Protein–RNA interactions for Protein: Q7Z494

NPHP3, Nephrocystin-3, humanhuman

Predictions only

Length 1,330 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
NPHP3Q7Z494 FKBP1A-211ENST00000618612 1518 ntTSL 1 (best) BASIC33.57■■■□□ 2.96
NPHP3Q7Z494 NDUFA10-204ENST00000407129 699 ntTSL 1 (best) BASIC33.56■■■□□ 2.96
NPHP3Q7Z494 CDKN2A-207ENST00000497750 565 ntTSL 4 BASIC33.56■■■□□ 2.96
NPHP3Q7Z494 CDKN2A-212ENST00000578845 678 ntTSL 2 BASIC33.56■■■□□ 2.96
NPHP3Q7Z494 ANKS1B-203ENST00000341752 2115 ntTSL 2 BASIC33.56■■■□□ 2.96
NPHP3Q7Z494 BRI3-201ENST00000297290 780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.55■■■□□ 2.96
NPHP3Q7Z494 KRT18P24-201ENST00000344739 1156 ntBASIC33.55■■■□□ 2.96
NPHP3Q7Z494 RALB-208ENST00000631312 311 ntTSL 5 BASIC33.55■■■□□ 2.96
NPHP3Q7Z494 KAZN-207ENST00000503743 1475 ntTSL 1 (best) BASIC33.55■■■□□ 2.96
NPHP3Q7Z494 MAST4-206ENST00000406374 1066 ntTSL 1 (best) BASIC33.54■■■□□ 2.96
NPHP3Q7Z494 FAM72B-203ENST00000452190 748 ntTSL 3 BASIC33.54■■■□□ 2.96
NPHP3Q7Z494 AC137630.3-201ENST00000607245 391 ntBASIC33.54■■■□□ 2.96
NPHP3Q7Z494 ERO1A-211ENST00000629528 998 ntTSL 5 BASIC33.54■■■□□ 2.96
NPHP3Q7Z494 FAM120AOS-202ENST00000423591 1800 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC33.54■■■□□ 2.96
NPHP3Q7Z494 R3HCC1-202ENST00000411463 1467 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC33.54■■■□□ 2.96
NPHP3Q7Z494 ZFAND2B-208ENST00000409594 2021 ntTSL 2 BASIC33.53■■■□□ 2.96
NPHP3Q7Z494 NALT1-201ENST00000429224 738 ntTSL 5 BASIC33.53■■■□□ 2.96
NPHP3Q7Z494 CALM1-203ENST00000544280 1064 ntTSL 1 (best) BASIC33.53■■■□□ 2.96
NPHP3Q7Z494 PKIB-205ENST00000368452 1398 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.53■■■□□ 2.96
NPHP3Q7Z494 SERTAD4-AS1-202ENST00000475406 591 ntTSL 2 BASIC33.53■■■□□ 2.96
NPHP3Q7Z494 CPSF4-207ENST00000451876 1644 ntTSL 5 BASIC33.52■■■□□ 2.96
NPHP3Q7Z494 DERA-201ENST00000428559 1705 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.52■■■□□ 2.96
NPHP3Q7Z494 CLTB-201ENST00000310418 1215 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC33.52■■■□□ 2.96
NPHP3Q7Z494 CLTB-202ENST00000345807 1161 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC33.52■■■□□ 2.96
NPHP3Q7Z494 TMEM134-202ENST00000393877 823 ntTSL 1 (best) BASIC33.52■■■□□ 2.96
NPHP3Q7Z494 AC131281.2-201ENST00000520478 145 ntBASIC33.52■■■□□ 2.96
NPHP3Q7Z494 MIR663AHG-227ENST00000608084 765 ntTSL 5 BASIC33.52■■■□□ 2.96
NPHP3Q7Z494 FP236240.1-201ENST00000619537 1116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.52■■■□□ 2.96
NPHP3Q7Z494 RAMP2-AS1-202ENST00000589716 1985 ntTSL 5 BASIC33.51■■■□□ 2.96
NPHP3Q7Z494 CACNG6-203ENST00000352529 1635 ntTSL 5 BASIC33.51■■■□□ 2.95
NPHP3Q7Z494 TSPY9P-201ENST00000440215 945 ntBASIC33.51■■■□□ 2.95
NPHP3Q7Z494 TSPY11P-201ENST00000442607 1045 ntBASIC33.51■■■□□ 2.95
NPHP3Q7Z494 MED22-201ENST00000343730 1437 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC33.5■■■□□ 2.95
