Protein–RNA interactions for Protein: Q6P9F5

TRIM40, Tripartite motif-containing protein 40, humanhuman

Predictions only

Length 258 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TRIM40Q6P9F5 WDR38-203ENST00000618744 1270 ntTSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
TRIM40Q6P9F5 KAT8-206ENST00000543774 1846 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.01■■□□□ 1.27
TRIM40Q6P9F5 MSRB1-206ENST00000622125 1363 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.01■■□□□ 1.27
TRIM40Q6P9F5 CTU1-201ENST00000421832 2087 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.01■■□□□ 1.27
TRIM40Q6P9F5 SSTR4-201ENST00000255008 1427 ntAPPRIS P1 BASIC23■■□□□ 1.27
TRIM40Q6P9F5 PEX26-202ENST00000399744 1672 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
TRIM40Q6P9F5 BTBD19-201ENST00000409335 1214 ntTSL 5 BASIC23■■□□□ 1.27
TRIM40Q6P9F5 HES4-204ENST00000484667 667 ntTSL 3 BASIC23■■□□□ 1.27
TRIM40Q6P9F5 AFDN-201ENST00000344191 5249 ntTSL 5 BASIC23■■□□□ 1.27
TRIM40Q6P9F5 BIN1-211ENST00000409400 2143 ntTSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
TRIM40Q6P9F5 PACS2-201ENST00000325438 3708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
TRIM40Q6P9F5 BTBD6-203ENST00000392554 2176 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
TRIM40Q6P9F5 GYG2-205ENST00000398806 1956 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
TRIM40Q6P9F5 MAP3K5-201ENST00000359015 5197 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
TRIM40Q6P9F5 AC020928.2-201ENST00000588717 2197 ntBASIC22.99■■□□□ 1.27
TRIM40Q6P9F5 SDF2L1-201ENST00000248958 865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
TRIM40Q6P9F5 UBE2D2-205ENST00000505548 1113 ntTSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
TRIM40Q6P9F5 AC026202.3-201ENST00000600805 1127 ntBASIC22.99■■□□□ 1.27
TRIM40Q6P9F5 AC010501.1-201ENST00000606270 1962 ntBASIC22.98■■□□□ 1.27
TRIM40Q6P9F5 ERN1-208ENST00000606895 2068 ntBASIC22.98■■□□□ 1.27
TRIM40Q6P9F5 C1QTNF1-206ENST00000579760 1672 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
TRIM40Q6P9F5 AC007383.2-202ENST00000435627 482 ntTSL 2 BASIC22.98■■□□□ 1.27
TRIM40Q6P9F5 PSMG4-206ENST00000438998 838 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.98■■□□□ 1.27
TRIM40Q6P9F5 HYI-213ENST00000583037 1322 ntTSL 5 BASIC22.98■■□□□ 1.27
TRIM40Q6P9F5 TMCO6-201ENST00000252100 1834 ntTSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
TRIM40Q6P9F5 RABL6-202ENST00000357466 1820 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
TRIM40Q6P9F5 PHF23-212ENST00000576955 1944 ntTSL 2 BASIC22.98■■□□□ 1.27
TRIM40Q6P9F5 SH2B1-205ENST00000538342 1532 ntTSL 2 BASIC22.98■■□□□ 1.27
TRIM40Q6P9F5 RAP2CP1-202ENST00000605179 643 ntBASIC22.97■■□□□ 1.27
TRIM40Q6P9F5 GTF2IP1-204ENST00000616377 2632 ntTSL 2 BASIC22.97■■□□□ 1.27
TRIM40Q6P9F5 C15orf59-201ENST00000379822 1342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.97■■□□□ 1.27
TRIM40Q6P9F5 CASP9-201ENST00000333868 2019 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.97■■□□□ 1.27
TRIM40Q6P9F5 PAPOLA-225ENST00000557471 1421 ntTSL 1 (best) BASIC22.97■■□□□ 1.27
TRIM40Q6P9F5 FAM220A-206ENST00000616824 2211 ntTSL 1 (best) BASIC22.97■■□□□ 1.27
