Protein–RNA interactions for Protein: Q8N4P3

HDDC3, Guanosine-3',5'-bis(diphosphate) 3'-pyrophosphohydrolase MESH1, humanhuman

Predictions only

Length 179 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HDDC3Q8N4P3 CHKB-AS1-201ENST00000380711 578 ntTSL 2 BASIC24.28■■□□□ 1.48
HDDC3Q8N4P3 EPM2A-202ENST00000435470 1278 ntTSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
HDDC3Q8N4P3 FUS-202ENST00000380244 1818 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
HDDC3Q8N4P3 RBFOX2-209ENST00000438146 1356 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
HDDC3Q8N4P3 CASP9-201ENST00000333868 2019 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
HDDC3Q8N4P3 RBFA-201ENST00000262197 1219 ntTSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
HDDC3Q8N4P3 YIF1A-201ENST00000359461 943 ntTSL 2 BASIC24.27■■□□□ 1.48
HDDC3Q8N4P3 YIF1A-203ENST00000376901 1124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
HDDC3Q8N4P3 PEMT-202ENST00000395781 1050 ntTSL 2 BASIC24.27■■□□□ 1.48
HDDC3Q8N4P3 AL356441.2-201ENST00000443009 864 ntBASIC24.27■■□□□ 1.48
HDDC3Q8N4P3 FXYD7-204ENST00000588265 636 ntTSL 2 BASIC24.27■■□□□ 1.48
HDDC3Q8N4P3 AL590094.1-201ENST00000635581 706 ntTSL 2 BASIC24.27■■□□□ 1.48
HDDC3Q8N4P3 LRFN4-202ENST00000393952 1550 ntTSL 5 BASIC24.27■■□□□ 1.48
HDDC3Q8N4P3 MPST-203ENST00000401419 1345 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
HDDC3Q8N4P3 PRTG-204ENST00000561292 833 ntTSL 3 BASIC24.26■■□□□ 1.47
HDDC3Q8N4P3 AC019171.1-201ENST00000601251 1056 ntBASIC24.26■■□□□ 1.47
HDDC3Q8N4P3 SSX2IP-209ENST00000603677 1149 ntTSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
HDDC3Q8N4P3 FBXL6-201ENST00000331890 1785 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
HDDC3Q8N4P3 HOXB3-202ENST00000460160 1525 ntTSL 5 BASIC24.25■■□□□ 1.47
HDDC3Q8N4P3 UBE2E3-202ENST00000410062 1570 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
HDDC3Q8N4P3 ZNF653-201ENST00000293771 2240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
HDDC3Q8N4P3 AC103724.3-201ENST00000564481 992 ntBASIC24.25■■□□□ 1.47
HDDC3Q8N4P3 FGF22-202ENST00000586042 1288 ntTSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
HDDC3Q8N4P3 FZD2-201ENST00000315323 2112 ntAPPRIS P1 BASIC24.25■■□□□ 1.47
HDDC3Q8N4P3 NRG2-203ENST00000340391 1944 ntTSL 5 BASIC24.24■■□□□ 1.47
HDDC3Q8N4P3 PLEKHF1-201ENST00000436066 2084 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
HDDC3Q8N4P3 LONRF2P2-201ENST00000439212 571 ntBASIC24.24■■□□□ 1.47
HDDC3Q8N4P3 PWWP2B-201ENST00000305233 2651 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
HDDC3Q8N4P3 FOXP1-201ENST00000318779 843 ntTSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
HDDC3Q8N4P3 KRT18P10-201ENST00000388836 1287 ntBASIC24.23■■□□□ 1.47
HDDC3Q8N4P3 TSPAN10-204ENST00000611590 1068 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
HDDC3Q8N4P3 NBPF26-209ENST00000624419 1133 ntTSL 5 BASIC24.23■■□□□ 1.47
HDDC3Q8N4P3 FOXG1-201ENST00000313071 4890 ntAPPRIS P1 BASIC24.22■■□□□ 1.47
HDDC3Q8N4P3 TMEM171-202ENST00000454765 1535 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
HDDC3Q8N4P3 MBD2-201ENST00000256429 5188 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
HDDC3Q8N4P3 MTERF3-204ENST00000523821 1529 ntTSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
HDDC3Q8N4P3 AL160276.1-201ENST00000636672 1312 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.21■■□□□ 1.47
HDDC3Q8N4P3 RFLNA-202ENST00000338359 652 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
HDDC3Q8N4P3 CT47A7-201ENST00000434883 1288 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.21■■□□□ 1.47
HDDC3Q8N4P3 C14orf80-211ENST00000450383 1107 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.21■■□□□ 1.47
HDDC3Q8N4P3 EME2-205ENST00000568449 1234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
HDDC3Q8N4P3 C17orf74-202ENST00000574034 1287 ntTSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
HDDC3Q8N4P3 LAT-217ENST00000630764 610 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.21■■□□□ 1.47
HDDC3Q8N4P3 C11orf91-201ENST00000379011 811 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
HDDC3Q8N4P3 RNF146-205ENST00000477776 762 ntTSL 3 BASIC24.2■■□□□ 1.46
HDDC3Q8N4P3 ANKRD16-202ENST00000380092 1646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
HDDC3Q8N4P3 RHEB-201ENST00000262187 2075 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
HDDC3Q8N4P3 TTC3-225ENST00000540756 2025 ntTSL 2 BASIC24.2■■□□□ 1.46
HDDC3Q8N4P3 KLHDC9-203ENST00000392192 1333 ntTSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
HDDC3Q8N4P3 CDCA5-202ENST00000404147 1012 ntTSL 2 BASIC24.19■■□□□ 1.46
