Protein–RNA interactions for Protein: Q9BY43

CHMP4A, Charged multivesicular body protein 4a, humanhuman

Predictions only

Length 222 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHMP4AQ9BY43 DNAJC21-201ENST00000342382 2309 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.84■■■□□ 2.53
CHMP4AQ9BY43 PLA2G10-201ENST00000438167 1000 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.83■■■□□ 2.53
CHMP4AQ9BY43 IFNL4-201ENST00000606380 1637 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC30.83■■■□□ 2.53
CHMP4AQ9BY43 UBALD2-201ENST00000327490 1593 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.83■■■□□ 2.53
CHMP4AQ9BY43 UBE2J2-202ENST00000349431 1733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.82■■■□□ 2.52
CHMP4AQ9BY43 MPST-203ENST00000401419 1345 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.82■■■□□ 2.52
CHMP4AQ9BY43 MYDGF-201ENST00000262947 1018 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.82■■■□□ 2.52
CHMP4AQ9BY43 FAHD1-204ENST00000615972 757 ntTSL 5 BASIC30.82■■■□□ 2.52
CHMP4AQ9BY43 IDNK-201ENST00000376417 511 ntTSL 5 BASIC30.81■■■□□ 2.52
CHMP4AQ9BY43 IDNK-202ENST00000376419 692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.81■■■□□ 2.52
CHMP4AQ9BY43 RASGRP2-204ENST00000377487 642 ntTSL 2 BASIC30.81■■■□□ 2.52
CHMP4AQ9BY43 PROSER2-202ENST00000379200 1232 ntAPPRIS ALT2 BASIC30.81■■■□□ 2.52
CHMP4AQ9BY43 FKBP1B-202ENST00000380991 1010 ntTSL 1 (best) BASIC30.81■■■□□ 2.52
CHMP4AQ9BY43 PKNOX2-AS1-201ENST00000532316 586 ntTSL 3 BASIC30.81■■■□□ 2.52
CHMP4AQ9BY43 PHF23-205ENST00000571362 1768 ntTSL 2 BASIC30.81■■■□□ 2.52
CHMP4AQ9BY43 TP53I3-201ENST00000238721 1998 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.81■■■□□ 2.52
CHMP4AQ9BY43 GATA4-209ENST00000622443 1982 ntTSL 5 BASIC30.81■■■□□ 2.52
CHMP4AQ9BY43 WIPI2-204ENST00000404704 1663 ntTSL 5 BASIC30.81■■■□□ 2.52
CHMP4AQ9BY43 SLC39A3-201ENST00000269740 1502 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.8■■■□□ 2.52
CHMP4AQ9BY43 PWWP2B-201ENST00000305233 2651 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.8■■■□□ 2.52
CHMP4AQ9BY43 CDCA5-202ENST00000404147 1012 ntTSL 2 BASIC30.8■■■□□ 2.52
CHMP4AQ9BY43 FAM136A-202ENST00000430566 885 ntTSL 3 BASIC30.8■■■□□ 2.52
CHMP4AQ9BY43 C1orf232-201ENST00000634842 643 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC30.8■■■□□ 2.52
CHMP4AQ9BY43 GALR2-201ENST00000329003 1364 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.79■■■□□ 2.52
CHMP4AQ9BY43 PAOX-206ENST00000480071 1324 ntTSL 1 (best) BASIC30.79■■■□□ 2.52
CHMP4AQ9BY43 CTU1-201ENST00000421832 2087 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC30.79■■■□□ 2.52
CHMP4AQ9BY43 CD63-201ENST00000257857 1070 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.79■■■□□ 2.52
CHMP4AQ9BY43 LONRF2P2-201ENST00000439212 571 ntBASIC30.79■■■□□ 2.52
CHMP4AQ9BY43 NAPA-201ENST00000263354 1839 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.79■■■□□ 2.52
CHMP4AQ9BY43 TMEM171-202ENST00000454765 1535 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC30.78■■■□□ 2.52
CHMP4AQ9BY43 BCAP31-207ENST00000458587 1810 ntTSL 1 (best) BASIC30.78■■■□□ 2.52