TRIM40Q6P9F5 TSPOAP1-AS1-205ENST00000580022 2337 ntTSL 2 BASIC22.97■■□□□ 1.27
TRIM40Q6P9F5 FBXL20-203ENST00000577399 1620 ntTSL 5 BASIC22.97■■□□□ 1.27
TRIM40Q6P9F5 YRDC-201ENST00000373044 1826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
TRIM40Q6P9F5 AC133552.2-201ENST00000619106 1032 ntBASIC22.96■■□□□ 1.27
TRIM40Q6P9F5 AC009831.1-201ENST00000580420 1582 ntBASIC22.96■■□□□ 1.27
TRIM40Q6P9F5 C8orf58-206ENST00000614574 1955 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.96■■□□□ 1.27
TRIM40Q6P9F5 DDX42-201ENST00000359353 2783 ntTSL 5 BASIC22.95■■□□□ 1.27
TRIM40Q6P9F5 SNX5-201ENST00000377759 2270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.95■■□□□ 1.26
TRIM40Q6P9F5 PVT1-212ENST00000521951 1535 ntTSL 1 (best) BASIC22.95■■□□□ 1.26
TRIM40Q6P9F5 C19orf12-207ENST00000592153 1504 ntTSL 1 (best) BASIC22.95■■□□□ 1.26
TRIM40Q6P9F5 WDR38-202ENST00000613760 1323 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.95■■□□□ 1.26
TRIM40Q6P9F5 EPM2A-208ENST00000618445 1694 ntTSL 1 (best) BASIC22.95■■□□□ 1.26
TRIM40Q6P9F5 SAP25-204ENST00000622764 1031 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.95■■□□□ 1.26
TRIM40Q6P9F5 TWF2-201ENST00000305533 1718 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.94■■□□□ 1.26
TRIM40Q6P9F5 NELFB-201ENST00000343053 2698 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.94■■□□□ 1.26
TRIM40Q6P9F5 PTPA-210ENST00000414510 1153 ntTSL 1 (best) BASIC22.94■■□□□ 1.26
TRIM40Q6P9F5 ZDHHC16-206ENST00000370854 1798 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.94■■□□□ 1.26
TRIM40Q6P9F5 AC135731.1-201ENST00000569415 2548 ntBASIC22.93■■□□□ 1.26
TRIM40Q6P9F5 RFWD2-201ENST00000308769 2124 ntTSL 1 (best) BASIC22.93■■□□□ 1.26
TRIM40Q6P9F5 ABHD17AP5-201ENST00000580133 923 ntBASIC22.93■■□□□ 1.26
TRIM40Q6P9F5 AC011511.4-201ENST00000586529 1850 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.93■■□□□ 1.26
TRIM40Q6P9F5 P2RX4-203ENST00000359949 1836 ntTSL 5 BASIC22.93■■□□□ 1.26
TRIM40Q6P9F5 KLC1-203ENST00000347839 2271 ntTSL 5 BASIC22.93■■□□□ 1.26
TRIM40Q6P9F5 AC113189.4-201ENST00000575331 5553 ntTSL 1 (best) BASIC22.92■■□□□ 1.26
TRIM40Q6P9F5 MBOAT7-201ENST00000245615 2529 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.92■■□□□ 1.26
TRIM40Q6P9F5 ZMYND19-201ENST00000298585 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.92■■□□□ 1.26
TRIM40Q6P9F5 RNASET2-210ENST00000508775 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.92■■□□□ 1.26
TRIM40Q6P9F5 PXMP2-205ENST00000543589 632 ntTSL 3 BASIC22.92■■□□□ 1.26
TRIM40Q6P9F5 MAZ-202ENST00000322945 2532 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.92■■□□□ 1.26
TRIM40Q6P9F5 HAS1-205ENST00000601714 2086 ntTSL 1 (best) BASIC22.92■■□□□ 1.26
TRIM40Q6P9F5 TRIM54-201ENST00000296098 2027 ntTSL 1 (best) BASIC22.92■■□□□ 1.26
TRIM40Q6P9F5 ZNF747-203ENST00000568028 1511 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.92■■□□□ 1.26
TRIM40Q6P9F5 GDF1-201ENST00000247005 2517 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.91■■□□□ 1.26
TRIM40Q6P9F5 CERS1-204ENST00000623882 2517 ntTSL 1 (best) BASIC22.91■■□□□ 1.26
TRIM40Q6P9F5 HABP4-202ENST00000375251 2304 ntTSL 1 (best) BASIC22.91■■□□□ 1.26
