Protein–RNA interactions for Protein: Q92994

BRF1, Transcription factor IIIB 90 kDa subunit, humanhuman

Predictions only

Length 677 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
BRF1Q92994 CCDC106-202ENST00000586790 2162 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.35■■■□□ 2.13
BRF1Q92994 USP2-204ENST00000525735 1704 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC28.35■■■□□ 2.13
BRF1Q92994 KREMEN2-205ENST00000575769 1922 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.35■■■□□ 2.13
BRF1Q92994 PVT1-212ENST00000521951 1535 ntTSL 1 (best) BASIC28.34■■■□□ 2.13
BRF1Q92994 OTUD5-201ENST00000156084 2740 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.34■■■□□ 2.13
BRF1Q92994 AC068134.2-201ENST00000437095 576 ntTSL 3 BASIC28.34■■■□□ 2.13
BRF1Q92994 NME2-205ENST00000512737 826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.34■■■□□ 2.13
BRF1Q92994 RNF126P1-201ENST00000567452 1320 ntBASIC28.34■■■□□ 2.13
BRF1Q92994 HSF1-204ENST00000528838 2142 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.34■■■□□ 2.13
BRF1Q92994 EZH2-206ENST00000478654 2522 ntTSL 5 BASIC28.34■■■□□ 2.13
BRF1Q92994 KAT8-206ENST00000543774 1846 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.34■■■□□ 2.13
BRF1Q92994 ZNF598-202ENST00000562103 2717 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.34■■■□□ 2.13
BRF1Q92994 RINL-202ENST00000591812 1910 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.33■■■□□ 2.13
BRF1Q92994 ZBTB10-204ENST00000455036 5458 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC28.33■■■□□ 2.13
BRF1Q92994 HAS1-205ENST00000601714 2086 ntTSL 1 (best) BASIC28.33■■■□□ 2.13
BRF1Q92994 ATPAF1-213ENST00000574428 1760 ntTSL 1 (best) BASIC28.33■■■□□ 2.13
BRF1Q92994 ARHGEF35-201ENST00000378115 2431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.33■■■□□ 2.13
BRF1Q92994 MBOAT7-201ENST00000245615 2529 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.33■■■□□ 2.13
BRF1Q92994 ANGPTL6-203ENST00000589181 1579 ntTSL 5 BASIC28.33■■■□□ 2.12
BRF1Q92994 CHKA-202ENST00000356135 1755 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.32■■■□□ 2.12
BRF1Q92994 PXMP2-201ENST00000317479 957 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.32■■■□□ 2.12
BRF1Q92994 SLC52A2-208ENST00000527078 1790 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.32■■■□□ 2.12
BRF1Q92994 CDK9-201ENST00000373264 2463 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.31■■■□□ 2.12
BRF1Q92994 ALKAL1-201ENST00000358543 1217 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.31■■■□□ 2.12
BRF1Q92994 MDFIC-208ENST00000614186 1068 ntTSL 1 (best) BASIC28.31■■■□□ 2.12
BRF1Q92994 ATG16L2-201ENST00000321297 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.3■■■□□ 2.12
BRF1Q92994 SPG21-201ENST00000204566 1822 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.3■■■□□ 2.12
BRF1Q92994 MAPKAP1-207ENST00000394060 1586 ntTSL 1 (best) BASIC28.3■■■□□ 2.12
BRF1Q92994 MSRB1-206ENST00000622125 1363 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC28.3■■■□□ 2.12
BRF1Q92994 MXD3-208ENST00000513063 861 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.3■■■□□ 2.12
