Protein–RNA interactions for Protein: Q96GC9

VMP1, Vacuole membrane protein 1, humanhuman

Predictions only

Length 406 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VMP1Q96GC9 SLC35A2-207ENST00000445167 1739 ntTSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
VMP1Q96GC9 DEXI-202ENST00000469379 1393 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.8■■□□□ 1.24
VMP1Q96GC9 RHBDD2-202ENST00000318622 1878 ntTSL 2 BASIC22.8■■□□□ 1.24
VMP1Q96GC9 HTRA1-201ENST00000368984 2120 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
VMP1Q96GC9 GCLC-209ENST00000514004 2356 ntTSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
VMP1Q96GC9 PQLC3-204ENST00000441908 1784 ntTSL 2 BASIC22.79■■□□□ 1.24
VMP1Q96GC9 MXD3-208ENST00000513063 861 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.79■■□□□ 1.24
VMP1Q96GC9 AC093536.1-201ENST00000569153 554 ntBASIC22.79■■□□□ 1.24
VMP1Q96GC9 TM9SF3-201ENST00000371142 6141 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
VMP1Q96GC9 RARA-202ENST00000394081 2285 ntTSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
VMP1Q96GC9 CDPF1-201ENST00000314567 1875 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
VMP1Q96GC9 FOXA2-201ENST00000377115 2401 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
VMP1Q96GC9 APLP1-201ENST00000221891 2495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
VMP1Q96GC9 SP5-201ENST00000375281 2033 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
VMP1Q96GC9 UBE2D2-205ENST00000505548 1113 ntTSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
VMP1Q96GC9 ANGPTL6-203ENST00000589181 1579 ntTSL 5 BASIC22.78■■□□□ 1.24
VMP1Q96GC9 AARD-201ENST00000378279 2299 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
VMP1Q96GC9 ANKS6-201ENST00000353234 7164 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
VMP1Q96GC9 SSTR5-201ENST00000293897 1362 ntAPPRIS P1 BASIC22.77■■□□□ 1.24
VMP1Q96GC9 AC107214.1-201ENST00000457303 559 ntTSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
VMP1Q96GC9 HES4-204ENST00000484667 667 ntTSL 3 BASIC22.77■■□□□ 1.24
VMP1Q96GC9 TYMP-201ENST00000252029 1630 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
VMP1Q96GC9 NXPH4-201ENST00000349394 1804 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
VMP1Q96GC9 CCDC136-206ENST00000464832 1720 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.77■■□□□ 1.23
VMP1Q96GC9 SLC9A3-AS1-207ENST00000607286 1357 ntTSL 5 BASIC22.76■■□□□ 1.23
VMP1Q96GC9 PINK1-201ENST00000321556 2660 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
VMP1Q96GC9 ECHDC3-201ENST00000379215 1649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
VMP1Q96GC9 ARHGEF7-AS2-201ENST00000425094 1239 ntTSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
VMP1Q96GC9 TRIM52-AS1-202ENST00000507434 672 ntTSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
VMP1Q96GC9 ELOC-207ENST00000522337 816 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.76■■□□□ 1.23
VMP1Q96GC9 AC026202.3-201ENST00000600805 1127 ntBASIC22.76■■□□□ 1.23
VMP1Q96GC9 AC133552.2-201ENST00000619106 1032 ntBASIC22.76■■□□□ 1.23
VMP1Q96GC9 GNAS-AS1_1.1-201ENST00000621898 103 ntBASIC22.76■■□□□ 1.23
VMP1Q96GC9 AC142472.1-201ENST00000612013 1741 ntBASIC22.76■■□□□ 1.23
VMP1Q96GC9 AC009831.1-201ENST00000580420 1582 ntBASIC22.76■■□□□ 1.23
VMP1Q96GC9 AC145676.1-201ENST00000514988 2004 ntBASIC22.75■■□□□ 1.23
VMP1Q96GC9 SDF2L1-201ENST00000248958 865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
VMP1Q96GC9 NRARP-201ENST00000356628 1770 ntAPPRIS P1 BASIC22.75■■□□□ 1.23
VMP1Q96GC9 RARA-203ENST00000394086 2008 ntTSL 2 BASIC22.75■■□□□ 1.23
VMP1Q96GC9 IRX4-202ENST00000505790 2538 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
VMP1Q96GC9 PPM1B-202ENST00000345249 1713 ntTSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
VMP1Q96GC9 COQ2-201ENST00000311461 1464 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.74■■□□□ 1.23
VMP1Q96GC9 PSMG4-206ENST00000438998 838 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.74■■□□□ 1.23
VMP1Q96GC9 DAZAP1-202ENST00000336761 2290 ntTSL 5 BASIC22.74■■□□□ 1.23
VMP1Q96GC9 CCDC136-202ENST00000378685 1689 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.74■■□□□ 1.23
VMP1Q96GC9 TMEM150A-201ENST00000306353 1484 ntTSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
VMP1Q96GC9 ZSCAN18-202ENST00000421612 1488 ntTSL 4 BASIC22.73■■□□□ 1.23
VMP1Q96GC9 TM6SF1-204ENST00000379390 1638 ntTSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
VMP1Q96GC9 CDKN3-202ENST00000335183 893 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
