Protein–RNA interactions for Protein: Q9UBR4

LHX3, LIM/homeobox protein Lhx3, humanhuman

Predictions only

Length 397 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LHX3Q9UBR4 PRKAR1B-203ENST00000403562 1917 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
LHX3Q9UBR4 PLPPR3-201ENST00000359894 2387 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
LHX3Q9UBR4 NAT14-201ENST00000205194 1536 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
LHX3Q9UBR4 C1QTNF1-206ENST00000579760 1672 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
LHX3Q9UBR4 TNFRSF12A-201ENST00000326577 1033 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
LHX3Q9UBR4 GUK1-208ENST00000366728 842 ntTSL 2 BASIC24.4■■□□□ 1.5
LHX3Q9UBR4 AC016910.1-201ENST00000422799 1046 ntTSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
LHX3Q9UBR4 NKX2-5-204ENST00000521848 1027 ntTSL 2 BASIC24.4■■□□□ 1.5
LHX3Q9UBR4 LINC01233-202ENST00000598832 568 ntTSL 2 BASIC24.4■■□□□ 1.5
LHX3Q9UBR4 DRAM2-211ENST00000539140 1883 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
LHX3Q9UBR4 MSANTD2-201ENST00000239614 2495 ntTSL 2 BASIC24.4■■□□□ 1.5
LHX3Q9UBR4 DGAT1-201ENST00000332324 1473 ntTSL 5 BASIC24.39■■□□□ 1.5
LHX3Q9UBR4 PRRX2-201ENST00000372469 1311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.5
LHX3Q9UBR4 TWF2-201ENST00000305533 1718 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.5
LHX3Q9UBR4 CCDC71L-201ENST00000315965 1575 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.39■■□□□ 1.5
LHX3Q9UBR4 ENHO-201ENST00000399775 1082 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.39■■□□□ 1.49
LHX3Q9UBR4 BIN1-211ENST00000409400 2143 ntTSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.49
LHX3Q9UBR4 P2RX4-203ENST00000359949 1836 ntTSL 5 BASIC24.39■■□□□ 1.49
LHX3Q9UBR4 PAIP1-208ENST00000514514 1603 ntTSL 5 BASIC24.39■■□□□ 1.49
LHX3Q9UBR4 IDNK-203ENST00000405990 629 ntTSL 2 BASIC24.38■■□□□ 1.49
LHX3Q9UBR4 PYY2-202ENST00000441253 1076 ntTSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
LHX3Q9UBR4 TBX2-AS1-203ENST00000590421 861 ntTSL 2 BASIC24.38■■□□□ 1.49
LHX3Q9UBR4 KAZALD1-201ENST00000370200 1913 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
LHX3Q9UBR4 DLX2-202ENST00000466293 1852 ntTSL 2 BASIC24.37■■□□□ 1.49
LHX3Q9UBR4 CACNG7-203ENST00000391767 2688 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.37■■□□□ 1.49
LHX3Q9UBR4 FAM98C-202ENST00000343358 1006 ntTSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
LHX3Q9UBR4 TMEM191C-206ENST00000432134 1129 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.37■■□□□ 1.49
LHX3Q9UBR4 TCEA1-213ENST00000640041 1171 ntTSL 5 BASIC24.37■■□□□ 1.49
LHX3Q9UBR4 RDH14-201ENST00000381249 1587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
LHX3Q9UBR4 TMEM125-202ENST00000439858 1786 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.37■■□□□ 1.49
LHX3Q9UBR4 AC091060.1-201ENST00000623524 1766 ntBASIC24.37■■□□□ 1.49
LHX3Q9UBR4 KLC1-225ENST00000557575 2188 ntTSL 5 BASIC24.36■■□□□ 1.49
LHX3Q9UBR4 LTB4R-202ENST00000396782 1627 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
LHX3Q9UBR4 PHF23-212ENST00000576955 1944 ntTSL 2 BASIC24.36■■□□□ 1.49
LHX3Q9UBR4 LMAN2-208ENST00000515209 1149 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC24.36■■□□□ 1.49
LHX3Q9UBR4 ERFE-207ENST00000546354 1065 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
LHX3Q9UBR4 AC010501.1-201ENST00000606270 1962 ntBASIC24.35■■□□□ 1.49
LHX3Q9UBR4 SLC52A2-208ENST00000527078 1790 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.35■■□□□ 1.49
LHX3Q9UBR4 LINC01770-201ENST00000417917 634 ntTSL 2 BASIC24.35■■□□□ 1.49
LHX3Q9UBR4 ZNF747-203ENST00000568028 1511 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.35■■□□□ 1.49
LHX3Q9UBR4 AJAP1-201ENST00000378190 2383 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.35■■□□□ 1.49
LHX3Q9UBR4 ANKRD9-204ENST00000559651 1444 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
LHX3Q9UBR4 AKAP17A-202ENST00000381261 2187 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
LHX3Q9UBR4 AC096887.2-201ENST00000623443 1957 ntBASIC24.34■■□□□ 1.49
LHX3Q9UBR4 ACOT1-202ENST00000557556 1271 ntTSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
LHX3Q9UBR4 DSG2-202ENST00000585206 1081 ntTSL 2 BASIC24.34■■□□□ 1.49
LHX3Q9UBR4 USP2-204ENST00000525735 1704 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
LHX3Q9UBR4 CDK2AP1-201ENST00000261692 1625 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