BRF1Q92994 ENDOG-201ENST00000372642 1172 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.29■■■□□ 2.12
BRF1Q92994 TNFRSF4-201ENST00000379236 1068 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.29■■■□□ 2.12
BRF1Q92994 HSPB6-202ENST00000587965 711 ntTSL 2 BASIC28.29■■■□□ 2.12
BRF1Q92994 HSD17B1P1-201ENST00000590052 955 ntBASIC28.29■■■□□ 2.12
BRF1Q92994 OPRD1-202ENST00000621425 1217 ntTSL 1 (best) BASIC28.29■■■□□ 2.12
BRF1Q92994 ANKS3-204ENST00000585773 1946 ntTSL 2 BASIC28.29■■■□□ 2.12
BRF1Q92994 AC135731.1-201ENST00000569415 2548 ntBASIC28.29■■■□□ 2.12
BRF1Q92994 IFNL4-201ENST00000606380 1637 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC28.29■■■□□ 2.12
BRF1Q92994 DEAF1-201ENST00000382409 2500 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.28■■■□□ 2.12
BRF1Q92994 NSMCE4A-202ENST00000369023 1394 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.28■■■□□ 2.12
BRF1Q92994 SOX1-201ENST00000330949 2842 ntAPPRIS P1 BASIC28.28■■■□□ 2.12
BRF1Q92994 CCDC71L-201ENST00000315965 1575 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.28■■■□□ 2.12
BRF1Q92994 NPW-202ENST00000566435 991 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.27■■■□□ 2.12
BRF1Q92994 GFER-205ENST00000569451 517 ntTSL 5 BASIC28.27■■■□□ 2.12
BRF1Q92994 AC008105.2-203ENST00000591361 550 ntTSL 4 BASIC28.27■■■□□ 2.12
BRF1Q92994 AC026202.3-201ENST00000600805 1127 ntBASIC28.27■■■□□ 2.12
BRF1Q92994 PORCN-203ENST00000359882 1877 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC28.27■■■□□ 2.12
BRF1Q92994 PDIA6-201ENST00000272227 2338 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.26■■■□□ 2.12
BRF1Q92994 WDR38-202ENST00000613760 1323 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.26■■■□□ 2.11
BRF1Q92994 RAP2CP1-202ENST00000605179 643 ntBASIC28.26■■■□□ 2.11
BRF1Q92994 REEP6-201ENST00000233596 1794 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.26■■■□□ 2.11
BRF1Q92994 CEBPA-AS1-201ENST00000592982 2198 ntBASIC28.26■■■□□ 2.11
BRF1Q92994 TST-202ENST00000403892 1797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.25■■■□□ 2.11
BRF1Q92994 PTPRF-216ENST00000617451 1129 ntTSL 5 BASIC28.25■■■□□ 2.11
BRF1Q92994 CHST13-201ENST00000319340 1789 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.24■■■□□ 2.11
BRF1Q92994 KRT72-202ENST00000354310 1764 ntTSL 2 BASIC28.24■■■□□ 2.11
BRF1Q92994 MBLAC1-201ENST00000398075 1502 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.23■■■□□ 2.11
BRF1Q92994 BSCL2-205ENST00000403550 1693 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC28.23■■■□□ 2.11
BRF1Q92994 PICALM-224ENST00000630913 2261 ntTSL 5 BASIC28.23■■■□□ 2.11
BRF1Q92994 AC018413.1-201ENST00000581996 1200 ntTSL 2 BASIC28.22■■■□□ 2.11
BRF1Q92994 NREP-202ENST00000379671 2581 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.22■■■□□ 2.11
BRF1Q92994 FKBP8-213ENST00000608443 1849 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.22■■■□□ 2.11
BRF1Q92994 RAD51-210ENST00000557850 1397 ntTSL 2 BASIC28.22■■■□□ 2.11
BRF1Q92994 MORF4L1-202ENST00000379535 2274 ntTSL 2 BASIC28.21■■■□□ 2.11
BRF1Q92994 DGAT1-201ENST00000332324 1473 ntTSL 5 BASIC28.21■■■□□ 2.11
BRF1Q92994 AC009831.1-201ENST00000580420 1582 ntBASIC28.2■■■□□ 2.11