NPHP3Q7Z494 ABHD12-202ENST00000376542 1725 ntTSL 1 (best) BASIC33.5■■■□□ 2.95
NPHP3Q7Z494 VSTM2L-201ENST00000373459 831 ntTSL 3 BASIC33.5■■■□□ 2.95
NPHP3Q7Z494 AC021242.3-201ENST00000607598 1377 ntBASIC33.5■■■□□ 2.95
NPHP3Q7Z494 MTNR1B-201ENST00000257068 1565 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.49■■■□□ 2.95
NPHP3Q7Z494 MDK-202ENST00000395565 951 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC33.49■■■□□ 2.95
NPHP3Q7Z494 TRIR-202ENST00000588213 841 ntTSL 3 BASIC33.49■■■□□ 2.95
NPHP3Q7Z494 AGAP3-211ENST00000473312 2039 ntTSL 1 (best) BASIC33.49■■■□□ 2.95
NPHP3Q7Z494 SIGMAR1-203ENST00000378892 1743 ntTSL 2 BASIC33.49■■■□□ 2.95
NPHP3Q7Z494 NEUROG2-201ENST00000313341 2287 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.48■■■□□ 2.95
NPHP3Q7Z494 SCN1B-201ENST00000262631 1670 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.48■■■□□ 2.95
NPHP3Q7Z494 RBFA-201ENST00000262197 1219 ntTSL 1 (best) BASIC33.48■■■□□ 2.95
NPHP3Q7Z494 KRT18P10-201ENST00000388836 1287 ntBASIC33.48■■■□□ 2.95
NPHP3Q7Z494 FOXE3-201ENST00000335071 1981 ntAPPRIS P1 BASIC33.48■■■□□ 2.95
NPHP3Q7Z494 HOMER3-203ENST00000433218 1418 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC33.47■■■□□ 2.95
NPHP3Q7Z494 RMI2-201ENST00000312499 1457 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.46■■■□□ 2.95
NPHP3Q7Z494 ANKRD53-203ENST00000441349 1797 ntTSL 5 BASIC33.46■■■□□ 2.95
NPHP3Q7Z494 CTAG1B-202ENST00000359887 998 ntTSL 2 BASIC33.46■■■□□ 2.95
NPHP3Q7Z494 FEZ1-202ENST00000366139 1053 ntTSL 2 BASIC33.46■■■□□ 2.95
NPHP3Q7Z494 GUCD1-202ENST00000402766 865 ntTSL 2 BASIC33.46■■■□□ 2.95
NPHP3Q7Z494 LINC01881-206ENST00000614114 957 ntTSL 2 BASIC33.46■■■□□ 2.95
NPHP3Q7Z494 FAM136A-202ENST00000430566 885 ntTSL 3 BASIC33.45■■■□□ 2.95
NPHP3Q7Z494 PCGF3-202ENST00000400151 1175 ntTSL 2 BASIC33.44■■■□□ 2.94
NPHP3Q7Z494 RPP21-222ENST00000433076 577 ntTSL 2 BASIC33.44■■■□□ 2.94
NPHP3Q7Z494 ERGIC1-206ENST00000519860 1000 ntTSL 3 BASIC33.44■■■□□ 2.94
NPHP3Q7Z494 CTDSP2-203ENST00000547701 988 ntTSL 1 (best) BASIC33.44■■■□□ 2.94
NPHP3Q7Z494 HTRA2-202ENST00000352222 1450 ntTSL 1 (best) BASIC33.44■■■□□ 2.94
NPHP3Q7Z494 C4orf36-201ENST00000295898 881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.43■■■□□ 2.94
NPHP3Q7Z494 HMGA2-202ENST00000393577 611 ntTSL 3 BASIC33.42■■■□□ 2.94
NPHP3Q7Z494 AC092849.1-201ENST00000475250 303 ntTSL 4 BASIC33.42■■■□□ 2.94
NPHP3Q7Z494 PPP1R14A-205ENST00000591585 949 ntTSL 2 BASIC33.42■■■□□ 2.94
NPHP3Q7Z494 NFYB-205ENST00000551727 1727 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC33.41■■■□□ 2.94
NPHP3Q7Z494 MMP25-AS1-209ENST00000576250 779 ntTSL 5 BASIC33.41■■■□□ 2.94
NPHP3Q7Z494 AC093762.1-201ENST00000641981 837 ntAPPRIS P1 BASIC33.41■■■□□ 2.94
NPHP3Q7Z494 PYCARD-202ENST00000350605 696 ntTSL 1 (best) BASIC33.4■■■□□ 2.94
NPHP3Q7Z494 LAT-201ENST00000354453 1713 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC33.4■■■□□ 2.94
