Protein–RNA interactions for Protein: Q9UFE4

CCDC39, Coiled-coil domain-containing protein 39, humanhuman

Predictions only

Length 941 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC39Q9UFE4 AKT1-203ENST00000407796 2710 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.59■■■□□ 2.01
CCDC39Q9UFE4 ATP5A1-220ENST00000593152 2258 ntTSL 2 BASIC27.58■■■□□ 2.01
CCDC39Q9UFE4 RPIA-201ENST00000283646 1848 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.58■■■□□ 2.01
CCDC39Q9UFE4 PYCR1-202ENST00000337943 1890 ntTSL 1 (best) BASIC27.58■■■□□ 2.01
CCDC39Q9UFE4 VEGFA-202ENST00000324450 954 ntTSL 1 (best) BASIC27.58■■■□□ 2.01
CCDC39Q9UFE4 VEGFA-203ENST00000372055 1286 ntTSL 1 (best) BASIC27.58■■■□□ 2.01
CCDC39Q9UFE4 VEGFA-213ENST00000482630 1146 ntTSL 1 (best) BASIC27.58■■■□□ 2.01
CCDC39Q9UFE4 VEGFA-227ENST00000615393 984 ntTSL 1 (best) BASIC27.58■■■□□ 2.01
CCDC39Q9UFE4 VEGFA-228ENST00000617771 1116 ntTSL 1 (best) BASIC27.58■■■□□ 2.01
CCDC39Q9UFE4 VEGFA-229ENST00000621747 1116 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.58■■■□□ 2.01
CCDC39Q9UFE4 VEGFA-230ENST00000640482 1065 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.58■■■□□ 2.01
CCDC39Q9UFE4 VEGFA-232ENST00000640653 1170 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.58■■■□□ 2.01
CCDC39Q9UFE4 CAPZB-203ENST00000375142 1686 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC27.58■■■□□ 2.01
CCDC39Q9UFE4 U2AF1-204ENST00000459639 1675 ntTSL 1 (best) BASIC27.58■■■□□ 2.01
CCDC39Q9UFE4 U2AF1L5-204ENST00000623375 1675 ntTSL 1 (best) BASIC27.58■■■□□ 2.01
CCDC39Q9UFE4 ZNF598-202ENST00000562103 2717 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.58■■■□□ 2.01
CCDC39Q9UFE4 AC133561.1-201ENST00000568600 2415 ntBASIC27.58■■■□□ 2.01
CCDC39Q9UFE4 ZNRF1-201ENST00000320619 2479 ntTSL 1 (best) BASIC27.58■■■□□ 2.01
CCDC39Q9UFE4 CCDC154-201ENST00000389176 2212 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC27.57■■■□□ 2
CCDC39Q9UFE4 RNPEP-202ENST00000367286 2282 ntTSL 5 BASIC27.57■■■□□ 2
CCDC39Q9UFE4 BMP6-201ENST00000283147 2780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.57■■■□□ 2
CCDC39Q9UFE4 HSD17B12-202ENST00000395700 994 ntTSL 1 (best) BASIC27.57■■■□□ 2
CCDC39Q9UFE4 FBXL6-201ENST00000331890 1785 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.57■■■□□ 2
CCDC39Q9UFE4 BMP2K-204ENST00000502871 3195 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.57■■■□□ 2
CCDC39Q9UFE4 SLC25A10-202ENST00000350690 1885 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.57■■■□□ 2
CCDC39Q9UFE4 BIN1-207ENST00000357970 2497 ntTSL 1 (best) BASIC27.57■■■□□ 2
CCDC39Q9UFE4 PPP1R3F-205ENST00000495799 1537 ntTSL 1 (best) BASIC27.57■■■□□ 2
CCDC39Q9UFE4 P4HA3-201ENST00000331597 2274 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.56■■■□□ 2
CCDC39Q9UFE4 NRM-201ENST00000259953 1755 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC27.56■■■□□ 2
CCDC39Q9UFE4 DPF1-206ENST00000420980 2227 ntTSL 1 (best) BASIC27.56■■■□□ 2
CCDC39Q9UFE4 THRA-201ENST00000264637 2538 ntTSL 1 (best) BASIC27.56■■■□□ 2
CCDC39Q9UFE4 TSPAN13-201ENST00000262067 2093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.55■■■□□ 2
CCDC39Q9UFE4 LINC01918-201ENST00000436841 797 ntTSL 2 BASIC27.55■■■□□ 2
