Protein–RNA interactions for Protein: Q8N1M1

BEST3, Bestrophin-3, humanhuman

Predictions only

Length 668 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
BEST3Q8N1M1 AC016910.1-201ENST00000422799 1046 ntTSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
BEST3Q8N1M1 RPS2P7-201ENST00000447334 885 ntBASIC22.26■■□□□ 1.15
BEST3Q8N1M1 AC011448.1-201ENST00000555938 1100 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.26■■□□□ 1.15
BEST3Q8N1M1 EGFL8-220ENST00000395512 1312 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
BEST3Q8N1M1 LRFN4-202ENST00000393952 1550 ntTSL 5 BASIC22.25■■□□□ 1.15
BEST3Q8N1M1 FBXL6-201ENST00000331890 1785 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
BEST3Q8N1M1 RCOR3-202ENST00000367006 2525 ntTSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
BEST3Q8N1M1 IFFO2-203ENST00000455833 6188 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.25■■□□□ 1.15
BEST3Q8N1M1 FAM98C-202ENST00000343358 1006 ntTSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
BEST3Q8N1M1 IDNK-201ENST00000376417 511 ntTSL 5 BASIC22.25■■□□□ 1.15
BEST3Q8N1M1 IDNK-202ENST00000376419 692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
BEST3Q8N1M1 CASP9-201ENST00000333868 2019 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
BEST3Q8N1M1 RHEB-201ENST00000262187 2075 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
BEST3Q8N1M1 NRG2-203ENST00000340391 1944 ntTSL 5 BASIC22.24■■□□□ 1.15
BEST3Q8N1M1 ZNF688-203ENST00000563276 1492 ntTSL 2 BASIC22.24■■□□□ 1.15
BEST3Q8N1M1 MTX2-204ENST00000443241 799 ntTSL 3 BASIC22.24■■□□□ 1.15
BEST3Q8N1M1 FAM173A-202ENST00000564000 1088 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.24■■□□□ 1.15
BEST3Q8N1M1 AL035685.1-201ENST00000636663 812 ntBASIC22.24■■□□□ 1.15
BEST3Q8N1M1 SCCPDH-201ENST00000366510 2503 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
BEST3Q8N1M1 TMEM185A-207ENST00000600449 2840 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
BEST3Q8N1M1 GALR2-201ENST00000329003 1364 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
BEST3Q8N1M1 TMEM55B-201ENST00000250489 1961 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
BEST3Q8N1M1 ATP11B-209ENST00000493826 963 ntTSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
BEST3Q8N1M1 ZNF606-203ENST00000547121 1196 ntTSL 2 BASIC22.23■■□□□ 1.15
BEST3Q8N1M1 MIR4508-201ENST00000584178 70 ntBASIC22.23■■□□□ 1.15
BEST3Q8N1M1 CASTOR2-201ENST00000616305 1257 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
BEST3Q8N1M1 EPB41L4B-202ENST00000374566 5800 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
BEST3Q8N1M1 RBFOX2-209ENST00000438146 1356 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
BEST3Q8N1M1 AC135731.1-201ENST00000569415 2548 ntBASIC22.22■■□□□ 1.15
BEST3Q8N1M1 LMO2-201ENST00000257818 2294 ntTSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
BEST3Q8N1M1 RBFA-201ENST00000262197 1219 ntTSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
BEST3Q8N1M1 MYDGF-201ENST00000262947 1018 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
BEST3Q8N1M1 FXYD7-204ENST00000588265 636 ntTSL 2 BASIC22.22■■□□□ 1.15
BEST3Q8N1M1 PACS2-201ENST00000325438 3708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
BEST3Q8N1M1 TTC3-225ENST00000540756 2025 ntTSL 2 BASIC22.21■■□□□ 1.15
BEST3Q8N1M1 SNTB1-202ENST00000517992 2273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
BEST3Q8N1M1 IGFBP6-201ENST00000301464 1169 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
BEST3Q8N1M1 FGF22-202ENST00000586042 1288 ntTSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
BEST3Q8N1M1 MPST-203ENST00000401419 1345 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
BEST3Q8N1M1 FLJ37453-201ENST00000317122 2473 ntTSL 2 BASIC22.21■■□□□ 1.15
BEST3Q8N1M1 KCNJ4-201ENST00000303592 2065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
BEST3Q8N1M1 C11orf80-210ENST00000527634 1666 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.2■■□□□ 1.15
BEST3Q8N1M1 AC019171.1-201ENST00000601251 1056 ntBASIC22.2■■□□□ 1.14
BEST3Q8N1M1 DLG3-203ENST00000374360 5905 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
BEST3Q8N1M1 UBE2E3-202ENST00000410062 1570 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
BEST3Q8N1M1 ANKRD16-202ENST00000380092 1646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
BEST3Q8N1M1 CNNM2-201ENST00000369875 2059 ntTSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
BEST3Q8N1M1 THAP4-204ENST00000407315 2367 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
BEST3Q8N1M1 AL355490.1-201ENST00000445808 805 ntTSL 3 BASIC22.19■■□□□ 1.14
BEST3Q8N1M1 MMP28-203ENST00000612672 1092 ntTSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
