Protein–RNA interactions for Protein: Q01955

COL4A3, Collagen alpha-3(IV) chain, humanhuman

Predictions only

Length 1,670 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL4A3Q01955 ST20-MTHFS-201ENST00000479961 859 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.91■■□□□ 1.58
COL4A3Q01955 FGF22-202ENST00000586042 1288 ntTSL 1 (best) BASIC24.91■■□□□ 1.58
COL4A3Q01955 MIR4787-201ENST00000607364 84 ntBASIC24.91■■□□□ 1.58
COL4A3Q01955 TESK1-201ENST00000336395 2421 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.91■■□□□ 1.58
COL4A3Q01955 FOXF2-201ENST00000259806 2187 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.9■■□□□ 1.58
COL4A3Q01955 AKT1S1-201ENST00000344175 1760 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.9■■□□□ 1.58
COL4A3Q01955 NECAB2-201ENST00000305202 1608 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.9■■□□□ 1.58
COL4A3Q01955 EBPL-205ENST00000378284 967 ntTSL 1 (best) BASIC24.9■■□□□ 1.58
COL4A3Q01955 LRMDA-215ENST00000611255 1040 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.9■■□□□ 1.58
COL4A3Q01955 CASTOR2-201ENST00000616305 1257 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.9■■□□□ 1.58
COL4A3Q01955 FP236240.1-201ENST00000619537 1116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.9■■□□□ 1.58
COL4A3Q01955 NSMCE4A-202ENST00000369023 1394 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.89■■□□□ 1.58
COL4A3Q01955 KRT16P3-201ENST00000439127 1283 ntBASIC24.89■■□□□ 1.58
COL4A3Q01955 AC079305.3-201ENST00000455416 218 ntTSL 5 BASIC24.89■■□□□ 1.58
COL4A3Q01955 AC009690.3-201ENST00000569547 1902 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.89■■□□□ 1.58
COL4A3Q01955 PXDC1-202ENST00000380283 2190 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.89■■□□□ 1.58
COL4A3Q01955 MPST-203ENST00000401419 1345 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.89■■□□□ 1.57
COL4A3Q01955 CD6-206ENST00000452451 1782 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.89■■□□□ 1.57
COL4A3Q01955 FAM117A-201ENST00000240364 2365 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.89■■□□□ 1.57
COL4A3Q01955 DNAJB2-202ENST00000392086 1946 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.89■■□□□ 1.57
COL4A3Q01955 UBE2J2-202ENST00000349431 1733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.88■■□□□ 1.57
COL4A3Q01955 AC103702.2-201ENST00000433510 1270 ntTSL 2 BASIC24.88■■□□□ 1.57
COL4A3Q01955 AP001267.3-203ENST00000554407 579 ntTSL 2 BASIC24.88■■□□□ 1.57
COL4A3Q01955 TUBBP5-204ENST00000635438 565 ntTSL 4 BASIC24.88■■□□□ 1.57
COL4A3Q01955 PKIB-205ENST00000368452 1398 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.87■■□□□ 1.57
COL4A3Q01955 MIR638-201ENST00000385237 100 ntBASIC24.87■■□□□ 1.57
COL4A3Q01955 ST3GAL6-AS1-203ENST00000488132 769 ntTSL 3 BASIC24.87■■□□□ 1.57
COL4A3Q01955 C14orf80-205ENST00000392523 1845 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.86■■□□□ 1.57
COL4A3Q01955 ANKRD20A11P-201ENST00000344693 1088 ntTSL 1 (best) BASIC24.86■■□□□ 1.57
COL4A3Q01955 CUL4A-209ENST00000488558 1111 ntTSL 3 BASIC24.86■■□□□ 1.57
COL4A3Q01955 GAL3ST2-201ENST00000192314 1370 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.86■■□□□ 1.57