CCDC39Q9UFE4 TARBP1-201ENST00000040877 5130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.55■■■□□ 2
CCDC39Q9UFE4 TMEM202-AS1-202ENST00000565181 2325 ntBASIC27.55■■■□□ 2
CCDC39Q9UFE4 TMEM44-202ENST00000347147 2245 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.54■■■□□ 2
CCDC39Q9UFE4 SERF1A-202ENST00000354833 1889 ntTSL 1 (best) BASIC27.54■■■□□ 2
CCDC39Q9UFE4 SERF1B-201ENST00000380750 1889 ntTSL 1 (best) BASIC27.54■■■□□ 2
CCDC39Q9UFE4 IZUMO4-202ENST00000395301 1021 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.54■■■□□ 2
CCDC39Q9UFE4 MXD3-201ENST00000423571 1534 ntTSL 2 BASIC27.54■■■□□ 2
CCDC39Q9UFE4 HOXD-AS2-201ENST00000426965 927 ntTSL 1 (best) BASIC27.54■■■□□ 2
CCDC39Q9UFE4 CAPNS1-211ENST00000590874 926 ntTSL 5 BASIC27.54■■■□□ 2
CCDC39Q9UFE4 AL359504.2-201ENST00000605506 1601 ntBASIC27.54■■■□□ 2
CCDC39Q9UFE4 TARSL2-207ENST00000615656 2356 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.54■■■□□ 2
CCDC39Q9UFE4 CAPN10-207ENST00000391984 2644 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.54■■■□□ 2
CCDC39Q9UFE4 SMOX-202ENST00000305958 2233 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.53■■■□□ 2
CCDC39Q9UFE4 RAB11FIP1-203ENST00000522727 1866 ntTSL 1 (best) BASIC27.53■■■□□ 2
CCDC39Q9UFE4 GTF2E2-201ENST00000355904 1762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.53■■■□□ 2
CCDC39Q9UFE4 DVL3-201ENST00000313143 5254 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.53■■■□□ 2
CCDC39Q9UFE4 CASP9-202ENST00000348549 1621 ntTSL 1 (best) BASIC27.53■■■□□ 2
CCDC39Q9UFE4 SOX10-201ENST00000360880 2861 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.53■■■□□ 2
CCDC39Q9UFE4 SOX10-202ENST00000396884 2879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.53■■■□□ 2
CCDC39Q9UFE4 CRNDE-206ENST00000559432 587 ntTSL 3 BASIC27.53■■■□□ 2
CCDC39Q9UFE4 ANO1-202ENST00000355303 4790 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.53■■■□□ 2
CCDC39Q9UFE4 CCDC136-202ENST00000378685 1689 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.52■■■□□ 2
CCDC39Q9UFE4 RABGGTA-202ENST00000399409 2265 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.52■■■□□ 2
CCDC39Q9UFE4 KCNG1-201ENST00000371571 2211 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.52■■■□□ 2
CCDC39Q9UFE4 SPOCK3-221ENST00000512648 1456 ntTSL 1 (best) BASIC27.52■■■□□ 2
CCDC39Q9UFE4 MDFIC-203ENST00000423503 474 ntTSL 1 (best) BASIC27.52■■■□□ 2
CCDC39Q9UFE4 TSPAN10-203ENST00000574882 1837 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.52■■■□□ 2
CCDC39Q9UFE4 EVA1C-201ENST00000300255 1998 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.51■■■□□ 2
CCDC39Q9UFE4 TIMM29-201ENST00000270502 1425 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.51■■□□□ 1.99
CCDC39Q9UFE4 KLHL21-203ENST00000463043 667 ntTSL 5 BASIC27.51■■□□□ 1.99
CCDC39Q9UFE4 AKT1S1-203ENST00000391831 2025 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.51■■□□□ 1.99
CCDC39Q9UFE4 FCRLB-205ENST00000367948 1977 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.51■■□□□ 1.99
CCDC39Q9UFE4 P3H3-201ENST00000290510 2632 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.51■■□□□ 1.99
CCDC39Q9UFE4 MEIOB-203ENST00000412554 1884 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.51■■□□□ 1.99