VMP1Q96GC9 CDKN3-211ENST00000611205 874 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.73■■□□□ 1.23
VMP1Q96GC9 NECTIN2-202ENST00000252485 2112 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
VMP1Q96GC9 CUEDC1-202ENST00000407144 2190 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.73■■□□□ 1.23
VMP1Q96GC9 BTBD2-201ENST00000255608 2649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
VMP1Q96GC9 DYRK1B-201ENST00000323039 2535 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
VMP1Q96GC9 FAM66E-202ENST00000533615 2087 ntTSL 2 BASIC22.72■■□□□ 1.23
VMP1Q96GC9 GBX2-201ENST00000306318 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
VMP1Q96GC9 EPHB2-207ENST00000544305 1709 ntTSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
VMP1Q96GC9 CYS1-201ENST00000381813 2738 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
VMP1Q96GC9 AC008105.2-203ENST00000591361 550 ntTSL 4 BASIC22.72■■□□□ 1.23
VMP1Q96GC9 AP004609.3-201ENST00000610705 1884 ntBASIC22.72■■□□□ 1.23
VMP1Q96GC9 IGFBP7-201ENST00000295666 1427 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
VMP1Q96GC9 PABPN1-202ENST00000397276 2768 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
VMP1Q96GC9 KCNC3-201ENST00000376959 5447 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.72■■□□□ 1.23
VMP1Q96GC9 ZDHHC16-207ENST00000393760 2014 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
VMP1Q96GC9 KRT18P60-201ENST00000312876 1297 ntBASIC22.71■■□□□ 1.23
VMP1Q96GC9 C20orf24-203ENST00000373852 1059 ntTSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
VMP1Q96GC9 LYPD6B-204ENST00000409876 1248 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
VMP1Q96GC9 PTPA-210ENST00000414510 1153 ntTSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
VMP1Q96GC9 MANF-204ENST00000528157 1153 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
VMP1Q96GC9 RAP2CP1-202ENST00000605179 643 ntBASIC22.71■■□□□ 1.23
VMP1Q96GC9 PSMG3-202ENST00000288607 1391 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
VMP1Q96GC9 MSRB1-206ENST00000622125 1363 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.71■■□□□ 1.23
VMP1Q96GC9 DNMT3A-206ENST00000406659 1775 ntTSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
VMP1Q96GC9 PCSK6-218ENST00000619160 3093 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
VMP1Q96GC9 NAT8L-202ENST00000423729 5870 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.23
VMP1Q96GC9 NRG1-210ENST00000520407 1955 ntTSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.23
VMP1Q96GC9 CPLX1-201ENST00000304062 2181 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.23
VMP1Q96GC9 TMEM185A-208ENST00000611119 2662 ntTSL 2 BASIC22.7■■□□□ 1.22
VMP1Q96GC9 AL592293.1-201ENST00000502889 1188 ntBASIC22.7■■□□□ 1.22
VMP1Q96GC9 PITX3-202ENST00000539804 1187 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.7■■□□□ 1.22
VMP1Q96GC9 AC012354.3-201ENST00000623734 483 ntBASIC22.7■■□□□ 1.22
VMP1Q96GC9 RUNX1-205ENST00000399240 1590 ntTSL 3 BASIC22.7■■□□□ 1.22
VMP1Q96GC9 KAT8-206ENST00000543774 1846 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.69■■□□□ 1.22
VMP1Q96GC9 MXD3-201ENST00000423571 1534 ntTSL 2 BASIC22.69■■□□□ 1.22
VMP1Q96GC9 WBP1-201ENST00000233615 1294 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
VMP1Q96GC9 KCTD5-202ENST00000564195 774 ntTSL 5 BASIC22.69■■□□□ 1.22
VMP1Q96GC9 FAM222B-205ENST00000577682 549 ntTSL 4 BASIC22.69■■□□□ 1.22
VMP1Q96GC9 SNX5-219ENST00000606602 885 ntTSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
VMP1Q96GC9 TSGA13-204ENST00000456951 2046 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC22.69■■□□□ 1.22
VMP1Q96GC9 SSX2IP-203ENST00000437941 5843 ntTSL 2 BASIC22.69■■□□□ 1.22
VMP1Q96GC9 ST7L-206ENST00000369666 1815 ntTSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
VMP1Q96GC9 C20orf24-201ENST00000342422 896 ntTSL 2 BASIC22.68■■□□□ 1.22
VMP1Q96GC9 C20orf24-202ENST00000344795 1114 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
VMP1Q96GC9 AC005540.1-201ENST00000413911 919 ntTSL 3 BASIC22.68■■□□□ 1.22
VMP1Q96GC9 HSPB6-202ENST00000587965 711 ntTSL 2 BASIC22.68■■□□□ 1.22
VMP1Q96GC9 HAS1-205ENST00000601714 2086 ntTSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
VMP1Q96GC9 MYPOP-201ENST00000322217 1890 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
VMP1Q96GC9 LCNL1-201ENST00000408973 1839 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.68■■□□□ 1.22
VMP1Q96GC9 VSTM2L-202ENST00000373461 1959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
VMP1Q96GC9 FUS-202ENST00000380244 1818 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 64.5 ms