NPHP3Q7Z494 NRG3-203ENST00000404547 2163 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC33.39■■■□□ 2.94
NPHP3Q7Z494 MAST4-205ENST00000406039 717 ntTSL 1 (best) BASIC33.39■■■□□ 2.94
NPHP3Q7Z494 SRR-208ENST00000576848 588 ntTSL 4 BASIC33.39■■■□□ 2.94
NPHP3Q7Z494 CHST14-202ENST00000559991 1968 ntTSL 5 BASIC33.39■■■□□ 2.94
NPHP3Q7Z494 KRTAP5-1-201ENST00000382171 942 ntAPPRIS P1 BASIC33.38■■■□□ 2.93
NPHP3Q7Z494 AL136116.3-201ENST00000402907 1138 ntBASIC33.38■■■□□ 2.93
NPHP3Q7Z494 ZNF180-205ENST00000587047 525 ntTSL 4 BASIC33.38■■■□□ 2.93
NPHP3Q7Z494 AMN-201ENST00000299155 1907 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC33.37■■■□□ 2.93
NPHP3Q7Z494 HMGA2-201ENST00000354636 1529 ntTSL 1 (best) BASIC33.37■■■□□ 2.93
NPHP3Q7Z494 AC120024.1-201ENST00000562672 995 ntBASIC33.37■■■□□ 2.93
NPHP3Q7Z494 AC092028.1-203ENST00000608262 953 ntBASIC33.37■■■□□ 2.93
NPHP3Q7Z494 CAMK1D-203ENST00000615792 1725 ntTSL 5 BASIC33.37■■■□□ 2.93
NPHP3Q7Z494 DPF1-204ENST00000416611 2341 ntTSL 5 BASIC33.37■■■□□ 2.93
NPHP3Q7Z494 NKIRAS2-209ENST00000479407 992 ntTSL 3 BASIC33.36■■■□□ 2.93
NPHP3Q7Z494 GBX1-201ENST00000297537 1092 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.35■■■□□ 2.93
NPHP3Q7Z494 AC110285.6-201ENST00000617652 491 ntBASIC33.35■■■□□ 2.93
NPHP3Q7Z494 TPM2-203ENST00000378292 2147 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC33.35■■■□□ 2.93
NPHP3Q7Z494 TMEM80-201ENST00000397510 1094 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC33.34■■■□□ 2.93
NPHP3Q7Z494 AC090587.2-201ENST00000430222 527 ntTSL 2 BASIC33.34■■■□□ 2.93
NPHP3Q7Z494 HSBP1L1-201ENST00000451882 771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.34■■■□□ 2.93
NPHP3Q7Z494 CCDC136-202ENST00000378685 1689 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC33.34■■■□□ 2.93
NPHP3Q7Z494 ZNF263-204ENST00000573578 1636 ntTSL 5 BASIC33.34■■■□□ 2.93
NPHP3Q7Z494 ANKRD20A11P-201ENST00000344693 1088 ntTSL 1 (best) BASIC33.33■■■□□ 2.93
NPHP3Q7Z494 FAM162B-201ENST00000368557 1036 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.33■■■□□ 2.93
NPHP3Q7Z494 HDHD5-203ENST00000399852 1118 ntTSL 3 BASIC33.33■■■□□ 2.93
NPHP3Q7Z494 CDKN2A-208ENST00000498124 880 ntTSL 1 (best) BASIC33.33■■■□□ 2.93
NPHP3Q7Z494 ARPC4-208ENST00000498623 942 ntTSL 2 BASIC33.33■■■□□ 2.93
NPHP3Q7Z494 AL445237.1-202ENST00000604581 425 ntTSL 5 BASIC33.33■■■□□ 2.93
NPHP3Q7Z494 TMEM150A-201ENST00000306353 1484 ntTSL 1 (best) BASIC33.33■■■□□ 2.93
NPHP3Q7Z494 LYPD6B-203ENST00000409642 1577 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC33.32■■■□□ 2.93
NPHP3Q7Z494 TFEB-204ENST00000373033 2331 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.32■■■□□ 2.92
NPHP3Q7Z494 NEUROG3-201ENST00000242462 1376 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.32■■■□□ 2.92
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 27.4 ms