HDDC3Q8N4P3 NDEL1-219ENST00000585098 454 ntTSL 3 BASIC24.19■■□□□ 1.46
HDDC3Q8N4P3 HAUS7-211ENST00000626181 414 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.19■■□□□ 1.46
HDDC3Q8N4P3 TMEM9-201ENST00000367330 1959 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
HDDC3Q8N4P3 SPIRE1-203ENST00000410092 5533 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
HDDC3Q8N4P3 C11orf80-210ENST00000527634 1666 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.18■■□□□ 1.46
HDDC3Q8N4P3 SCCPDH-201ENST00000366510 2503 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
HDDC3Q8N4P3 ZNF263-204ENST00000573578 1636 ntTSL 5 BASIC24.18■■□□□ 1.46
HDDC3Q8N4P3 ZNF302-211ENST00000509528 577 ntTSL 4 BASIC24.18■■□□□ 1.46
HDDC3Q8N4P3 OXLD1-203ENST00000571503 803 ntTSL 2 BASIC24.18■■□□□ 1.46
HDDC3Q8N4P3 AC064853.4-201ENST00000641394 363 ntAPPRIS P1 BASIC24.18■■□□□ 1.46
HDDC3Q8N4P3 CNNM2-201ENST00000369875 2059 ntTSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
HDDC3Q8N4P3 PPP1R3F-205ENST00000495799 1537 ntTSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
HDDC3Q8N4P3 AC239859.2-201ENST00000444165 318 ntBASIC24.17■■□□□ 1.46
HDDC3Q8N4P3 CARMIL1-202ENST00000461945 1290 ntTSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
HDDC3Q8N4P3 UBALD1-206ENST00000590965 1462 ntTSL 2 BASIC24.17■■□□□ 1.46
HDDC3Q8N4P3 CTF1-202ENST00000395019 1617 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
HDDC3Q8N4P3 LTB4R-202ENST00000396782 1627 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
HDDC3Q8N4P3 FKBP1A-211ENST00000618612 1518 ntTSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
HDDC3Q8N4P3 C5orf38-202ENST00000397835 681 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.16■■□□□ 1.46
HDDC3Q8N4P3 AL121906.1-201ENST00000606866 440 ntTSL 3 BASIC24.16■■□□□ 1.46
HDDC3Q8N4P3 TMEM55B-201ENST00000250489 1961 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
HDDC3Q8N4P3 AC008406.3-201ENST00000620001 1374 ntBASIC24.16■■□□□ 1.46
HDDC3Q8N4P3 EPM2A-208ENST00000618445 1694 ntTSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
HDDC3Q8N4P3 KISS1-201ENST00000367194 709 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
HDDC3Q8N4P3 CCER2-201ENST00000571838 1057 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC24.15■■□□□ 1.46
HDDC3Q8N4P3 TCEA1-214ENST00000640382 1234 ntTSL 5 BASIC24.15■■□□□ 1.46
HDDC3Q8N4P3 UNCX-201ENST00000316333 2048 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
HDDC3Q8N4P3 AMH-201ENST00000221496 1821 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.46
HDDC3Q8N4P3 IRAK1-205ENST00000429936 2127 ntTSL 5 BASIC24.14■■□□□ 1.46
HDDC3Q8N4P3 DGAT1-201ENST00000332324 1473 ntTSL 5 BASIC24.14■■□□□ 1.46
HDDC3Q8N4P3 BOD1-202ENST00000311086 1562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.45
HDDC3Q8N4P3 UBALD2-201ENST00000327490 1593 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.45
HDDC3Q8N4P3 VAX1-202ENST00000369206 1723 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.14■■□□□ 1.45
HDDC3Q8N4P3 CDKN2B-202ENST00000380142 859 ntTSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.45
HDDC3Q8N4P3 MIR935-201ENST00000401179 91 ntBASIC24.14■■□□□ 1.45
HDDC3Q8N4P3 TMPO-AS1-201ENST00000546421 738 ntTSL 5 BASIC24.14■■□□□ 1.45
HDDC3Q8N4P3 AC010913.1-201ENST00000608612 420 ntTSL 2 BASIC24.14■■□□□ 1.45
HDDC3Q8N4P3 CRACR2B-201ENST00000450448 1663 ntTSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.45
HDDC3Q8N4P3 U2AF1-204ENST00000459639 1675 ntTSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.45
HDDC3Q8N4P3 AP003068.2-202ENST00000526623 1662 ntTSL 2 BASIC24.14■■□□□ 1.45
HDDC3Q8N4P3 U2AF1L5-204ENST00000623375 1675 ntTSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.45
HDDC3Q8N4P3 FAM66E-202ENST00000533615 2087 ntTSL 2 BASIC24.14■■□□□ 1.45
HDDC3Q8N4P3 MLST8-219ENST00000565250 1588 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC24.13■■□□□ 1.45
HDDC3Q8N4P3 HOXC-AS1-201ENST00000505700 548 ntTSL 2 BASIC24.13■■□□□ 1.45
HDDC3Q8N4P3 PSMG1-201ENST00000331573 2154 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
HDDC3Q8N4P3 HDGFL1-201ENST00000510882 2174 ntAPPRIS P1 BASIC24.13■■□□□ 1.45
HDDC3Q8N4P3 NRM-201ENST00000259953 1755 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC24.13■■□□□ 1.45
HDDC3Q8N4P3 CDK2AP1-201ENST00000261692 1625 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
HDDC3Q8N4P3 R3HCC1-201ENST00000265806 1773 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
HDDC3Q8N4P3 SH2B1-205ENST00000538342 1532 ntTSL 2 BASIC24.12■■□□□ 1.45
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 39.1 ms