CHMP4AQ9BY43 DGAT1-201ENST00000332324 1473 ntTSL 5 BASIC30.78■■■□□ 2.52
CHMP4AQ9BY43 GUCD1-207ENST00000447813 895 ntTSL 3 BASIC30.78■■■□□ 2.52
CHMP4AQ9BY43 MTERF3-201ENST00000287025 1409 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.78■■■□□ 2.52
CHMP4AQ9BY43 KANSL2-215ENST00000553086 1830 ntTSL 5 BASIC30.77■■■□□ 2.52
CHMP4AQ9BY43 ZNF263-204ENST00000573578 1636 ntTSL 5 BASIC30.77■■■□□ 2.52
CHMP4AQ9BY43 AC010980.1-201ENST00000587192 1142 ntBASIC30.77■■■□□ 2.52
CHMP4AQ9BY43 SNAI3-AS1-204ENST00000567997 2048 ntBASIC30.76■■■□□ 2.51
CHMP4AQ9BY43 RAB40C-201ENST00000248139 2699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.76■■■□□ 2.51
CHMP4AQ9BY43 RCC1L-201ENST00000610322 2300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.75■■■□□ 2.51
CHMP4AQ9BY43 BTBD6-204ENST00000463376 2195 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC30.75■■■□□ 2.51
CHMP4AQ9BY43 AC022616.5-201ENST00000518796 181 ntBASIC30.75■■■□□ 2.51
CHMP4AQ9BY43 ZNF768-201ENST00000380412 2315 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC30.75■■■□□ 2.51
CHMP4AQ9BY43 C1QTNF1-206ENST00000579760 1672 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.74■■■□□ 2.51
CHMP4AQ9BY43 C2CD4D-201ENST00000454109 1757 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC30.74■■■□□ 2.51
CHMP4AQ9BY43 ATPAF1-213ENST00000574428 1760 ntTSL 1 (best) BASIC30.74■■■□□ 2.51
CHMP4AQ9BY43 OXLD1-203ENST00000571503 803 ntTSL 2 BASIC30.74■■■□□ 2.51
CHMP4AQ9BY43 MIR4508-201ENST00000584178 70 ntBASIC30.74■■■□□ 2.51
CHMP4AQ9BY43 TSEN34-204ENST00000429671 1912 ntTSL 2 BASIC30.74■■■□□ 2.51
CHMP4AQ9BY43 CYB5R3-201ENST00000352397 2124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.74■■■□□ 2.51
CHMP4AQ9BY43 CDKN2A-214ENST00000579755 1283 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.73■■■□□ 2.51
CHMP4AQ9BY43 UBE2E3-202ENST00000410062 1570 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.73■■■□□ 2.51
CHMP4AQ9BY43 PKM-203ENST00000389093 2279 ntTSL 5 BASIC30.73■■■□□ 2.51
CHMP4AQ9BY43 TAZ-213ENST00000601016 1889 ntTSL 1 (best) BASIC30.72■■■□□ 2.51
CHMP4AQ9BY43 RHOF-203ENST00000537171 1485 ntTSL 1 (best) BASIC30.72■■■□□ 2.51
CHMP4AQ9BY43 YBX1P4-201ENST00000392794 808 ntBASIC30.72■■■□□ 2.51
CHMP4AQ9BY43 VSTM2A-202ENST00000402613 1076 ntTSL 2 BASIC30.72■■■□□ 2.51
CHMP4AQ9BY43 PHF23-212ENST00000576955 1944 ntTSL 2 BASIC30.72■■■□□ 2.51
CHMP4AQ9BY43 FKBP1A-211ENST00000618612 1518 ntTSL 1 (best) BASIC30.72■■■□□ 2.51
CHMP4AQ9BY43 SERF1A-202ENST00000354833 1889 ntTSL 1 (best) BASIC30.72■■■□□ 2.51
CHMP4AQ9BY43 SERF1B-201ENST00000380750 1889 ntTSL 1 (best) BASIC30.72■■■□□ 2.51
CHMP4AQ9BY43 EGFL8-220ENST00000395512 1312 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.72■■■□□ 2.51
CHMP4AQ9BY43 CHKA-202ENST00000356135 1755 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC30.71■■■□□ 2.51
CHMP4AQ9BY43 HOOK2-201ENST00000264827 2603 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.71■■■□□ 2.51
CHMP4AQ9BY43 PICK1-201ENST00000356976 2055 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.7■■■□□ 2.5
CHMP4AQ9BY43 PAIP1-208ENST00000514514 1603 ntTSL 5 BASIC30.69■■■□□ 2.5
CHMP4AQ9BY43 FEZ2-204ENST00000405912 1931 ntTSL 1 (best) BASIC30.69■■■□□ 2.5
