Protein–RNA interactions for Protein: Q99250

SCN2A, Sodium channel protein type 2 subunit alpha, humanhuman

Predictions only

Length 2,005 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SCN2AQ99250 MIR3960-201ENST00000583311 91 ntBASIC22.9■■□□□ 1.26
SCN2AQ99250 HNRNPUL1-221ENST00000617305 1018 ntTSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
SCN2AQ99250 RPUSD1-207ENST00000565809 1918 ntTSL 2 BASIC22.9■■□□□ 1.26
SCN2AQ99250 SLC9A3-AS1-207ENST00000607286 1357 ntTSL 5 BASIC22.9■■□□□ 1.26
SCN2AQ99250 TAZ-213ENST00000601016 1889 ntTSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
SCN2AQ99250 EPHB2-207ENST00000544305 1709 ntTSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
SCN2AQ99250 BICDL2-203ENST00000572449 1984 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.9■■□□□ 1.26
SCN2AQ99250 C20orf24-203ENST00000373852 1059 ntTSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.26
SCN2AQ99250 PCYT2-204ENST00000570388 1474 ntTSL 2 BASIC22.89■■□□□ 1.26
SCN2AQ99250 RAB4B-203ENST00000594800 1173 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.89■■□□□ 1.25
SCN2AQ99250 SCN1B-201ENST00000262631 1670 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.25
SCN2AQ99250 SLC9A3R2-201ENST00000424542 2194 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
SCN2AQ99250 PSMG4-206ENST00000438998 838 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.88■■□□□ 1.25
SCN2AQ99250 RP9P-202ENST00000450133 1212 ntBASIC22.88■■□□□ 1.25
SCN2AQ99250 C2CD4D-201ENST00000454109 1757 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.88■■□□□ 1.25
SCN2AQ99250 TOP1MT-208ENST00000519148 1868 ntTSL 2 BASIC22.88■■□□□ 1.25
SCN2AQ99250 UBE2I-213ENST00000566587 1098 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.87■■□□□ 1.25
SCN2AQ99250 AMH-201ENST00000221496 1821 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.87■■□□□ 1.25
SCN2AQ99250 UBE2J2-202ENST00000349431 1733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.87■■□□□ 1.25
SCN2AQ99250 PEX26-202ENST00000399744 1672 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.87■■□□□ 1.25
SCN2AQ99250 FGF19-201ENST00000294312 2447 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.87■■□□□ 1.25
SCN2AQ99250 AL033527.3-201ENST00000566366 1196 ntBASIC22.87■■□□□ 1.25
SCN2AQ99250 GATA4-209ENST00000622443 1982 ntTSL 5 BASIC22.87■■□□□ 1.25
SCN2AQ99250 TP53I3-201ENST00000238721 1998 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.86■■□□□ 1.25
SCN2AQ99250 MBLAC1-201ENST00000398075 1502 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.86■■□□□ 1.25
SCN2AQ99250 DUX4L9-201ENST00000449051 1259 ntBASIC22.86■■□□□ 1.25
SCN2AQ99250 TMEM120A-214ENST00000493111 1456 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.86■■□□□ 1.25
SCN2AQ99250 TSPY13P-201ENST00000338964 914 ntBASIC22.86■■□□□ 1.25
SCN2AQ99250 AC129492.7-201ENST00000622992 756 ntBASIC22.86■■□□□ 1.25
SCN2AQ99250 VEGFA-209ENST00000425836 1575 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.86■■□□□ 1.25
SCN2AQ99250 ZNF821-201ENST00000313565 1874 ntTSL 1 (best) BASIC22.85■■□□□ 1.25
SCN2AQ99250 NRG2-203ENST00000340391 1944 ntTSL 5 BASIC22.85■■□□□ 1.25
SCN2AQ99250 RINL-208ENST00000598904 1846 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.85■■□□□ 1.25
SCN2AQ99250 FAM159A-204ENST00000517870 748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.85■■□□□ 1.25
SCN2AQ99250 PVT1-212ENST00000521951 1535 ntTSL 1 (best) BASIC22.85■■□□□ 1.25
SCN2AQ99250 ARHGDIA-203ENST00000541078 1517 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.85■■□□□ 1.25
SCN2AQ99250 RCCD1-206ENST00000556618 1556 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.84■■□□□ 1.25
SCN2AQ99250 PLBD2-202ENST00000545182 2321 ntTSL 2 BASIC22.84■■□□□ 1.25
SCN2AQ99250 SLC39A2-201ENST00000298681 1379 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
SCN2AQ99250 BAMBI-201ENST00000375533 1877 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
SCN2AQ99250 ALKAL1-201ENST00000358543 1217 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
SCN2AQ99250 ARHGEF7-AS2-201ENST00000425094 1239 ntTSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
SCN2AQ99250 AC104002.3-202ENST00000557170 1100 ntTSL 3 BASIC22.84■■□□□ 1.25
SCN2AQ99250 LINC01770-201ENST00000417917 634 ntTSL 2 BASIC22.83■■□□□ 1.25
SCN2AQ99250 UBE2E3-213ENST00000602959 909 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.83■■□□□ 1.25
SCN2AQ99250 TSEN34-204ENST00000429671 1912 ntTSL 2 BASIC22.83■■□□□ 1.24
SCN2AQ99250 SHISA8-202ENST00000621082 1405 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.83■■□□□ 1.24
SCN2AQ99250 AKAP17A-202ENST00000381261 2187 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
SCN2AQ99250 ANKRD20A11P-201ENST00000344693 1088 ntTSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