COL4A3Q01955 MXD3-201ENST00000423571 1534 ntTSL 2 BASIC24.86■■□□□ 1.57
COL4A3Q01955 ADAP1-201ENST00000265846 2363 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.86■■□□□ 1.57
COL4A3Q01955 HM13-AS1-201ENST00000412178 489 ntTSL 3 BASIC24.85■■□□□ 1.57
COL4A3Q01955 PEMT-206ENST00000435340 960 ntTSL 5 BASIC24.85■■□□□ 1.57
COL4A3Q01955 PAPOLA-225ENST00000557471 1421 ntTSL 1 (best) BASIC24.85■■□□□ 1.57
COL4A3Q01955 SNX24-201ENST00000261369 2158 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.85■■□□□ 1.57
COL4A3Q01955 EIF4EBP1-201ENST00000338825 1020 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.85■■□□□ 1.57
COL4A3Q01955 FAM107A-203ENST00000447756 1432 ntTSL 1 (best) BASIC24.85■■□□□ 1.57
COL4A3Q01955 AC026785.2-201ENST00000511821 867 ntTSL 2 BASIC24.85■■□□□ 1.57
COL4A3Q01955 PVT1-212ENST00000521951 1535 ntTSL 1 (best) BASIC24.85■■□□□ 1.57
COL4A3Q01955 SNAI3-AS1-203ENST00000565633 829 ntTSL 5 BASIC24.85■■□□□ 1.57
COL4A3Q01955 AC142472.1-201ENST00000612013 1741 ntBASIC24.85■■□□□ 1.57
COL4A3Q01955 VSIG8-201ENST00000368100 1818 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.84■■□□□ 1.57
COL4A3Q01955 NRARP-201ENST00000356628 1770 ntAPPRIS P1 BASIC24.84■■□□□ 1.57
COL4A3Q01955 TMUB1-201ENST00000297533 1353 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.84■■□□□ 1.57
COL4A3Q01955 HMX3-201ENST00000357878 1173 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.84■■□□□ 1.57
COL4A3Q01955 BX664725.1-201ENST00000438252 379 ntBASIC24.84■■□□□ 1.57
COL4A3Q01955 AC131281.2-201ENST00000520478 145 ntBASIC24.84■■□□□ 1.57
COL4A3Q01955 AC093762.1-201ENST00000641981 837 ntAPPRIS P1 BASIC24.84■■□□□ 1.57
COL4A3Q01955 ACTG1-210ENST00000575842 2256 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.83■■□□□ 1.57
COL4A3Q01955 OXLD1-203ENST00000571503 803 ntTSL 2 BASIC24.83■■□□□ 1.57
COL4A3Q01955 LSM7-204ENST00000587502 575 ntTSL 1 (best) BASIC24.83■■□□□ 1.57
COL4A3Q01955 SYCE1-204ENST00000432597 1254 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.82■■□□□ 1.56
COL4A3Q01955 MTNR1B-201ENST00000257068 1565 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.82■■□□□ 1.56
COL4A3Q01955 CDCA5-202ENST00000404147 1012 ntTSL 2 BASIC24.81■■□□□ 1.56
COL4A3Q01955 CHTF8-205ENST00000519520 856 ntTSL 2 BASIC24.81■■□□□ 1.56
COL4A3Q01955 FEV-201ENST00000295727 1879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.81■■□□□ 1.56
COL4A3Q01955 ANKRD65-205ENST00000537107 2190 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.81■■□□□ 1.56
COL4A3Q01955 ANKRD9-204ENST00000559651 1444 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.81■■□□□ 1.56
COL4A3Q01955 VSTM2L-202ENST00000373461 1959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.81■■□□□ 1.56
COL4A3Q01955 NKX2-5-202ENST00000424406 1124 ntTSL 1 (best) BASIC24.81■■□□□ 1.56
COL4A3Q01955 SUMF1-205ENST00000458465 1102 ntTSL 2 BASIC24.81■■□□□ 1.56
COL4A3Q01955 CALM1-203ENST00000544280 1064 ntTSL 1 (best) BASIC24.81■■□□□ 1.56
COL4A3Q01955 TRIR-202ENST00000588213 841 ntTSL 3 BASIC24.81■■□□□ 1.56
COL4A3Q01955 LACTB-201ENST00000261893 1972 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.8■■□□□ 1.56