CHMP4AQ9BY43 SRP68-202ENST00000539137 2386 ntTSL 2 BASIC30.69■■■□□ 2.5
CHMP4AQ9BY43 BEX3-202ENST00000372634 753 ntTSL 2 BASIC30.69■■■□□ 2.5
CHMP4AQ9BY43 LYSMD2-202ENST00000454181 1228 ntTSL 1 (best) BASIC30.69■■■□□ 2.5
CHMP4AQ9BY43 EME2-205ENST00000568449 1234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.69■■■□□ 2.5
CHMP4AQ9BY43 FXYD7-204ENST00000588265 636 ntTSL 2 BASIC30.69■■■□□ 2.5
CHMP4AQ9BY43 TWF2-201ENST00000305533 1718 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.69■■■□□ 2.5
CHMP4AQ9BY43 RBFOX2-209ENST00000438146 1356 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC30.68■■■□□ 2.5
CHMP4AQ9BY43 ZNF821-201ENST00000313565 1874 ntTSL 1 (best) BASIC30.68■■■□□ 2.5
CHMP4AQ9BY43 HAGHL-205ENST00000561546 1041 ntTSL 2 BASIC30.68■■■□□ 2.5
CHMP4AQ9BY43 KCNJ4-201ENST00000303592 2065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.68■■■□□ 2.5
CHMP4AQ9BY43 CENPVL1-201ENST00000602548 1620 ntAPPRIS P1 BASIC30.68■■■□□ 2.5
CHMP4AQ9BY43 CENPVL2-201ENST00000634648 1620 ntAPPRIS P1 BASIC30.68■■■□□ 2.5
CHMP4AQ9BY43 C9orf40-201ENST00000376854 2327 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.68■■■□□ 2.5
CHMP4AQ9BY43 TMUB1-202ENST00000392818 1563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.67■■■□□ 2.5
CHMP4AQ9BY43 CAMKK1-201ENST00000158166 2459 ntTSL 1 (best) BASIC30.67■■■□□ 2.5
CHMP4AQ9BY43 HTRA1-201ENST00000368984 2120 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.67■■■□□ 2.5
CHMP4AQ9BY43 LMTK3-202ENST00000600059 5113 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC30.67■■■□□ 2.5
CHMP4AQ9BY43 MED22-201ENST00000343730 1437 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC30.66■■■□□ 2.5
CHMP4AQ9BY43 ANKS3-203ENST00000450067 2272 ntTSL 5 BASIC30.66■■■□□ 2.5
CHMP4AQ9BY43 FGD5-AS1-204ENST00000430166 1184 ntTSL 2 BASIC30.66■■■□□ 2.5
CHMP4AQ9BY43 TMEM238-201ENST00000444469 1000 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.66■■■□□ 2.5
CHMP4AQ9BY43 RARRES2P1-201ENST00000474487 481 ntBASIC30.66■■■□□ 2.5
CHMP4AQ9BY43 PVT1_1.1-201ENST00000615125 194 ntBASIC30.66■■■□□ 2.5
CHMP4AQ9BY43 USP2-204ENST00000525735 1704 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC30.66■■■□□ 2.5
CHMP4AQ9BY43 MEIS3-204ENST00000558555 1715 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC30.66■■■□□ 2.5
CHMP4AQ9BY43 MTERF3-204ENST00000523821 1529 ntTSL 1 (best) BASIC30.66■■■□□ 2.5
CHMP4AQ9BY43 AC078883.1-201ENST00000442417 950 ntTSL 3 BASIC30.65■■■□□ 2.5
CHMP4AQ9BY43 FSD1-201ENST00000221856 1831 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.65■■■□□ 2.5
CHMP4AQ9BY43 IL15RA-214ENST00000525219 1850 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC30.65■■■□□ 2.5
CHMP4AQ9BY43 AC145124.1-201ENST00000528514 1361 ntTSL 2 BASIC30.65■■■□□ 2.5
CHMP4AQ9BY43 GABRA5-203ENST00000400081 2761 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC30.65■■■□□ 2.5
CHMP4AQ9BY43 TTBK2-205ENST00000567274 1777 ntTSL 5 BASIC30.64■■■□□ 2.5
CHMP4AQ9BY43 CARM1-202ENST00000344150 2722 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC30.64■■■□□ 2.5
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 18.3 ms