BEST3Q8N1M1 TPI1-210ENST00000613953 1460 ntTSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
BEST3Q8N1M1 HOXB3-202ENST00000460160 1525 ntTSL 5 BASIC22.19■■□□□ 1.14
BEST3Q8N1M1 UNCX-201ENST00000316333 2048 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
BEST3Q8N1M1 PEA15-201ENST00000360472 2471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
BEST3Q8N1M1 LONRF2P2-201ENST00000439212 571 ntBASIC22.18■■□□□ 1.14
BEST3Q8N1M1 SSX2IP-209ENST00000603677 1149 ntTSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
BEST3Q8N1M1 PSMG1-201ENST00000331573 2154 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
BEST3Q8N1M1 TMEM171-202ENST00000454765 1535 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
BEST3Q8N1M1 AHSA2-201ENST00000357022 2437 ntTSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
BEST3Q8N1M1 HDGFL1-201ENST00000510882 2174 ntAPPRIS P1 BASIC22.17■■□□□ 1.14
BEST3Q8N1M1 CTAG1B-201ENST00000328435 748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
BEST3Q8N1M1 KRT18P10-201ENST00000388836 1287 ntBASIC22.17■■□□□ 1.14
BEST3Q8N1M1 CTAG1A-202ENST00000599837 748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
BEST3Q8N1M1 FAM66E-202ENST00000533615 2087 ntTSL 2 BASIC22.17■■□□□ 1.14
BEST3Q8N1M1 CREM-210ENST00000374721 2020 ntTSL 5 BASIC22.17■■□□□ 1.14
BEST3Q8N1M1 CTF1-202ENST00000395019 1617 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
BEST3Q8N1M1 FAM220A-206ENST00000616824 2211 ntTSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
BEST3Q8N1M1 PPP1R3F-205ENST00000495799 1537 ntTSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
BEST3Q8N1M1 MTERF3-204ENST00000523821 1529 ntTSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
BEST3Q8N1M1 IRAK1-205ENST00000429936 2127 ntTSL 5 BASIC22.16■■□□□ 1.14
BEST3Q8N1M1 KMT2E-AS1-201ENST00000453677 736 ntTSL 3 BASIC22.16■■□□□ 1.14
BEST3Q8N1M1 AC009299.2-201ENST00000482477 511 ntBASIC22.16■■□□□ 1.14
BEST3Q8N1M1 AC103724.3-201ENST00000564481 992 ntBASIC22.16■■□□□ 1.14
BEST3Q8N1M1 TSPAN10-204ENST00000611590 1068 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
BEST3Q8N1M1 AL590094.1-201ENST00000635581 706 ntTSL 2 BASIC22.16■■□□□ 1.14
BEST3Q8N1M1 QKI-207ENST00000453779 5685 ntTSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
BEST3Q8N1M1 TNIP2-201ENST00000315423 1974 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
BEST3Q8N1M1 ROM1-201ENST00000278833 1878 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
BEST3Q8N1M1 U2AF1-204ENST00000459639 1675 ntTSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
BEST3Q8N1M1 U2AF1L5-204ENST00000623375 1675 ntTSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
BEST3Q8N1M1 CT47A7-201ENST00000434883 1288 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.15■■□□□ 1.14
BEST3Q8N1M1 EPM2A-202ENST00000435470 1278 ntTSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
BEST3Q8N1M1 NR6A1-203ENST00000416460 1898 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
BEST3Q8N1M1 AMH-201ENST00000221496 1821 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
BEST3Q8N1M1 NAPA-201ENST00000263354 1839 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
BEST3Q8N1M1 SOHLH1-202ENST00000425225 1411 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.14■■□□□ 1.14
BEST3Q8N1M1 CCNG2-201ENST00000316355 5526 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.14
BEST3Q8N1M1 LTB4R-202ENST00000396782 1627 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.14
BEST3Q8N1M1 ZNF263-204ENST00000573578 1636 ntTSL 5 BASIC22.14■■□□□ 1.14
BEST3Q8N1M1 KLHDC9-203ENST00000392192 1333 ntTSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.14
BEST3Q8N1M1 EME2-205ENST00000568449 1234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
BEST3Q8N1M1 OXLD1-203ENST00000571503 803 ntTSL 2 BASIC22.14■■□□□ 1.13
BEST3Q8N1M1 TRIR-205ENST00000592273 783 ntTSL 3 BASIC22.14■■□□□ 1.13
BEST3Q8N1M1 BTBD7-201ENST00000298896 2621 ntTSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
BEST3Q8N1M1 NREP-202ENST00000379671 2581 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
BEST3Q8N1M1 CRACR2B-201ENST00000450448 1663 ntTSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
BEST3Q8N1M1 PIK3R2-207ENST00000617130 2187 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
BEST3Q8N1M1 NRM-201ENST00000259953 1755 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC22.13■■□□□ 1.13
BEST3Q8N1M1 R3HCC1-201ENST00000265806 1773 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
BEST3Q8N1M1 AL121906.1-201ENST00000606866 440 ntTSL 3 BASIC22.13■■□□□ 1.13
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 25.6 ms