COL4A3Q01955 FKBP1A-211ENST00000618612 1518 ntTSL 1 (best) BASIC24.8■■□□□ 1.56
COL4A3Q01955 TESK1-206ENST00000620767 2438 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.79■■□□□ 1.56
COL4A3Q01955 CASP9-201ENST00000333868 2019 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.79■■□□□ 1.56
COL4A3Q01955 MAGI2-AS3-201ENST00000414797 1072 ntTSL 2 BASIC24.79■■□□□ 1.56
COL4A3Q01955 KRT125P-201ENST00000546827 989 ntBASIC24.79■■□□□ 1.56
COL4A3Q01955 WDR38-203ENST00000618744 1270 ntTSL 1 (best) BASIC24.79■■□□□ 1.56
COL4A3Q01955 COL13A1-213ENST00000520267 2276 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.79■■□□□ 1.56
COL4A3Q01955 BIN1-204ENST00000348750 2074 ntTSL 1 (best) BASIC24.79■■□□□ 1.56
COL4A3Q01955 SLC16A3-214ENST00000582743 2002 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.79■■□□□ 1.56
COL4A3Q01955 CITED4-201ENST00000372638 1316 ntAPPRIS P1 BASIC24.79■■□□□ 1.56
COL4A3Q01955 RNF175-201ENST00000347063 1604 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.79■■□□□ 1.56
COL4A3Q01955 MAPK13-201ENST00000211287 2052 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.78■■□□□ 1.56
COL4A3Q01955 SHOX2-201ENST00000389589 2072 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.78■■□□□ 1.56
COL4A3Q01955 HSBP1L1-201ENST00000451882 771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.78■■□□□ 1.56
COL4A3Q01955 SLC35A2-207ENST00000445167 1739 ntTSL 1 (best) BASIC24.78■■□□□ 1.56
COL4A3Q01955 BX255925.1-201ENST00000566954 1854 ntBASIC24.78■■□□□ 1.56
COL4A3Q01955 HTRA2-202ENST00000352222 1450 ntTSL 1 (best) BASIC24.78■■□□□ 1.56
COL4A3Q01955 LRFN4-202ENST00000393952 1550 ntTSL 5 BASIC24.78■■□□□ 1.56
COL4A3Q01955 MED22-201ENST00000343730 1437 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.78■■□□□ 1.56
COL4A3Q01955 RBFA-201ENST00000262197 1219 ntTSL 1 (best) BASIC24.78■■□□□ 1.56
COL4A3Q01955 VSTM2L-201ENST00000373459 831 ntTSL 3 BASIC24.78■■□□□ 1.56
COL4A3Q01955 AC078883.1-201ENST00000442417 950 ntTSL 3 BASIC24.78■■□□□ 1.56
COL4A3Q01955 AC073111.5-204ENST00000498682 1167 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.78■■□□□ 1.56
COL4A3Q01955 CLEC2L-201ENST00000422142 1359 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC24.77■■□□□ 1.56
COL4A3Q01955 ANKRD16-202ENST00000380092 1646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.77■■□□□ 1.56
COL4A3Q01955 CTF1-202ENST00000395019 1617 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
COL4A3Q01955 TNFRSF25-201ENST00000348333 1119 ntTSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
COL4A3Q01955 TNFRSF25-202ENST00000351748 705 ntTSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
COL4A3Q01955 TSPY9P-201ENST00000440215 945 ntBASIC24.76■■□□□ 1.55
COL4A3Q01955 TSPY11P-201ENST00000442607 1045 ntBASIC24.76■■□□□ 1.55
COL4A3Q01955 MNX1-201ENST00000252971 2174 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
COL4A3Q01955 BBC3-204ENST00000449228 1827 ntTSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
COL4A3Q01955 JMJD8-201ENST00000412368 2038 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
COL4A3Q01955 ZNF639-209ENST00000496856 2033 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 30.6 ms