TRIM40Q6P9F5 KREMEN2-205ENST00000575769 1922 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.91■■□□□ 1.26
TRIM40Q6P9F5 PITX3-202ENST00000539804 1187 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.91■■□□□ 1.26
TRIM40Q6P9F5 MBLAC1-201ENST00000398075 1502 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.91■■□□□ 1.26
TRIM40Q6P9F5 TMEM120A-214ENST00000493111 1456 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.91■■□□□ 1.26
TRIM40Q6P9F5 TGFBRAP1-202ENST00000393359 5979 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.91■■□□□ 1.26
TRIM40Q6P9F5 WBP1-201ENST00000233615 1294 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
TRIM40Q6P9F5 HSBP1L1-201ENST00000451882 771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
TRIM40Q6P9F5 LIME1-206ENST00000487026 805 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.9■■□□□ 1.26
TRIM40Q6P9F5 MAD2L2-201ENST00000235310 1860 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.9■■□□□ 1.26
TRIM40Q6P9F5 PAIP1-208ENST00000514514 1603 ntTSL 5 BASIC22.9■■□□□ 1.26
TRIM40Q6P9F5 PSMG3-202ENST00000288607 1391 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.26
TRIM40Q6P9F5 CCDC71L-201ENST00000315965 1575 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.89■■□□□ 1.26
TRIM40Q6P9F5 TTBK2-205ENST00000567274 1777 ntTSL 5 BASIC22.89■■□□□ 1.26
TRIM40Q6P9F5 DEAF1-201ENST00000382409 2500 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.25
TRIM40Q6P9F5 BSCL2-205ENST00000403550 1693 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.89■■□□□ 1.25
TRIM40Q6P9F5 MORF4L1-202ENST00000379535 2274 ntTSL 2 BASIC22.89■■□□□ 1.25
TRIM40Q6P9F5 SKOR2-203ENST00000620245 3048 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.89■■□□□ 1.25
TRIM40Q6P9F5 RASL10A-201ENST00000216101 1490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
TRIM40Q6P9F5 GCLC-209ENST00000514004 2356 ntTSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
TRIM40Q6P9F5 NTHL1-201ENST00000219066 1067 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
TRIM40Q6P9F5 AC107214.1-201ENST00000457303 559 ntTSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
TRIM40Q6P9F5 WTAP-207ENST00000631126 1430 ntTSL 3 BASIC22.88■■□□□ 1.25
TRIM40Q6P9F5 ATPAF1-213ENST00000574428 1760 ntTSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
TRIM40Q6P9F5 MEIS2-204ENST00000397620 2295 ntTSL 2 BASIC22.88■■□□□ 1.25
TRIM40Q6P9F5 PDPK1-204ENST00000441549 1729 ntTSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
TRIM40Q6P9F5 GSK3A-201ENST00000222330 2188 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.87■■□□□ 1.25
TRIM40Q6P9F5 HNRNPL-201ENST00000221419 2471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.87■■□□□ 1.25
TRIM40Q6P9F5 USP2-204ENST00000525735 1704 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.87■■□□□ 1.25
TRIM40Q6P9F5 SLC9A3-AS1-207ENST00000607286 1357 ntTSL 5 BASIC22.87■■□□□ 1.25
TRIM40Q6P9F5 NREP-202ENST00000379671 2581 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.87■■□□□ 1.25
TRIM40Q6P9F5 TMEM203-201ENST00000343666 1557 ntAPPRIS P1 BASIC22.86■■□□□ 1.25
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 114.8 ms