CCDC39Q9UFE4 TOP2B-204ENST00000435706 5389 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.5■■□□□ 1.99
CCDC39Q9UFE4 GALNT12-201ENST00000375011 2735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.5■■□□□ 1.99
CCDC39Q9UFE4 AC142381.3-201ENST00000568208 1670 ntBASIC27.5■■□□□ 1.99
CCDC39Q9UFE4 PREB-202ENST00000406567 1910 ntTSL 5 BASIC27.5■■□□□ 1.99
CCDC39Q9UFE4 TBX2-AS1-202ENST00000589814 539 ntTSL 3 BASIC27.5■■□□□ 1.99
CCDC39Q9UFE4 THRA-209ENST00000584985 2421 ntTSL 1 (best) BASIC27.5■■□□□ 1.99
CCDC39Q9UFE4 AC012676.1-201ENST00000574705 1949 ntBASIC27.49■■□□□ 1.99
CCDC39Q9UFE4 CCND3-205ENST00000415497 1843 ntTSL 2 BASIC27.49■■□□□ 1.99
CCDC39Q9UFE4 TPT1-202ENST00000379055 948 ntTSL 2 BASIC27.49■■□□□ 1.99
CCDC39Q9UFE4 BANF1-208ENST00000533166 1135 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.49■■□□□ 1.99
CCDC39Q9UFE4 ST3GAL5-268ENST00000640982 2465 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.49■■□□□ 1.99
CCDC39Q9UFE4 NOCT-201ENST00000280614 1952 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.49■■□□□ 1.99
CCDC39Q9UFE4 TMEM150A-201ENST00000306353 1484 ntTSL 1 (best) BASIC27.49■■□□□ 1.99
CCDC39Q9UFE4 SRXN1-201ENST00000381962 2698 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.49■■□□□ 1.99
CCDC39Q9UFE4 DACT1-201ENST00000335867 2571 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.49■■□□□ 1.99
CCDC39Q9UFE4 TYMP-201ENST00000252029 1630 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.49■■□□□ 1.99
CCDC39Q9UFE4 TYMP-203ENST00000395680 1608 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.49■■□□□ 1.99
CCDC39Q9UFE4 TYMP-204ENST00000395681 1604 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.49■■□□□ 1.99
CCDC39Q9UFE4 PROCA1-201ENST00000301039 1566 ntTSL 1 (best) BASIC27.48■■□□□ 1.99
CCDC39Q9UFE4 SSBP4-201ENST00000270061 1768 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.48■■□□□ 1.99
CCDC39Q9UFE4 GPR137-202ENST00000377702 1478 ntTSL 1 (best) BASIC27.48■■□□□ 1.99
CCDC39Q9UFE4 RAP2A-201ENST00000245304 5487 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.48■■□□□ 1.99
CCDC39Q9UFE4 R3HDM4-203ENST00000587975 1765 ntTSL 3 BASIC27.48■■□□□ 1.99
CCDC39Q9UFE4 PHYH-201ENST00000263038 1577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.48■■□□□ 1.99
CCDC39Q9UFE4 COMT-204ENST00000403710 1548 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC27.47■■□□□ 1.99
CCDC39Q9UFE4 PBX1-202ENST00000367897 1459 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC27.47■■□□□ 1.99
CCDC39Q9UFE4 PORCN-202ENST00000355961 1848 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC27.47■■□□□ 1.99
CCDC39Q9UFE4 RPUSD1-201ENST00000007264 2050 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.47■■□□□ 1.99
CCDC39Q9UFE4 IRF2BP1-201ENST00000302165 2564 ntAPPRIS P1 BASIC27.47■■□□□ 1.99
CCDC39Q9UFE4 GFOD1-204ENST00000603223 2388 ntTSL 2 BASIC27.46■■□□□ 1.99
CCDC39Q9UFE4 SOD3-201ENST00000382120 1526 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.46■■□□□ 1.99
CCDC39Q9UFE4 CCZ1B-201ENST00000316731 2885 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.46■■□□□ 1.99
CCDC39Q9UFE4 RSPH1-201ENST00000291536 1430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.46■■□□□ 1.99
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 11.6 ms