SCN2AQ99250 AC138647.1-201ENST00000427937 648 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.82■■□□□ 1.24
SCN2AQ99250 SSBP4-201ENST00000270061 1768 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
SCN2AQ99250 NAT14-201ENST00000205194 1536 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
SCN2AQ99250 ACSS1-203ENST00000432802 2438 ntTSL 2 BASIC22.82■■□□□ 1.24
SCN2AQ99250 ECHDC3-201ENST00000379215 1649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
SCN2AQ99250 CLPTM1L-201ENST00000320895 2500 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
SCN2AQ99250 COPRS-201ENST00000302362 968 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
SCN2AQ99250 SNX5-219ENST00000606602 885 ntTSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
SCN2AQ99250 GSK3A-201ENST00000222330 2188 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
SCN2AQ99250 SNHG7-204ENST00000447221 2157 ntTSL 2 BASIC22.82■■□□□ 1.24
SCN2AQ99250 AC092803.2-201ENST00000564287 1899 ntBASIC22.82■■□□□ 1.24
SCN2AQ99250 AC011511.4-201ENST00000586529 1850 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.82■■□□□ 1.24
SCN2AQ99250 NECAB2-201ENST00000305202 1608 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
SCN2AQ99250 VAX1-202ENST00000369206 1723 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.81■■□□□ 1.24
SCN2AQ99250 AC064853.2-201ENST00000641246 144 ntAPPRIS P1 BASIC22.81■■□□□ 1.24
SCN2AQ99250 HMGA2-201ENST00000354636 1529 ntTSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
SCN2AQ99250 PPP1R3F-205ENST00000495799 1537 ntTSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
SCN2AQ99250 GTF2E2-201ENST00000355904 1762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
SCN2AQ99250 ILDR2-208ENST00000529387 1238 ntTSL 5 BASIC22.81■■□□□ 1.24
SCN2AQ99250 PRRX2-201ENST00000372469 1311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
SCN2AQ99250 CPSF4-207ENST00000451876 1644 ntTSL 5 BASIC22.8■■□□□ 1.24
SCN2AQ99250 EPM2A-208ENST00000618445 1694 ntTSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
SCN2AQ99250 CRACR2B-201ENST00000450448 1663 ntTSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
SCN2AQ99250 PLA2G10-201ENST00000438167 1000 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
SCN2AQ99250 FEZ2-204ENST00000405912 1931 ntTSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
SCN2AQ99250 PPP1R14A-201ENST00000301242 777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
SCN2AQ99250 AC004987.1-201ENST00000428627 508 ntBASIC22.79■■□□□ 1.24
SCN2AQ99250 CCDC37-AS1-202ENST00000506660 986 ntTSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
SCN2AQ99250 QDPR-208ENST00000513615 1188 ntTSL 2 BASIC22.79■■□□□ 1.24
SCN2AQ99250 ACOT1-202ENST00000557556 1271 ntTSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
SCN2AQ99250 TOMM40-203ENST00000426677 1725 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
SCN2AQ99250 RFWD2-201ENST00000308769 2124 ntTSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
SCN2AQ99250 FAM98C-202ENST00000343358 1006 ntTSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
SCN2AQ99250 ZNF692-201ENST00000306601 1931 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
SCN2AQ99250 NTHL1-201ENST00000219066 1067 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
SCN2AQ99250 MZT2B-201ENST00000281871 933 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
SCN2AQ99250 MZT2A-201ENST00000309451 624 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
SCN2AQ99250 ACSS1-202ENST00000376726 2244 ntTSL 2 BASIC22.77■■□□□ 1.24
SCN2AQ99250 LINC00588-201ENST00000521663 1875 ntTSL 2 BASIC22.77■■□□□ 1.24
SCN2AQ99250 SLC52A2-208ENST00000527078 1790 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.77■■□□□ 1.24
SCN2AQ99250 HOMER3-207ENST00000594794 903 ntTSL 5 BASIC22.77■■□□□ 1.24
SCN2AQ99250 RASL10A-201ENST00000216101 1490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
SCN2AQ99250 P2RX4-203ENST00000359949 1836 ntTSL 5 BASIC22.76■■□□□ 1.23
SCN2AQ99250 PSMG4-207ENST00000451246 824 ntTSL 3 BASIC22.76■■□□□ 1.23
SCN2AQ99250 GYG2-205ENST00000398806 1956 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
SCN2AQ99250 EVA1C-203ENST00000401402 1558 ntTSL 5 BASIC22.76■■□□□ 1.23
SCN2AQ99250 C15orf59-201ENST00000379822 1342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
SCN2AQ99250 CCND3-203ENST00000372991 2085 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
SCN2AQ99250 KLF16-204ENST00000617223 1133 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
SCN2AQ99250 BTBD6-203ENST00000392554 2176 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
SCN2AQ99250 AC096887.2-201ENST00000623443 1957 ntBASIC22.75■■□□□ 1.23
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 179.7 ms