BRF1Q92994 MBD3-202ENST00000434436 2439 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.2■■■□□ 2.11
BRF1Q92994 RARRES2P2-201ENST00000394842 485 ntBASIC28.2■■■□□ 2.1
BRF1Q92994 PTPA-210ENST00000414510 1153 ntTSL 1 (best) BASIC28.2■■■□□ 2.1
BRF1Q92994 SRR-201ENST00000344595 2728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.2■■■□□ 2.1
BRF1Q92994 RNASET2-210ENST00000508775 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.2■■■□□ 2.1
BRF1Q92994 LHX3-201ENST00000371746 2403 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.2■■■□□ 2.1
BRF1Q92994 UBALD2-201ENST00000327490 1593 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.2■■■□□ 2.1
BRF1Q92994 HSBP1L1-201ENST00000451882 771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.19■■■□□ 2.1
BRF1Q92994 SLC39A2-201ENST00000298681 1379 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.19■■■□□ 2.1
BRF1Q92994 MROH6-210ENST00000533679 1921 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.19■■■□□ 2.1
BRF1Q92994 CSNK1E-203ENST00000396832 2791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.19■■■□□ 2.1
BRF1Q92994 CAPZB-203ENST00000375142 1686 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC28.19■■■□□ 2.1
BRF1Q92994 WTAP-207ENST00000631126 1430 ntTSL 3 BASIC28.18■■■□□ 2.1
BRF1Q92994 EPCAM-201ENST00000263735 1724 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.18■■■□□ 2.1
BRF1Q92994 WDR38-203ENST00000618744 1270 ntTSL 1 (best) BASIC28.18■■■□□ 2.1
BRF1Q92994 FCRLB-205ENST00000367948 1977 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.18■■■□□ 2.1
BRF1Q92994 TMEM221-201ENST00000341130 1930 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.18■■■□□ 2.1
BRF1Q92994 PAPOLA-225ENST00000557471 1421 ntTSL 1 (best) BASIC28.18■■■□□ 2.1
BRF1Q92994 PABPN1-202ENST00000397276 2768 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC28.17■■■□□ 2.1
BRF1Q92994 SPIRE1-203ENST00000410092 5533 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.17■■■□□ 2.1
BRF1Q92994 HAS2-AS1-201ENST00000514180 1656 ntTSL 1 (best) BASIC28.17■■■□□ 2.1
BRF1Q92994 ARRB2-210ENST00000572457 1660 ntTSL 5 BASIC28.17■■■□□ 2.1
BRF1Q92994 TMEM203-201ENST00000343666 1557 ntAPPRIS P1 BASIC28.17■■■□□ 2.1
BRF1Q92994 PSMG4-206ENST00000438998 838 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.17■■■□□ 2.1
BRF1Q92994 UBE2D2-205ENST00000505548 1113 ntTSL 1 (best) BASIC28.17■■■□□ 2.1
BRF1Q92994 AKT1S1-203ENST00000391831 2025 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.17■■■□□ 2.1
BRF1Q92994 TMIE-201ENST00000326431 1824 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.16■■■□□ 2.1
BRF1Q92994 MAPK3-203ENST00000395199 1074 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.16■■■□□ 2.1
BRF1Q92994 MAPK3-205ENST00000395202 1008 ntTSL 1 (best) BASIC28.16■■■□□ 2.1
BRF1Q92994 BTBD19-201ENST00000409335 1214 ntTSL 5 BASIC28.16■■■□□ 2.1
BRF1Q92994 AC133552.2-201ENST00000619106 1032 ntBASIC28.16■■■□□ 2.1
BRF1Q92994 CPSF4-207ENST00000451876 1644 ntTSL 5 BASIC28.16■■■□□ 2.1
BRF1Q92994 NR2F1-AS1-214ENST00000607831 1963 ntTSL 2 BASIC28.16■■■□□ 2.1
BRF1Q92994 AC097639.1-201ENST00000565519 1891 ntBASIC28.16■■■□□ 2.1
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 38.5 ms