Protein–RNA interactions for Protein: O95639

CPSF4, Cleavage and polyadenylation specificity factor subunit 4, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 269 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CPSF4O95639 DYRK2-203ENST00000393555 2209 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
CPSF4O95639 PTGER1-201ENST00000292513 1421 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
CPSF4O95639 TBL2-222ENST00000610724 2165 ntTSL 5 BASIC22.63■■□□□ 1.21
CPSF4O95639 TST-202ENST00000403892 1797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
CPSF4O95639 ADGRA2-202ENST00000412232 5651 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
CPSF4O95639 TOMM40-203ENST00000426677 1725 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
CPSF4O95639 APBA3-201ENST00000316757 2075 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
CPSF4O95639 HMGA2-201ENST00000354636 1529 ntTSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
CPSF4O95639 RAD51-208ENST00000532743 1515 ntTSL 2 BASIC22.62■■□□□ 1.21
CPSF4O95639 CPLX1-203ENST00000505203 2011 ntTSL 2 BASIC22.62■■□□□ 1.21
CPSF4O95639 AL157400.5-201ENST00000507624 621 ntBASIC22.62■■□□□ 1.21
CPSF4O95639 BANF1-208ENST00000533166 1135 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.62■■□□□ 1.21
CPSF4O95639 MOB2-207ENST00000614710 705 ntTSL 5 BASIC22.62■■□□□ 1.21
CPSF4O95639 SLC52A2-208ENST00000527078 1790 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.62■■□□□ 1.21
CPSF4O95639 RIMKLB-205ENST00000535829 2236 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.62■■□□□ 1.21
CPSF4O95639 MEIOB-203ENST00000412554 1884 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.62■■□□□ 1.21
CPSF4O95639 BIN1-201ENST00000259238 2338 ntTSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
CPSF4O95639 SLC30A3-201ENST00000233535 2260 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
CPSF4O95639 CHKA-202ENST00000356135 1755 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
CPSF4O95639 CADM4-201ENST00000222374 2178 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
CPSF4O95639 ZNRF1-201ENST00000320619 2479 ntTSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
CPSF4O95639 VEGFA-202ENST00000324450 954 ntTSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
CPSF4O95639 VEGFA-203ENST00000372055 1286 ntTSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
CPSF4O95639 VEGFA-208ENST00000417285 1081 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
CPSF4O95639 VEGFA-209ENST00000425836 1575 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
CPSF4O95639 VEGFA-213ENST00000482630 1146 ntTSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
CPSF4O95639 LTC4S-205ENST00000486713 496 ntTSL 2 BASIC22.61■■□□□ 1.21
CPSF4O95639 AC060814.1-201ENST00000554326 538 ntBASIC22.61■■□□□ 1.21
CPSF4O95639 AC097639.1-201ENST00000565519 1891 ntBASIC22.61■■□□□ 1.21
CPSF4O95639 VEGFA-227ENST00000615393 984 ntTSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
CPSF4O95639 VEGFA-228ENST00000617771 1116 ntTSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
CPSF4O95639 VEGFA-229ENST00000621747 1116 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
CPSF4O95639 VEGFA-230ENST00000640482 1065 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
CPSF4O95639 VEGFA-232ENST00000640653 1170 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
CPSF4O95639 SLC12A2-201ENST00000262461 6885 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
CPSF4O95639 FAM124A-201ENST00000280057 2104 ntTSL 2 BASIC22.61■■□□□ 1.21
CPSF4O95639 TMIE-201ENST00000326431 1824 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
CPSF4O95639 DYRK1B-201ENST00000323039 2535 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
CPSF4O95639 TMEM104-205ENST00000582773 1740 ntTSL 2 BASIC22.6■■□□□ 1.21
CPSF4O95639 CCDC71L-201ENST00000315965 1575 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.6■■□□□ 1.21
CPSF4O95639 AKT1-203ENST00000407796 2710 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
CPSF4O95639 EPM2A-209ENST00000638262 2679 ntTSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
CPSF4O95639 HOMER1-202ENST00000334082 5881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
CPSF4O95639 ECEL1-202ENST00000409941 2322 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
CPSF4O95639 FBXW5-201ENST00000325285 2274 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
CPSF4O95639 PHLPP1-201ENST00000262719 6390 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
CPSF4O95639 WIPI2-202ENST00000382384 1948 ntTSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
CPSF4O95639 BSCL2-205ENST00000403550 1693 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.58■■□□□ 1.21