LHX3Q9UBR4 LYPLA1-215ENST00000618914 2482 ntTSL 5 BASIC24.34■■□□□ 1.49
LHX3Q9UBR4 BSCL2-205ENST00000403550 1693 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC24.34■■□□□ 1.49
LHX3Q9UBR4 RBFA-201ENST00000262197 1219 ntTSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.49
LHX3Q9UBR4 AC139795.1-203ENST00000515045 853 ntTSL 2 BASIC24.33■■□□□ 1.49
LHX3Q9UBR4 NEURL1B-203ENST00000522853 1263 ntTSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.49
LHX3Q9UBR4 AC064853.2-201ENST00000641246 144 ntAPPRIS P1 BASIC24.33■■□□□ 1.49
LHX3Q9UBR4 BTBD6-203ENST00000392554 2176 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.48
LHX3Q9UBR4 OTUD5-208ENST00000610466 2487 ntTSL 5 BASIC24.33■■□□□ 1.48
LHX3Q9UBR4 GYG2-205ENST00000398806 1956 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.48
LHX3Q9UBR4 TTBK2-205ENST00000567274 1777 ntTSL 5 BASIC24.32■■□□□ 1.48
LHX3Q9UBR4 MZT2B-201ENST00000281871 933 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
LHX3Q9UBR4 MZT2A-201ENST00000309451 624 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
LHX3Q9UBR4 RPS2P7-201ENST00000447334 885 ntBASIC24.32■■□□□ 1.48
LHX3Q9UBR4 SMKR1-201ENST00000462322 1035 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
LHX3Q9UBR4 AHSA2-201ENST00000357022 2437 ntTSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
LHX3Q9UBR4 GSK3A-201ENST00000222330 2188 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
LHX3Q9UBR4 ILDR2-208ENST00000529387 1238 ntTSL 5 BASIC24.31■■□□□ 1.48
LHX3Q9UBR4 CASTOR2-201ENST00000616305 1257 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
LHX3Q9UBR4 FGF19-201ENST00000294312 2447 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
LHX3Q9UBR4 TOMM40-203ENST00000426677 1725 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
LHX3Q9UBR4 TMEM203-201ENST00000343666 1557 ntAPPRIS P1 BASIC24.3■■□□□ 1.48
LHX3Q9UBR4 OXSR1-203ENST00000446845 1908 ntTSL 5 BASIC24.3■■□□□ 1.48
LHX3Q9UBR4 MROH6-211ENST00000534459 1789 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.3■■□□□ 1.48
LHX3Q9UBR4 AC116025.2-201ENST00000576632 443 ntTSL 3 BASIC24.3■■□□□ 1.48
LHX3Q9UBR4 AC087393.1-201ENST00000582896 145 ntBASIC24.3■■□□□ 1.48
LHX3Q9UBR4 IFNL4-201ENST00000606380 1637 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
LHX3Q9UBR4 YRDC-201ENST00000373044 1826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
LHX3Q9UBR4 ZFAND2B-201ENST00000289528 1314 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
LHX3Q9UBR4 ZDHHC16-206ENST00000370854 1798 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
LHX3Q9UBR4 DUSP8P4-201ENST00000399538 1761 ntBASIC24.29■■□□□ 1.48
LHX3Q9UBR4 PNCK-204ENST00000370150 1612 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.29■■□□□ 1.48
LHX3Q9UBR4 SYT7-202ENST00000535826 1621 ntTSL 5 BASIC24.29■■□□□ 1.48
LHX3Q9UBR4 ACSS1-202ENST00000376726 2244 ntTSL 2 BASIC24.29■■□□□ 1.48
LHX3Q9UBR4 AL354928.1-201ENST00000438380 617 ntTSL 2 BASIC24.29■■□□□ 1.48
LHX3Q9UBR4 ATXN3-252ENST00000620536 1044 ntTSL 5 BASIC24.29■■□□□ 1.48
LHX3Q9UBR4 ATXN3-253ENST00000621269 936 ntTSL 5 BASIC24.29■■□□□ 1.48
LHX3Q9UBR4 PPM1B-202ENST00000345249 1713 ntTSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
LHX3Q9UBR4 SNHG7-204ENST00000447221 2157 ntTSL 2 BASIC24.29■■□□□ 1.48
LHX3Q9UBR4 SHISA5-201ENST00000296444 2369 ntTSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
LHX3Q9UBR4 PFDN2-201ENST00000368010 677 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
LHX3Q9UBR4 PROSER2-202ENST00000379200 1232 ntAPPRIS ALT2 BASIC24.28■■□□□ 1.48
LHX3Q9UBR4 MRPL23-202ENST00000381519 643 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.28■■□□□ 1.48
LHX3Q9UBR4 MRPL23-205ENST00000397298 736 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
LHX3Q9UBR4 IL15RA-214ENST00000525219 1850 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
LHX3Q9UBR4 ZNF263-204ENST00000573578 1636 ntTSL 5 BASIC24.28■■□□□ 1.48
LHX3Q9UBR4 FBXL20-203ENST00000577399 1620 ntTSL 5 BASIC24.28■■□□□ 1.48
LHX3Q9UBR4 SNAI3-AS1-204ENST00000567997 2048 ntBASIC24.27■■□□□ 1.48
LHX3Q9UBR4 CCND3-203ENST00000372991 2085 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
LHX3Q9UBR4 CADPS-215ENST00000490353 2669 ntTSL 5 BASIC24.27■■□□□ 1.48
LHX3Q9UBR4 KRT18P10-201ENST00000388836 1287 ntBASIC24.27■■□□□ 1.48
LHX3Q9UBR4 SEC11C-204ENST00000587834 1202 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
LHX3Q9UBR4 AC145676.1-201ENST00000514988 2004 ntBASIC24.27■■□□□ 1.48
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 30.4 ms