRIM28Q13263 EBPL-205ENST00000378284 967 ntTSL 1 (best) BASIC30.06■■■□□ 2.4
TRIM28Q13263 AL592295.1-201ENST00000400984 884 ntBASIC30.06■■■□□ 2.4
TRIM28Q13263 ST20-MTHFS-201ENST00000479961 859 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC30.06■■■□□ 2.4
TRIM28Q13263 ZDHHC16-207ENST00000393760 2014 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC30.06■■■□□ 2.4
TRIM28Q13263 ZNF775-201ENST00000329630 2257 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.06■■■□□ 2.4
TRIM28Q13263 ATP6V0A2-209ENST00000613625 1620 ntTSL 1 (best) BASIC30.05■■■□□ 2.4
TRIM28Q13263 AKAP8L-208ENST00000595465 1933 ntTSL 2 BASIC30.05■■■□□ 2.4
TRIM28Q13263 AC120024.1-201ENST00000562672 995 ntBASIC30.05■■■□□ 2.4
TRIM28Q13263 FAAH-201ENST00000243167 2094 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.05■■■□□ 2.4
TRIM28Q13263 CLIC3-203ENST00000494426 1017 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.04■■■□□ 2.4
TRIM28Q13263 CTDSP2-203ENST00000547701 988 ntTSL 1 (best) BASIC30.04■■■□□ 2.4
TRIM28Q13263 SLC52A2-208ENST00000527078 1790 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC30.04■■■□□ 2.4
TRIM28Q13263 NFU1-203ENST00000410022 1467 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC30.04■■■□□ 2.4
TRIM28Q13263 PKIB-205ENST00000368452 1398 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.03■■■□□ 2.4
TRIM28Q13263 IHH-201ENST00000295731 2023 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.03■■■□□ 2.4
TRIM28Q13263 THA1P-201ENST00000590384 1145 ntBASIC30.03■■■□□ 2.4
TRIM28Q13263 AC137630.3-201ENST00000607245 391 ntBASIC30.03■■■□□ 2.4
TRIM28Q13263 UBALD1-206ENST00000590965 1462 ntTSL 2 BASIC30.03■■■□□ 2.4
TRIM28Q13263 TMUB1-202ENST00000392818 1563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.03■■■□□ 2.4
TRIM28Q13263 PEMT-202ENST00000395781 1050 ntTSL 2 BASIC30.02■■■□□ 2.4
TRIM28Q13263 PAIP1-208ENST00000514514 1603 ntTSL 5 BASIC30.02■■■□□ 2.4
TRIM28Q13263 KCNJ4-201ENST00000303592 2065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.02■■■□□ 2.4
TRIM28Q13263 ZDHHC16-204ENST00000370842 1877 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC30.02■■■□□ 2.4
TRIM28Q13263 BCKDHB-202ENST00000356489 1514 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.01■■■□□ 2.4
TRIM28Q13263 FBXO7-206ENST00000452138 1535 ntTSL 2 BASIC30.01■■■□□ 2.4
TRIM28Q13263 CDC16-211ENST00000628084 2058 ntTSL 5 BASIC30.01■■■□□ 2.39
TRIM28Q13263 FAM107A-203ENST00000447756 1432 ntTSL 1 (best) BASIC30.01■■■□□ 2.39
TRIM28Q13263 RAB20-201ENST00000267328 1518 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.01■■■□□ 2.39
TRIM28Q13263 RDH14-201ENST00000381249 1587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30■■■□□ 2.39
TRIM28Q13263 NAXE-202ENST00000368234 901 ntTSL 1 (best) BASIC30■■■□□ 2.39
TRIM28Q13263 SMUG1-203ENST00000401977 1082 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC30■■■□□ 2.39
TRIM28Q13263 ST3GAL6-AS1-203ENST00000488132 769 ntTSL 3 BASIC30■■■□□ 2.39
TRIM28Q13263 FAM173A-207ENST00000569529 1052 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC30■■■□□ 2.39
TRIM28Q13263 BTBD6-204ENST00000463376 2195 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC30■■■□□ 2.39
TRIM28Q13263 RASSF5-204ENST00000580449 1932 ntTSL 1 (best) BASIC29.99■■■□□ 2.39
TRIM28Q13263 BRI3-201ENST00000297290 780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.99■■■□□ 2.39
TRIM28Q13263 YIF1A-201ENST00000359461 943 ntTSL 2 BASIC29.99■■■□□ 2.39
TRIM28Q13263 YIF1A-203ENST00000376901 1124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.99■■■□□ 2.39
TRIM28Q13263 NKPD1-202ENST00000589776 1950 ntAPPRIS P1 BASIC29.99■■■□□ 2.39
TRIM28Q13263 USP2-204ENST00000525735 1704 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC29.99■■■□□ 2.39
TRIM28Q13263 MT1E-201ENST00000306061 704 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.98■■■□□ 2.39
TRIM28Q13263 AL356441.2-201ENST00000443009 864 ntBASIC29.98■■■□□ 2.39
TRIM28Q13263 CREM-229ENST00000474362 1030 ntTSL 2 BASIC29.98■■■□□ 2.39
TRIM28Q13263 MRPL4-207ENST00000590669 1423 ntTSL 1 (best) BASIC29.97■■■□□ 2.39
TRIM28Q13263 PLEK2-201ENST00000216446 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.97■■■□□ 2.39
TRIM28Q13263 TMUB1-203ENST00000462940 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.97■■■□□ 2.39
TRIM28Q13263 VSTM2L-201ENST00000373459 831 ntTSL 3 BASIC29.97■■■□□ 2.39
TRIM28Q13263 RPL31-208ENST00000409733 825 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.97■■■□□ 2.39
TRIM28Q13263 BX664725.1-201ENST00000438252 379 ntBASIC29.97■■■□□ 2.39
TRIM28Q13263 C1QTNF1-206ENST00000579760 1672 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.97■■■□□ 2.39
TRIM28Q13263 AC011511.4-201ENST00000586529 1850 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.96■■■□□ 2.39
TRIM28Q13263 PRELID1-201ENST00000303204 1261 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.96■■■□□ 2.39
TRIM28Q13263 MYL12B-203ENST00000581193 1249 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC29.96■■■□□ 2.39
TRIM28Q13263 HAUS7-211ENST00000626181 414 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC29.96■■■□□ 2.39
TRIM28Q13263 DNMT3A-206ENST00000406659 1775 ntTSL 1 (best) BASIC29.95■■■□□ 2.39
TRIM28Q13263 AC026785.2-201ENST00000511821 867 ntTSL 2 BASIC29.95■■■□□ 2.39
TRIM28Q13263 ZNF821-201ENST00000313565 1874 ntTSL 1 (best) BASIC29.95■■■□□ 2.38
TRIM28Q13263 TP53I3-201ENST00000238721 1998 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.94■■■□□ 2.38
TRIM28Q13263 PAOX-203ENST00000357296 1633 ntTSL 1 (best) BASIC29.94■■■□□ 2.38
TRIM28Q13263 HMX3-201ENST00000357878 1173 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.94■■■□□ 2.38
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 82.5 ms