CPSF4O95639 MFSD5-201ENST00000329548 1760 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.21
CPSF4O95639 ITM2C-203ENST00000335005 1889 ntTSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.21
CPSF4O95639 RGS19-201ENST00000332298 1510 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.21
CPSF4O95639 TPT1-202ENST00000379055 948 ntTSL 2 BASIC22.58■■□□□ 1.21
CPSF4O95639 PFN2-211ENST00000489155 636 ntTSL 4 BASIC22.58■■□□□ 1.21
CPSF4O95639 DENND5A-201ENST00000328194 5031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.21
CPSF4O95639 BARX1-202ENST00000401724 1323 ntTSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
CPSF4O95639 CEND1-201ENST00000330106 1649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
CPSF4O95639 AL139125.2-201ENST00000623134 1869 ntBASIC22.57■■□□□ 1.2
CPSF4O95639 KCTD5-201ENST00000301738 2482 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
CPSF4O95639 ARMC10-204ENST00000425331 2443 ntTSL 2 BASIC22.57■■□□□ 1.2
CPSF4O95639 FNTA-201ENST00000302279 1840 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
CPSF4O95639 PMS1-220ENST00000618056 1468 ntTSL 5 BASIC22.56■■□□□ 1.2
CPSF4O95639 MCCD1-201ENST00000376191 955 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
CPSF4O95639 RPS2-202ENST00000526522 924 ntTSL 2 BASIC22.56■■□□□ 1.2
CPSF4O95639 AC025884.2-201ENST00000553429 711 ntBASIC22.56■■□□□ 1.2
CPSF4O95639 CRNDE-206ENST00000559432 587 ntTSL 3 BASIC22.56■■□□□ 1.2
CPSF4O95639 LINC01342-201ENST00000416774 1620 ntTSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
CPSF4O95639 POTEF-201ENST00000361163 1586 ntTSL 5 BASIC22.55■■□□□ 1.2
CPSF4O95639 SMPD5-203ENST00000639008 1464 ntBASIC22.55■■□□□ 1.2
CPSF4O95639 HDGFL2-210ENST00000621835 2255 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
CPSF4O95639 SNCB-201ENST00000310112 1383 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
CPSF4O95639 PVT1-212ENST00000521951 1535 ntTSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
CPSF4O95639 MLST8-219ENST00000565250 1588 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC22.54■■□□□ 1.2
CPSF4O95639 ZDHHC3-203ENST00000342790 1336 ntTSL 5 BASIC22.54■■□□□ 1.2
CPSF4O95639 PREB-201ENST00000260643 2166 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
CPSF4O95639 D2HGDH-203ENST00000403782 2208 ntTSL 2 BASIC22.53■■□□□ 1.2
CPSF4O95639 MIR639-201ENST00000384974 98 ntBASIC22.53■■□□□ 1.2
CPSF4O95639 MIR3960-201ENST00000583311 91 ntBASIC22.53■■□□□ 1.2
CPSF4O95639 E2F5-202ENST00000416274 1728 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
CPSF4O95639 HADH-203ENST00000505878 1719 ntTSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
CPSF4O95639 CBWD5-202ENST00000377384 1347 ntTSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
CPSF4O95639 AQP10-201ENST00000324978 1791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
CPSF4O95639 NPTXR-201ENST00000333039 5784 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
CPSF4O95639 ZNF205-202ENST00000382192 2062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
CPSF4O95639 SLC6A10P-202ENST00000431994 2058 ntBASIC22.52■■□□□ 1.2
CPSF4O95639 PREB-202ENST00000406567 1910 ntTSL 5 BASIC22.52■■□□□ 1.2
CPSF4O95639 FAM181A-204ENST00000557000 1652 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
CPSF4O95639 ADGRB1-202ENST00000517894 6241 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.52■■□□□ 1.19
CPSF4O95639 SMOX-202ENST00000305958 2233 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
CPSF4O95639 IGFBP3-201ENST00000275521 2262 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
CPSF4O95639 TMEM203-201ENST00000343666 1557 ntAPPRIS P1 BASIC22.51■■□□□ 1.19
CPSF4O95639 TMEM64-203ENST00000458549 4997 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
CPSF4O95639 CTSZ-201ENST00000217131 1495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
CPSF4O95639 MYBL1-204ENST00000522677 5192 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
CPSF4O95639 ARHGDIA-203ENST00000541078 1517 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.51■■□□□ 1.19
CPSF4O95639 MEIS3-204ENST00000558555 1715 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.51■■□□□ 1.19
CPSF4O95639 PCSK6-218ENST00000619160 3093 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
CPSF4O95639 RPIA-201ENST00000283646 1848 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
CPSF4O95639 ACOT12-204ENST00000513751 612 ntTSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
CPSF4O95639 MYCL-201ENST00000372815 1944 ntTSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
CPSF4O95639 TMUB1-202ENST00000392818 1563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 34.6 ms